卫所制为明朝的最主要军事制度，为明太祖所创立，其构想来自于隋唐时代的府兵制。

明代在与元朝及元末群雄争战期间，军队的来源，有诸将原有之兵，即所谓从征，有元兵及群雄兵归附的，有获罪而谪发的，而最主要的来源则是籍选，亦即垛集军，是由户籍中抽丁而来。除此之外尚有简拔、投充及收集等方式。此外，明朝中期以后又有强使民为军的方式，不过都属于少数，卫所制仍然是最主要的军制。

明朝军队编制实行“卫所制”。军队组织有卫、所两级。一府设所，几府设卫。卫设指挥使，统兵士五千六百人。卫下有千户所（一千一百二十士兵），千户所下设百户所（一百一十二士兵）。各府县卫所归各指挥使司都指挥使管辖，各都指挥使又归中央五军都督府管辖。（明初全国兵员：洪武时期180万，永乐时280万）。

京都的卫军分两种：是一京军三大营，为全国军队的精锐；二是皇帝亲军，前者归五军都督府管，后者常由太监统领直接听令于皇帝。兵士有军籍，世袭为军，平时屯田或驻防。遇有战争，朝廷命将，率领调自卫、所的士兵征战。卫所制有些象世兵制，又与唐代的府兵制相似,明中叶以后,屯田多被军官吞蚀，军士破产逃亡，徒存官署。

明代的卫所制，与前朝元有着密切的关系。元代军队的编制，就是以十户、百户、千户和万户为单位组成金字塔形状的结构，侍卫亲兵称之为“卫”。朱元璋在起义的过程中，为有效地组织和管理军队，设立卫所制。在朱元璋登基后，又对卫所制进行了进一步的完善和补充。

卫所是一种军事制度，有着严密和准确的运行规范。处于卫所制金字塔底部的是小旗，由10人组成，总旗由50人组成。112人构成了百户所，长官是百户。10个百户所组成千户所，即1120名军人，上司则是千户。5个千户所组成了一卫，即5600名士兵，长官是卫指挥使。卫上面是省级军事机构都指挥使司，长官为都指挥使。

全国最高的军事机构则是大都督府，分为左、右、前、后、中5军都督府，分管全国所有的卫所。全国军人的总数，在明朝则是秘密，就连兵部的最高长官兵部尚书也不知道。据史书记载，明太祖朱元璋时期大概有180万，明成祖朱棣时期则有280多万。现代中国海陆空三军人数约有200万，对比之下，明朝军队数量还是比较庞大的。

卫所制也借鉴了唐朝府兵制，唐朝的府兵制有独立的军籍和寓兵于农的特点，同样，卫所也采用了这两点。

一是卫所的军户世袭。在明初，军户由参加农民起义的士兵、投降的元军和被判充军的犯人等组成。军队有自己的单独军籍系统，与普通民众严格区分开来。且军户世袭，即成为军户之后，那么后代也将继承这一身份。

二是卫所的经济来源主要是军屯，寓兵于农。朱元璋供养军队的思路是不费百姓的钱，而是由军队自给自足。因此他下令，卫所的军队中的70%用于屯田，而30%用来守城。当然，这只是原则，分配为屯田和守城的士兵比例在不同的地区有不同的表现。军屯，有利于荒地的开垦，使得明初经济自战乱中复苏；在边疆的屯田，还兼有行政管理的功能，因为边疆通常不设置州县，直接由卫所行使行政管理的职能，因此有助于加强对边疆的统治和管理。

卫所制也有缺点，军户世袭使得卫所制比较封闭，特别是被判充军的人，后代也要戍边，于是就出现了大量的军士逃亡；又由于军中腐败严重，士兵苦于官吏的压榨和勒索，逃亡现象也颇为严重。到了明中期，就需要募兵制作为补充。

明宣德以后,伴随着边患的日益加剧,边境紧张局势的步步升级,明初这种军事建设的蓝图厂"卫所制”便日益废弃。一直到明朝灭亡,卫所作为一个军事组织才彻底消失,而卫所作为一个行政管辖机构的取消时间则更晚。

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