第1集剧情介绍：允贤徐府救人挨家法
大明中期，程朱理学兴盛，礼教苛严，女子地位地下，贵族女子不得抛头露面，即使生病，也要谨遵男女有别，以致于隐疾难治，而女子从医则更是容易被世人议论为“三姑六婆”，名声不雅。明英宗朱祁镇（霍建华饰）继为皇位，孙太后辅政，英宗年少荒诞，亲信东厂太监头目王振，孙太后以此为由迟迟不肯归政。
徐侍郎家大摆宴席为太夫人贺寿，实则也是以贺寿为由为徐家挑选儿媳，寿宴上，各家小姐争相展现才艺，安和郡主汪美麟（金晨饰）才艺出众，赢得众人喝彩，只有杭允贤（刘诗诗饰）一人不为所动。代父送礼的允贤被徐府院子里的一株药草“铁皮石斛”吸引，在采摘药草的时候，婢女紫苏被陌生男子挟持，允贤发现对方身受重伤，性命垂危，不但不计前嫌，反而出手相救，为其包扎伤口，并将药草铁皮石斛赠予对方。原来这名陌生男子是郕王朱祁钰（黄轩饰），孙太后想将郕王立为新君，王振唯恐东厂的地位因此受到撼动，遂背着皇上派人追杀郕王。
东厂的人闯入徐府搜捕，混乱中，徐太夫人突然中风，众人皆手足无措，唯有通于医理的允贤镇定施救，施针放血，及时救回徐太夫人的性命。汪美麟在其父汪国公的授意下假装晕倒避人耳目，随后偷偷找到郕王，将其藏在自己的轿中带出徐府。
救了人受到众人高度赞扬的允贤回到家却招来父亲的一顿家法，因允贤违反了“族人不得从医”的家训——谭家祖上为御医，却因被J人陷害而遭遇灭顶之灾，允贤的爷爷为了庇护家人上吊自杀，以此谢罪，允贤的哥哥允良也在逃亡的途中不治丧命。谭家从此改名换姓，换为杭姓，允贤的父亲也因此入军职，以期立下军功早日晋升，在朝堂上为家族洗清冤屈。虽有家训如此，但允贤天资聪颖且热衷学医，允贤的奶奶亦不忍谭家医学就此失传，遂默许允贤自幼随其学习医理。
第2集剧情介绍：祈镇允贤初遇 合力救人
奶奶得知允贤不但在俆府擅自施针救人，还给徐太夫人开了药方，奶奶让允贤背药方，发现允贤用药有所偏差，急忙示意紫苏到徐府，让徐府换掉药方，好在徐府早已采用新药方，允贤得以逃过一难。虽然并未铸成大错，但允贤还是为徐太夫人的病许久未好利索而感到自责。
允贤到永庆庵祈福，教庵内尼姑以燕子窝和油帮人治恶疮，住持静慈师太见其妙手仁心邀其内坛进香。
于家夫人小产，于大人虽与夫人情深意重，但却拘泥于“男女大防”而不肯为其夫人请男大夫看诊，于夫人的婢女遂来到永庆庵求救，得知前来进香的允贤懂医理便求允贤随她去救人，允贤不仅医者仁心，且十分敬重于大人的官品为人，欲前往救人，但又碍于父亲的训诫不敢贸然行事，纠结不已。这时，突然出现在庵内的纨绔公子郑齐（朱祁镇化名），却毅然决定出手相助，鼓动允贤同其驾马车前往于家救人。允贤一开始并不信任郑齐为人，且碍于规矩礼节有所犹豫，静慈师太说服两人一同前往。见郑齐一路嬉戏调笑，允贤点了他的麻经，郑齐生气之下让随从停下马车，好似忘了要去救人，允贤愤而下了马车，打算徒步去救人。允贤用一番正义之辞指责郑齐，被允贤的善良和正义打动的郑齐更加坚定了去救人的决心，强行将允贤扛上马车。允贤为于夫人施针止血之后，开出药方，两袖清风的于大人因为其中的一味药材“阿胶”颇为昂贵而苦恼，见此情形，郑齐随手给出一个金元宝让其解燃眉之急，而刚直不阿的于大人却一昧拘于旧礼，不但不受反而要开门送客。
返回的途中，郑齐为于大人受到孙太后最宠幸的太监压制打击而打抱不平，允贤误以为郑齐是因犯了事而得罪了孙太后，建议他去请求汪国公这样的太后亲信为其说情，郑齐听了却异常愤怒......此时的允贤并不知道眼前的这个纨绔公子郑齐就是那个世人眼中荒唐的皇帝朱祁镇，更不明白这个“郑齐”心中对于太后的不满与厌恶。
第3集剧情介绍：祁钰允贤互生情愫
救完于夫人，允贤同郑齐乘马车返回永庆庵，途中允贤的一番“劝解之辞”竟意外惹怒郑齐，郑齐不顾允贤和紫苏两个姑娘家，毅然弃马车而去，允贤只好打定主意自己架马车回去，不料马却突然受惊失控，允贤陷入险境，正巧路过的祁钰出手相助，蹿上马背，抱住马脖子，用手蒙住马的眼睛，使马镇静下来，助允贤脱离了险境。允贤欲谢救命之恩，祁钰却率先发现自己救的正是当日赠药草相助的善良女子，允贤也从祁钰手中的那株“铁皮石斛”记起当日情形。二人正巧都要前往永庆庵遂同行，允贤发现祁钰碰到伤口，于是将自己的丝帕赠予祁钰擦拭伤口。祁钰临时改变行程，与允贤别过，得知允贤姓“杭”，推测允贤是杭将军的女儿，并从丝帕上知道允贤名中有一“贤”字。祁钰拾到允贤摔坏的珠花，问了随从京城中最好的珠宝铺子，打算送去修理或仿制。
于大人携于夫人到访杭府，欲谢允贤救命之恩，允贤本担心于大人向父亲言明她再次私自行医的事实，非常紧张，但于大人此次竟比当日豁达开明得多，不仅帮允贤隐瞒了真相，还向杭父坦言想要认允贤为义女的意向，杭父应允，于杭两家自此结为通家之好。于夫人请允贤到于府做客，并将允贤以义女身份介绍给其闺阁好友，得知允贤懂得岐黄之术，众夫人小姐竟一番讥讽，但允贤心思聪颖，不仅不生气，反而巧用美容养颜的“七白膏”化解了尴尬，并答应给各位夫人小姐制作七白膏相赠。
祁钰派小厮给允贤送回珠花和丝帕，紫苏见此情形拿允贤与那位朱祁钰朱公子打趣，见祁钰如此赤诚，允贤也不免芳心萌动。
太后私下见祁钰，并示明欲立他为新君的意图，而祁钰却感念于与皇兄朱祁镇的情谊以及恪守为人臣子的本分断然拒绝，太后因此大为恼怒，当即命人对祁钰施加了一顿皮肉之苦。
第4集剧情介绍：徐夫人丧命 允贤入狱
太后因郕王拒绝了她的安排而大为恼怒，将郕王软禁，郕王因此而没有去成永庆庵赴约，反而让王振在永庆庵布下的捕杀他的埋伏落了空，知道太后想扶立郕王为新君不成，王振反而放弃了置郕王于死地的念头，转而一心只想扳倒太后。
徐侍郎与杭纲（允贤父亲）商量徐家大少爷与允贤的婚事，莽撞的允贤闯到正堂当面拒绝，并扬言要终身伴在奶奶身边尽孝，杭家的女婿要做倒插门，听完此语，觉得受到羞辱的徐侍郎愤然离去，杭父也因此大为气恼，父女再次发生争吵。允贤随义母于夫人到周府做客，遇见徐侍郎夫人，没想到徐夫人不但没有因为允贤拒婚的事而生气，反而请允贤为她诊病。允贤本答应过奶奶不再随便给人开药方，却又在徐夫人的请求下不得已给徐夫人写下了医治阳虚的甘草干姜水的”方子“，这一写竟惹出大祸——徐夫人在按允贤的”方子“服药后的某一晚意外丧命，徐侍郎以允贤给夫人写下了白纸黑字的“方子”为由上门问罪。可徐夫人真的是因为允贤开的“方子”而丧命的吗？
因为徐夫人的死，徐侍郎与允贤对质公堂，公堂之上，允贤努力自证清白，言明”甘草干姜水“并不会致人死亡，却还是被府尹大人判处以“重嫌”罪名收监。不仅如此，市井百姓和知悉此事的官员、太医均将允贤视为不守妇道的“药姑”、“药婆”大加嘲讽和嫌恶，恨不得人人得而诛之，毫无公正同情之心，在即将到来的公审之上，孤立无援的允贤能洗脱医死人的罪名吗？
奶奶和于夫人到狱中探望允贤，自允贤入狱以来，于夫人四处奔走，请求各位曾受允贤赠送过七白膏的夫人小姐们能出面为允贤作证，但这些闺阁夫人小姐都不愿为了此事惹上事端，因而都不愿出面，允贤命运难测。
第5集剧情介绍：允贤狱中学医救人
牢狱之中，众多犯人都身患疾病而无从医治，善良的允贤虽然身陷囹圄自身难保，仍然忍不住为她们把脉诊病。
小马子借送饭的契机向还在软禁中的郕王传递消息，郕王得知允贤的遭遇，坚信允贤一定是蒙冤入狱，并派小马子带着他的玉佩去刑部找他的旧识，传话一定要查明事情真相，尽力还允贤清白，但玉佩后被守卫发现未能带出。皇上发现郕王没有如约去永庆庵，怀疑又是王振在其中动了手脚，王振否认，皇上遂自己派人去寻找郕王下落。
允贤托狱卒去家里拿药，好为狱中的病人治病，狱卒收了允贤的东西却言而无信，不但没有给允贤送药，反而讥笑允贤身为大家闺秀却即将公堂受审。
莽撞的宫女冲撞了王振，王振的手下正要重罚宫女，却被路过的钱皇后（李呈媛饰）看见并阻挠，王振仗着皇上对他的信任与依赖，即便对待皇后也是怠慢轻视，而贤淑的钱皇后对时常挑唆皇上的王振也多有不满但又无可奈何。
允贤在狱中医治的大姐突然昏死过去，允贤以为自己拼尽全力救人却仍然于事无补，正伤心不已，狱中送饭的罗大娘将一桶冷水浇到已经昏死过去的病人身上，允贤疑惑不解，罗大娘又叫允贤就地取材制成药给病人服用，这以指甲、蚯蚓等看似污秽之物制成的药，病人服用后竟大有成效，允贤心中大为惊异，原来罗大娘竟是一名药婆，允贤想向罗大娘学习看病救人的本事，罗大娘见允贤心地善且立志成为一名女医，一口气教给允贤不少实用的治病“土”方。
祁钰以答应考虑太后的安排作为交换条件请求母亲吴太妃对允贤施以援手。公审时，允贤请求传唤徐夫人的侍女询问，得知徐夫人此前早因身子不舒服而服用过惠民药局的万大夫万宁开的药，二人开的药一个滋阴，一个振阳，这两批药会否相冲呢？下了公审之后，太医院的村霞将公审情形说与叔叔即太医院程院判分析，二人发现，徐夫人的死与允贤其实并无多大干系，而恰恰要归咎于惠明药局的万宁，但这个万宁是由程院判亲自推荐到惠民药局的，如今归罪于他就是砸了自己的招牌，于是，为了保住自己的声誉，程院判决心包庇万宁，而不准侄子村霞在公堂之上为允贤说话。
第6集剧情介绍：祈镇暗助允贤脱罪
允贤在狱中继续向罗大娘学习治病救人的知识。皇上因找不到祁钰而心情郁闷，到宫外喝得酩酊大醉，正要回宫之时，在城隍庙前遇见来为允贤祈福的紫苏，并得知允贤已因替人诊病而入狱。开庭再审时，徐夫人婢女突然不承认是徐夫人自己未说清病症，一口咬定允贤明知徐夫人全部病情还是开错了药方。还好有王夫人出面为允贤作证，说明徐夫人当日确实没有向允贤提及腹泻之事，可太医院村霞不但不说明实情，反而在公堂之上暗指允贤没有问清楚病人全部病症及之前用过什么药就随意开药方才让徐夫人白白丧命，允贤还是难逃被判有罪的命运。山穷水尽之时，王振突然出现在顺天府，言语中好像与允贤相识，并说自己之前吃了允贤的药几十年的老毛病都好了。村霞慑于王振的威望有所松口，说允贤不是大夫，“开错药”的事尚且算情有可原，徐侍郎亦不敢不给王振面子，改口称其夫人是死于自己胡乱吃药，与允贤无关，并为自己告错了人向允贤赔礼道歉。在王振的帮助下，允贤被当庭释放。可允贤一介闺阁小姐，怎么会和王振这个东厂头目扯上关系呢？杭纲也因此心存疑虑且大为苦恼，生怕朝廷中人因此而怀疑他与东厂来往密切。至于王夫人之所以出庭为允贤作证则是因为听了允贤的建议，认真找大夫换了方子吃药后，怀上了身孕，对允贤心存感激，遂为其出庭作证。
村霞在公审之上是非不分恶意陷害允贤的事被其师父太医院院判刘平安知道后，其师命他长跪反省——是要与其叔父程十三长袖善舞，还是继续跟随师父努力磨炼，踏实学医。太后得知王振公堂之上欺辱命官，责怪钱皇后对皇上劝谏失责。而受了王振的气颜面扫地的徐侍郎竟将怒气撒到了与允贤关系密切却又身份卑微的罗大娘身上，将其一顿乱棍打死，允贤到罗大娘坟前祭拜，认为自己真是天生不祥之人，当初因为自己受了小人教唆无意害了谭家，使祖父蒙冤，哥哥丧命，如今又因徐夫人的事牵连了罗大娘致其惨死，允贤悲痛不已。
第7集剧情介绍：郑齐当头棒喝 允贤醒悟
祁钰为了与皇上取得联系，生出妙计——让汪美麟代他宫绦传信。允贤因为罗大娘惨死的事茶饭不思，终日将自己关在房间念经祈祷。皇上再次出宫希望见允贤一面，又从紫苏口中得知允贤因罗大娘惨死的事悲伤不已，因而为允贤打抱不平并大骂徐侍郎，紫苏联想到上次就是这位“郑公子”请动王振为允贤公堂之上说情，问郑齐是不是看上了她家小姐，郑齐虽嘲笑紫苏自作多情，却又不禁反问自己是否真的喜欢那个“臭丫头”。
皇上得信后派人救出祁钰，祁钰不解为何上次他回京之时，皇上与太后尚且母慈子孝，如今却势同水火，皇上遂向祁钰道出，孙太后曾经为了夺子继而当上皇后不惜下毒害死了他的生母的真相，但皇上念及太后对他的养育之恩，原本打算息事宁人，等亲政后放她入冷宫养老，可如今太后竟欲夺权篡位，皇上再也无法视若无睹。撇开烦心事，皇上转而想到祁钰让汪美麟代他“宫绦传信”的事，误以为祁钰对汪美麟有情义，祁钰急忙否认，情急之下道出自己早有心上人。皇上追问祁钰的心上人是哪家“美女”，还要为祁钰做主促成姻缘，皇上怎么也不会想到，祁钰的心上人正是他口中那个总是爱多管闲事的“臭丫头”。
祁钰再次劝谏太后放弃扶立新君的念头，说此等夺权篡位的事终是难逃百姓史官的悠悠之口，也请太后念及皇上的一片孝心，认清王振等J人的挑拨，太后亦决定重新考虑此事。
静慈师太写信到杭家请允贤到永庆庵做客，可为何静慈师太的一封信就能让杭纲放女儿出家门呢？允贤只知静慈师太与皇室大有渊源，父亲当是对师太心存敬畏。而静慈师太之所以请允贤前来，是想让允贤为庵中收留的难民们治病，可此时的允贤还未能走出自己“治死过人”以及间接牵连罗大娘惨死的阴影，崩溃痛哭。就在这时，郑齐又出现在永庆庵，对允贤一顿当头棒喝，才让允贤打开心结，重拾信心，为庵内难民医治伤病。次日，允贤为了此事向郑齐当面道谢，二人谈及朝政，允贤暗指当今皇上昏庸，郑齐遂将女子行医治病贬作青楼女子亦嫌弃的职业，一对冤家又不欢而散。
第8集剧情介绍：黄河水灾肆虐 京城霍乱横行
郑齐知道自己口不择言得罪了允贤，又不知道该怎样向允贤赔礼道歉，于是托静慈师太将一套银针转交给允贤，允贤便可拿这套银针给病人针灸，这样或许能让允贤心里舒畅些。允贤听静慈师太说起郑齐自幼失去生母，且其母是一个同允贤一样懂得许多医术的女子，因此郑齐对允贤格外有一种亲近感，允贤顿时觉得她与郑齐都自幼丧母也算同病相怜。为了给郑齐回礼，允贤亲自做了桂花蜜送给郑齐，郑齐（皇上）将桂花蜜收在柜子里，命任何人不得擅动。
黄河发大水，二十四县受灾，灾情严重。因为发大水而流离失所的灾民来到永庆庵请求静慈师太收留，静慈师太将他们收留庵中，却发现一部分灾民身体不适，允贤见他们的病症多为眼窝深陷，腹泻呕吐，秽物还如同水一样，初步诊断这些灾民是感染了霍乱。霍乱是大疫，静慈师太将情况传递给有关部门希望疫情能够得到有效的控制和应对。太医院亦快速判断出流民中霍乱病症横行，并果断将大量流民集中到太医院进行诊治。京城百姓得知城中流民感染霍乱，都到药铺疯抢治泻肚子的药材。顺天府的人为了片面安抚城中百姓，竟下令关城门，阻止流民进入城中避难，允贤义父于东洋极力阻挠，但亦无济于事，关键时刻，皇上赶到现场，当众杀死滥杀百姓的官兵，下令开城门迎接百姓，并命于东洋统筹治理黄河水灾。
惠民药局的人到永庆庵帮忙，万宁见允贤给病人治病的法子有违寻常医理，遂与允贤辩论，辩论之余，万宁认出紫苏曾将他带到公堂之上使他遭受非议，而允贤虽然已做男儿打扮，亦惊惧万宁识出自己，幸好静慈师太及时出面打断二人的谈话，但事情并没有就此结束。
第9集剧情介绍：祈镇重挫太后 拿到玉玺
朝堂之上，几个小官“供认”黄河毁堤之事确是受太后指使，太后反驳，说皇上让几个鸡毛小官诬陷于她，于是皇上命人将范弘——这个太后最倚重的太监带上殿来，并将范弘认罪画押的供纸放到太后面前，太后无可辩驳，但范弘大喊自己是屈打成招，后气绝，死前喊冤，百官也心存疑虑，但仍有众多官员支持皇上。皇上通过“毁堤事件”几乎扳倒太后，拿回玉玺，到永庆庵向静慈师太“报喜”，并带来大量医治霍乱的药材，但静慈师太一眼就看出皇上此行还另有心思。郑齐正与允贤说着话，小厮前来报告其夫人得知他前往重疫区，十分担心，催他回去，允贤因此知道郑齐已经成婚。
万宁对允贤怀有偏见，故意道出允贤的女子身份，灾民因此而误解允贤，不但不感激允贤的救命之恩，反而将她指作医婆，大加唾弃，不愿再让允贤医治，允贤百口莫辩。而这时来路不明的“朝鲜商人”（瓦剌人）却愿意让允贤医治，但惠民药局的人却针对允贤，不肯让允贤抓药，无奈之下，允贤就地取材制成偏方，竟真的治好了那个“朝鲜商人”。灾民知悉此事，又一窝蜂地去请允贤为他们诊病，允贤面对大起大落，不骄不躁，说惠民药局的大夫医术高明，也一定能治好大家的病，于是一半灾民又自动分流到惠民药局的大夫们那边去，这些大夫们也因此对允贤有所改观。允贤煎药时扇子着了火，差点烧到自己，万宁及时提醒允贤当心，并为自己曾经误解针对允贤道歉，还虚心向允贤讨教治病“偏方”，二人自此化干戈为玉帛。
祁钰受皇上诏令运送粮食进京赈灾，并临时调整计划率先送粮食到永庆庵救急。听说永庆庵外有一位公子正在分发粮食，紫苏和允贤以为是郑齐又来输送物资，遂跑去看看热闹，到了之后，才发现原来这次来的是朱公子朱祁钰，祁钰见允贤戴着他送的珠花，心内欢喜。祁钰与允贤约定再见，并将自己的随身香包赠送给允贤。面对祁钰和郑齐两个人分别赠送的香包，允贤将郑齐送的香包收进了柜子，而将祁钰的香包拿在手中，少女情怀悸动着。
第10集剧情介绍：允贤至祁钰家彻夜方归
杭纲听说了“活观音”的事，担心允贤名誉受损，赶到永庆庵将允贤带回家中，不许她再出家门，允贤因上次顺天府公堂受审的的事情已经闺誉受损，这次在永庆庵医治霍乱，被灾民美誉为“活观音”的事又闹得沸沸扬扬，杭纲唯恐太后因此将目光放到允贤身上，继而察觉杭家的真实背景。
允贤被父亲关进绣楼，不得出闺房半步，祁钰不得已“夜访”杭府，潜入允贤闺阁，祁钰并非苟且猥琐之辈，只因母亲吴太妃意外感染霍乱后连日治疗仍不见效，祁钰遂想“夜请”允贤到其家中为母亲诊病。返回时，二人同乘马车，第一次互诉衷肠。
允贤回到家中，正巧被父亲发现彻夜外出，女子彻夜未归是有失名节的大事，杭纲一怒之下将允贤关入地牢，不给饭食。祁钰得知允贤因他而被父亲重罚，隐藏身份到杭府，向杭纲解释允贤昨晚是受王公公邀请进宫为贵人医治急症，杭纲这才将允贤放出地牢。杭纲见允贤缕出纰漏，担心允贤名节再受损，决心将允贤嫁出去。奶奶与允贤谈话，说允贤既受陌生男子邀请去其家中彻夜方归，那么该男子若是重情重义就应三媒六聘迎娶允贤，方可为允贤保住名节。放心不下允贤，来允贤家中探听情况的祁钰，在窗外听到奶奶对允贤说的一番话，遂向允贤示明心意，称同意奶奶的说法，愿意三书六聘娶允贤为妻，允贤若是同意，就将“红巾”挂到绣楼外让他看见。祁钰与祈镇商议，太后既有意扶他为新君，他便不好再与祈镇过分亲近，当着外人最好刻意保持距离，假装不和，而实际上却相互帮衬。
第11集剧情介绍：祁钰允贤私定终身
皇上在朝堂之上主持重修大堤之事，并打算将监察使一职指派给王振，太后坚决反对，称王振现已身兼数职，若再担任监察使重任，难免分身乏术，顾此失彼，汪国公了解太后意图，举荐郕王朱祁钰担任监察使，而自认为与祁钰亲近的太后亦同意此提议，皇上假意反抗，赌气将杭纲封为四品将军。其实皇上正想给祁钰谋个好差事，太后此举只不过好让他顺手推舟。下朝后，程十三故意挑拨，说武官中参与抗灾的并非只有杭纲一人，但偏只有他一人升官，恐怕是得益于他那个被称为“活观音”的女儿，还说兴许皇上在永庆庵见了允贤一面就看上了她也不一定，杭纲羞愤不已，回到家更加坚决地要将允贤早日嫁出去，还请了媒婆给允贤说媒。几个小孩在允贤家门口唱起“活观音，救人命”的歌谣，紫苏知道老爷听了之后一定会更加生气，赶忙制止，后询问得知他们之所以唱此歌谣，是希望允贤听到后继续去行医救人。
杭父竟气急败坏到想将允贤随意嫁出家门，允贤绝不愿意就此嫁与自己甚至都没有见过的人，将“红巾”挂到绣楼外，祁钰见到“红巾”以为允贤已经答应了他们之间的婚事，到杭家与允贤偷偷会面，允贤一时不敢袒露自己的心思，只说是受父亲四处请人做媒所逼，实在无可奈何，于是想与祁钰一起商量对策，祁钰则告诉允贤他早已私下将杭父请人说媒的事情摆平，允贤不必为此忧心。祁钰问允贤自己是否是她的无奈之选，允贤立即否认，并向祁钰坦诚自己早在祁钰将她从惊马之上救下时就已对他芳心暗许，如今之所以不敢草率答应祁钰的“求婚”，则是害怕祁钰受自己现在名声恶劣所累，更担心祁钰转而后悔，祁钰再次向允贤坚定地表明心意，两情相悦的两人就此私定终身。
汪美麟私下拜访吴太妃，吴太妃本就因汪美麟是太后唯一的外甥女，其父汪国公又是朝廷重臣而对她格外抱有好感，看出汪美麟对郕王的一片情谊，吴太妃便想促成祁钰和汪美麟之间的姻缘。汪美麟将允贤在永庆庵给病人治病，罔顾男女大防，并且遭受众人议论的事告诉吴太妃，吴太妃为此对允贤心生排斥，两情相悦并已私定终身的祁钰与允贤最终能顺利结成连理吗？
第12集剧情介绍：祈镇允贤雪地浪漫共舞
皇上知道太后想把自己的外甥女汪美麟许配给祁钰，猜想祁钰与其心上人的姻缘定会受到阻碍，于是给祁钰出主意，让他约“心上人”元宵节去看花灯，好让祁钰的“心上人”定心，祁钰传信给允贤约定元宵节酉时三刻清河桥头相见，一同赏灯。杭纲见允贤的医术得到皇上认可，被皇上封为“乡君”，觉得自己也不好再阻止允贤学医，于是允许允贤从此以后光明正大地学习医术。皇室除夕夜宴席上，太后要做主将侄女汪美麟许配给郕王，皇上反对，眼见又将与太后发生争执，皇后为了给皇上解围，说郕王今年命冲红鸾，不宜婚配，太后转而将矛头指向皇后，责怪她不仅自己没有产下皇子，还没有引领后宫其他嫔妃产下皇嗣，皇上为皇后说话，反问太后在皇后这个年纪有没有生过皇子，太后竟暗讽皇上身体有恙才导致皇室至今无后，称要请程十三给皇上瞧瞧病，皇上拍桌而起，愤然离席。与太后起了冲突的皇上，心情郁闷独自出宫，走到了允贤家外。允贤见他独自一人过年实在可怜，拿来酒菜陪他一起过节。年夜里，大雪纷飞，红梅遍地，二人雪地浪漫共舞。允贤不小心扭伤了脚，皇上抱她坐到高墙上一起看烟花，二人约定以后每年都一起看烟花。临走时，皇上建议允贤元宵节去西街的王家看走马灯。
元宵节，为了让允贤顺利出门看灯，紫苏居然在老夫人的茶里放了安神药。允贤赶到清河桥头赴与祁钰的赏灯之约，可祁钰却在汪国公府被拖住了身。独自坐在清河桥头等待的允贤心情低落打算回家，却在路上受到几个醉汉的的调戏，好在皇上及时出现，英雄救美。皇上拉着允贤一起去猜灯谜，并将猜灯谜得来的奖品——一只镶有龙凤呈祥饰样的蓝田红玉手镯送给了允贤，让允贤戴在手上。二人赏灯游玩间，允贤一直心不在焉，好像有心事，于是二人就此分手。
第13集剧情介绍：允贤受伤落水 生死不明
允贤再次回到清河桥上等待祁钰，祁钰也终于甩开汪国公及汪美麟前来赴约，二人桥上相会后，祁钰送出定情信物——灵芝钗。皇上一路游玩来到清河桥前，看见允贤在桥上，正欲上前找允贤，却发现祁钰也在此，且与允贤举止亲密，这才知道原来祁钰所说的的“心上人”就是允贤，只是这个心上人又何尝不也令他动心呢。
汪国公携同女儿汪美麟到太后面前就郕王拒绝与汪美麟看花灯却与杭将军的女儿杭允贤相约赏灯的事告状，太后听后大怒，竟打算用一瓶鹤顶红将允贤赐死，汪国公则考虑周全，说允贤毕竟是官家闺女，且在百姓中声誉颇高，郕王又对她有情，就这样直接将允贤赐死难免不妥，太后因此打消了用毒药毒死允贤的念头，但却并没有打算就此放过允贤。
杭纲突然被急调出京，杭家举家搬迁，允贤到了码头的船上，觉得就这样不辞而别实在放心不下祁钰，本想让紫苏在开船前去向祁钰报信，但紫苏也受到看守不能离开，听到船夫阿三为顽疾所扰，允贤以给阿三治好他的“小舌头”作为交换让其帮忙送信。祁钰接到报信后，快马赶到码头，在河岸边呼喊允贤，允贤听到祁钰的呼唤来到甲板上，招手回应祁钰，可这时船已经开动，离开了码头，眼见心爱的人离自己越来越远，心急如焚的祁钰竟一个飞奔扑到了船边上。见祁钰上船，杭纲与祁钰动起武来，祁钰不得已之下表明身份，说自己就是当今皇上唯一的亲弟弟——郕王朱祁钰，并正式向杭家求亲。得知了祁钰的皇族身份，允贤也向祁钰讲述了杭家的真实背景。杭纲向允贤讲述朝廷党派间的危机斗争，说并不看好允贤与祁钰之间的婚事。徐侍郎派人追杀允贤一家，紫苏为了保护允贤丧命，允贤则为救奶奶受伤落水，生死不明。祁钰、祈镇二人同时得知允贤堕水“身亡”的消息，祈镇当即瘫坐在龙椅上，祁钰则急怒攻心，口吐鲜血昏倒在地。
第14集剧情介绍：允贤流落戏班变厨娘
皇上向钱皇后讲述他与允贤之间的的相识经过，并因允贤“早逝”的事情伤心不已，钱皇后提醒皇上说不信徐侍郎一人就能如此周全地谋划追杀杭纲一家的事情，此事应当有人背后指使，皇上听了皇后的劝解，打起精神开始调查此事，并将嫌疑放到了汪国公身上，但又苦于缺乏证据而不能将汪国公定罪。祁钰因允贤的意外“身亡”卧病在床，汪美麟听说祁钰生病来祁钰府上探望，祁钰心知肚明，杭家的事定与汪美麟等人脱不了干系，于是让人赶她出去。吴太妃为了让祁钰喝药跪在祁钰床前磕头，祁钰只得将药喝了下去，但就算身上的病能用药医，心病却不是一碗药就能喝好的。
允贤落水后随着水流漂到了淮阴，被南戏班从河上救起，花旦陈碧娘及戏班里的王道士对允贤悉心照料，为了给允贤看病，王道士当掉了允贤身上的细软，幸好还留下了那支祁钰送的“灵芝钗”。允贤自觉前途未卜，请王道士给自己算了一卦，卦象显示允贤家中的祸事皆因一个女子而起，并说此女日后还会有断子之痛，其亲人若要解祸当要远离此女，该女自己则须心智坚定才能自我解祸。允贤请求碧娘将她收留在戏班子里，碧娘见允贤身世可怜就一力应允了下来，并让允贤在戏班子里帮忙做些杂事。
王道士几句话直戳允贤痛处，将允贤惹哭，碧娘则向允贤解释，王道士本就是要故意惹哭允贤，好让允贤开开食欲多吃些东西，不仅如此，碧娘还告诉允贤，上次在刘员外家，王道士之所以戏弄允贤将允贤弄成花脸，其实是为了防止允贤的花容月貌被那些风流好色的公子哥觊觎，不想允贤惹祸上身。听了碧娘的解释，允贤才明白王道士其实是个刀子嘴豆腐心的大好人，于是去向王道士道谢。允贤在戏班里做厨娘，却苦于厨艺不精，而平日里见王道士对于饮食颇有见解，遂请求王道士教她做菜，王道士看似不耐烦，却还是认真地授艺于允贤。
第15集剧情介绍：允贤雨中长跪 抓蛇拜师
允贤跟着王道士学做菜，发现王道士擅做药膳，想让王道士教她，王道士不答应。
程十三向太后禀报郕王祁钰因心爱之人杭允贤意外“身亡”而相思成疾，汪国公亦推测祁钰因杭家之事必定对他及太后怀恨在心，于是太后与汪国公均认为原本要扶立郕王为新君的计划恐难以实现了，便开始商量寻求新君“候补”——皇孙。可眼下英宗祈镇尚无子嗣，而皇上也近一个月未召幸任何嫔妃，于是太后竟示意御膳房在皇上的膳食里添加了滋补阳气的食物，太医刘平安在检查皇上的膳食时发现了这些非同寻常的食材并如实禀告给皇上。皇上气愤不已去找太后对质，二人争执间，皇上失手将太后攘倒在地，太后的后脑撞上了木榻受了伤，昏迷不醒。皇上虽因生母被太后害死而对太后恨之入骨，但现如今太后突然昏迷不醒，皇上却又念起太后对他的养育之恩，心中苦闷。王振到皇上面前进言，说如今太后昏迷正是一举除掉太后拿回皇权的大好时机，可皇上不但不想暗中了结太后性命，反而决定如若此番太后能够醒来，今后就不再想将她置于死地。
王道士在外“卖符求财“，允贤心思耿直，悄悄劝大家不要相信王道士的“法术”，王道士知道后非常气恼，要将允贤赶出戏班子。允贤为了请求王道士原谅，在院子里跪着，王道士责问允贤何为——医者父母心。责问过后，王道士拂袖而去，允贤则在雨中跪了快一夜。天亮前，王道士打伞出去再次向允贤发问，并给允贤出了抓蛇拜师的难题，没有想到，允贤居然真的抓到了蛇，王道士不得不心服口服，收允贤为徒。允贤开始跟随王道士学医，并了解到其师父其实是常常借做法事给人治病，即“祝由术”，还渐渐知道给人治病要先治心，要跟病人之间建立信任和联系，即“信则医”。
第16集剧情介绍：允贤化身医婆进皇宫
允贤跟随王道士学医，大有青出于蓝而胜于蓝的势头。允贤打听得知奶奶及父亲并没有回老家，又听王道士说祁钰因她而一病不起。为了开解允贤，王道士说出了自己之所以出家为道，行走江湖的原因——他曾与一官家小姐相识相爱，但就在他们私定终身准备成亲之时，该小姐的家人找到他并告诉他他的心上人即将嫁作他人妇，他以为自己遭到了爱人的背叛，一气之下去亲戚家散心，不久，竟听说了心爱之人在成亲当晚自尽而亡的消息，他因此而悔痛不已。允贤听了师父以身说法，为了不让自己的人生留下大憾，决定回京城寻找心爱之人——祁钰。
太后大病后身子未大好，军事大权回到皇上手中，皇上决定立即发兵征讨安南。允贤回到京城，得知父亲及奶奶已被义父于东洋接到府上照料，且义父已去河南上任巡抚，父亲及奶奶亦随同前往，而祁钰则被皇上接到宫里居住。皇宫张出皇榜，欲寻民间圣手给太后治病，可一般民间郎中没有推荐函又无法进入内宫。郑国公家的小儿子患上了“厌食症”，访遍名医仍不见好，允贤扮成道姑去国公府上为小公子治好了“相思病”，允贤不求重金，但求郑国公为她写“荐书”让她进宫给太后治病，继而寻找祁钰。国公因允贤来历不明有所迟疑，而来国公府上给小公子治病的太医刘平安却愿意为允贤作保，并与国公合力安排允贤以“医婆”身份入宫为太后诊病。
各位受荐进宫的民间圣手依次进仁寿宫给太后看诊后，为如何加减调药讨论起来，允贤说出自己的见解，却被众男大夫调笑为女流之辈。大夫们将调好的药呈给太后服用，太后因药苦而大动肝火，下令将众大夫都拖出去打二十大板后赶出宫去，允贤则说自己能做出不苦的药。
第17集剧情介绍：允贤治好太后露锋芒
为了让太后相信自己的确能做出不苦的良药，允贤先将一香包呈给太后，太后闻后觉得心旷神怡。允贤请命再次为太后看诊，以求诊断确实。给太后诊断出病情，允贤说去熬药，实际上却是给太后做了几道“药膳”，太后吃了之后，觉得的确爽口舒心，于是心情大好，赏赐给允贤一袋金瓜子。允贤将太后赏赐的金瓜子赠给了宫女玉香及太后身边的其他宫女，以谢玉香告知她郕王在宫中的住处——北五所。钱皇后亦欲赏赐允贤，允贤却称不要任何赏赐，而只想去北五所见郕王一面，玉香在旁边咳嗽提醒，允贤欲言又止。皇后来给太后请安，又受到太后一顿训斥，允贤以递茶为由打断太后训斥，将太后的火气转移到自己身上，又“耍宝”化解了太后的怒气。
太后眼疾发作，允贤假称可以将太后眼上的疾病转移到脚上，并让太后蒙眼数日，同时劝太后放宽心不要过于操心朝政。几日后，太后的眼疾固然除去，脚上也并无毛病。因允贤用“祝由之术”为太后医好眼疾甚得太后欢心，太医院沸然，程十三首先言语抨击允贤，村霞及众太医亦附和，而刘平安则挺身为允贤辩白，劝众太医承认自己技不如人。钱皇后劝太后好好休养身子，不要过度操劳朝政，且以当年太皇太后压制太后作比，劝太后看到皇上已经成年，放手朝政让皇上诸事都能亲力亲为。太后听了钱皇后的一番劝解加之一病想通了许多事情，决定与皇上重修母子情分，还政于皇上，退居后宫颐养天年，但仍与皇上“约法三章”。允贤拿着药方去太医院取药，药方上却无端多了一味“朱砂”，犯了国讳，因而被御药房的侯太监借故重罚。眼见允贤受罚，太后又去了青羊观还愿，玉香急忙去找皇后帮忙，却在路上撞见了皇上，皇上听说了允贤的名姓，立马去一看究竟，并与允贤相认将允贤救走。
第18集剧情介绍：有情人艰难重逢却生嫌隙
皇上将允贤从御药房救出，允贤这才知道原来自己之前交的那个好朋友“郑齐”竟是当今皇上。皇后担心皇上将允贤纳入宫中，继而坏了皇上与祁钰的兄弟情分，自作主张派人将允贤还活着的消息通知祁钰，祁钰得知心爱之人历劫生还，立即恢复了精神，健步如飞赶到殿上与允贤相见，二人久别重逢深情相拥，雨中互诉衷肠。皇上早知二人两情相悦，于是召来祁钰的母亲吴太妃，打算给祁钰赐婚，吴太妃以为皇上是要给祁钰和安和君主汪美麟赐婚，喜出望外，连连答应，可见了允贤，吴太妃才明白过来原来皇上这是要给祁钰和允贤赐婚，坚决拒绝，称允贤曾上过公堂，有失清誉，且曾抛头露面给男人诊病，有违妇德，故宁愿抗旨也绝不让允贤成为自己的儿媳。
吴太妃因赐婚的事情在殿上晕倒，允贤当即为吴太妃把脉发现太妃的身子并无大碍根本就是假装晕倒，但允贤并未戳破吴太妃的把戏。吴太妃回到住所，太医刘平安为其诊病亦觉得吴太妃身子并无什么毛病，可就在这时，太后却带着程十三来给吴太妃看病，吴太妃给程十三使眼色，程十三则支开众人借诊病之名，行给太妃出主意之实。太后斥责祁钰“见色忘孝，是为大耻”，祁钰因此而心生愧疚。祁钰听了太妃的贴身太监的建议，想让允贤改名换姓，以此掩饰允贤真实身份，改名换姓原是耻辱之事，可允贤为了不让祁钰为难，勉强答应，祁钰也向允贤保证以后再不会让允贤受一点委屈。允贤求见皇上，虽说了自己或将改名换姓的事情，却并非要为自己叫屈，而是借此说出杭家多年前的那桩旧案，并请求皇上彻查此事，找出真凶，为杭家平反冤情，恢复她谭家旧姓。
祁钰带允贤正式拜见母亲，吴太妃表面答应重新看待允贤，见了允贤却又对允贤横加侮辱，说她清白有辱，不守妇德，还禁止允贤以后再研习医术，行医治病，允贤满腹委屈，忍无可忍，说太妃若是看不惯她习医行医，她也不会勉强嫁入郕王府，说完转身离去。祁钰埋怨允贤在母亲面前态度强硬，还表明虽同意允贤继续研习医术，但不愿意允贤以后再出去给人治病，允贤质问祁钰是否忘了当初在绣楼对她说过的话，许下的承诺——支持她的医学梦想。
第19集剧情介绍：允贤投考太医院
皇上听宫女丁香说起吴太妃及祁钰竟这般作践允贤，气愤不已，立即去安慰允贤，告知允贤吴太妃一心只想巴结太后，与汪国公结为亲家，好借他们的势力让祁钰成为新君，自己就可以当上皇太后。听完皇上的解释，允贤明白了吴太妃为何百般刁难于她，对她如此不满，允贤也向皇上表明自己的原则和初衷，即无论如何也要冲破一切困难和束缚成为女医。皇上想将允贤安顿在宫中，但眼下允贤既非宫女又非女官，况且允贤也向往在宫外与万宁他们共同研习医术，并可以为百姓治病的自由。但皇上仍觉得允贤现在有家不能回，孤身一个女儿家在宫外实在不妥，且与祁钰的婚事也还悬而未决。况且宫内的太医院也能为允贤精进医术、成就医学事业提供有力支持，于是特许允贤参加太医院的考试。允贤欲拜太医院的刘平安为师，刘平安虽对允贤颇为欣赏，但仍要求允贤通过太医院的考试后方可拜他为师。
太医院众人听说允贤身为女子竟要来报考太医院十分抵触，几乎一致认为若是允贤一介女流之辈考上了太医院有违医道，对他们亦是一种侮辱。而刘平安身为太医院院判，却同意允贤来参加太医院的考试，并以允贤曾经参与医治霍乱以及治好太后眼疾为由力排众议，且以皇上特许堵住了他们的嘴。刘平安还说，如果他们当真质疑杭允贤的才能，大可对五日后的入院考试严格把关，认真出考题，且将出题的任务交到了对允贤尤为抵触的村霞身上。
太医院的考试并非小儿科，不认真下一番功夫是难以过关的，允贤虽有真才实学但也还是为此颇为头疼，于是皇上特地从宫外请来与允贤私交甚好的万宁来为允贤做些指点，万宁将考试形式及考试范围都一一告诉允贤，并给允贤指出重点，帮助允贤复习备考。
允贤连日以来秉烛夜游专心备考。到了考试当日，村霞出的笔试题是让允贤在一炷香之内答完六道书卷之题，允贤沉着作答，以一等成绩过关。程十三又加试问答题为难允贤，允贤亦成功过关。到了实证考察，村霞先是在第二题找来不愿扎针动刀的老爷子让允贤为其医治脓疮，允贤巧用银钗刺破脓疮为老爷子敷药。第三道题，村霞又找来裸身太监来让允贤为其扎针，且最后一针出在敏感部位，允贤实在难以下手施针，那么，允贤最后到底能否通过太医院的考试呢？
第20集剧情介绍：历经考验 女医初成
程村霞出题恶意为难允贤，逼她在男子身体的隐秘部位扎针。允贤为了过这太医院考试的最后一关，准备硬着头皮扎针。见此情形，刘平安却制止允贤施针，让她放弃这最后一题，而当众宣布收她为关门弟子。皇上封允贤为司药女官掌管御药房，并将御药房迁到长寿殿让允贤领着御药房独占一殿，允贤就此在宫内安下身来，并且可以跟着其师父刘平安潜心学习医术。
钱皇后召见允贤，说允贤现在是宫中的红人，叮嘱她对后宫嫔妃多加提防，不要轻易为后宫嫔妃诊病以免滋生事端。允贤则因宫中流传她与皇上关系亲近的传言，对皇后立下重誓，说自己对皇上绝无半点不该有的心思，且杭家曾受过钱皇后父亲的恩惠，在宫中皇后又对她多有照顾，自己无论是因为过去还是现在都对皇后心存感激。二人互相敞开心扉，就此以姐妹相称。
小马子偷偷告诉祁钰，他听到吴太妃与程十三说话中气十足，不像是有病在身的样子，祁钰这才对允贤当日说母亲装病的事有所醒悟，祁钰继而向刘平安询问究竟，刘平安暗示太妃当日确实身体无恙，祁钰这才彻底明白过来自己委屈了允贤。
波罗洲的渤泥国王携王妃来朝，但刚住进会同馆就因水土不服双双病倒，腹泻不止，太后命允贤三日之内治好王妃的病，否则就对允贤罢官免职且杖责一百，程村霞为了打压允贤，自动请命医治国王与允贤比试。渤泥王妃宁死也不愿服用外族的药，允贤于是从礼拜寺买来酸酪浆给王妃吃下，王妃吃了这酸酪浆腹泻竟真的就好了。程十三原是要布下这个局整允贤，借机将允贤赶出太医院，可允贤竟成功用一碗酸酪浆先于程村霞医治好了王妃，程十三当场被气得脸都绿了。
第21集剧情介绍：“女神医”成宫中大红人
程村霞因与允贤比试输给了允贤，心里极度不平衡。祁钰知道自己错怪了允贤，来向允贤道歉，二人抛开嫌隙，重归于好，皇上来找允贤欲给她赢过程村霞之事道喜，却正好撞见了二人含情脉脉的一幕，转身回宫。
权丽妃派人来请允贤去她宫中“说说话”，丁香则告诉允贤，皇上登基十多年既无皇子也无公主，平日后宫嫔妃都拿太医院开的助孕药当水一样喝，眼下宫内来了允贤这样一位“女神医”，众嫔妃都想让允贤帮助她们早日怀上龙子。允贤去到权丽妃宫中，见小宫女被罚跪，问权丽妃何故，权丽妃说是因为宫女毛手毛脚打湿了她的飞云丹，得知权丽妃近来都用飞云丹美容，允贤用实验演示了飞云丹的毒性，权丽妃看了大惊失色并请允贤为她诊脉，允贤告知权丽妃其身体并无大碍，还给她另外开了美容养颜的方子，权丽妃甚为欢喜且对允贤信赖有加，允贤因此事更加成了后宫的红人。一太医就允贤奉命掌管御药房却大肆给后宫嫔妃诊病抢了太医院的“生意”向程十三告状，程村霞听到此事，竟提议上书参奏允贤，其师父刘平安听到他如此言论，斥责他毫无同门情谊之余，还劝他试着与允贤好好相处。
吴太妃提议将允贤纳为祁钰的侧妃，太后因允贤治好渤泥王妃的事对允贤颇为赏识，亦点头同意。太后将欲让允贤做祁钰侧妃的事告诉汪美麟，汪美麟因此同太后吵闹，回到家更是哭闹不止，其父汪国公发觉太后已经不会再帮他们，决定另寻他法——抓住允贤与皇上关系密切之事来做文章。
允贤给皇后做午膳，皇后请允贤劝皇上不要过分亲信王振倚重东厂，并同允贤说起皇上与太后之间的“杀母”仇怨，将自己对此事的疑虑说出——皇上的生母据说不识字后来却凭空被王振找出一封其留下的血书；且皇上的生母死时，皇上已经为孙贵妃即当今太后代为抚养一年多，太后若真想毒死她又为何等了这一年多才下手呢？说罢，允贤发现皇后平日胃口很小，立即给皇后把脉，诊断出皇后是因为脾虚而导致气血不足，故而难以怀胎，于是给皇后换了药方，还给皇后做了“暖宫汤”，好让皇后调理好身子早日怀上龙嗣。
允贤得知宫中的宫女太监生病后都无处就医，于是在长寿殿开门看诊，一时之间御药房门庭若市。小马子来替祁钰送信，听到前来看病的小太监背后议论允贤并想占允贤便宜，将此事告知祁钰，祁钰听后又急又气，但知道允贤现下正在开门看诊的热头上，只是暗中护允贤清白。
皇上来找允贤，说起二人相约每年一起看烟花之事，一时放松，将双手搭在了允贤的肩上，这一幕却不巧被祁钰看到。
第22集剧情介绍：允贤被赐毒酒险丧命
祁钰见到允贤与皇上深夜独处，黯然神伤，并向他宫中的锦衣卫朋友探听了此事，得知皇上的确对允贤有眷恋之心。汪国公暗中设计离间皇上与郕王，却意外打听到允贤建议皇上扩建御药房，好为宫内的宫女太监开诊布药的消息。朝堂上，皇上向众臣提及此事，众多老臣一听皇上要改革祖制，纷纷表示反对，继而扯出允贤掌管御药房却越职为宫人们诊病的事，大肆参奏允贤，还将允贤说成不堪之人。皇上听臣子们如此侮辱允贤，且不把他的话放在眼里，大怒，与朝臣们大起争执，还下令将反对的臣子都拉出去杖责五十。太后闻讯赶到，制止皇上责罚朝臣，并宣布扩建御药房之事就此打住，还让朝臣们就此退朝，皇上让朝臣们回来，却根本无人理会。
祁钰听说了朝臣们在朝堂上对允贤群起而攻之的事情，急忙去找允贤，劝允贤辞官出宫，允贤因家族旧案未翻，皇后又还未怀上龙子，遂不愿辞官。不料祁钰竟对允贤说出“花蕊夫人”的典故——宋太宗与宋太祖共争一女，以此暗示如今皇上与他争允贤，见祁钰如此怀疑自己，允贤伤心不已，让祁钰离开御药房。祁钰前脚刚走，太后就派人传召允贤。因皇上为了允贤不惜与群臣大起争执，太后竟欲用毒酒将允贤赐死，皇后赶来为允贤求情，却被太后推到在地，磕破了头，允贤赶紧上前为皇后把脉，竟发现皇后或有喜，皇后以允贤为她调理身子有功且龙胎安全有赖允贤保障为由，请求太后一定要饶过允贤。程十三与刘平安同时前来为皇后诊脉，程十三谄媚，只贺皇上有了龙嗣之喜，刘平安则如实道出，皇后因为受了惊吓需要好好保养，否则将有滑胎的危险。皇上问宫女皇后怎么会受到惊吓，这才知道太后欲杀允贤之事，于是皇上也撂下话威胁太后——如果允贤有事，他亦不会放过太后的外甥女安和郡主。
汪国公在太后面前再进谗言，鼓动太后除去皇上，太后想到皇上对她的威胁，亦觉得等皇后产下龙子皇上也将可有可无。王振挑唆皇上，说允贤此次之所以差点丢掉性命，全是因为汪国公汪英在背后使坏，鼓动皇上派人暗杀汪国公。皇上将欲除去汪国公之事告知皇后，皇后却大力劝谏，皇上一时气愤，失手将皇后攘倒在地，皇后又一次险些有滑胎之忧。皇后仔细向皇上说明不可杀掉汪国公的原因，皇上遂答应皇后收回成命，王振则不得已叫曹吉祥撤回东厂杀手。
第23集剧情介绍：祈镇向允贤表明心迹
允贤险些被太后以毒酒赐死，想杀死汪国公泄愤又不成，皇上因此满腔愤懑。允贤劝皇上一定要谨慎行事，步步为营，切勿再随心所欲滥杀臣子。皇上叫允贤不要同他说这些大道理，并说自己是皇帝，想做什么就做什么，包括得到允贤。激动之下，皇上一把抱过允贤，问允贤是否早就知道自己喜欢她，还问允贤是否也对他动过一点男女之情，允贤想到自己曾对皇后立下的重誓，且与祁钰早已立下婚约，坚定地说没有。皇上冷静下来，说自己以后会尽力把允贤当做妹妹，不会再心存执念。
允贤与父亲及奶奶重逢，其义父于东洋也被皇上重新召回京中做官。允贤将祁钰欲马上带她回郕州的事说给父亲和奶奶听，奶奶说眼下祁钰还未正式迎娶允贤，允贤就这样跟着祁钰回郕州实在不妥，杭父则说如今朝局动荡，太后欲重新执政，皇上对杭家有大恩，允贤也应当留在京中为皇上尽绵薄之力。允贤与祁钰商量此事，祁钰亦不忍心在皇兄腹背受敌的时候，弃皇兄而去，于是同意与允贤共留京中。
太后觉得只有皇后腹中一个龙嗣，废掉皇上另立新君的事还没有十分的把握，于是与程十三商量出“王子换太子”的计谋，打算将藩王家的孩子安在皇上的两位妃子身上。
允贤整理出药膳笔记呈给皇上，希望皇上能为百姓修医术，由此也算皇上功德一件。皇上要将医书署允贤之名，允贤知道经过上次她提议扩建御药房之事，朝臣都对她甚为反感，觉得此举不妥，不愿署名。于是，皇上想出从他与允贤的名字中各取一字的法子，署名郑贤，意为郑齐与允贤。
允贤将整理好的药膳笔记送给其师父刘平安批阅，刘平安提议将此笔记也拿给允贤的师兄村霞批注，允贤同意，觉得越多人看越好。村霞看着允贤送来的药膳笔记，正感叹师妹确实有真才是干，其叔父程十三却来找他共同谋划“王子换太子”的计谋，村霞以混淆王室血统是杀头之罪为由拒绝了叔父的要求。程十三看到村霞手上的药膳手稿，问是什么，村霞害怕叔父知道自己帮允贤批注药稿，只说是一个开医馆的朋友送来给他过过眼的东西。
晚上，程十三再来找村霞，小厮回报称村霞去出诊了，程十三看到村霞桌上的药膳手稿，感叹这真是一个大好机会！次日，程十三找来太医院多位太医，让太医们帮他重新抄写允贤的药膳手稿，并且叮嘱他们尽量多做修改。
第24集剧情介绍：旧案重翻 谭家沉冤得雪
祁钰受命前往大同与瓦剌人交涉，允贤给祁钰送别，叮嘱他一定要小心保护自己，祁钰则说自己一定会平安回来早日迎娶允贤，二人依依惜别。转眼离祁钰出使大同已经过去两月，钱皇后的肚子也眼见着大了起来。允贤去给义母贺寿，见义母最近热衷于食用“药膳”，对此感兴趣起来，于夫人于是拿出现在京中广为流传的据说是由太医院程院判编纂的药书给允贤过目，允贤惊讶地发现此书竟是程十三抄袭于她的药稿。允贤气冲冲地拿着程十三的新书去质问他——身为太医院的前辈为何要抄袭她的药稿，程十三这才明白过来原来那摞手稿来自允贤。但为了保住自己的颜面，他仍矢口否认，允贤于是举出程十三书中的“七神归元汤”的主料及配料都与她谭家祖传秘方中的“七神归元丸”一模一样。见程十三毫无悔意，允贤打算进宫去向皇上告状，村霞为了袒护叔叔，请求允贤不要去告发程十三，允贤碍于同门情谊答应暂且不去揭发此事。程十三在村霞面前假意悔改，转背却去向太后揭穿了允贤是当年太医院谭复孙女之事，太后知情后打算杀掉允贤。程十三知道就这样处决允贤势必会遭到皇上的阻挠，于是又生出毒计——让刘妃假装晕倒，继而让其请允贤为她诊脉，后又安排刘妃小产，并将此罪名推到允贤身上。
太后以允贤“残害龙嗣”为由要将其赐死，皇上坚决阻挠。允贤则镇定自辩，称刘妃的确小产无疑，但早上让她诊脉之人却并非刘妃，因那人为罕有的奇飞脉，允贤早上诊脉时就已发现并将此事告知了其师父刘平安记录在册，而眼前刘妃并非有奇飞脉之人。允贤字字铿锵，刘妃亦主动招认自己系受太后指使陷害允贤。真相已经昭然于心，太后知道自己的计谋被拆穿，强行将程十三带出了刘妃寝殿，并打发其他自行逃命。
村霞因叔父抄袭了允贤的药稿之事向允贤赔罪，并请求允贤看在其叔父经营太医院多年没有功劳也有苦劳的份上原谅叔父，还说叔父上次为了医治瘟疫，甚至不小心烫掉了自己虎口上的胎记。允贤得知程十三虎口上有胎记，记起当年陷害谭家害死爷爷和哥哥的J人。皇上帮允贤在太后面前重翻旧案，指出太后的心腹程十三才是当年害她小产的真凶。太后盛怒之下说要杀了程十三，内监曹吉祥听闻立即将其一刀刺死。旧事重提，太后急怒攻心，中风病倒。曹吉祥秘密将程十三带回东厂，原来他那一刀并未刺中程十三的要害，而他之所以将程十三带回来，则是想获悉更多关于太后的秘密。
皇上命允贤编发的《太平药膳方》也已编印完成，百姓得到免费派发的药书，都对皇上的仁政赞不绝口。
第25集剧情介绍：太后东山再起
太后中风后，朝政大权彻底回到皇上手中，皇上志得意满，朝政也颇为顺遂。汪国公见太后中风，导致自己在朝中失势，而太医院对太后生病之事也并不尽心，于是让女儿汪美麟进宫照顾太后，并将郕王视为他们的最后一根稻草。汪美麟在祁钰面前假装伤了脚，祁钰是谦谦君子，见她不能走路又没有备轿，于是将她抱起。祁钰抱着汪美麟没走几步，就不巧撞见了皇后同允贤，允贤见此情景，心生醋意，一句话也没说就赌气走了，祁钰赶忙追上去向允贤解释。祁钰向允贤说及他们二人的婚事，并问允贤愿不愿意做他的亲王妃，允贤羞涩点头，祁钰高兴地一把抱起允贤转起圈来。在汪美麟的“仁孝”之法刺激下，祁钰叫去御医给太后认真看病，又送去不少人参补药，太后的身体也逐渐康复。
大明欲与瓦剌互市，瓦剌使团进京。使臣也先及伯颜帖木儿朝见英宗皇帝，却不行跪拜之礼，皇上问其何故，太师也先辩称“只有奴隶才跪主人”，双方正僵持不下，太后却在此时粉墨登场，质问也先，为何大明先皇在时，其父亲脱欢做得大明的奴臣，如今他却做不得大明的奴臣。也先迫于太后的威严，又心知大明皇上与太后不和，主动向太后行跪拜之礼，并呼太后千岁，朝臣亦随即附和。
瓦剌人在京中寻衅滋事，皇上不得已下令抓捕。也先借机返回，不久就起兵攻打大明。皇上主张和瓦剌人互市，本就一直为朝臣所诟病，这次瓦剌悍然发兵，很多人更是将此事算到了皇上头上，认为是皇上故意不给银两侮辱使臣所致。皇上在朝堂上主张发动大兵灭了瓦剌王庭，太后却在此时搬出先皇遗诏制止皇上。皇上一气之下，竟说出自己不是太后所亲生，还说太后不仅害死了他的生母，现在又企图逼宫篡位。朝臣们由此认为皇上依旧荒唐无行，并纷纷拥戴太后重新垂帘听政，皇上因此十分颓废，将自己锁在寝殿中，不见任何人，郕王和皇后在门外劝解无果，皇后不得不找来允贤。
第26集剧情介绍：阴谋陷害 杭家再获牢狱之灾
钱皇后找来允贤，允贤让皇后继续假装腹痛，并且更加大声地叫喊来显示自己的痛苦，以此将皇上从寝殿里逼出来。允贤则在一旁言语刺激皇上，借皇后腹中未出世的小皇子之口指责皇上胆小懦弱，且对皇后的痛苦置之不理实在狠心。皇上在允贤的激将法刺激下，走出寝殿，并告诉众人他以后不会再害怕懦弱，会努力跟孙太后斗下去。皇上正打算下旨为祁钰和允贤赐婚，太后却又出面阻挠，皇上十分恼火，怒斥太后“别得寸进尺”。
杭纲受遣去北疆与瓦剌人交战，不久，京中竟开始流传杭纲在前线通敌叛国，导致大明军队连吃败仗的谣言，太后因此下令将杭家所有人都打入天牢。允贤当时身在太医院，丁香奉皇后之命，替允贤收拾了包袱要带允贤避难，不料二人还没走出太医院，就被前来搜捕的士兵抓住。允贤身披重枷，祁钰赶来搭救却又无计可施，允贤留下话，让祁钰一定要查清父亲被指前线通敌之事。
祁钰心知岳父被指通敌叛国之事根本就是子虚乌有，可无奈祁钰四处奔波想为岳父伸冤却无果，走投无路之际，祁钰不得不去求如今仰仗着太后势力在朝堂上呼风唤雨的汪国公，汪国公听了祁钰的请求却虚与委蛇，故意推脱。
王振劝皇上御驾亲征以名正言顺地从太后手中拿回军事大权。见皇上有所疑虑，王振以东厂杀了程十三为允贤报了家仇为由，让身在狱中的允贤去劝皇上御驾亲征。允贤知道此为国事，关系重大，刚直拒绝。王振因此气愤不已，下令只给允贤馊饭吃，馊水喝，施加重刑。
太后急欲处决允贤，祁钰正要去营救，吴太妃却劝祁钰谨慎忍耐，并说只要祁钰娶了安和郡主，汪国公得以嫁女，怨气消了，自然会在太后面前进言放了允贤。于是，为了救允贤，祁钰不得已去向汪国公提亲，说愿迎娶其女汪美麟。汪国公亦答应，只要郕王娶了他的女儿，他便即刻动身去往前线调查杭纲被指通敌叛国之事。太后得知汪美麟的婚事已经定了下来，心知他们的诡计得逞，便松口将允贤交给皇上自由处置。
第27集剧情介绍：痛失恋人 允贤“寻短见”
允贤终于摆脱了牢狱之灾，祁钰将其与奶奶安顿在一处住所里，并叮嘱允贤，眼下时局动荡，让她与奶奶不要轻易外出走动，更不要相信任何流言蜚语。祁镇得知祁钰要娶汪美麟的事，怒气冲冲地去找祁钰，见了祁钰就不由分说地给了他一个耳光，并质问他允贤究竟哪里不好，他为何要弃允贤而娶汪美麟。祁钰向祁镇解释了其中缘由，祁镇这才明白了祁钰的情非得以和无可奈何。事已至此，二人只有达成共识——将此事尽量瞒着允贤，允贤晚一天知道也就能少一天伤心。
可世上没有不透风的墙，允贤还是知晓了自己的未婚夫朱祁钰即将与安和郡主汪美麟大婚的事，看着祁钰与汪美麟风光筹备婚礼的景象，允贤伤心不已，自问祁钰为什么要骗她。丁香叫来小马子询问究竟，小马子道出祁钰是为了救允贤才不得已与汪美麟成婚的真相，允贤虽悲伤不已却又不忍怨恨祁钰。二人一路走来，历经坎坷，何其不易，如今却还是有情人难成眷属，或许他们二人之间的确是少了一些缘分。
允贤来到清河桥故地重游，对丁香感慨道：祁钰当初就是在这里对她许下“执子之手，与子偕老”的承诺。感怀伤心之下，允贤竟产生了错觉，在水里看见了祁钰的影子，并纵身扑向了水中。允贤失足落水，丁香大声呼救，正巧被路过的祁镇听见，祁镇跳下水去，将允贤救起，并将允贤以皇后表妹的名义安顿宫中。
汪美麟与祁钰新婚之夜，祁钰听说允贤“寻短见”的消息，心里更加放不下允贤。祁钰对汪美麟提出要接允贤进府，并要封她为平妃，问汪美麟有没有意见，汪美麟虽在心里咬牙切齿，但为了得到夫君的敬重和怜爱，却在嘴上假装大度，说自己没有意见，愿意让允贤进府。祁钰因允贤落水之事心绪不宁，新婚之夜留汪美麟独守空房。
皇上在王振的挑唆下意欲御驾亲征，众朝臣均竭力反对，并说眼下派精锐大将率大军去前线增援才是正理。太后欲封一名大将军去往前线作战，群臣中却无一人应答。
汪美麟对祁钰心中始终放不下允贤之事耿耿于怀，来太医院找允贤麻烦，并企图加害于允贤。
第28集剧情介绍：英宗御驾亲征
汪国公汪瑛为了陷害将军杭纲，竟然暗通瓦剌，害得大明将士惨死，皇上收到密信后，打算处决汪瑛，王振则建议皇上在朝臣面前名正言顺地处理汪瑛，并趁机扳倒太后。
瓦剌军夜袭太原城大获全胜，并杀了消极抵抗的守城将领。当官的徇私，当兵的卖国，明朝上下确系腐败透底。对比之下，在战场上浴血奋战，精忠报国的杭纲将军倒是颇受瓦剌太师也先欣赏。
英宗在朝堂上打算处理汪瑛，太后却一昧护短，汪瑛巧言狡辩，引得朝堂上一片哗然。太原失守，局势越来越严峻，英宗决意御驾亲征，群臣阻挠，太后亦指责皇上胡闹，可英宗此番却是相当决绝，力压太后异议，逼太后交出兵符。出征在即，皇后担心皇上安危意欲挽留，英宗却以已经为皇后做好一切安全保障为由安抚皇后。英宗出征，允贤却没有来为皇上送行，皇后疑心允贤恐怕是出事了，赶紧叫丁香去看看情况。英宗率大军去往前线，交代祁钰监国，将整个北京城都交到了祁钰手里。
允贤在汪美麟的再三逼迫下为了保护家人想要自杀，丁香及时赶到制止，皇后送走皇上后亦立刻赶来开导允贤。为了让汪美麟转移视线，皇后对外宣称允贤意外身亡，暗中安排允贤假死，然后将允贤送出宫追上出征队伍，充当军医。祁钰得知允贤亡故，再次犯病，吐血卧床。
英宗在军营中见到允贤，喜不自胜。允贤向皇上汇报军中药品不足，皇上于是派王振返回京城采买药材，王振本就是J诈小人，唯利是图，这次也要在军需品上“发财”，打算以次充好。
第29集剧情介绍：土木堡之役 英宗战败被俘
英宗在瓦剌人的挑衅下亲上战场，带领将士英勇杀敌，瓦剌部队很快就撤退了，王者之师旗开得胜，士气大振，英宗志得意满。然而允贤和将领们却觉得此仗赢得蹊跷，提醒英宗小心瓦剌人的阴谋。但此时还沉浸在胜利的喜悦中的英宗却不以为然，而王振则借机拍皇上马屁，皇上一高兴竟给他封了个爵位。皇上再上战场，轻易解了大同之围，不料这竟是瓦剌军的调虎离山之计，瓦剌人这是要弃大同城转而直捣大明皇城北京。樊忠将军与王振为是就地休整还是乘胜追击到皇上面前评理，正争论间，军队的粮草被瓦剌人点燃，瓦剌人还留下军旗侮辱英宗。受此侮辱，皇上亲自率军追击瓦剌人，却遭到伏击负伤而回。
王振识破瓦剌人的调虎离山之计，提议英宗率军去蔚州阻截，而樊忠则熟悉瓦剌人的作风，知道瓦剌人从来只走大同和宣府两个地方，大明军如今正镇守大同，于是樊忠提议北上守住宣府。瓦剌人夜袭军营，大明将士伤亡惨重。为了就近休整，英宗采纳了王振的提议率军前往蔚州。途中，王振的侄子传来消息，蔚州运粮草的车已经为瓦剌人所劫，王振又提议折返宣府。因错误王振估计形势贻误军情，英宗削去了他的伯爵职位，留用查看。
瓦剌人再三前来骚扰，所剩无几的士兵也已经被折腾的筋疲力尽。允贤给士兵上药，却发现药丸里全是泥巴。王振收受药商贿赂采买假药之事败露，士兵们愤怒不已，要求皇上杀了王振。就在此时，也先亲自率军来犯，瓦剌军师程十三露出真容，王振鼓动英宗弃兵而逃，樊忠是铁血将士，听言怒杀王振，后在顽强抵抗中被敌军杀害。大势已去，败局已定，英宗悲愤不已，打算自刎，幸好被允贤及时阻止。也先对英宗邀战，英宗一时冲动追了出去，允贤见状尾随在后。也先将英宗打倒在地，并折了英宗的胳膊，对英宗拳打脚踢，更将脚踩在英宗的头上蹂躏。英宗被瓦剌人所俘，朝堂上人心惶惶。
第30集剧情介绍：祁钰登基称帝
土木堡之役，英宗战败被俘，心灰意冷，为了保留自己最后的气节，在瓦剌军营中绝食抗争。小顺子恳求英宗就算不为自己考虑，也要为杭司药和皇后考虑，吃点东西保存体力，坚强地活下去，不要让她们失望。也先知道汉人最讲忠孝，也怕现在就杀了他们的皇帝会遭到民兵的报复，甚至导致局势就此扭转，为此也很苦恼。程十三又来献计，说朱祁镇只不过是逞一时之气，提议再饿他两天。英宗不幸落入程十三手中，程十三封住了英宗的哑穴，灌英宗喝羊奶，对英宗百般折磨。英宗经过反思，决定勇敢求生，活下来等待重生。
英宗被俘的消息传回京城，朝堂上一片沸议。瓦剌人要求大明朝廷拿出五十万两银子去赎回英宗皇帝，可眼下大明战事消耗巨大，国计民生亦有赖户部支持，汪国公及臣子们都称不能将银子拿出去赎人。钱皇后见众臣对英宗如此薄情寡义，拿出了自己所有的私财及嫁妆，甚至摘下自己的耳环，取下了头上的凤钗，倾囊赎夫。可瓦剌人言而无信，趁火打劫，要了五十万两黄金，又狮子大开口，向明朝再要一百万两黄金赎回英宗。户部不肯掏钱，祁钰受英宗托监国，为了不辜负皇兄对自己的一片信任，意欲卖出自己的郕州封地去赎回皇兄。此时，太后走上朝堂，认为不可去交赎金，并提议推举郕王朱祁钰为新君。
国不可一日无君，祁钰拗不过众人，登基称帝，是为代宗，英宗则被尊为太上皇，钱皇后被尊为为太上皇后。很快代宗将母亲吴太妃接到了宫中，尊为太后，但只有名分，而无尊号，终是低孙太后一等。祁钰第一次享受到了当皇帝的威风，但他依然要求保持英宗在时的一切格局，虽为皇上，却执意住在偏宫里，不肯搬去乾清宫居住。
第31集剧情介绍：允贤成草原活观音
汪美麟当上了皇后，其身边的宫女竟嚣张跋扈到去坤宁宫逼宫，逼太上皇后（原钱皇后）搬出坤宁宫。遭到宫女如此欺凌，太上皇后气愤不已以致动了胎气，多亏太医刘平安及时赶到，掌掴闹事的宫女，并为太上皇后诊脉。太上皇后因动了胎气而早产，虽历经一番周折，但最终还是顺利产下太子。代宗得知他的皇后竟纵容手下如此作威作福，竟然跑到坤宁宫去逼宫，怒斥皇后，随后立即赶到坤宁宫探望皇嫂和新生的皇侄。太上皇后主动请愿搬出坤宁宫，去冷清的南宫居住，祁钰虽不愿委屈皇嫂，但考虑到小太子的安全还是答应了皇嫂的请求。为了表明自己的忠心，祁钰当着皇嫂及汪美麟的面立下重誓——如若他日皇兄回朝之时，自己贪恋权力不肯还政，就教他断子早死。汪美麟听到夫君立此毒誓，身子一颤。
允贤随着被俘士兵流放到草原，帮助牧民接生，赢得了草原上百姓的爱戴。在也先的宴会上，可汗听说本次大败明军是用了汉人谋臣，提出要见也先此次打仗用的的军师程十三。可汗不相信程十三的太医身份，让程十三当场凭面相指出各位大臣身上的疾病，程十三一一说中，于是也先提议让程十三也给大汗看看。程十三如实指出可汗有肾阳虚弱之症，可汗因此而恼羞成怒，要责罚程十三。也先为了庇护手下程十三和出言冒犯可汗的伯颜帖木儿，同可汗暴发冲突。气急败坏的伯颜帖木儿找到英宗出气，却打不过英宗，还被英宗的魄力所折服，后下令善待战俘。
程十三因在宴会上的表现被草原百姓奉为神医，草原百姓慕名而来向程十三求医，程十三嫌百姓们地位卑微，不予理会。而允贤则四处为牧民们行医治病，因此被草原百姓美誉为“活观音”。被俘的士兵们对英宗有所不满，允贤极力安抚他们的情绪，并说服他们继续追随拥戴英宗。也先的妹妹托不花被疯狗咬伤，性命垂危，程十三号称神医却对此束手无策，恼怒的也先下令将程十三拉出去鞭打，并叫人去草原上另请名医。
第32集剧情介绍：允贤治好脱不花 也先重逢”活观音“
也先的妹妹脱不花得了疯狗病，程十三医治无效后，也先让萨满法师去找药来给他妹妹治病。可萨满法师要找的药竟是头顶上有双旋的人的心肝。法师带人到大明的战俘中去找这样的人，找到后，双方却发生了激烈冲突。允贤为了控制住局面，主动说出自己是给大明皇帝治病的大夫，并说他们要找什么药可以让她去找。听说有人造反，也先带人赶来镇压，并下令杀光所以造反的人。允贤以自己能治脱不花的疯狗病作为要挟，让也先暂且放过众大明士兵。允贤按常法配了药给托不花喝下之后，脱不花好转了一瞬，又突然更加凶猛地发起病来。也先见妹妹再次被医治无效，下令砍了允贤。危急之下，允贤迫于无奈，想出偏方——以那条咬过脱不花的疯狗的脑髓混合一些鸡屎鸭粪之类的污秽之物，再次做出药给脱不花服下，并说托不花能否保住性命就看接下来的一个时辰了。一个时辰之后，脱不花忽然惊醒，竟奇迹般地恢复了神智。也先看到妹妹被救活，高兴不已，允贤和几百号被俘的大明士兵也算是就此保住了性命。
允贤因为劳累过度而晕倒，也先在下人的回报下，获悉了允贤的女儿身。也先叫下人打来水亲自给允贤擦干净了脸，竟惊喜地发现，眼前的汉人军医就是当初在永庆庵救过他这个假扮的“朝鲜商人”的“活观音”，于是，也先内心对允贤有了一丝特别的情绪。
也先提出要答谢允贤，可以应准她的一个要求，允贤让也先放了她的父亲杭纲，也先则告知允贤，其父亲早在上次大明朝廷交来赎金之时随一批战俘返回了北京。于是，允贤提出要见她们的皇上——英宗。允贤在也先的准许下与英宗相见，二人相互鼓励，互通消息，并立下同生共死的约定。也先要攻打北京，允贤警告他放弃此举，也先因此被允贤独特的气质所打动。也先要送允贤回北京和其父杭纲团聚，允贤却不肯，而执意要留下来为英宗调理身子，也先为了自己的野心，也不想让英宗的身体垮下去，于是允许允贤留下照顾英宗。瓦剌要进攻北京的消息传到朝廷，对于是否要迁都南京祁钰与众臣展开讨论。
第33集剧情介绍：脱不花情定英宗 也先情陷允贤
也先将英宗放出地牢，并准许允贤为其调理身体。允贤同英宗一起回到战俘营，联络并动员士兵一起找机会逃回北京。被俘的大明士兵们得知允贤的女子身份，对允贤十分抗拒，尽管他们都颇为感念允贤对他们的照顾救命之恩，还是都铁了心地要让英宗远离允贤。见此情形，英宗则放出狠话，说允贤是自己最信任的人，不接受允贤的人也不必跟在他身边。
程十三提醒也先远离英宗身边的神秘女人，允贤听出程十三的声音，跑出去与程十三当面对峙，二人都当面表达了对彼此的彻骨恨意。程十三在也先面前进谗言，说允贤对脱不花的治疗有问题，还诬陷允贤是东厂王振的人，也先虽也只是将信将疑，还是把允贤带离了脱不花身边。面对也先的怀疑，允贤毫不畏惧，并讽刺也先重用程十三这样卖国求荣的人根本就是鼠目寸光。脱不花在哥哥也先面前为允贤说话求情，还一不小心在自己的两位哥哥面前吐露出自己想嫁人的女儿心思，也先甚为欢喜，直问妹妹是看上了哪个小伙子。允贤回到战俘营，众士兵经过一番反省，决心接纳允贤这个“好姐妹”、“好大夫”。
脱不花在河边采花，遇见了英宗，英宗向脱不花打听允贤的消息，见到允贤送给脱不花的香袋睹物思人。见英宗喜欢，脱不花便将香袋送给了英宗，且脸上满是少女的娇羞。也先与可汗就是否发兵北京的事产生分歧，也先虽强行让可汗在出兵北京的诏书上盖了印，却还是为自己身上没有黄金血脉受可汗的压制而气恼不已。也先的手下禀报，请了大夫诊断出脱不花身体健康，证实允贤并未加害于她，并同时查清了程十三的真实底细。也先明白了允贤与程十三孰是孰非，去看望允贤。也先咳疾发作，允贤为他诊病开药，并劝他不要如此要强，什么事都一个人担着。也先回想起允贤在他面前的种种独特表现，心中荡起满满的柔情。
瓦剌可汗瞒着也先将英宗请到他的宴会之上，并让侍女假扮英宗任其羞辱，英宗淡定应对，在言语和气势上都占了上风。可汗让英宗给他下跪，英宗坚决不肯。但可汗让人带出被骗过来的允贤，并以允贤作为要挟，英宗只好服软。关键时刻，允贤以自己的性命作为威胁，说谁胆敢侮辱大明天子，她就以命告天神。
第34集剧情介绍：英宗受刺激吐血不止
阿噶多（瓦剌可汗）为了让英宗对自己下跪服软，将被他以脱不花的名义骗来营帐的允贤拉出来，并对允贤行非礼之举，英宗为了不让允贤受辱，准备服软。允贤视死如归，不准英宗下跪，还说谁要是胆敢侮辱她大明的天子，她就以自己的性命去告天神。允贤正要动手自刎，也先及时出现，拦下允贤，并当众宣布允贤是他的女人，谁要是敢对允贤不敬就是和他过不去。
也先把允贤带到自己身边，并为她新建一座翰儿朵，对她百般照顾。经过多番接触，也先已经十分钟情于允贤，甚至情难自禁想要强行占有允贤，但允贤亦早有准备，用药物涂抹了全身，让他不得近身。程十三在也先面前抹黑允贤，说允贤与英宗之间的关系早已不纯洁，也先听后，胸中燃起嫉妒的怒火。也先得知英宗被脱不花带去了允贤的营帐，一时生气就故意告诉了英宗明朝早已立郕王朱祁钰为新君，英宗受此刺激，气得口吐鲜血，并与也先厮打起来。英宗吐血不止，几乎快要不行了，允贤独力医治英宗，经过一夜的治疗，仍然回天乏术。在一旁守着的脱不花眼见英宗没了气息，不顾允贤的阻挠找来蒙医对英宗施救。他们将英宗塞到刚杀的牛肚子里，并同时跪在地上求上天保佑，没想到，这看似不着边际的古老“蒙古法子”竟真的救回了英宗性命。可是醒过来的英宗万分沮丧，颓废不已，不肯喝药，也不肯吃饭。
也先见英宗眼下性命难保，不知道什么时候就会断了气，担心到时候若是英宗死了他就没了“夺还帝位”送英宗回京的旗号，于是着急地下令立刻攻打北京。也先将英宗放在马车上，随着大军队伍向北京出发。瓦剌即将攻打京城的消息传到朝堂上，众臣与代宗就要不要迁都南京展开了讨论。英宗躺在马车上，还在闹着绝食，允贤一再激励他也不见效，直到英宗亲眼见到一个个无辜的大明子民被瓦剌士兵残忍杀害，才终于清醒了过来。
第35集剧情介绍：也先攻打京城失利
英宗亲见子民被屠戮，又听了允贤的一番劝导和激励，终于振作起来，开始想办法与也先周旋对抗，保护他大明子民。英宗找到视他为朋友的伯颜帖木儿，晓之以理，动之以情，说服了伯颜帖木儿停止屠杀手无寸铁的百姓。
代宗就要亲上战场，心中忐忑，思念起允贤来，感叹若是此时允贤在他身边该有多好，汪美麟从背后抱着代宗，代宗一时欣喜以为是允贤，回过头却发现是皇后汪美麟。汪美麟以情以诚打动代宗，代宗终于与她圆房，他们也算成为了真正的夫妻。
也先带领部队攻打京城，但守城将士士气高涨，又有厉害火器作武器，也先一时难以占得优势。也先将英宗作为人质推到城门下，程十三则在战场上挑拨英宗和代宗之间的矛盾，还诬赖代宗暗通北征大军，企图谋权篡位。英宗恢复体力，冲破束缚，手刃J人程十三，并呼吁大明将士不要受也先迷惑，务必听命于其弟代宗，顽强抵抗瓦剌进攻。代宗为了稳定军心，以先皇的名义起誓，自己对皇兄绝无二心，并号令众大明将士与瓦剌大军英勇对抗，救回皇兄。在英宗舍生忘死的号召下，代宗率大明将士英勇抗敌，也先眼见形势不利，提起刀要砍死英宗，不料天上突降惊雷，劈中了也先，也先身负重伤，性命垂危。伯颜帖木儿找到英宗与允贤，并请求允贤去救他大哥也先。允贤为了保住英宗，保住大明战俘，又出于医者仁心，决定去救也先。允贤不顾男女授受不亲，用牙咬住也先的舌头，也先醒了过来。
代宗去告知皇嫂，其皇兄还活着的事，但在战场上见到了允贤的代宗也向皇嫂说出了心中的疑问，丁香代太上皇后说明了当初还是安和郡主的汪美麟是如何威逼允贤，以致于允贤被迫假死的原委。
第36集剧情介绍：代宗决意废后遭阻挠
也先遭雷击，险些走入鬼门关，多亏允贤妙手回春将其救活。阿噶多得知也先遭受雷击以为他必死无疑，打算夺回权势，不过几个时辰，就杀了也先手下四员大将，但也先大难不死，又重新得势。
代宗在战场上见到朝思暮想的允贤，满腹疑问，要找人一问究竟。代宗到太上皇后处告知她英宗尚且活着且暂无性命之虞的消息，说完即刻向皇嫂询问为何允贤当初明明在他眼前死了现在又还活着，宫女丁香代太上皇后向代宗说明了当初还是安和郡主的汪美麟是如何威逼允贤以致于允贤被迫假死的来龙去脉，代宗知道真相后，愤怒不已，要杀了皇后为允贤泄愤，于东洋极力谏止，说自古就没有杀皇后的君主，且如今大明局势危重，此时杀了皇后更是有损国本，代宗这才不得已克制住了他的愤怒。代宗从睡梦中惊醒，梦见允贤被瓦剌人砍杀，满身是血的允贤口中还说着恨他的话，代宗再次起意要为允贤报仇，决意废了皇后。代宗正起草废后诏书，皇后汪美麟闯入殿中抗议，问代宗为何要不顾夫妻情分无故废她后位，代宗说出皇后当初的恶行，说是因为她要害他最爱的女人允贤。一时气急，代宗差点将皇后活活掐死，吴太后及时出面制止。随后，孙太后也过来阻挠代宗废后，大明朝向来就是孙太后做主，代宗这个临危受命的皇上也对她无可奈何，于是汪美麟的皇后之位算是保住了。
得知太上皇后和刘平安当初联手安排允贤假死，孙太后和汪美麟不好直接对付太上皇后，准备拿刘平安开刀，汪国公却向她们两人汇报说，刘平安昨日在战乱中已被瓦剌人的马车撞死了，连尸身都没有找到。
英宗被也先送到战俘营和被俘的大明士兵一起淘金沙，英宗在艰苦的劳动中磨砺心智，丝毫没有放弃带士兵们重回大明的希望，并激励士兵们也要保持希望。脱不花在河边向英宗表白，脱不花天真烂漫，心地善良，又屡次义无反顾地帮助英宗和允贤，英宗也对她颇有好感。但眼下英宗身为被俘之人，无心谈及儿女情长，也无法给脱不花像样的承诺，遂诸多推辞。
第37集剧情介绍：允贤与也先闹翻
也先不准允贤与英宗见面，英宗请脱不花帮忙让二人相见，脱不花巧妙安排二人相见，他们互通消息，并一起商议如何逃跑，允贤听见英宗叫了脱不花妹妹，又知道脱不花对英宗的心思，问英宗何意，英宗则说自己不能辜负了钱皇后对他的一片深情，其实他又何尝不是放不下自己对允贤的一片真情呢，谁又还能取代允贤在他心中的地位呢。也先借汉诗“贽白雁为礼”（下一句是“以求好合”）向允贤求婚，允贤却假装不明白其中的内涵，脱不花问允贤为何不答应她大哥的求婚，允贤说出自己的心声——她一直都还记着自己与祁钰的婚约，只可惜二人此生或无缘再见。因也先对允贤百般厚待，又有意娶她为妻，草原上开始流传起诸多关于允贤的流言蜚语，也先下令彻查此事。
代宗一心要救回皇兄和允贤，汪国公却极力劝止，一面说国库空虚无力支持征讨瓦剌，一面刺激代宗做皇帝是多么荣耀的事并劝他继续享受下去，还说若他日英宗复位他代宗必难逃篡位之说。
允贤险些遭到刺客暗杀，也先下令对允贤严加保护，并给牧民们分送粮草，牲畜，以此打击阿噶多及其党羽的气焰，让草原百姓知道他才是这片草原的主人。也先再次诚心向允贤表明心意，并直接向允贤求婚，还对允贤分析了嫁与不嫁他的利弊，可允贤还是拒绝了也先，并说自己敬他，怕他，却唯独不爱他。也先反复想允贤确认心意，允贤却说自己与也先之间有血海深仇，二人永远都不会是同路人，自己也绝不会卖主求荣嫁给仇敌，这一番话终于激怒了也先，也先将允贤送去淘金河和战俘们一起做苦力。这样一来，允贤虽不能再在也先身边接受优待，但英宗却为允贤能与自己朝夕相处而感到一丝庆幸。看到允贤做着苦力，英宗满眼心疼。
第38集剧情介绍：英宗率众逃亡
英宗带领众士兵节省口粮，屯下了一些粮食，士兵们也已经将刀剑磨好，只等合适时机逃出战俘营，回到北京。小马子向代宗回报允贤在瓦剌王庭安然无恙，吃得饱，穿得暖，代宗疑惑为何允贤身为战俘却可以衣食无忧，小马子在于东洋的提前授意下，骗代宗说也许是因为允贤医术高明所以得以谋生，代宗因此甚感欣慰。于东洋也是考虑到允贤的名节，才不得不让小马子隐瞒于代宗。皇后汪美麟给代宗送去用石斛做的药膳，代宗由此想到自己曾与允贤因一株铁皮石斛而相识，皇后向代宗解释自己没有害过允贤，并将一切罪责推到了其婢女碧草身上。说话间，皇后突然晕倒，代宗赶紧叫人传来太医，经太医院程村霞诊断，皇后已有了三个月的身孕，听到外甥女怀上了皇子，孙太后大喜，当即封陈村霞为太医院院判，还下令大赦天下。
太上钱皇后得知汪美麟怀上了皇子，担心自己和英宗的孩儿太子之位不保，又担心皇后和孙太后的人加害于她和太子，向于东洋大人哭诉。于东洋见太上皇后身子有些不利索了，问丁香这是怎么一回事，丁香告诉于大人，自从英宗被俘，太上皇后整日以泪洗面，又总是跪在观音菩萨面前祈祷，跪累了，就斜趴着，日子久了，眼睛就渐渐不行了，连一条腿也不便利了。
草原上大雪封门，英宗他们断了粮食，几个手下出去寻觅食物，却意外发现看守的士兵都不在了，英宗当机立断，决定趁机逃跑。大家冒雪前行，却遇到了狼群的围堵，英宗指挥大家奋力反抗，终于击退了狼群。允贤在心里庆幸，英宗如今再也不是那个浮躁冲动的皇帝，而将成为大明最伟大的勇士，最英明的帝王。
也先发现英宗、允贤及战俘们都逃跑了，又气又急，既气英宗逃跑，又为允贤可能在大雪里遇到危险而着急。英宗为了让士兵们成功逃脱，甘愿自己一个人留下应付也先派出的追兵，只有允贤一人不顾英宗的驱赶留了下来，士兵中也有一部分人去而又返，决意留下来与英宗共存亡。
第39集剧情介绍：允贤答应嫁给也先
英宗为了庇护众士兵逃亡，甘愿自己留下来束手就擒。小马子叫醒惊梦中的代宗，向他汇报了皇后娘娘小产的噩耗，代宗去看望皇后并对她进行了一番言语安慰，代宗走后，汪美麟向其父汪国公忏悔，是不是因为自己那日为了撇清与允贤被害一事的关系，不惜以自己腹中的小皇子发誓，才会导致小皇子还未出世便已夭折。
也先抓回英宗，非常愤怒，下令将英宗五马分尸，允贤被绑在树上不能动弹，脱不花向为了救英宗，谎称自己肚子里有了他的孩子，也先并不相信，还是一定要对英宗施行车裂之刑。最后，还是允贤的一番话打动了也先，也先这才放过了英宗。
允贤在也先面前一直哭着，也先为了安慰允贤说会答应她的一切要求，也先原本以为允贤会让他放英宗回北京，可允贤并没有提出这个要求，而只是让也先放了所有被俘的大明士兵，并暗示自己愿意嫁给也先，于是也先爽快地答应了允贤的要求，还为自己可以娶到允贤大为欢喜。脱不花质问允贤为何要为了保全英宗而不惜嫁给她大哥，还指责允贤对英宗有私情，允贤一番民族大义、朋友真情说得脱不花哑口无言，但脱不花仍说允贤看不清自己的心。
也先请萨满法师为他与允贤的结合赐福，可法师却以骗术迷惑众人当众指责允贤是妖女，劝也先不要娶她，否则瓦剌将遭大难。允贤曾随王道士学习岐黄之术，轻而易举地识破了萨满法师的骗术，允贤当众拆穿法师的骗术，众人这才赞同二人的结合。
也先的舅舅派人毒害允贤，多亏也先的手下及时发现并制止。但也先的手下也忍不住提醒他允贤是为了救英宗才答应嫁给他并非出于真心，也先却说自己早就对此心知肚明，可是甘心受骗，希望允贤最好能这样骗他一辈子，为了将允贤彻底留在身边，也先甚至打算放英宗回去，好让允贤断了念头。
第40集剧情介绍：英宗允贤成功逃出瓦剌
脱不花看不惯英宗为了允贤而意气消沉，对英宗说，允贤根本不会在意他，英宗情急之下，打了脱不花一个耳光。脱不花为英宗动手打了她去向也先告状，也先为了安抚脱不花，下令抽英宗二十鞭子，脱不花不肯，只是让也先下令将英宗关进山洞。帖木儿将英宗关进去之后，让英宗一切小心。也先得知允贤逃跑，气愤不已，去庙中请教喇嘛大师。大师告诉他，允贤就像是渴望自由的大雁，将她关在笼子里，只会让她毁灭，也先听后大为触动。从喇嘛庙回去后，也先带允贤骑马去看日出，并向允贤描述了他的政治理想，也先问允贤想要金丝雀还是大雁，允贤说要大雁，因为大雁总是知道自己该往哪飞。也先再一次向允贤确认心意，问允贤到底愿不愿意嫁给他，允贤说愿意，否则她也不会留在瓦剌，还说他们二人成亲之后，也先就是她的丈夫，她自然会敬他、爱他。
也先与允贤大婚，婚礼上，除了允贤，众人喝了酒之后都昏倒了，允贤趁乱逃走，但有一侍女一直跟着允贤，直到出现了一个蒙面人将侍女蒙昏。蒙面人带允贤去与英宗会合，还未摘下面巾允贤就识出她就是脱不花，其实允贤早已凭蒙面人身上香草汁的味道判断出她是脱不花，否则也不会贸然跟着她走。脱不花将通关令牌交给二人，助他们顺利通了关。脱不花回到营中，却发现大哥也先早已清醒过来，脱不花坦白是自己在大家喝的酒里加了曼陀罗花粉，得知允贤与英宗已经逃走，也先并不打算再将其追回，而是想放他们自由，并说自己已与允贤喝过交杯酒，已经心满意足。
英宗早前已派人送信给钱皇后，让皇后派人前来接应他们，可到了约定的接应点，却发现只有周强一人奄奄一息地在半路上等着他们，周强告诉英宗，汪国公派人阻挠他们接应英宗回京，且这一路上都将是要杀他的人，太后不想英宗回去，说完周强便断了气。
英宗和允贤在回京的路上遭遇大雪的恶劣天气，二人已是身无长物，既无果腹吃食，又无保暖衣物，允贤就快要在这天寒地冻里失去了意识，英宗再次向允贤深情告白，且从上一次的“我喜欢你”变成了“我爱你”，二人一起同生共死，之间的情谊早已超越一般的小儿女情长，况且英宗在心里从来就没放下过允贤，对允贤的感情如何会不加深？
第41集剧情介绍：英宗允贤屡遇贵人 死里逃生
允贤被大风雪冻得意识模糊了，眼前开始浮现与祁钰相识相知的一幕幕。冰天雪地里，英宗出去找人求救却没了音信。允贤被一个朝鲜商帮救了下来，允贤说自己的母亲是朝鲜人，并说和自己走散的人是她的丈夫，请求朝鲜商人们帮忙找到英宗，在众人的合力寻找下，允贤终于得以和英宗会和。朝鲜商人们见允贤如此熟练地给英宗治冻伤，又得知允贤是大夫，于是纷纷请允贤给他们瞧病。
孙太后指责代宗不顾兄弟情谊，想置英宗于死地，竟派人截杀英宗，代宗却称自己对此事并不知情，一切都是汪国公所为。太后又问代宗为何原本一向对汪国公不太感冒的他，如今却对汪国公言听计从，莫不是根本就不想他皇兄回来，害怕其皇兄夺了他的皇帝之位。代宗尽管否认了太后的指责，事实上如今的他已经开始为权力所谜惑心智。
允贤和英宗到了离京不远的地方，意外遇上了摆摊卖草药的刘平安，刘平安将二人接到自己的住处。原来，刘平安大难不死，但碍于皇后汪美麟的仇视难以再回太医院，自己又本是散淡之人，于是开始在民间摆摊卖药。英宗与允贤的行踪很快被一乡间大娘暴露，汪国公的人前来追剿，幸好静慈师太及时带人赶来，为他们解了围，允贤这才知道原来静慈师太的身份竟是前朝皇后。英宗让刘平安去送信给于东洋，于东洋很快带人赶来迎英宗回京。
第42集剧情介绍：英宗历难回京却被迫放弃皇位
英宗回京，受到京城百姓与官员夹道欢迎，祁钰得知英宗回宫，本欲叫人给他备马去迎接，思虑片刻，还是叫人给他备下了全副銮驾到城门口去见英宗，祁钰见了英宗，不唤皇上而只称皇兄，静慈师太质问祁钰是否还要鸠占鹊巢。正在尴尬紧张之时，钱皇后因太过激动昏了过去，英宗立马将钱皇后抱回南宫，在刘平安的一番救治之下钱皇后脱离了危险，但仍十分虚弱，英宗发现钱皇后因为常年为他流泪祈福，眼睛已经失明，腿脚也不灵便了，十分触动。宫女如香禀报英宗，钱皇后到城门口去迎接英宗之后，小太子就被吴太后的人抱走了，并留下话让英宗在皇位和皇子中间选其一。
祁钰随允贤到南宫看望钱皇后，英宗将祁钰拉到一边，质问他是否打算拿太子威胁于自己，祁钰坚定否认。静慈师太催促祁钰归还皇位，祁钰以英宗突然回宫，一切都没有准备就绪为由，避开话锋。就在这时，吴太后又突然派人来南宫给小太子送春衣，并让太监传话，如果不想小皇子的春衣变成寿衣，就赶紧让出皇位。静慈师太让祁钰说出一个具体的归位还政的日期，可英宗为了小太子的安危，却不得已拒绝重回皇位，表明自己愿意安居太上皇之位。
祁钰要接允贤进宫，允贤问祁钰自己能以什么名义进宫，让祁钰想清楚了再来找她。汪国公去告诉汪美麟祁钰保住了皇位之事，但也向她提起了允贤活着回来的事，汪美麟气愤不已。允贤继续留在南宫为钱皇后与英宗调理身体，允贤为自己在进宫前劝英宗相信祁钰以致于错失了皇位而内疚，英宗则叮嘱允贤不要记得更不要承认在瓦剌与也先曾有纠葛之事，允贤伤心愧疚，流下眼泪，英宗给她擦眼泪，这一亲昵举动却被前来南宫看望允贤的英宗看到。
第43集剧情介绍：祁钰允贤屡生争执 允贤重开御药房
祁钰见到英宗与允贤之间的亲昵之举，愤怒不已。现在的东厂头目曹吉祥趁机在祁钰面前进谗言，挑拨祁钰与英宗之间的关系，祁钰一气之下，下令撤走南宫里大部分的太监、宫女，并缩减南宫所有的奉例，让英宗太上皇的名头也名存实亡。祁钰以御轿将允贤接进宫中，安顿于万安宫，并早早接来允贤的奶奶与允贤重聚，允贤见到奶奶，既高兴又感动。而另一边的皇后汪美麟则将一切看在眼里，强压住心中的怒火，打算日后再对付允贤。
吴太后因接太子进内宫威胁太上皇之事，被孙太后叫去仁寿宫训斥，祁钰闻讯赶去为其母后解围，并以自己的皇上之位压制孙太后，孙太后则以自己有权管理后宫为由强硬责令吴太妃跪下。
汪美麟听说了仁寿宫之事，去向祁钰请罪，细数自己的父亲越俎代庖，致使自己的婆母下跪受辱的罪名。后又向祁钰出言献策，让祁钰先发制人，将接小太子进宫逼太上皇的罪名推到她的亲姨妈孙太后身上，祁钰虽讶异于汪美麟的狠绝，但还是被汪美麟的那套“夫为妻纲”的说法哄得颇为欢喜。
祁钰去看望允贤，让她尽快调理好身子，好早日风光地嫁进宫来，允贤却说自己还没有决定是否要嫁给他，祁钰问允贤是否还介怀于当初皇后设计加害于她之事，允贤承认，祁钰却说那些事并非皇后所为，还说自己与皇后只是名义夫妻，允贤则以祁钰早前因皇后怀孕而大赦天下之事，质问他与皇后究竟是怎样个有名无实法，祁钰以为是丁香将此事告诉了允贤，下令责罚丁香，允贤以出宫作为要挟阻止祁钰，祁钰竟说自己是皇帝，想罚谁就罚谁，还反问允贤出得去宫吗？说完，气急败坏的祁钰竟立马去了坤宁宫，宠幸于皇后。
允贤来到长寿宫，发现昔日兴盛的御药房如今已颓圮不堪，打算求祁钰让她重开御药房。走到她身后的祁钰听到她说的话，问她有何请求，允贤仔细向祁钰说了自己想重开御药房之事，祁钰虽怕允贤累着，但为了昨日之事能得到允贤的原谅，也为了让允贤心中舒坦、充实，便答应了下来，二人也总算重归于好。
允贤开始在宫女中进行选拔，欲将她们培养成和她一样可以治病救人的女医。
第44集剧情介绍：允贤获封贵妃却心中苦楚
祁钰择定九月初一良辰吉日迎娶允贤，要将允贤册封为妃，并说要请所有文武百官参加大婚仪式，允贤问祁钰，届时会否邀请太上皇一家。殊不知，祁钰自从上次见到英宗与允贤的亲昵举动后，一直对此耿耿于怀，这次又听到允贤提到太上皇一家，醋意大发，质问允贤真正想见的人是不是英宗，还说允贤在瓦剌曾与英宗不清不白地相处了几十天。允贤受祁钰如此怀疑与侮辱，气得转头就走，没想到还没走回寝宫，就吐血昏倒了。祁钰听说允贤吐血，心急如焚，赶去探望允贤，并对允贤说自己打算找准时机废了皇后汪美麟，继而立允贤为后，还说出了自己在皇后的吃食中加了东西以致于皇后无法怀上他的孩子的秘密。可是，这一切竟被站在窗外的汪美麟听的一清二楚，她既悲又气，接下来，她又会怎样对付允贤呢？
汪美麟故意在吴太后面前搬弄是非，说允贤在瓦剌有失清白，吴太妃因此派人去给允贤验身。允贤面对羞辱，宁死不从，被尖物划伤了脖颈。汪美麟为了在祁钰面前扮好人，一边假意让祁钰去救允贤，一边却又说着允贤在瓦剌与俘虏们住在一起的流言，暗示允贤有失清誉。
祁钰听了允贤的解释，虽相信允贤贞洁自守，但仍对允贤曾与一群男人们朝夕相处而颇为介怀，允贤于是自请出家为尼，祁钰却认为允贤这是在给他找麻烦，于是又起身离开万安宫，去往坤宁宫，投进汪美麟的温柔乡。
祁钰得知允贤夜里发高热，却并未前去看望允贤，而只是下旨将允贤册封为贵妃，将允贤的名分定下来，允贤心中千分凄苦，万分悲凉。
英宗发现南宫中的宫女们都陆续告病出宫，问是何故，又问其先前的妃子都去了哪里，丁香回报称，皇后当初为了赎回英宗，倾尽财力，如今南宫中早已无力供养闲人。
第45集剧情介绍：祁钰对允贤施暴
小马子向祁钰汇报说允贤昨夜又发高热，病情愈发严重了，祁钰本怀疑小马子这是在替允贤说话，但小马子一片诚心，向祁钰解释说自己只是不想他们有情人终成遗憾。祁钰来到万安宫，竟问程村霞允贤是真病还是假病，程村霞直言自己与允贤并不交好，没必要替她说话，并说允贤的病多半是心病，但其在瓦剌的旧病未愈，心病又难去，若是再发展下去，恐怕天命难永。祁钰这才知道事情的严重性，进到寝殿探望允贤，并特许允贤如若能下床走动了，就准她出宫省亲，探望奶奶。
孙太后为了自己遭到祁钰诬陷之事向祁钰兴师问罪，祁钰不知悔改顶撞孙太后，孙太后气急无奈，说要联合静慈师太逼祁钰退位，扶英宗之子太子见深即皇位，汪美麟见形势逆转，赶紧拉着祁钰向孙太后认错，孙太后念在祁钰是先皇之子，决定暂且不与他计较。汪美麟向姨妈孙太后进茶，可太后喝了茶就昏迷不醒。原来汪美麟自从上次婆母在姨妈面前受辱，每次去仁寿宫都会在孙太后的吃食里加入一种无色无味的酒，孙太后中过风，吃食中不能有酒，今天又在茶中加了马钱子，太后因此昏迷，状若中风。说完汪美麟又在祁钰面前装可怜，求自裁，祁钰见汪美麟为了自己不惜伤害亲姨母，对她越发信任与怜惜。
汪美麟又谎称孙太后恐怕有意加害于允贤，骗祁钰出宫去找允贤。允贤在宫外调养身体，英宗得知允贤出宫，想办法来看望允贤。允贤从英宗口中得知祁钰是谎称太子得了痘疹，借故“封”了南宫。英宗见允贤脖颈处受了伤，想看一眼允贤的伤口，可英宗刚刚将手伸到允贤颈边，来接允贤回宫的祁钰却正好看到了这一幕，厉声喝止二人，并当即指责允贤与别的男人偷情。英宗听到祁钰如此污言秽语侮辱允贤，扇了祁钰耳光，祁钰以皇帝的身份自恃，呵斥英宗，二人随后动起手来，允贤将二人拉开。允贤质问祁钰如此刻薄地对待自己的大哥，难道还配当一个皇帝吗？祁钰听后更加愤怒，说即便他们都认为自己不配当皇帝，可他如今就是皇帝，并让人捉住英宗，回给他一个耳光后，命人将他押回南宫，将南宫封锁起来，无他命令永世不得解封。
祁钰将允贤带回宫后，积累多日的嫉妒与愤怒将他激得失去了理智，他竟然以侮辱允贤的方式检验允贤是否清白。祁钰知道自己犯了错，向允贤道歉，允贤提出让祁钰放了南宫的太上皇，祁钰因此再度心理失衡，拂帐而去，允贤心碎不已。
第46集剧情介绍：允贤暗中接济上皇 救治太后
允贤因太上皇的事一直与祁钰置气，不愿见他，但听宫女绿香说祁钰经常悄悄来看她又怕她生气而不通传，允贤听到此话心渐渐软了下来。祁钰再次来看允贤，允贤说夜里露重，让祁钰进来，二人这才第一次真正地共度良宵，可允贤却并非完全心甘情愿，反而对祁钰不乏应付之心。允贤借见父亲杭纲之机，与父亲及奶奶商议如何帮助太上皇一家，杭纲说如今太上皇根本难以得到臣子们的帮助，奶奶则说太上皇后甚至要靠自己做绣活给小太子换羊奶喝。允贤拿出贵重的人参养荣丸及御赐珍珠，让父亲和奶奶拿去周济“南宫”。为了掩人耳目，允贤让绿香托其曾跟随太上皇一起被俘瓦剌的表哥找到李三，他们都是“淘金河边”呆过的人，对太上皇忠心耿耿，定会想方设法帮她运东西去南宫。
孙太后病重垂危，其手下的宫女玉香来找允贤求救，允贤不计前嫌尽力为太后治病，也因此得知了祁钰和汪美麟的所作所为——汪国公曾派人刺杀太上皇，祁钰却将此事嫁祸孙太后；孙太后的“病”也与祁钰汪美麟等人脱不了干系。得知祁钰如此卑劣行径，允贤终于对祁钰失望透顶，但亦无可奈何，只能尽力医治太后。程村霞见太后病情逐渐好转，并未声张，只是独自前往仁寿宫一探究竟，得知是允贤在给太后治病。允贤解开了师兄与师父刘平安之间的误会，程村霞打开心结后，答应与允贤一同医治太后。二人还商议出如何将太后送出宫去，与静慈师太联手逼祁钰还政于上皇。
朝臣向祁钰参奏允贤扩建御药房，于后宫中培养医女之事，祁钰因此感到颜面受损，下朝后召来允贤，责令她裁停御药房，允贤以死相逼，祁钰只好将此事作罢。汪美麟得知此事，授意汪国公再多找些言官将允贤后宫干政的事弄得天下皆知。朝堂上再次因此事而生沸议，允贤走上朝堂，据理力争，反问群臣，为何她当初为女官时为孙太后及渤泥王妃治好恶疾就是于国有功，而如今她兴建女医制度就被说得如此不堪，并说，如果百官一定要逼她裁撤女医，她只好以死相告。就在此时，于东洋传来太上皇旨意，言明如今的女医制度本是上皇当年授意女医杭氏所建。
第47集剧情介绍：“黑死病”肆虐京城 上皇赢得民心
祁钰心里清楚上皇是有意庇护允贤才临时拟旨命于东洋于朝堂之上宣读，于是更加对允贤心生厌恶，将她禁足于万安宫。
南京水灾之后，发生瘟疫，疫情传入北京。京中疫情险急，祁钰在太监曹吉祥的挑唆下，想趁局势混乱借东厂之手除去为孙太后所用的五城兵马司白晋，没想到，被逼急的白晋不仅将京城大部分兵马带出了城，还将城门反锁，京中因疫症而死的尸体无法运出城门埋葬，疫情更加难以控制，城内哀鸿遍地，连内宫都能听到百姓哭丧的声音。
汪美麟提议祁钰及太后一干人等去内宫里太液池中的小岛上避难，于东洋劝祁钰身为国主此时应坐镇乾清宫，可祁钰却借故推脱。祁钰本欲去万安宫接允贤一同前往，可汪美麟催促他先走，并说她会派人去接允贤。允贤带着宫女绿香坐在汪美麟安排的前往小岛的船上，船行至水中央，船上的小太监竟欲将船凿沉，允贤虽以木板将太监打昏，但船已经进了水，摇摇欲坠，允贤和绿香也因此落水，险些溺水而亡，幸好被御药房的两名医女发现，以麻绳将她们救起。
允贤带同御药房的医女们出宫同太医院及惠民药局的人一起医治瘟疫，允贤发现这种瘟疫的症状很像瓦剌蒙医和她说过的黑死病，记起蒙医都是用大黄汤医治这种疫症，便打算采用此法治疗瘟疫，太医们起初质疑，但院判程村霞却同意并采纳了允贤的建议。允贤见一老伯喉咙被痰卡住咳喘不止，竟欲用嘴去给老伯吸痰，就在这时，突然出现的上皇拉开允贤，用手指给老伯抠痰。原来，京城发生瘟疫之后，看守南宫的太监们都逃散了，上皇得以出了南宫，一来查看京城瘟疫，二来也希望能在医治瘟疫的医者中见到允贤。
上皇与允贤在城中为了治疗瘟疫而奔忙劳碌，甚得民心，上皇被百姓及臣子们视作这次救治瘟疫的主心骨，允贤则因其妙手仁心被百姓奉为观音下凡。在太医院的男大夫和御药房的医女们的共同治疗下，京城的疫情已经得到有效控制，允贤一时兴起，提出要带领众医女与师兄掌管下的太医院进行比试，看哪边治好的病人多。
允贤突发不适，疑似染上疫症，上皇担心，用手去摸允贤的额头看她有无发热之症，祁钰得知疫情缓解出宫查看，见上皇对允贤做出亲密之举，立即将其拉开。祁钰命程村霞给允贤诊脉，程村霞诊断出允贤并未感染疫症，而有了身孕，祁钰连同百姓都十分高兴。
第48集剧情介绍：上皇与也先大同会盟
允贤怀孕，祁钰为了孩子的事惊喜非常，话及允贤这次差点遇难的事，他许诺彻查，包括皇后本人。汪美麟得知允贤有了身孕嫉妒得发狂，汪国公劝她冷静，假以时日再下杀手。他们还将允贤落水的事全部推到仁寿宫的小太监身上，并嫁祸孙太后。小马子正要将曹吉祥呈上的密信念给祁钰听，可皇后却在这时赶到，并义正辞严地让小马子当着她的面念信，谁知，这信早就被汪美麟动过手脚，信上直指孙太后才是凶手。但经过汪美麟对孙太后下毒之事后，祁钰其实早就对她不复信任。
也先当上了瓦剌可汗，得知北京爆发瘟疫，欲带领三千使臣来京城打探情况，并意欲与大明会盟。群臣奏请祁钰亲自前去大同与瓦剌会盟，祁钰应允。可汪美麟和吴太后却极力阻止，汪美麟以允贤才怀有身孕几个月需要祁钰呵护为由硬生生地留住了他，而祁钰本也不是英勇无匹之人。与瓦剌会盟之事于朝堂上再议，祁钰却谎称自己跌伤了腿，可群臣却认为他身为国主无论如何也要亲自前往，以免瓦剌再向大明发难，局面僵持之时，上皇走上朝堂，自荐前往会盟。允贤因祁钰推却会盟之事刻意回避他，祁钰因此心情低落，更感慨自己的确不如皇兄，甚至后悔自己当初争下了这个皇位。
也先与英宗会面，也先提议二人赛马结果比为平手，他们互相分析了对方的处境，两人处境其实都不甚好，但上皇却心如明镜，胸怀坦荡，意气十足。也先对英宗说只要大明答应三十年内不对瓦剌发兵，瓦剌愿意再对大明称臣，二人就此立下盟誓。
上皇代大明出使大同与瓦剌会盟大获成功，祁钰大喜，去向允贤传达喜讯，并对允贤说自己对皇兄已无芥蒂，今后定会加倍补偿于他。允贤说及太子之位，劝祁钰不要让自己的孩子去与现太子见深争夺太子之位，祁钰似乎有所迟疑。
第49集剧情介绍：祁钰中毒病倒 允贤悉心陪伴
祁钰答应允贤不会改立太子，并承认了自己往日的错误。英宗会盟归来，祁钰正准备坦诚迎接，没想到突然吐出了大口鲜血。祁钰突发急症，又吐血又拉血，太医院众太医虽已对症下药却仍不见效，万宁偶然说起这症状倒像他以前见过的一个孩子因误吞异物后急发腹症的样子，程村霞因此联想到皇后的兔子曾误食金刚石粉末的事，于是去找皇后询问实情。汪美麟绝望地猜到祁钰应该是误服了自己给允贤下的毒药，祁钰大怒，废掉了汪美麟的皇后之位，改立允贤为皇后。
弄清了病因，太医们依旧对祁钰的中毒之症无从下手，允贤想出以木屑入药给祁钰治病，祁钰虽忍住肠胃剧痛服用木屑，可吐血便血之症还是一日比一日重。允贤为了给祁钰治病，连日操劳，在太医院里晕了过去，程村霞担心允贤龙胎不保，让其卧床休养，可允贤只是让村霞再给她多开些阿胶等安胎之药。医女们用猪油助兔子排出了金刚砂，于是允贤等人也将此法用于祁钰身上，祁钰总算获得一线生机，可刘平安说其体内仍存隐血，且金刚砂也未见得完全排净了。
祁钰恐怕自己的身子难以恢复，天命难永，打算还位于英宗，并对英宗深刻忏悔，英宗亦原谅了祁钰，兄弟二人终于重修旧好。祁钰虚弱地躺在病床上，无限眷恋地将允贤抱在怀中。祁钰让允贤答应下辈子还与他相知相伴，允贤安慰他说他很快就会康复，祁钰对允贤充满宠溺，说允贤说什么那便是什么。
第50集剧情介绍：英宗重新登基 允贤远走天涯
除夕当天，祁钰与允贤、吴太后及太上皇一家相聚团员，本是阖家欢喜之际，吴太后却屡屡阴阳怪气地讽刺上皇、指责允贤，祁钰因而气恼不已，又吐了血。除夕之夜，下起了雪，允贤站在宫殿外看雪，上皇走到允贤身边，忆起那年在允贤家的后院与允贤一起雪中起舞，同赏烟花，共度除夕，并用脚在雪上写下朝鲜语“扎基亚”（意为“老公”），对允贤道了声珍重，后回自己宫中与妻儿团圆。
除夕之夜，允贤一直守在祁钰身边，入夜已深，祁钰突然开始止不住地大口吐血，允贤急忙给他扎针止血，并让人速去请程村霞，可还是晚了一步，祁钰一命呜呼。祁钰在除夕之夜病逝，吴太后认定是允贤医术不精才害死了自己的儿子，要让允贤殉葬，允贤则因为太过悲伤，又被吴太后推到在地，不幸小产。孙太后及静慈师太以“允贤性命受到威胁”作为诱饵，设计让英宗复位，孙太后还主动解开了与英宗多年的误会，向他说明所谓的“杀母之仇”不过是王振当初为了取得他的偏信而编造的谎言。
英宗重新登基，下令废除殉葬制度，实行女医制度。允贤放不下祁钰与她还未出世的孩子见济的死，无法面对英宗的一片深情，也厌倦了宫中战战兢兢的生活，离开皇宫远走天涯，寄情山水，悬壶济世。其师兄程村霞亦卸官做了游方郎中，与允贤在民间重逢，叮嘱允贤写完她那本《女医杂言》一定要给他留一本。
若干年后，钱皇后去世，英宗传位于太子朱见深，独自出宫寻找允贤。夕阳斜照，英宗走过小桥，一眼就望见了那间挂着“谭氏医馆”门匾的民房，缓缓地推开门走进去，只见一人着红色衣衫，轻挽袖口，正蹲在院子里洗手，手腕间的红玉镯子在夕照里透着光。女子似乎对门口所站之人有所察觉，缓缓地转过头，眉目动人，还似当年模样。
在允贤及医女们的共同努力下，也在英宗的盛德感召下，明朝不仅官方建立了女医制度，世人亦渐渐地接受了女子行医，女子患病不用再受限于男女大防，隐疾得治，性命也因此大为增长。
<全剧终>
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