第1集剧情介绍：出发！？双叶镇到真砂镇！
小光是住在神奥地方的十岁少女。今天是她以新人神奇宝贝训练家身份出去冒险旅行的日子。她为了拿到第一只神奇宝贝，朝向隔壁镇的神奇宝贝研究所前进，但是中途却迷了路。而此时，新人用的神奇宝，草苗龟、小火焰猴、波加曼，刚好在研究所内大打出手，导致研究所内的神奇宝贝们也窜逃出去…。
第2集剧情介绍：寻找皮卡丘！202号道路！
小光以祝庆市为目标旅行的途中，撞见了受伤的皮卡丘，本来想收服它，但是却发现皮卡丘已经是有训练家的神奇宝贝。此时，火箭队出现，开始攻击皮卡丘，小光路见不平救了皮卡丘，而後她带著体力耗尽的皮卡丘到神奇宝贝中心，并决定要帮皮卡丘寻找它的训练家。另一方面，在寻找皮卡丘的小智，遇上了君莎小姐，小智听从君莎小姐的建议，先到了山梨研究所去，结果…。
第3集剧情介绍：劲敌对战！三对三！！
使用刚收服到的姆克儿来找皮卡丘的小智，遇上了正在收服姆克儿的少年。虽然小智对於这个少年收服神奇宝贝的态度，感到很不悦，但是当少年提出要和小智做三对三的对战时，小智因为身边只有两只神奇宝贝所以无法跟他对战。而此时，火箭队刚好在附近袭击皮卡丘，虽然皮卡丘用「伏特攻击」还击，但仍然败给了火箭队的新机器。发现「伏特攻击」的电击而赶到的小智，跳上机器想要救皮卡丘，企图阻止他的火箭队也因此自取灭亡。救回皮卡丘的小智在回到山梨研究所後…。
第4集剧情介绍：波加曼对含羞苞！小光的初次对战！！
才刚开始一起旅行就已经闹不合的小智与小光，小光干劲十足地准备要收服野生的卷卷耳，但是因为小智在一旁多嘴，结果两人就这样吵了起来。而此时出现在他们面前的是带著「花苞神奇宝贝」含羞苞的吟游诗人「尚志」。小光想要让小智认同自己的实力，於是就向尚志提出对战比赛的邀请，不过…。
第5集剧情介绍：收服草苗龟吧
在前往祝庆市的途中，皮卡丘被火箭队的热气球带走。小智在姆克儿帮助下，成它a击落热气球。可是，热气球坠落的地方是在有点远的湖泊边，小智一行人立即往湖泊的方向跑去。另一方面，皮卡丘被野生的草苗龟搭救了。干劲十足的草苗龟保护皮卡丘，赶走了火箭队，甚至连随後赶到的小智一行人也被它误会成敌人…。
第6集剧情介绍：迷幻之森！再次遇见真司！！
收服到新同伴草苗龟之后，继续旅行的小智一行人，在他们面前出现了以前曾向小智挑战的少年真司。他跟小智一样计划去钢铁道馆挑战，而他现在为了道馆赛正在增加自己的战力。於是小智使用草苗龟，真司使用小火焰猴来对战。对战中，火箭队又过来捣蛋，使得小智一行人又分散开来…。
第7集剧情介绍：波加曼加油！！
以神奇宝贝华丽大赛为目标的小光，虽然对波加曼展开特训，但是进行得不是很顺利。这时候波加曼偷偷离开小智和小光等人，独自进行特训。然而，还是一直不断地失败。这时候，沼王、乌波、蚊香蝌蚪背著浑身是伤的哥达鸭出现在波加曼面前。哥达鸭好像是因为别的神奇宝贝抢了它们的树果，所以才受伤的。知道这件事的波加曼，对它们表示「一切都交给我！」但是…。
第8集剧情介绍：神秘道馆里的不良蛙！
火箭队的喵喵在便利商店买完东西之后，在商店门口看到一只满脸不高兴、十分奇妙的神奇宝贝。喵喵在一瞬间和它眼神相对之后，觉得它形迹可疑而想要早点离开。可是那只神奇宝贝，却摆出一副有气无力的样子一直跟在喵喵后面。觉得很不舒服的喵喵，虽然迈步逃命却…。这只神秘的神奇宝贝，它的真面目究竟是？
第9集剧情介绍：和卷卷耳一起玩！？
小智一行人的旅程，总是从慌慌张张的早晨开始。小光唉唉叫著头发梳不顺，小智则是被长尾怪手恶作剧，手忙脚乱地想要拿回自己的帽子。这时候，帮忙夺回帽子的皮卡丘一股脑地飞奔到车道上，正好迎面遇上君莎小姐的白色机车！眼看就要发生交通事故时，有人冲出来救了皮卡丘。展现出过人跳跃力的人物究竟是谁呢！？
第10集剧情介绍：神奇宝贝表难以入手！？
小智一行人抵达了神奥地方最繁荣的大都会祝庆市。小光边拿著杂志边寻找东西，她似乎是无论如何都想要得到现在最流行的便利手表「神奇宝贝表」。小光冲劲十足地说「绝对要得到手才行」，可是突然听到神奇宝贝表停止贩售的消息，却让她心情低落。这个时候，在她的面前出现了温柔的小丑…。
第11集剧情介绍：小光！首次的华丽大赛！！
小光即将在祝庆市，参加她的第一场神奇宝贝华丽大赛。虽然她换上了比赛用的礼服，情绪非常高昂，但却因为把重要的首饰弄丢，在比赛之前就开始感到不安。之后，小光和波加曼为了参加大赛，以小智和皮卡丘为对手进行特训，但是看到这个状况的长尾怪手，突然打断练习，展现了惊人的招式…。
第12集剧情介绍：华丽对战赛！劲敌对决！！
参加神奇宝贝华丽大赛祝庆大会的小光和小智，平安地通过了第一次审查，晋级到第二次审查华丽对战赛。小智信心满满地表示要照这样一路赢下去，连钢铁道馆的徽章也一起得到手，但是听到他这麼说的少女小望却对他说：「如果把目标放在道馆，希望你不要来参加华丽大赛」…。
第13集剧情介绍：姆克儿加油！
在前往钢铁市的途中，小智和姆克儿为了准备挑战神奥地方最初的道馆赛，在森林里进行特训。他们在森林里偶然遇见一位观察兼管理森林中鸟神奇宝贝的女性「夕雁」。经由她的推荐，小智一行人也尝试观察鸟神奇宝贝的工作，但是状况看起来很奇怪。依照夕雁的说法，最近森林里的鸟神奇宝贝数量骤减，所以她正在调查原因。一行人决定要协助调查，结果却遇上了意想不到的事件！
第14集剧情介绍：就交给小刚吧！
小智、小光和小刚一行人在前往钢铁市途中的山上，遇见了乔依小姐以及受伤的长鼻叶。畏惧人类的长鼻叶，不断吓阻乔依小姐。小刚活用了身为神奇宝贝培育家的经验，让长鼻叶解除警戒并接受他的治疗。之后小刚还代替忙碌的乔依小姐，将这只长鼻叶带回它所居住的大树，但是途中，有人把长鼻叶和小刚的爱哭树给抓走了。
第15集剧情介绍：钢铁道馆！瓢太对抗真司！！
为了挑战在神奥地方最初的道馆赛，小智一行人来到了钢铁市，可惜的是道馆训练家外出了。一行人前往郊外的炭坑，并在那里遇到一名和化石说话、不可思议的男子「瓢太」。原来他就是这个地方的道馆训练家。小智立刻向他要求进行道馆赛，可是却因为有人抢先一步挑战，所以必须依序等待。而那名先到的人，竟然就是小智的劲敌真司！小智一行人观摩了瓢太对真司的道馆对战赛，而他们所看到的是…。
第16集剧情介绍：头盖龙对抗皮卡丘！
真司早一步进行的惊人对战，让小智见识到道馆训练家瓢太的实力。隔天早上终於要轮到小智挑战钢铁道馆了！心想著瓢太所持有的神奇宝贝，小智虽然有些犹豫，但还是选出了三对三对战赛的成员。然后，早晨来临，他与瓢太的道馆赛就这样揭开序幕。瓢太使用的第一只神奇宝贝，竟然是在对真司之战时，最后才派出来的头盖龙！面对突然登场的强敌，小智到底该如何应战！？然后就在同一时间，钢铁市的炭坑博物馆出现了可疑的人影…。
第17集剧情介绍：古代神奇宝贝大进击！
虽然努力奋战，小智还是很可惜的败给了道馆训练家瓢太。虽然小光劝他使用在关都或城都地方收服的神奇宝贝再度挑战，但小智坚持「我绝对会用在神奥收服的成员获胜给大家看的」。这时候，小刚对小智提议了某个练习方法。然后在同一时间，市区的炭坑博物馆那里，有古代神奇宝贝开始大闹，造成一阵恐慌！到底是发生了什麼事情呢！？
第18集剧情介绍：再战钢铁道馆！决战战槌龙！！
小智在对付火箭队的战斗中，从波加曼的动作得到攻略钢铁道馆的诀窍。可是，道馆训练家瓢太的头盖龙竟然进化为战槌龙，威力更加升级，变得更难对付了！然后，小智再度挑战钢铁道馆的时候终於又来了，面对瓢太拿出的第一只神奇宝贝大岩蛇，小智派出皮卡丘应战了！满怀信心挑战的小智，他的最后王牌到底是…？
第19集剧情介绍：收服到帕奇利兹…就没问题了！？
小智一行人前往下一间道馆的所在地百代市，在途中的草原上遇见了「电气松鼠神奇宝贝」帕奇利兹。那可爱的外表和惹人怜爱的举动让小光对它一见钟情，决定无论如何都要收服它而向它挑战。靠著波加曼和卷卷耳的努力，小光在苦战之后总算是成功地收服了帕奇利兹。但是，这只帕奇利兹却有著令人头大的个性！！
第20集剧情介绍：神奇宝贝猎人J！
在小智一行人面前，突然出现了一名乘著暴蝾螈的神秘女性。她是利用高科技机械将神奇宝贝如铜像般固定之后，再加以掠夺的邪恶的神奇宝贝猎人之一！目击到抢夺神奇宝贝现场的小智，追上了猎人，没想到不但遭受反击，就连皮卡丘也被夺走了！为了击溃神奇宝贝猎人的邪恶企图，并且夺回皮卡丘，小智和同样被抢走喵喵的火箭队携手合作，但是…。
第21集剧情介绍：最强的鲤鱼王和最美丽的笨笨鱼！
在前往百代市途中，再度造访祝庆市的小智一行人，接受了祝庆电视台的街头采访。采访记者告诉大家有个叫「B按钮同盟」的社团，他们主张在不进化的情况下培养神奇宝贝，著重於磨练神奇宝贝的强韧度及美丽度，让小智听了非常感兴趣。为了看看传说中社团领导人所拥有的「最强的鲤鱼王」和「最美丽的笨笨鱼」，一行人前往「B按钮同盟」所在的大楼，但是却有别的自称「C按钮同盟」的集团出现…。
第22集剧情介绍：帕奇利兹对抗长尾怪手！华丽对战赛
继续旅行的小智一行人，在经过某个村庄时，知道村庄祭典上即将举办神奇宝贝华丽大赛，於是决定前往参加。小光鼓足干劲，想要以才刚收服到的帕奇利兹出赛。不过途中，边走边玩的长尾怪手掉到悬崖下去了，然而把长尾怪手从生死危机中解救出来的，竟然是火箭队的武藏…。
第23集剧情介绍：大钢蛇失控！守护大牙狸的村落！！
小智一行人在宁静的森林里，遇到一只受伤的大牙狸。这只大牙狸，似乎是和同伴走散了，於是小智一行人决定送它回到附近的瀑布去时，火箭队就突然出现了！可是，他们感觉跟平常不太一样。而跟在他们后头出现的竟然是一只怒气冲天的大钢蛇！而大钢蛇扭动巨大躯体，根本不管四周是什麼只是一直攻过来！小智一行人和火箭队一起慌张逃命，但是…。
第24集剧情介绍：对决！小智对皮卡丘！？
小智和小光在原野上进行神奇宝贝对战练习时，突然出现一位女性拜托小智将皮卡丘借给她三天。询问缘由之后，知道她和老奶奶一起经营蛋糕店，但是在店里帮忙做蛋糕、名叫糖糖的皮卡丘却突然不见了，这使得她们无法参加三天后要举办的点心大赛，而烦恼得不得了。虽然小智的皮卡丘装成糖糖的样子去帮忙老奶奶做蛋糕，但是他们真的能平安无事地迎接举办点心大赛的日子吗？
第25集剧情介绍：怪杰罗丝雷朵与花之传说！
小智一行人抵达即将举办神奇宝贝华丽大赛的苑之镇了。那里是个百花盛开的美丽城镇，还流传著以花为中心的不可思议传说。就在那时小光发现有人开办「面宝制作教室」，於是便劝说小智他们也一起去参加。所谓的面宝就是用树果所制作的神奇宝贝点心，让以参加华丽大赛为目标的神奇宝贝们吃下的话，就会产生许多不同的效果。在有「捧花神奇宝贝」罗丝雷朵负责照顾花朵的花店里，小智一行人立即开始挑战制作面宝，但是却有可疑的身影正在看著他们…。
第26集剧情介绍：神奇宝贝华丽大赛！苑之大会！！
隔天就要参加神奇宝贝华丽大赛苑之大会的小光，正请皮卡丘当教练帮帕奇利兹进行特训。而此时，偶然经过附近的少年，很亲暱地跑来打招呼。原来他是小光的青梅竹马「健悟」。他比小光还早出发旅行，而且已经让最初得到的波加曼进化为波皇子了，是个实力相当强的对手。看轻小光的健悟拒绝了小光的对战挑战，反倒向小智挑衅。小智接受了健悟的挑战，於是皮卡丘将和波皇子战斗。究竟这场对战会有什麼结果？还有小光对华丽大赛的挑战到底会如何演变呢？
第27集剧情介绍：决战！波加曼对抗波皇子！！
小光和帕奇利兹参加神奇宝贝华丽大赛苑之大会，一开始就遇上料想不到的意外。虽然小光临机应变，惊险地完成表演，但是其他参加者也相当强，要通过审查似乎是个难关。然後，小光的青梅竹马「健悟」也开始表演了。健悟派出的神奇宝贝是「念力神奇宝贝」胡地。他们精采的搭档表演吸引了观众的目光。究竟小光能不能通过第一次审查，晋级到下一个阶段呢？
第28集剧情介绍：飘飘球与北风的使者！
朝著百代市继续旅行的小智一行人，中途到了某个村子的神奇宝贝中心。那是个由乔伊小姐一家人所管理，虽然规模不大却有著开朗快乐气氛的神奇宝贝中心。乔伊小姐的大女儿沙耶香拥有「气球神奇宝贝」飘飘球，到附近跑腿办事时都会搭乘飘飘球飘去。在沙耶香出门办事的时候，小智被她妹妹小舞带到森林中的洞窟去。据说那里有她们姊妹俩的神秘好友，但是…。
第29集剧情介绍：小智与小光！打双打对战没问题！？
小智一行人在旅行途中，接受了电视节目「神奥NOW！」的记者「由佳」的访问。据说她和工作人员，是要去采访聚集在附近露营区的那些自信满满的神奇宝贝训练家。小智和小光也立刻就开始寻找能一试身手的对战对手，就在此时，他们听到有乱强一把的训练家二人组的传闻。前去找人的小智一行人遇见的是已经对战16连胜的双胞胎兄弟，勇崎和勇武。小智和小光决定要与他们进行双打对战，但是临时组成的拍档究竟能不能与他们相抗衡呢？
第30集剧情介绍：百代森林！结草儿进化作战！！
朝向下一座城镇前进的小智一行人，来到位於半途的百代森林，并在大树下遇见了带著「蛋神奇宝贝」吉利蛋、名叫芽米的女性。她把「甜蜜」涂在大树上，正在收服因此被吸引过来的「包叶虫神奇宝贝」结草儿。询问之下，才知道芽米是为了寻找存在於这座森林深处的「可怕的甜蜜」而来。据说这种效果是「甜蜜」的数万倍的蜜，就存在於森林中还没有任何人涉足过的地方。被芽米挑起冒险心的小智一行人，打算和她共同行动，但是…。
第31集剧情介绍：草苗龟对草苗龟！速度对决！！
小智一行人和在百代森林认识的芽米一同寻找传说中的「可怕的甜蜜」，但是却在森林中迷路，迟迟找不到目标。这时候，突然冒出了一位男孩子气的大姐姐。她一看见小智的草苗龟，就情绪高昂地要求进行2对2的神奇宝贝对战。面对接受对战的小智所使用的草苗龟，那位大姐姐所使用的是「樱桃神奇宝贝」樱花宝。可是，樱花宝很快就和第二只神奇宝贝换手了。而那只神奇宝贝，竟然是和小智一样的草苗龟！能打赢这场对战的究竟会是…！？
第32集剧情介绍：琥珀之城的蜂后！
小智一行人得到发现「可怕的甜蜜」的重要线索之後，跟在三蜜蜂後头，往森林深处前进。在三蜜蜂最後飞到的地方有一座大瀑布，而在那後面竟然隐藏著洞窟的入口！在黑暗之中，小智一行人仰赖皮卡丘的鼻子所嗅到的些微甜味前进。在洞窟深处等待著他们的惊人之物为何？小智一行人可以平安达成目的，并脱离洞窟吗？
第33集剧情介绍：我喜欢！神奇宝贝扮演大会！！
小智一行人正巧遇上热门电视节目的特别企划「神奇宝贝扮演大会」简称为「神奇扮演」的活动转播现场。节目的内容是让神奇宝贝藉由化妆或扮装的方式扮演成其他的神奇宝贝，并且竞争其扮演相似度，是个像热闹庆典的综艺节目。小智听说优胜者可以获得神奇宝贝蛋之後，马上就让皮卡丘登记参赛，但是小光和小刚也是斗志十足！而且，因为火箭队听到传闻後也跑来参加比赛，简直是糟透了！这个胡搞瞎搞的节目，究竟会变成什麼样子！？
第34集剧情介绍：泳气鼬！迈向最强之路！！
小智一行人在森林中，遇见一群带著负伤的神奇宝贝的训练家。询问之下，原来是附近的河边有非常强大的泳气鼬出没，并且接连打败它所挑衅的对战对手。「既然是那麼强的泳气鼬，那我就要收服它」，小智干劲十足地往河边去，却在那见到小光的劲敌「小望」的身影。她似乎也已经打算要收服泳气鼬…。
第35集剧情介绍：四天王悟松与青铜钟！
小智一行人在前往百代市的旅途中，为了让在对战特训後感到疲累的神奇宝贝们休息，就到顺路的神奇宝贝中心去。候诊室的电视正好在播放著神奇宝贝对战的画面，四天王悟松正展开令人赞叹的神奇宝贝对战。小智和小光，都受到对战的惊人水准吸引而看电视看得出神，但是突然听到人声转头一看，悟松本人竟然就在身旁！虽然小智立刻就提出对战邀约，但悟松却给了他意外的答覆。
第36集剧情介绍：神奥时空传说！
抵达百代市的小智一行人，在百代的历史博物馆里被卷入强盗事件之中。犯人在光天化日之下将展示於博物馆内的秘宝「金刚玉魂」给夺走了。赶到现场的君莎和「臭鼬神奇宝贝」臭鼬噗一起封锁了博物馆，然而逮捕到的人，竟然是以前在旅途中认识的神奇宝贝吟游诗人「尚志」！尚志本人当然否认犯案、凑巧在现场的道馆训练家「菜种」也主张他无罪，但尚志完全被当成犯人，所说的话完全不被相信。就在这时候，随著「我有异议！」的声音，另一位君莎出现了！
第37集剧情介绍：百代道馆！对抗菜种！！
小智终於要在百代道馆挑战道馆对战赛了，对手是身为草系神奇宝贝使用者的道馆训练家菜种。菜种派出的第一只是「樱桃神奇宝贝」的樱花宝，而小智则是派出了草苗龟。草木茂盛，没有屋顶的对战场地对草系神奇宝贝来说是绝佳的条件。究竟小智能不能，一雪之前败给菜种的前耻，得到在神奥地方的第二个道馆徽章呢！？
第38集剧情介绍：爆诞！单车路！！
朝向下一个目的地，缘之市前进的小智一行人，骑著脚踏车奔驰在单车路上。因为天气开始变坏，所以一行人往位在单车路附近的神奇宝贝中心去，但在同一时间，小刚带著的蛋似乎就快要孵化出神奇宝贝了。一行人急忙赶到神奇宝贝中心时，映入他们眼中的是萧条的神奇宝贝中心，以及失去自信、意志消沉的乔伊小姐。小刚要把蛋交给失意的乔伊小姐照顾，但是…。
第39集剧情介绍：皮卡丘留守记！
在前往缘之市的路途中，遇上大河的小智一行人，决定搭观光用的蒸汽船来移动。为了让神奇宝贝们欣赏从甲板上所看到的漂亮风景，小智一行人将他们持有的神奇宝贝全都从神奇宝贝球里放了出来。结果，大家都兴奋得不得了。因为还要一段时间才会开船，所以小智、小光和小刚决定到附近的商店去买东西。这段时间，由皮卡丘它们在船上留守，但是训练家一不在，帕奇利兹它们就开始疯狂大闹！事情到底会变成怎样！？
第40集剧情介绍：冠军?竹兰登场！
小智一行人以神奇宝贝道馆和华丽大赛会场的所在地、缘之市为目标持续旅行。途中，他们听说比神奥地方的四天王更强的冠军「竹兰」来到了附近。穿过聚集在附近公园里的围观人群後，小智一行人看到了竹兰的身影。然而同时映入眼帘的人物，竟然是宿敌真司！
真司无所畏惧的挑战地位崇高的竹兰，要求进行神奇宝贝对战。从容接受挑战的竹兰派出烈咬陆鲨，真司则是派出小火焰猴！究竟在这场对战中，真司会有胜算吗！？
第41集剧情介绍：小光与小望与双人演出！
旅行途中，在森林里突然有梦妖和魅力喵出现在小智一行人面前。在这些似曾相识的神奇宝贝带领之下，一行人前进到最後居然发现脚受伤的小望。紧急治疗之後，小智一行人把小望送回她在附近搭的帐篷。小光这时候才从小望口中得知，下次的神奇宝贝华丽大赛「缘之大会」的第一次审查和第二次审查，都得使用两只神奇宝贝来挑战双人演出。面对没有双人演出经验而感到不安的小光，小望提议要一起练习，但是…。
第42集剧情介绍：落雷兽训练中心！
以缘之市为目标持续旅行的小智一行人，在宽广的原野当中遇上了连续的雷击。慌忙逃命的小智一行人，见到了「闪电神奇宝贝」落雷兽的身影，而雷击正是它的杰作。这时出现一位名叫裕辅的青年，他是神奇宝贝训练师，正在帮落雷兽做控制雷电的训练，但是落雷兽却不听使唤。看见这情况的小刚，主动提议要照顾落雷兽。究竟，这只连专家都感到棘手的落雷兽，小刚能够成功地帮它完成训练吗？
第43集剧情介绍：梦妖魔！从恶梦中逃脱！！
在旅行的途中，小智一行人在迷路的状况下迎接夜晚的到来，并且因为下雨的关系躲入附近朽烂的门廊下。这一躲，才诡异的发现门的对面完全没有下雨。虽然小智一行人通过充满谜团的门向前走，然而等待著他们的，竟是爱死小刚的乔依小姐和君莎小姐，还有在突然出现的圆形竞技场里有固拉多与烈空坐正在进行对战…等等，都是些非常不可思议的光景。更惊人的是，小智和小光受邀参加世界第一训练家和协调训练家的决赛…这种像梦一般的事情，会是真的吗？
第44集剧情介绍：帮助迷路的怪河马！
小智一行人在旅途中，发现了困在高耸悬崖半空中而动弹不得的「河马神奇宝贝」怪河马。虽然一行人总算是成功帮助怪河马脱困，但没有安心多久，祝庆电视台的采访人员就出现了！
原来他们在为节目拍摄追踪怪河马生态的纪录片时，发现有一只怪河马走散，然後在寻找途中遇到了小智一行人。为了让迷路的怪河马回到同伴身边，小智一行人决定要帮忙，但是…。
第45集剧情介绍：猎人J再度现身！保护盾甲龙！！
以成为神奇宝贝大师为目标，在神奥地方旅行的小智一行人。又再度遇上神奇宝贝猎人J为恶的场面。
第46集剧情介绍：迷宫内大洗牌！全员齐心协力！！
旅途当中，小光得到情报指出，可以在森林对面的神奇宝贝中心取得神奇宝贝表的新的应用程式。可是，追加应用程式的限定优惠时段只到今天傍晚！！
为了赶时间，小光和小智一行人决定穿越听说是捷径的洞窟。但是突然间，他们在洞窟里遭到成群的隆隆石和隆隆岩袭击，小智一行人和神奇宝贝们，全都分散开来了。而且在洞窟外头，是一座岩石迷宫。究竟小智一行人能够平安脱离迷宫，得到神奇宝贝表的新的应用程式吗？
第47集剧情介绍：小麦与凯西与水底！
小智一行人在旅途中，被带著「念力神奇宝贝」凯西、名叫小麦的女孩子搭讪。她竟然主动说要用凯西的瞬间移动带大家到缘之市去。觉得很幸运的小智一行人，在瞬间移动之後，出现在他们眼前的却只有一座湖。向小麦询问理由之後，才知道她想要到沉入湖底的学校去寻找神奇宝贝球…。
第48集剧情介绍：神奇宝贝华丽大赛！缘之大会！！
终於抵达缘之市的小智一行人，和神奇宝贝吟游诗人「尚志」久违重逢。看来，他好像也要和「蟋蟀神奇宝贝」音箱蟀一起参加华丽大赛。而且，华丽大赛会场前方的广场，因为在练习双人演出的协调训练家们而变得非常热闹。其中，也包括想以魅力喵与无壳海牛来赢得优胜的小望。这次的缘之大会，是使用两只神奇宝贝的双人演出，以及双人对战！在强敌环绕的大会中，小光能够赢得第二个缎带勋章吗？
第49集剧情介绍：全员参加！双打对战！！
小智一行人总算是抵达了缘之市。然而，缘之道馆的道馆训练家外出旅游了，所以道馆赛只好延期。取而代之的，是大家一起参加缘之市有名的双打对战大会。为期三天的大会中，集合在会场的神奇宝贝训练家将以登记参赛时拿到的卡片为依据组成双打，以赢得优胜为目标，就像是神奇宝贝联盟一样热闹非凡！小光是和自称拥有必胜神奇宝贝对战方程式的考平一组，而小刚则是与带著长翅鸥的美丽大姐姐焰华搭档。然後，被选为小智搭档的人，竟然是宿敌真司！
第50集剧情介绍：小火焰猴对抗猫鼬斩！命运的对战！！
步调无法一致的小智与真司这组双打，有惊无险的打赢了第一轮。为了准备第二轮比赛，真司强迫小火焰猴进行更加严格的训练。小智一行人看不下去，於是质问真司为什麼要把小火焰猴逼到那种地步。一问之下，真司静静的道出他与小火焰猴的相遇、以及「猫鼬神奇宝贝」的猫鼬斩与小火焰猴的过去…。
第51集剧情介绍：双打对战！最终对决！！
第二轮也派出小火焰猴，总算是晋级到准决赛的小智与真司，但是真司对小火焰猴的对战表现不满意，终於决定放走小火焰猴。看到这种情况的小智，邀小火焰猴一起旅行、一起变强，就这样收服了小火焰猴。在双打对战大会中，小光与考平这组双打，很快就打赢第三轮比赛，确定晋级到最终对决。此外，小刚与焰华VS小智与真司的第三轮比赛，靠著真司单方面进行的对战赢得胜利。以双打来说完全不合拍的小智与真司这组双打，终於要在最终对决和默契配合一流的小光与考平这组双打进行对战！究竟是哪一组双打会称霸最终对决？另外，小智会在最终对决派出哪只神奇宝贝呢？
第52集剧情介绍：小火焰猴的眼泪！
在前往下一间道馆所在地帷幕市的旅途中，小智一行人跟往常一样，和神奇宝贝们一起用餐。但是，新同伴小火焰猴对於这种和真司旅行时迥异的气氛感到困惑。
面对这样的小火焰猴，小智邀它一起为道馆赛进行特训，练习的对象是小光与波加曼，但是，小火焰猴输了。这时候，小火焰猴想起真司严苛的视线，担心会因此受到责备而害怕不已。然而小智一行人的态度却完全和它想的不同！小火焰猴会从这样的小智他们身上感受到什麼呢？
并且，大家突然遭到成群的猫鼬斩袭击，小火焰猴之外的神奇宝贝们都陷入危机！
面对成群的猫鼬斩，小火焰猴最後能够救出大家吗？
第53集剧情介绍：菜种与沙漠奈亚！告别是为了谁！
旅途中，经过某座小城镇塔吉西镇的时候，发现到百代道馆的道馆训练家菜种的身影。看来，她正镇上的孩子们进行神奇宝贝对战普及推广活动。然後，火箭队出现了，在菜种的提议下，小智一行人以菜种和小次郎为对手进行双打对战。对战後，菜种对小次郎表明沙漠奈亚有变强的资质，却没有被发挥来的事实，提出要代为照顾的建议。小次郎在这件事影响下，和沙漠奈亚展开猛烈特训。即使全身伤痕累累，沙漠奈亚还是一心想继续练习。可是，因为一直没有成果，小次郎失去了自信。这时候，菜种再度出现在小次郎面前！
第54集剧情介绍：长尾怪手与泳气鼬！各自的道路！！
在旅途中经过的神奇宝贝中心里，小光他们与好久不见的小望重逢了。而且，也得到下次华丽大赛将在随意镇举办的情报。小光他们，为了参加华丽大赛而和小望一起练习。小光派出要在下次大会首度出场的泳气鼬和小望练习，一旁则是小智与小刚为了准备道馆赛，正用长尾怪手与小火焰猴做练习。结果，长尾怪手与泳气鼬都因为在意对方的练习而无法专心进行训练。这时候，小望提议让长尾怪手与泳气鼬做交换。究竟小智和小光对於这个提案，会有怎样的回答呢？
第55集剧情介绍：花岩怪的楔石！
小智与小光正为了下次大会努力进行特训时，泳气鼬的音爆打中了附近一座以石头堆砌而成的塔。
然後，周遭天色突然变暗，落雷命中了其中一块被打飞的石头。而那颗石头竟然是楔石，封印神奇宝贝花岩怪从中现身了。惊险逃过花岩怪袭击的小智一行人前往附近的村落，并且从那里的村人口中听到古老的传说，内容是带著皮卡丘的波导使者，将为恶的花岩怪封印在石头建造的灵魂之塔中。
小智一行人知道封印被解开後，认为自己需要负责，於是决心要封印花岩怪，但是...
第56集剧情介绍：大尾狸早就知道了！
小智一行人在前往随意镇的旅途中，遇见在跨越峡谷的石桥工地前争论的培育家石蘇小姐与设计师。看起来，好像是必须在三天内完工才能赶上桥梁开通典礼，但是工程却因为石桥建造大师闪到腰而中止了。虽然由设计师代替大师指挥建造石桥、石蘇小姐负责切割造桥用的石头，但是石头切割专家「水獭神奇宝贝」大尾狸却完全不肯工作，令人非常困扰。看到这状况的小智一行人决定帮忙切割石头，可是，工作从来不偷懒的大尾狸不愿意工作的原因到底是什麼？
第57集剧情介绍：大朝北鼻！炽热的灵魂！
持续旅行的小智一行人，在天冠山山麓遇见带著「罗盤神奇宝贝」朝北鼻的少年淳雄。接著，淳雄突然要求和小智进行神奇宝贝对战！面对淳雄的野性对战风格，小智也热血沸腾了！两人展开了令人喘不过气的激烈对战。然後，就在小智要往对岸的岩石去的时候，淳雄突然中断对战。询问之下，他才说出原因在於对岸不属於天冠山的范围，朝北鼻在那边无法进化成大朝北鼻。看来，淳雄的梦想是要以大朝北鼻挑战神奥联盟的样子。而小智对拥有相同目标的淳雄产生认同感，再度展开对战！究竟最後，朝北鼻能够进化成大朝北鼻吗？
第58集剧情介绍：伦琴猫之瞳！
旅途中，在森林里迷路的小智一行人，在找到地图上也没有记载的古城之後，决定去借宿一晚。他们在那里遇见了自称天才侦探的少女玛蓓儿与「眼光神奇宝贝」伦琴猫。听说是怪盗美女组要偷走城里的宝物「古代护身符」，而小智一行人因此被误认为怪盗了。这时城主马修出现，拜托大家帮忙冲动的玛蓓儿，但是...小智一行人能够平安无事的守住宝物吗！？美女组的真面目是什麼！？这时候，美女组的身影悄悄接近了！！
第59集剧情介绍：随意遗迹的未知图腾
小智一行人终於抵达随意镇了。就在为神奇宝贝华丽大赛?随意大会进行特训的时候，小光的青梅竹马健悟出现了。健悟好像正要前往随意遗迹的样子。跟著他一起走的小智一行人，在祭祀帝牙卢卡与帕路奇犽的遗迹前展开对战。而在同一时间，遗迹内部正在进行某种可疑的仪式。接著突然之间，「象徵神奇宝贝」未知图腾开始暴动，遗迹发生了异变！
而且，这个异变让小智一行人被关进遗迹里去了。
究竟最後，小智一行人能够平安从遗迹当中逃脱吗？
第60集剧情介绍：神奇宝贝华丽大赛！随意大会！
明天终於要举行神奇宝贝华丽大赛?随意大会了！
在神奇宝贝中心前的广场，小光与神奇宝贝正为了做最终调整而努力训练。虽然小光准备得很顺利，但是这次，获得新伙伴斗笠菇而更加成长的青梅竹马健悟、靠难以想像的拼上全身绝招风靡观众的武藏莉娜等强敌齐聚一堂！上次在缘之大会第一次审查中落败的小光，活用了之前的反省重点，挑战雪耻战！最後小光，能够平安通过第一次审查、在这次大会中拿到第二个缎带勋章吗？
第61集剧情介绍：女仆咖啡厅的大奶罐！
小智一行人在前往下一间道馆帷幕道馆的旅途中，在小刚的提议之下前往女仆咖啡厅「山中小屋」。在店里迎接他们的是女仆小春、小夏和小秋。小智一行人马上点了山中小屋名产「奶牛神奇宝贝」大奶罐的鲜奶，在店内农场喝过小春和小夏的大奶罐提供的现挤鲜奶後，感到非常满足！然而，就只有小秋的大奶罐因为个性任性完全不肯听话，让她很伤脑筋的样子。这时候，小刚的培育家之魂被点燃，决定帮小秋进行神奇宝贝抚养方法的特训。究竟大奶罐会不会变得听小秋的话呢？另一方面，在小秋与小刚进行特训时，小智与小光，还有神奇宝贝们到店里帮忙了！虽然店里变得很忙碌，但这样真的没问题吗？
第62集剧情介绍：小山猪三重奏与温泉雾气对战！！
小智一行人在旅途中，决定前往小光的儿时玩伴、汤红的老家经营的温泉！久违重逢的汤红与小光兴奋不已！大家马上就为了休息而冲进露天温泉，然而温泉的水量稀少，温度也很冷，完全不是可以泡汤的状态。询问原因之後，才听说由山上源泉引来的温泉，大约从上周开始就流不出温泉水了。因此，汤红打算使用「猪神奇宝贝」的三只小山猪来找出新的温泉。小智一行人决定帮忙，而他们马上就有所发现了！没想到，那里是个新超级渡假村的建设工地！可是，这里的温泉不知道为什麼，与汤红老家的温泉几乎一模一样！这到底是怎麼回事？
第63集剧情介绍：天蝎王与天蝎！冲出风之迷宫！
旅途中，小智一行人在某个绿意盎然的城镇，与草苗龟一起进行能源球的特训！结果突然之间，「牙蝎神奇宝贝」天蝎王与成群的「飞蝎神奇宝贝」天蝎跑来袭击他们！然後，这群神奇宝贝在把附近的树果与水果，甚至连小智他们的午饭都搜括一空後逃走了。这时候，君莎小姐与乔伊小姐出现。看来君莎小姐她们是想把迷路闯进城镇的天蝎王与天蝎群抓起来，送回原本居住的森林里去。小智一行人决定帮忙君莎小姐她们，但是...。
究竟他们能不能平安让天蝎王与天蝎群回到森林呢？
第64集剧情介绍：帕奇利兹在河马兽的口中！？
在前往帷幕市的旅途中，来到广阔沙地的小智一行人，决定大家好好玩一玩。神奇宝贝们在沙地上兴奋玩乐的时候，沙地突然开始摇晃，脚底的沙子随著大片飞沙隆起。然後，「重量神奇宝贝」河马兽从沙中现身。好奇心旺盛的帕奇利兹爬到河马兽头上研究那张大嘴，结果竟然滑进嘴巴里去了！小智他们紧张万分的要去救帕奇利兹，但是河马兽又钻进沙地失去踪影，让大家束手无策。这时候，以前被小智一行人送回群体去的怪河马出现在他们面前！
第65集剧情介绍：路卡利欧！愤怒的波导弹！
终於抵达帷幕市的小智一行人，在郊外的森林里，发现像格斗家的女孩在和「波导神奇宝贝」路卡利欧进行激烈对战，於是在一旁观摩。结果电击兽从树荫中冒出来对皮卡丘恶作剧还搞到大打出手！这时候出现了一位来找电击兽的抚养家青年，没想到他竟然是真司的哥哥雷司。接著，雷司向大家介绍，那个像格斗家的女孩就是帷幕道馆的道馆训练家──阿李。小智立刻要求进行道馆赛，但是却遭到拒绝。似乎是因为真司的缘故，让阿李失去了担任道馆训练家的自信。
将这个状况与自己的情况重叠的小光，对阿李提出某个提案！
第66集剧情介绍：小光的第一场道馆赛！！
为了让阿李找回自信，小光将要挑战第一次道馆对战赛。她在决战前以小智的皮卡丘及泳气鼬为对手，努力替波加曼它们进行对战赛的特训！而小智为了要让姆克鸟学会新绝招，在雷司抚养的「猛禽神奇宝贝」姆克鹰帮忙之下，持续进行训练！
此时，阿李正在道场般的木造道馆场地中，为了准备明天的对战赛，与路卡利欧进行精神统一。终於到了道馆对战赛当天！究竟阿李能不能重新振作起来呢？还有，阿李VS小光的道馆对战赛，结果将会如何？
第67集剧情介绍：帷幕道馆！路卡利欧对泳气鼬！！
多亏小光的帮忙，阿李找回遗忘掉的对战乐趣以及身为道馆训练家的自觉，并且接受了小智进行道馆赛的要求！接著，帷幕道馆的道馆赛终於开始了！使用格斗系神奇宝贝的阿李，第一只派上场的神奇宝贝是「怪力神奇宝贝」豪力！相对於此，小智以正在进行新绝招特训的姆克鸟挑战对战赛！面对有著与路卡利欧的完美默契配合作为後盾的阿李，小智会展开什麼样的战斗呢？还有，对战赛的结果将会如何？
第68集剧情介绍：新潮打扮！其名为银河队！！
结束了帷幕道馆道馆赛的小智一行人，在前往新目的地的前一晚，因为雷司说有东西想给大家看而跟著他出门。大家爬上通往郊外高台的石梯後，到达了一个被光线照耀得如梦似幻，有大小陨石发出光芒的公园。看到作为帷幕市象徵的陨石造就的不可思议景象，一行人大受感动，而他们面前出现了企图抢夺陨石的直升机部队...。
第69集剧情介绍：振作起来 铃当响！
小智一行人在帮天蝎进行对战特训的时候，听到不知从何传来的神奇宝贝叫声。那原来是铃当响的声音，而追著铃当响出现的人，是神奇宝贝魔法师??。她好像是和三只铃当响一边进行魔法秀一边旅行。虽然美丽的合声很重要，但是其中一只铃当响很爱撒娇，让她很伤脑筋的样子...。
第70集剧情介绍：神奇宝贝保育家！波导的利欧路前篇
小智一行人在旅途中，遇见一只负伤的利欧路。虽然小智想要靠过去帮它疗伤，但严加警戒的利欧路在突然发出「波导弹」後逃走了。
第71集剧情介绍：神奇宝贝保育家！波导的利欧路！！(后篇)
小智一行人在旅途中，遇见一只负伤的利欧路。虽然小智想要靠过去帮它疗伤，但严加警戒的利欧路在突然发出「波导弹」後逃走了。这时候，正在追踪利欧路的神奇宝贝保育家创一出现了。与创一同行寻找利欧路的小智一行人，遭到神奇宝贝猎人们的袭击...。
第72集剧情介绍：再见了 毒粉蝶
火箭队追著小智一行人来到位於湖畔的神奇宝贝中心。结果，武藏的毒粉蝶发现一只颜色不同的毒粉蝶，飞到湖上了。此时，自称大树的少年出现，对武藏表示「我的毒粉蝶与你的毒粉蝶看来是陷入了爱河的样子呢！」听说这个季节，受到映照於湖面的满月光辉导引，恋爱的毒粉蝶们会聚集到湖上，越过天冠山进行迁徙的样子。而且，今天正是那个满月之日！
知道毒粉蝶恋爱了，让武藏想起年少时期心酸的恋爱回忆。这时候，突来的落雷击毁湖边的岩石，使得湖水外流，这样下去会让毒粉蝶无法进行迁徙的！在这种状况下，武藏到底会采取什麼行动！？而毒粉蝶的恋情又会如何发展？
第73集剧情介绍：皮卡丘！雷丘！通往进化之道！！
旅途中，在森林里享用午餐的小智他们，遇见带著「小鼠神奇宝贝」皮丘与「鼠神奇宝贝」雷丘的少年──阿庄。突然间，阿庄误以为小智的皮卡丘是野生的神奇宝贝，为了要收服它而打算以雷丘进行对战。阿庄好像是想要培育最强的皮丘、皮卡丘、雷丘进化组合的样子。
小智与皮卡丘在明白状况之後，与阿庄进行了对战，但是受到雷丘活用体格的「破坏死光」而被打败。随後，陷入濒死状态的皮卡丘在神奇宝贝中心接受治疗後，总算是恢复了意识，而他一醒来就拼命的向小智表达想与雷丘进行复仇战的意志。但是，认为保持现状无法赢过雷丘的小智，拿出了某样道具！
第74集剧情介绍：华丽大赛大师 米可利登场！
在前往湿原市的旅途中，小智一行人在某个城镇的神奇宝贝中心休息。正巧，交谊厅的萤幕上，播出了立志湖畔将举行神奇宝贝华丽大赛?米可利杯的消息。没想到，是爬上丰缘地方冠军大师地位，现在已登峰造极取得华丽大赛大师这个不可动摇地位的米可利，要在神奥地方举行神奇宝贝华丽大赛。於是，连续在2场大会的第一次审查中落败而失去自信的小光，决心要以米可利杯做为复出战！这时候，得知米可利趁著休假来到附近的小智一行人，在附近的湖泊偶然看见「爱怜神奇宝贝」美纳斯与米可利的身影，但是…
第75集剧情介绍：七星级七星饭店！靠双打对战吃到全餐！！
小智一行人为了迎接某个人而来到立志湖畔附近的立志港。接著伴随著「好像好久不见了」的声音现身的人…竟然是小遥！小遥与小智等人因为久别重逢而欢欣不已。没想到，原来小遥也登记参加了米可利杯。而一行人前往小遥预约的立志湖畔人气NO.1餐馆「七星级七星饭店」用餐。不过，在这家饭店，必须要以双打对战赢过喜欢神奇宝贝对战的老板千秋以及他的未婚妻千夏，才能够吃得到料理。於是，小智与小刚、小光与小遥各自组成双打！究竟小智一行人，能不能吃到豪华料理呢？
第76集剧情介绍：大家都是劲敌！米可利杯！
小智一行人来到将连续三天举办神奇宝贝华丽大赛?米可利杯的会场湖滨渡假村，就在那里，见到为了参加米可利杯而来的小望。这次大会在巨蛋中央特别设置了有著巨大水池的舞台，让会场观众也兴奋不已！接著，迎接评审委员米可利後，米可利杯终於开始了。不过，因为连续2次大会失败而失去自信的小光，在正式上场前显得紧张不安。小望带了新伙伴「飞鱼神奇宝贝」萤光鱼、小遥派出「龟神奇宝贝」卡咪龟，而小智则是以米可利建议的泳气鼬挑战华丽大赛！大家都在米可利杯成为劲敌。究竟最後，小光能够通过第一次审查吗？
第77集剧情介绍：激战！各自的对战！
平安通过米可利杯第一次审查的小智一行人，回到湖畔度假村的旅馆，回顾各自的旅行彼此交流。这时候，小智与皮卡丘到附近的湖边散步，而湖泊中心突然有什麼在发光，并出现有著类似生物姿态的影子。然而就在要靠过去的那一瞬间，影子消失了。遇上这种奇妙体验的小智回到旅馆，与小光他们针对湖的传说进行讨论。然後，终於要迎接米可利杯的第二天！确定在第二次审查打头阵的小光以卷卷耳挑战华丽大赛！另一方面，小智遭到使用「灯神奇宝贝」电灯怪的难缠协调训练家阻挡。小智、小光、小遥及小望各自的对战赛，到底会如何演变？
第78集剧情介绍：决战！小光对小遥！
终於到了米可利杯的最後一天，赢得胜利晋级到准决赛的小光、小遥、小望，还有以些微差局击败小智的海斗等四位选手，展开了绚丽的华丽对战赛！！准决赛的对战分组是小光VS海斗、还有小遥VS小望。小光为了实现与小望在最终舞台战斗的约定，做好万全准备与波加曼共同迎接对战赛。对手海斗的神奇宝贝是「流氓神奇宝贝」铁螯龙虾。小光能击败海斗，晋级到最终舞台吗？还有，小望的魅力喵与小遥的「蝴蝶神奇宝贝」狩猎凤蝶展开激烈对战！究竟最後，称霸米可利杯拿下优胜的人到底会是谁！？
第79集剧情介绍：阳阳玛收服大作战！
小智一行人在前往湿原市的旅途中，在某个池边遇到追著「薄翼神奇宝贝」阳阳玛的新人训练家大成。看样子，大成与他命名为恰比的波加曼才刚刚开始旅行。听说他为了收服第一只碰到的神奇宝贝，连续追踪了三天，但是却总是被阳阳玛给逃掉。知道状况後，小智一行人决定帮忙大成进行第一次收服。在接受对战建议的同时，终於成功击倒阳阳玛的大成正要投出神奇宝贝球的那一瞬间，有人从池底出现了！没想到、那竟然是企图抢夺阳阳玛的火箭队！
第80集剧情介绍：灼热的小火焰猴！
为了下一场道馆赛进行特训的小智一行人遇见了真司。小智与真司果然一见面就因为彼此对神奇宝贝的看法不同争论起来。激动起来的小智要求进行对战，但是真司拒绝接受并准备离去。这时候，小火焰猴对真司提出对战的诉求。被小火焰猴打动而开始对战的真司，派出了圈圈熊…。
第81集剧情介绍：湿原大溼地的不良蛙祭典！？
终於抵达湿原市的小智一行人，马上前往道馆。虽然他们当场对道馆训练家吉宪提出进行道馆赛的要求，却因为对方有事而遭到拒绝，反倒还陪著吉宪去处理事情。而一行人搭乘火车到达的地方，是湿原大溼地。走著走著，从一望无际的广阔草原中传来奇妙的叫声，还有无数的不良蛙随之出现。原来这天是一年一度，举办「不良蛙祭典」的日子…。
第82集剧情介绍：湿原道馆！ VS极限假面！！
小智与神奇宝贝们在道馆赛之前进行最後调整。过程中，正在集中精神的泳气鼬被皮卡丘练习时发出的绝招命中，因此受了伤。这时候出现的人，是带著浮潜鼬出现的湿原道馆道馆训练家吉宪…。
在终於开始的道馆赛中，面对吉宪派出的先锋暴鲤龙，小智决定以皮卡丘挑战。虽然团队合作留有不安因素，但是…。
第83集剧情介绍：羡慕先生家的大胃王小山猪！
在前往缘之市的旅途中，小智一行人在草原遇见「星形神奇宝贝」皮宝宝与美丽的女仆莫妮卡。这时突然下起大雨，於是大家前往莫妮卡工作的宅第避雨。大方欢迎他们的屋主羡慕先生，平常会到各地去收集神奇宝贝，让它们在引以自豪的後院里玩耍，还对训练家及培育家开放後院。接著，一到点心时间，众多神奇宝贝就从後院聚集到宅第，高兴的开始吃点心。这时候，不知从哪里冒出来的「猪神奇宝贝」小山猪出现，把大家的面宝吃掉了。小光虽然为这只大胃王小山猪制作了面宝，但是…。
第84集剧情介绍：天蝎！友情之翼！
小智一行人在旅途中吃午餐时，天蝎跑来向小智表示要做对战练习。感受到天蝎想要变强的心情，小智开始替它进行特训。但是，受到以前与真司的天蝎王对战产生的影响，对於对战有恐惧感的天蝎在面对泳气鼬及草苗龟时怕得逃跑了。这时候，他们与正要前往立志湖调查传说中神奇宝贝的劲敌小茂久违重逢，并且决定由他来当天蝎的练习对象。可是，即使有小茂的明确建议也无法克服恐惧感的天蝎，让小智很烦恼。突然间，小茂表示「使用这个的话恐惧感也会减轻吧」并且拿出某个道具。这该不会是…。
第85集剧情介绍：标题：缘之时装大会！通往神奇宝贝风格设计师之路！！
抵达缘之市的小智一行人，前往缘之道馆挑战上次因为道馆训练家不在而无法进行的道馆赛。但是，这次又因为道馆训练家不在所以无法对战，让小智非常沮丧。这时候，偶像神奇宝贝风格设计师芭莉丝与「兔子神奇宝贝」长耳兔一同现身。接著，看到小光的卷卷耳之後，她建议小光去参加明天举行的缘之时装大会。缘之时装大会是开放给所有人参加的神奇宝贝手工流行饰品发表会，而且，赢得优胜的话还可以登上神奇宝贝流行志成为特写人物。结果小光要让卷卷耳参加，小智也不知怎麼的决定让皮卡丘出场，但是…到底会怎麼样呢？
第86集剧情介绍：路霸可达鸭！
小智一行人在前往神和镇的途中，在深谷中唯一的道路上遇见三只可达鸭。想要通过这条路的小智一行人，不明究理地碰上可达鸭们一起攻击挡道的路霸行为。想要设法通过的小智一行人挑战对战，却对可达鸭们的合力攻击毫无招架之力。考量到可达鸭当路霸或许是有什麼原因，小智一行人将要…。
第87集剧情介绍：神奇宝贝暑期讲座开课！！
小智一行人在旅途中，决定要到天冠山山麓去参加山梨博士主办的神奇宝贝暑期讲座。暑期讲座是个聚集由四面八方而来的训练家，让大家在一周内共同生活，与众多神奇宝贝接触学习的地方。而且各个训练家会分为红组、蓝组与绿组进行班级对抗，竞争得分。第一天的课程兼具自我介绍的功用，是让每个人从山梨研究所管理的神奇宝贝球当中选出一颗，与当中的神奇宝贝培养感情後，再彼此进行神奇宝贝对战！！但是会选到哪种神奇宝贝当伙伴，都要看选到的神奇宝贝球。小智选到的神奇宝贝球是…？
第88集剧情介绍：研究报告 「湖的传说」！
神奇宝贝暑期讲座第三天的课程是观察神奇宝贝。大家要与在讲座附近的湖泊里的水系神奇宝贝接触交流，并且依照班别向老师报告观察结果。小智一行人立刻前往湖边，以素描或是一起游泳的方式观察自己选择的水系神奇宝贝。然後突然间，湖泊远处有青色光芒在闪烁，而小智一行人发现小葵的小猫怪不见了。这时候，分在蓝组却一起跟来的考平，告诉大家这座湖有著传说，内容是「当不可思议的青色光芒闪烁之时，神奇宝贝就会消失不见」。究竟小猫怪身在何方？还有，青色光芒的真面目到底是什麼？
第89集剧情介绍：放学後是幽灵出没时刻！？
神奇宝贝暑期讲座第五天的课程，是学习与幽灵系神奇宝贝的正确接触方式。规则是各班同学两两分组，取得放在附近山上遗迹的课程奖牌并带回校区，换句话说就是试胆大会。於是，小智与小葵一组，小光和小刚则分别与班上同学一组。另一方面，蓝组的考平不知道为什麼，受到应该没有参加讲座的小女孩邀约搭档。活动当中，以遗迹为目标前进的小光，目击到据说会把人带往灵界的「握爪神奇宝贝」夜黑魔人袭击考平的场面。但是，应该与考平同行的小女孩却不见踪影。这到底是怎麼一回事？
第90集剧情介绍：最後的大决战！神奇宝贝铁人三项！！
神奇宝贝暑期讲座最後一天的课程是暑期讲座最大的活动──神奇宝贝铁人三项。这是活用在一周内学到的事物与经验，与神奇宝贝合作越过三道难关抵达终点的竞赛。首先是在起跑地点选择讲座所准备的神奇宝贝球，与当中的神奇宝贝共同穿月森林前往湖泊。然後在湖边选择下一颗神奇宝贝球，与水系神奇宝贝渡过湖泊，最後是要与自己平时搭档的神奇宝贝一起通过终点。追在考平的蓝组之後，排名第二的小智他们红组，企图靠这场神奇宝贝铁人三项反败为胜。究竟最後，赢得优胜的到底会是哪一班呢。
第91集剧情介绍：回归原点的火箭队！？
以神和镇为目标的小智一行人在旅途中，带著特训过度累倒的波加曼前往神奇宝贝中心。此时，在神奇宝贝暑期讲座度过悠哉生活，又靠充足打工薪资维持三餐不缺还睡午觉的富足生活的火箭队，正在爬坡追踪小智一行人。但是，一下就累的他们决定到附近的餐厅吃豪华午餐。这一去，让武藏发现喵喵的异变，它头上的「金币」竟然被赘肉埋起来了！而且还发现武藏与小次郎也胖到圆嘟嘟的。这种情况下，朝著「犀利、冷酷而且饥饿的恶人中的恶人」这个火箭队原始形象，决心回归原点的武藏他们开始进行特训，但是…。究竟火箭队能不能抓到小智的皮卡丘呢！？
第92集剧情介绍：舞动的道馆训练家！ 梅丽莎登场！！
旅途中，前往某个城镇的神奇宝贝中心时，小智一行人与正和陌生对手进行华丽对战赛的小望重逢、并且开始观战。但是小望毫无招架之力的败在使用梦妖魔的训练家手下了。原来，她的对手正是缘之道馆的道馆训练家梅丽莎。梅丽莎是为了以训练家的身分收服神奇宝贝、累积对战经验并创造专属对战风格而旅行。曾以协调训练家身分有活跃表现的她追求的是，华丽大赛的美感！以及道馆赛的激烈！集两者於一身的原创对战风格。面对如此表态的梅丽莎，小智要求进行神奇宝贝对战，小光则是华丽对战赛，但是…
第93集剧情介绍：帕奇利兹发烧了！两个人看家！？
在前往神和镇的旅途中，小智一行人在山中小屋休息。这时候，得知附近药铺评价不错的小刚，在将整理好的照顾事项清单交给小智後就出去采买了。依据记事内容，首先要帮神奇宝贝冲澡。小智与小光很快就分工把神奇宝贝们打理乾净。再来是午餐时间。小光亲自下厨做松饼给大家吃，顺利的处理好这项工作。这时，小智与小光发现帕奇利兹因为发高烧而难过不已。但是，在附近没有神奇宝贝中心，小刚又不在的情况下，不安的两人开始互相指责「都是小智用冷水去冲它！」「是小光的松饼害它吃坏肚子！」就此大吵一架。帕奇利兹到底会怎麼样呢！？
第94集剧情介绍：神奇宝贝华丽大赛！神和大会！！
抵达神和镇的小光一行人，在华丽大赛前与小光的母亲彩子通电话，谈到她以前的劲敌百合。百合是20年前，连战连胜的协调训练家彩子初次输掉的对手，目前已从协调训练家界引退，以帮训练家及神奇宝贝做风格设计的顶尖神奇宝贝风格师身分走遍世界。小光得知百合的店在附近於是去拜访，却因为人不在而扑空，只好直接前往华丽大赛会场。接著，神奇宝贝华丽大赛?神和大会开始了！小光和卷卷耳在休息室等待参加第一次审查，这时休息室的萤幕上显示出第一次审查的首位协调训练家。没想到，那竟是睽违20年後复活的，带著「樱花神奇宝贝」樱花儿的百合！
第95集剧情介绍：银河队来袭！！－前篇－
华丽大赛结束後，小智一行人正要出发前往缘之市。这时候电视上播出临时新闻插播，内容是「从百代市送往神和镇历史研究所的传说中的宝玉『金刚玉魂』，遭到银河队袭击抢夺」。同时得知冠军?竹兰来到历史研究所的小智一行人决定去见她。久违重逢的竹兰，将她担任研究所馆长的祖母芥子兰与研究神奥时空神话的赤日介绍给大家认识。在赤日的提议下，芥子兰让小智一行人观看研究所保管的另一颗宝玉「白玉魂」。突然间，激烈的晃动伴著研究所外的爆炸声一起出现。原来，这都是银河队搞的鬼！
第96集剧情介绍：银河队来袭！！－後篇－
想夺走传说中宝玉「白玉魂」的银河队突然出现在小智一行人面前，对手有指挥作战的镇星、带著「山猫神奇宝贝」东施喵的夥星，以及无数的大嘴蝠。为了从银河团手中保护宝玉，竹兰派出烈咬陆鲨与「海牛神奇宝贝」海牛兽，小智一行人也和神奇宝贝们合力对抗。於是，「白玉魂」争夺战越加激烈。突然间，协助研究所警备工作的警官抢走「白玉魂」打算逃跑，而他们竟然是变装成警官的火箭队。究竟最後「白玉魂」的去向如何？还有，高呼「创造新世界」口号的银河队目的为何？现在，被称为神的神奇宝贝帝牙卢卡与帕路奇犽，以及两颗宝玉的关系即将揭晓！！
第97集剧情介绍：漂浮的不明怪物！？
小智一行人在前往缘之市的旅途中，决定拜访小葵在随意镇经营「抚养屋」的老家。为久别重逢欣喜不已的小智一行人，向小葵询问在路上听说的「随意镇出现围巾怪物」的谣言，得到了那只是谣言的否定。然而，就在小智说出「在森林里看到类似身影」的那瞬间，小葵就想到有急事要办而冲出门。觉得担心的小智一行人决定跟过去，结果发现站在小洞窟入口前的小葵。看来在双亲出门这段时间，小葵以抚养家身分受托照顾的神奇宝贝就在这个洞窟里，而那与传言中的围巾怪物似乎有关系…这到底怎麼回事！？
第98集剧情介绍：四天王阿柳！相遇与别离之森！
小智一行人在旅途中经过的城镇，莫名聚集了大批人潮，原来是四天王中的阿柳要进行公开练习！观摩之後，小智一行人因缘际会的受邀前往阿柳的训练中心。那里的虫系神奇宝贝们都过著悠闲地生活。参观时，小光发现一张照片，在上面的是还很年幼的阿柳与「芋虫神奇宝贝」刺尾虫。据说那是阿柳初次收服的对象，如挚友一般的神奇宝贝。但是，周围怎麼看都没有像是那只刺尾虫的神奇宝贝。面对询问刺尾虫去向的小智一行人，阿柳也只是含糊应对。难以启齿的四天王的过去，那到底是怎麼一回事呢？
第99集剧情介绍：草苗龟、树林龟…以及土台龟！
为了观赏冠军大师防卫战，绕到某间神奇宝贝中心的小智一行人遇上好久不见的真司。可是，为了小火焰猴吵起来的两人，决定进行对战！小智以草苗龟挑战真司的「老大神奇宝贝」乌鸦头头！而对战一开始，面对乌鸦头头的强力绝招，小智这方逐渐被逼入绝境。这时候，接下乌鸦头头攻击的草苗龟，竟然进化成树林龟！虽然想一口气发动攻势，树林龟不如以往俐落的动作却令小智困惑。但是，一旁有个冷静看著那样的树林龟的身影。那是真司的土台龟…。
第100集剧情介绍：劲敌训练家 阿驯登场！！
为了这次一定要和梅丽莎进行道馆赛，小智一行人再度来到缘之市。此时突然有个陌生训练家撞了过来！但是，那个训练家撞到人还毫无歉意，叫著「在搞什麼啊！」就跑走了。一时目瞪口呆的小智他们也记起「目的是道馆赛！」而重新鼓起斗志，结果却又白跑！因为挑战一再受阻而失望的走在路上时，又再度与人相撞了！抬头一看就发现眼熟的身影。他的名字叫阿驯，看来是与搭挡帝王拿波一起以成为世界上最强的训练家为目标，而且还说崇拜的对象是真司！？小智到底要怎麼办呢？
第101集剧情介绍：缘之道馆赛！VS梅丽莎！！
小智终於要迎接与缘之道馆的道馆训练家梅丽莎的道馆赛！梅丽莎派出的第一只是「影子神奇宝贝」的耿鬼，小智则选择了泳气鼬。虽然泳气鼬自负在对战时有绝对的自信，却因为耿鬼那幽灵系特有的动作而陷入严峻苦战！更雪上加霜的是，梅丽莎的神奇宝贝使出最擅长的绝招「催眠术」！为了防堵这个战术而再三特训的小智与神奇宝贝们，终於面临测试秘密计策的时刻，但是…。究竟最後，小智能不能从梅丽莎手中取得胜利，拿到第五个徽章呢？
第102集剧情介绍：混战混乱的水脉市！
经过飞行船航程，小智一行人抵达水脉市。可是，埋伏在那的火箭队的圈套，让小智一行人和手边的神奇宝贝都走散了。想著「先找到就能收服！」的武藏、小次郎为这大好良机而狂冲！小智等人也急忙追赶上去！另一方面，在小智等人正在搜寻的皮卡丘面前出现的，是火箭队的喵喵。虽然理所当然的警戒，但喵喵的样子和平常不同：？它竟然说要退出火箭队，成为小智一行人的同伴！於是，皮卡丘它们和喵喵一起行动。究竟喵喵的真实心意为何？皮卡丘它们能够平安回到小智一行人身边吗？
第103集剧情介绍：克雷色利亚对达克莱伊！
水脉市由众多岛屿组成，小智一行人造访了其中设有水脉道馆的岛屿。虽然提出道馆赛的要求，但现身的人却是有严重黑眼圈的道馆弟子。告诉小智一行人道馆训练家不在的弟子，甚至在打了个大呵欠之後就直接站著睡著了！正当大家感到不可思议开始观察的时候，对方却突然发出惨叫惊醒、然後跑走了。不明所以的小智一行人，到镇上的警局去问询问君莎小姐才知道，这座岛上的人似乎都因为每晚做恶梦导致睡眠不足。而且，询问缘由後更听到了惊人的答案！原因竟然是「暗黑神奇宝贝」…。
第104集剧情介绍：羊羹与洛托姆！
暂时停留在水脉市的小智一行人，和久违的大木博士联络时，听说了只在「森之洋馆」饭店才吃得到的「森之羊羹」的事，立刻决定要去吃羊羹。但是，不巧碰上旅馆停业，而且还听说旅馆有妖怪出没！就在大家准备放弃的时候，应该没人的旅馆大门自动打开了！小智等人大吃一惊，唯独皮卡丘发现到什麼，跑进旅馆里去了！慌忙追过去的小智他们，不得已地在寂静的旅馆中前进，面前的地板上却出现不该在这的微波炉。和不可思议地观看的小智等人不同，只有皮卡丘感到兴味盎然。这时，微波炉突然袭击过来了！
第105集剧情介绍：和神奇宝贝感情融洽的方法！？
小智他们在等待道馆训练家归来的同时努力特训。小光也为了让小山猪进化而成的"野猪神奇宝贝"长毛猪在下次华丽大赛出道而展开特训，但是长毛猪却不听小光的话！它甚至还被食物的味道吸引，随便跑到别地方去。这让小光对往後能否与它好好相处感到不安。这时候，小智一行人看到了写著「神奇宝贝交友训练营」的海报！上面竟然说，只要和神奇宝贝一起参与课程，就能够和它们感情变好！这样就万无一失！小光这麼想著，马上就前往训练营，但是…。
第106集剧情介绍：战槌龙VS护城龙！！
得知道馆训练家已经回来，小智一行人立刻前往水脉道馆。在大家抵达道馆前的时候，听见里面传来很大的争吵声！进去一看，在对战场地里的人竟然是水脉道馆的道馆训练家?东瓜，以及钢铁道馆的道馆训练家?瓢太！原来，这两个人是父子！刚才的争吵声是都擅用由化石复活的神奇宝贝、还同为道馆训练家的这对父子，在争论谁比较喜欢化石的声音。而且光是争吵还不够，事态最後发展到对战！东瓜以自豪的护城龙迎击瓢太的战槌龙！双方都毫不相让的大激战！到底会怎麼样呢！？
第107集剧情介绍：水脉道馆赛！钢系对战！！
期盼多时、与道馆训练家东瓜的水脉道馆赛终於要开始了！小智选择小火焰猴、泳气鼬与天蝎王展开对战！东瓜派出的第一只是铜镜怪！而小智则以适性良好的小火焰猴挑战！小火焰猴使出炎系绝招一口气抢功，但是对上东瓜固守防御等待机会的战术，一直没法造成决定性的伤害！然而攻击还是最大的防御！小智坚持不减缓攻势，强势地继续攻击！是防守的东瓜，还是进攻的小智会赢呢。两人互不相让的信念彼此冲突，决定了第六个徽章的去向！！
第108集剧情介绍：迷路的吼吼鲸！
为了前往举办下一场华丽大赛的木通镇，小智一行人来到水脉市的码头。正要吃午餐的时候，神奇宝贝食物被突然出现的"电光神奇宝贝"勒克猫抢走了！小智与皮卡丘追著勒克猫进入了下水道。他们在那看到，勒克猫把神奇宝贝食物送给迷路的"球鲸神奇宝贝"吼吼鲸！勒克猫是住在下水道里的神奇宝贝们的领导者，它想要帮助吼吼鲸。小智知道勒克猫的心意後，主动表示要帮’忙让吼吼鲸回到海里！可是，与勒克猫它们合作进行的计划，规模非常大！真的能顺利做到吗！？
第109集剧情介绍：亚玄与路卡利欧！
小智一行人在水脉市的神奇宝贝中心，等待前往木通镇的船。这时他们接到一通电话。竟然是在钢铁岛修行的阿驯打来的！不过，阿驯看来跟平常不太一样。一问之下才知道，原来阿驯的帝王拿波突然间开始胡乱攻击。阿驯一心想著「要查出原因！」，为了帮忙他，小智一行人也决定前往钢铁岛！抵达钢铁岛後，他们看到了四处大闹的"钢系神奇宝贝"们。神奇宝贝袭击神奇宝贝的景象，让小智他们哑口无言。面对试图阻止暴走的小智，钢系神奇宝贝们发动了攻击！！此时，路卡利欧与一位波导使者现身保护了小智！！
第110集剧情介绍：钢铁岛的遗迹！
与波导使者亚玄一起调查钢铁岛异变的小智一行人，得知造成钢系神奇宝贝暴走的原因，是覆盖了整座岛的低周波。同时，亚玄那以波导之力防御低周波的伙伴?路卡利欧，因为无法阻挡突然发生、直冲天际的强大能源波，还是失控暴走了！追著路卡利欧而去的小智一行人，看到的竟然是在调查巨大遗迹的银河队干部?夥星。接著，发现是可疑装置产生出能源的小智他们，现身对抗银河队。银河队的目的是什麼？究竟他们能不能拯救钢系神奇宝贝呢！？
第111集剧情介绍：皮卡丘?波加曼漂流记！
小智一行人搭上船，前往下一场神奇宝贝华丽大赛的举办地木通镇。波加曼与皮卡丘在船内游玩，不过，它们在小智等人稍不注意的空档，被潜入船内的火箭队带走了！火箭队喊著「好棒的感觉啊～！」准备逃跑，但是海象突然恶化，让皮卡丘它们趁机逃脱了！皮卡丘它们漂流到了一座无人岛。为了回到小智等人身边，它们努力的奋斗，这时却看到岛上的神奇宝贝们在拼命搬运石头的样子！跟去一看，目的地有不可思议的茧和对它有反应的大量岩石…这个茧到底是什麼！？而皮卡丘它们能平安回到小智等人身边吗？
第112集剧情介绍：爱恶作剧的霏欧纳！
小智他们抵达了要举行神奇宝贝华丽大赛的木通镇。不过，整个城镇都处於热闹的祭典状态，到处都在贩卖"海洋神奇宝贝"霏欧纳的商品！原来这个时期，似乎可以在木通镇看到霏欧纳。而且据说能看到霏欧纳的话，幸运就会降临。对鼓足干劲、马上要挑战华丽大赛的小光来说，这是独一无二的机会！她想著「绝对要看到霏欧纳」，搭上了可以赏霏欧纳的船。接著，远方出现发光的身影…。小光他们到底能不能，遇见霏欧纳得到幸运呢！？
第113集剧情介绍：神奇宝贝华丽大赛！木通大会！！
小光他们结束为了明天举行的神奇宝贝大赛?木通大会所做的特训。在期待已久的点心时间，看到最喜欢的面宝让帕奇利兹非常开心！然而，面宝却在眼前被"洞穴神奇宝贝"尖牙陆鲨踩烂了！气到发抖的帕奇利兹，似乎因为食物的怨恨而发动了新绝招"愤怒之牙"！但是像要制止它一样，一名协调训练家出现了！这位少女名字叫乌拉拉，她的目标是与尖牙陆鲨一起参加华丽大型庆典，所以才来参加木通大会。而且乌拉拉不知为何对小光显示出敌意！那种态度让小光忍无可忍，决定在木通大会和她一决胜负，可是…。
第114集剧情介绍：狂野君莎与搭档聒噪鸟！
小智一行人为了到切锋市进行道馆赛而持续旅行。途中，想要抢皮卡丘的火箭队出现了！虽然皮卡丘使出"十万伏特"惊险渡过危机，却因为冲过头在空中失去平衡！就在小智他们因为来不及接住皮卡丘而焦急的时候，骑著机车的君莎跳上半空中直接接住皮卡丘！在千钧一发之际救了它。可是，戴著墨镜、肩上停著"音符神奇宝贝"聒噪鸟的这位君莎，气质好像跟其他君莎不太一样…。然後，这个自称狂野君莎的人物，拜托小智一行人帮忙进行逮捕火箭队的搜查，可是…
第115集剧情介绍：暴风雪中的雪妖女！
小智一行人，朝著切锋市前进，在雪地中继续他们的旅程。但是，下个不停的雪让他们迷路了。这时，在小智等人面前，出现了一只向他们招手的"雪国神奇宝贝"雪妖女。跟过去一看，竟然有一栋小木屋！雪妖女准备了温暖的热汤、还有神奇宝贝用的浴缸。波加曼高兴的跳了进去，但是下一瞬间就被冻住了！原来小木屋是个陷阱！小光质问它为什麼要这麼做，结果从更里面传来火箭队喵喵的声音。照先落入陷阱的喵喵的说法，要救波加曼就得先帮雪妖女。到底雪妖女的目的是什麼！？
第116集剧情介绍：火箭队解散！？
火箭队像往常一样为了抢皮卡丘而骚扰小智一行人。但是，他们又失败了。被皮卡丘打飞，身心都疲惫不堪的火箭队发现一间拉面店，马上就冲进去要填饱肚子。而他们在那里遇上意想不到的人物！原来那间店的店长是武藏和小次郎在火箭队培训所时期的学弟！而且他还想挖角喵喵到他的店里工作。对总是失败的火箭队感到厌烦的喵喵，竟然接受了！而且连听喵喵表明决心的武藏都说要退出火箭队！只剩下小次郎一个人。究竟火箭队会变成什麼样子呢！？
第117集剧情介绍：神奇圆环！天空大决战！！
旅行途中，小智一行人经过强风镇。在那个镇上，正在进行由飞行系神奇宝贝争夺圆环的「神奇圆环」竞技大会。对「神奇圆环」兴致勃勃的小智他们，决定要派姆克鸟登记参加大会！小智与姆克鸟巧妙的使用绝招通过第一轮比赛。在等待第二轮的空档，小智一行人等在萤幕前要观看其他参赛者的比赛。此时映入眼帘的，竟然是真司与乌鸦头头！两队都顺利的晋级，终於在决赛碰上！小智VS真司。以「神奇圆环」强风镇大会为舞台展开的比赛，最後将是谁胜谁负！？
第118集剧情介绍：激烈冲突！象牙猪VS波士可多拉！！
朝著切锋市前进的小智一行人，正穿越广大的森林。半路上发现水壶已经没水可喝的小光，一个人去装水。此时，波士可多拉突然出现出现在小光眼前，并且发动攻击！慌张逃命的小光在混乱中摔落山崖，被河水冲走了！努力游上岸的小光，为了找小智他们而进入森林。结果，波士可多拉又出现了！认为逃跑无法解决问题的小光决心应战，她选择的是唯一能与重量级的波士可多拉对抗的象牙猪！但是象牙猪又不听话了。小光与象牙猪，到底能不能渡过这次危机呢！？
第119集剧情介绍：怕寂寞的雪笠怪！
为了挑战切锋道馆，在雪地中持续旅行的小智一行人为树林龟进行特训。这时候，就像先前的晴天是假象一样，吹起了暴风雪！大家慌张走避，却瞬间就被冰住！接著，出现一只喜孜孜地看著小智他们的神奇宝贝。它是"树冰神奇宝贝"雪笠怪！看样子，它是为了引起人类注意才恶作剧。小智等人靠小火焰猴的火焰融冰脱困，却又因为雪笠怪恶作剧而引发大混乱！不过，大家很难对没有恶意的雪笠怪生气，只有无奈地让它同行。小智一行人与雪笠怪的旅程，到底会怎麼样！？
第120集剧情介绍：进化！这时候波加曼会如何！？
得知立浪镇要办神奇宝贝华丽大赛的小光，正在为华丽大赛做特训。小光的神奇宝贝们就像平常一样，活力十足的跑出神奇宝贝球。但是，只有波加曼莫名的没精神。大家都担心它是不是哪里不舒服，波加曼却还是逞强表示没事。这时候，波加曼的身体突然开始发光！大家都为这进化的徵兆感到兴奋，波加曼却不知为何使用「忍忍」放出进化的能量！很高兴看到波加曼进化的小光，无法理解它的行动。究竟拒绝进化的波加曼，真正的想法是什麼！？
第121集剧情介绍：神奇宝贝华丽大赛?立浪大会！！
立浪大会终於要开始了！只差一个缎带勋章就能参加华丽大型庆典的小光充满斗志。加上青梅竹马的劲敌健悟也要出场，让她忙著练习。而立浪大会从第一次审查就展开激战！比小光少一个缎带勋章的健悟说绝对要在这场大会追上来，高分贝向小光做出宣战布告！而他也如宣言般以最佳表演展现出豪力的力量。相对的，小光也坚持绝不让出第五个缎带勋章，与融入新动作演出的双尾怪手做出默契十足的表演！劲敌之间互不相让的对抗。立浪缎带勋章会落入谁手中！？
第122集剧情介绍：神奇宝贝乒乓大会！双尾怪手加油！！
阿驯充满斗志的要与帝王拿波一起称霸神奇宝贝乒乓大会。虽然还是新手，不过小智他们也报名了。神奇宝贝乒乓，是由神奇宝贝与训练家两人一组打球的竞赛。小智选择皮卡丘，小光则与双尾怪手搭档挑战大会。他们利用开赛前的空档进行加强特训，而双尾怪手在练习中利用两条尾巴使出了强力杀球！看到这一幕的大会上届冠军O选手，似乎认为双尾怪手有著过人的天分。在万分期待下，神奇宝贝兵乓大会终於开始了！不同於对战和华丽大赛的兴奋就在这里！令人屏息的激战，优胜的桂冠究竟会落入谁手中！？
第123集剧情介绍：樱花宝！让人心疼的对战！？
在旅途中经过防空镇的小智一行人，遇见了只喜欢可爱的神奇宝贝、有著怪异「个人规则」的少女马丽玲。根据她的规则，小光的卷卷耳是合格的，波加曼却算不可爱。被莫名其妙的「个人规则」耍得团团转，再加上波加曼被轻视，让小光怒上心头，接受了马丽玲提出的对战！可是，马丽玲不但不对"樱桃神奇宝贝"樱花宝发出攻击指示，还在看到樱花宝忍耐伤势的时候大喊「让人心疼的可爱！」。看到马丽玲的对战方式，高喊「这是不对的！」大声抗议的人，竟然是小刚！
第124集剧情介绍：训练家培育学园的小菘老师！
小智一行人终於抵达切锋市，并且与好久不见的小望会合。这时候，突然有「冰粒」朝著小智他们飞来！而发出攻击的是"树冰神奇宝贝"暴雪王，还有一名训练家！这人的身分，竟然是切锋道馆的道馆训练家?小菘！受到粗暴欢迎的小智等人，在知道这是小菘风格的招呼之後，毫不在意的请她带路参观市内。小菘带著大家来到了训练家培育学园，原来她是这里的老师！小智他们对道馆训练家开的课很感兴趣，但是上课时竟然开始进行神奇宝贝抢答式机智问答！不过这种令人惊讶的课程，其实有它的秘密存在……。
第125集剧情介绍：切锋道馆！冰之对战！！
终於到了切锋道馆道馆赛的日子！与专攻冰系神奇宝贝的道馆训练家?小菘的对战，是在神奥地方的第一次4VS4道馆赛！小智以树林龟、姆克鹰、天蝎王及小火焰猴挑战。气势十足的小菘派出的第一只是"尖爪神奇宝贝"狃拉！而小智则选了树林龟。原本就很敏捷的狃拉，利用冰对战场地更加快速度，以速度压制树林龟！无论适性或速度都对树林龟不利，可是它逮到瞬间的机会，发挥出真司的土台龟教它的重量级战斗方式！双方战况势均力敌。小智能够得到冰河徽章吗！？
第126集剧情介绍：对战金字塔！真司VS神代！！
在切锋市的神奇宝贝中心住宿的小智他们，遇到了真司的哥哥?雷司。小智等人正为这久违重逢感到惊讶，没想到又有更意外的人出现！关都的开拓之脑、金字塔法老神代竟然出现在当地！小智他们很高兴的谈起在关都的对战，可是真司一听说小智曾经打赢神代，马上就变了脸色，让人根本无法联想到平常冷静的真司。接著真司突然要求神代进行对战！真司心里究竟藏著什麼样的想法！？
第127集剧情介绍：复活的雷吉奇卡斯！ J再度出现！！
一辆汽车开到刚看过真司与神代对战的小智一行人身边，从车上下来的是守护切锋神殿的巫女。照她的说法，神殿发生了大事！神代与小智他们赶往神殿，而在那看到的，是正袭击神殿的神奇宝贝猎人J与手下！他们的目标是传说中在神殿沉眠的雷吉奇卡斯。如果它落入J的手中就糟了！可是，他们慢了一步，被强制唤醒的雷吉奇卡斯气到发狂，开始暴走了！而且雷吉奇卡斯前进的方向是切锋市！到底小智他们能不能解除这场危机呢！？
第128集剧情介绍：电龙列车！帅哥登场！！
为了前往睿智湖，小智一行人搭上了列车，并且在车上认识了一名叫做帅哥的男子。有点糊涂的帅哥买了太多特产车站便当，於是在车上把便当分送给乘客。小智他们就跟著送便当的帅哥一起到了驾驶室。那里有"灯神奇宝贝"电龙在帮忙驾驶！就在大家因为神奇宝贝的活跃而感动的时候，发现前方的讯号灯变成红色，於是列车紧急停车！驾驶认为没有通知就变色的讯号很可疑，於是请车掌去调查。这时，帅哥也要求同行。但是，帅哥的行动当中隐藏了某个秘密…。
第129集剧情介绍：全面对战！真司VS小智！！ －前篇－
小智一行人为了实现与真司全面对战的约定，来到湖面波光粼粼的睿智湖畔。两位风格完全相反的神奇宝贝训练家，终於要展开激战。两人的全面对战，应该会是双方气势十足的冲突。但是，不只是真司，连小智都冷静观察对手的神奇宝贝，活用替换机制，带出意外的发展。对战在小智的树林龟与真司的乌鸦头头对峙的瞬间，出现了变化。看到以前刚从草苗龟进化时无力招架的对手，树林龟的斗志如烈火般狂燃！真司与小智，无法相容的两位训练家在对战最後发现的是…。
第130集剧情介绍：全面对战！真司VS小智！！ －后篇－
真司与小智展开了一场彼此信念之争的对战！在双方各有一只神奇宝贝被击倒的局面下，与真司的鸭嘴焰龙对峙的是──小智最好的搭档皮卡丘。以信任的力量渡过以往无数危机的小智与皮卡丘，勇敢地挑战鸭嘴焰龙！真司一直否定小智的对战风格，但是小智与神奇宝贝们的羁绊在他眼前引发奇迹！对战尾声，真司的圈圈熊就要打倒小智的小火焰猴时，回应小智的信赖，发挥潜力的小火焰猴出现异变！这该不会是…。劲敌对战终於分出胜负！结果将会如何！
第131集剧情介绍：由克希之影！
在全面对战中输给真司的小智，为了让受伤的神奇宝贝们治疗休养而前往神奇宝贝中心。输给真司的事实、同伴们痛苦的模样，杂乱的思绪折磨著小智。看到这种状况的小光，与波加曼一起计画，展开帮小智打气的行动。另一方面，乔伊小姐持续治疗神奇宝贝，在一旁帮忙的小刚为了伤势严重的猛火猴去寻找树果。小刚走到了睿智湖畔。他在那里看到的，竟然是漂浮在湖面上的、传说中神奇宝贝?由克希的影子！
第132集剧情介绍：森林之王！巨蔓藤！！
小智一行人朝睡莲镇继续旅行。小光为了准备华丽大赛，与象牙猪努力练习。但是，并不习惯表演绝招的象牙猪失败连连，最後还闹彆扭跑到森林里去了！它被急忙追上的小光说服，正要回去找大家的时候，草丛里出现有东西再动的声音！象牙猪与小光警戒起来，接著眼前突然出现"藤蔓神奇宝贝"巨蔓藤，还以「吸收」攻击过来！象牙猪因为力量被夺走而动弹不得，但是巨蔓藤却不知为何靠了过来，留下了香柚！夺走力量又帮忙回复。这到底是怎麼回事！？
第133集剧情介绍：全员参战！神奇宝贝大胜利！！
朝睡莲镇持续旅行的小智一行人，被街上的海报吸引。那是在神奥地方大受欢迎的节目「神奥?神奇宝贝大胜利」的参加者募集广告！身为节目忠实粉丝的小光，毫不犹豫的与小智还有小刚一起登记报名。但是，这个大会其实是火箭队办的冒牌活动！测试运动神经、和神奇宝贝的默契以及超越苦难能力的「神奥?神奇宝贝大胜利」，是火箭队鼓足了劲要招募优秀团员的手段！而他们注意到两个人！虽然火箭队想让那两人加入，但他们却有著某个秘密…。
第134集剧情介绍：天冠山的遗迹！银河队的阴谋！！
在前往睡莲镇途中，小智一行人经过将神奥地方分为东西两边的高山?天冠山，在山麓看到粉红色无壳海牛。可是，他们正在应该只有蓝色无壳海牛的天冠山东侧。知道这件事後，一行人决定带粉红色无壳海牛越过天冠山。无壳海牛与小光的波加曼成了朋友，意气洋洋的出发。这时候，它们掉进天冠山山边的洞穴！小智等人急著追去，却在洞里发现人工开凿的隧道。一边觉得不可思议一边前进的他们，看到了光线！但是，走出隧道的小智一行人眼前出现意想不到的景象！
第135集剧情介绍：玛力露?波加曼?电击怪！！
旅途中，小智一行人经过某个树果园。被一堆珍奇树果包围的波加曼兴奋不已，但是它突然撞到东西！原来是"水鼠神奇宝贝"玛力露的尾巴。气愤的波加曼想回头数落对方，却在和玛力露视线相对时，样子突然变得很怪！全身无力的摇来晃去，眼睛满是爱心。难道是恋爱吗！？它对玛力露展开猛烈攻势！它们开始慢慢亲近，不过事情果然没那麼顺利。出现了像要破坏和乐同行的两者感情一般的电击！笑得嚣张的电击怪现身。突来的三角关系！波加曼的恋情将如何发展！？
第136集剧情介绍：小光对妈妈！亲子对决！！
小光的妈妈?彩子被选为双叶祭典的委员！？听说这件事的小智一行人来到小光的故乡双叶镇。当地正进行祭典的准备，彩子也忙得不可开交！准备告一段落後，小智一行人在小光家接受款待吃晚饭。屋里陈列著彩子在协调训练家时期赢得的诸多奖章。再度看到这些东西的小光，心中产生某种感情。那就是，想让妈妈看看自己成长後的力量！华丽大型庆典之前，必须超越的高墙。对手是以魅力喵、月精灵进行华丽演出的母亲?彩子，小光的魅力表演能发挥到什麼地步呢！？
第137集剧情介绍：拯救大木博士！牛蛙君对不良蛙！！
在热闹滚滚的双叶祭典中，小智一行人努力的帮忙彩子。今天的重头戏是大木博士的神奇宝贝讲座！但是到了约好的时间博士还没出现。担心他的小智等人到附近的沼泽区一带去接他。结果却在那看见博士被带走！那是牛蛙君！？同一时间，在双叶祭典拼命打工的火箭队，打算假扮成大木博士贩售商品大赚一笔。小次郎打扮得和博士一模一样，开始营业！正准备全力做生意时，竟然因为装得太像被当成本尊拉上演讲台了！意外不断的演讲！到底会怎麼样呢！？
第138集剧情介绍：天然雀、天然鸟…不可思议的森林！
帮忙双叶祭典活动的小智一行人，正在镇上四处逛摊位的时候，阿驯出现了！与小光一样住在双叶镇的阿驯，也是为了双叶祭典回来。久违重逢，小智与阿驯决定进行对战！在帝王拿波与皮卡丘展开激战的时候，阿驯突然发现在天上飞行的东西！那是"精灵神奇宝贝"天然鸟！一发现它，阿驯就以惊人气势追去！据说是那只天然鸟有秘密的样子。他们跟去的地方，竟然是个马戏团！？大家在那里看到的是，前所未见的、神奇宝贝们惊人的模样…！
第139集剧情介绍：对战大君！那名男子、名叫桄榔！！
双叶祭典的压轴活动，对战大会！而且，优胜者可以和神奥地方最强的开拓之脑──桄榔战斗！听到这个消息，小智当然不会放过，阿驯、小光，甚至连小刚都登记参赛了！在这场激战不断的大会中称霸的是，发挥善於实战长处的小智！他延续这股气势，挑战最强的男人?桄榔！而对手选的神奇宝贝是"?锥神奇宝贝"超铁暴龙！那强猛踩踏大地的姿态充满魄力！面对这个对手，小智选的是同样以力量为主的树林龟！激战将至！这场战斗绝对不能错过！！
第140集剧情介绍：史上最邪恶的波克比！
小智一行人以举办下一场华丽大赛的睡莲镇为目的地。途中，他们发现一座巨大的塔，意外地进去了！可是那座塔，其实是火箭队的秘密基地！小智等人被关在牢笼当中，让火箭队为了作战成功大为得意！这时，隔壁的粮食仓库传来声音。过去一看，竟然发现"针球神奇宝贝"波克笔的身影！送来幸福的神奇宝贝…本该如此的波克比，却超爱恶作剧！它花招百出，不只是火箭队，连小智等人都一再落入圈套。而且最後还引发大危机！最邪恶的波克比的最糟恶作剧到底为何！？
第141集剧情介绍：城都特展！菊草叶与小锯鳄登场！！
前往睡莲镇的小智一行人在旅途中经过的城镇，发现一只夹在建筑物缝隙中的玛力露！大家急忙救出它之後，它的训练家正好找来。这名戴著令人印象深刻白帽子的少女，叫做琴音。她是为了在这个城镇举办的特展，与名叫一成的少年一起从城都地方来的。琴音的伙伴是"叶神奇宝贝"菊草叶，一成的则是"大颚神奇宝贝"小锯鳄。第一次见到城都的神奇宝贝，让小光非常兴奋！而她也得到机会，参加以神奇宝贝的蛋作为奖项的对战大会！小光斗志十足，而最後结果会如何！？
第142集剧情介绍：攻破地窖！？山谷的发电厂！
小光正为了华丽大赛进行特训。而加入他们旅程的琴音与一成看得目不转睛。但是，大概是看得过於专注，琴音的玛力露不知何时不见了！大家在四周找寻，结果发现草原另一头有个大发电厂！一行人战战兢兢的进入，却突然被巡逻的小磁怪们用电击招呼！为了躲避小磁怪追击而进入的房间，竟然是厂内的监控室，而且其中一个画面照到了玛力露！看来它是迷路误闯发电厂的仓库了。可是，在小智一行人踏入仓库的那瞬间，遇上了要命的意外！结果到底会怎麼样呢！？
第143集剧情介绍：收服到…圆陆鲨了！！
与琴音、一成同行的小智一行人，在途中经过的神奇宝贝中心，听到传闻说有一只很凶暴的"陆鲨神奇宝贝"圆陆鲨。凶暴就表示很强吧！这麼认为的小智积极展开圆陆鲨收服行动！但是，一旁同样燃起斗志的男子，竟然是平常温和的一成！互不相让的两人开始竞争！相对於靠冲劲乱找的小智，冷静动脑的一成利用圆陆鲨如同在陆地游泳的特徵，使出钓鱼作战！这招很成功，他们与钓到的圆陆鲨展开对战！不过这只圆陆鲨，比想像中还凶暴！收服大对决，会是谁赢呢！？
第144集剧情介绍：神奇宝贝华丽大赛！睡莲大会！！
神奇宝贝华丽大赛?睡莲大会终於开幕！从小智与桄榔的对战中得到灵感的小光，带著秘策前往会场。这次的劲敌，是火箭队的武藏扮成的武藏莉娜！可是她看来跟平常不太一样…。其实这个武藏莉娜，是为了代替感冒倒下的武藏，由小次郎扮成的小次莉娜，但是华丽大赛还是照样开赛！小光让波加曼展现华丽魅力，通过第一次审查。小次莉娜也以喵喵惊人的表演，意外过关！双方终於激烈冲突！小光选择进行出道赛的象牙猪！小光究竟能不能拿到最後的缎带勋章！？
第145集剧情介绍：小智与小光！双打对战！！
与琴音、一成告别的日子到了。小智一行人来到据说过去历代冠军都战斗过的地点睡莲圆形竞技场。最後要来场神奥VS成都的双打对战！小智?小光派出猛火猴与火球鼠，琴音?一成则选择菊草叶与小锯鳄展开对战！刚开始琴音、一成藉著有适性优势的小锯鳄的攻击、以及不擅应付炎系的菊草叶支援，掌握了节奏！可是，小智与小光也靠对战经验丰富的猛火猴，解救了小光陷入危机的火球鼠，展现出卓越的默契配合进行反击，战况平分秋色！究竟胜负将如何发展！？
第146集剧情介绍：梦妖、黑暗鸦和闇之石！
为了得到第八个徽章，朝湖滨市前近的小智一行人在森林里迷路了。这时候，"反抗神奇宝贝"骑拉帝纳突然随著地鸣声出现，袭击小智他们！才刚因为惊险逃脱而松一口气，这次却换成眼前出现汹涌大水！小智一行人被冲走，痛苦地挣扎！但是，这些意外其实都是"黑暗神奇宝贝"黑暗鸦制造的幻觉！解救了大家的是位带著"尖叫神奇宝贝"梦妖的女性。而且她似乎和造成幻觉的黑暗鸦有深厚的关联…。这到底是怎麼回事！？
第147集剧情介绍：皮卡丘波加曼，别黏在一起！
小智一行人继续旅行，朝湖滨市而去。皮卡丘与波加曼一如往常的跟在一旁。突然间，皮卡丘?波加曼发生了异变！它们彼此都眼冒爱心，紧抱在一起不肯放手！小智与小光再怎麼努力也拉不开它们。为了解决这个异常状况，一行人前往神奇宝贝中心。然而，在神奇宝贝中心里，却看到陷入同样状态的神奇宝贝与困惑的训练家！这原因不明的状况，让乔伊小姐也束手无策。可是，看著这些神奇宝贝的小刚，发现了某个共通点！这无法理解的状况，到底是怎麼发生的！？
第148集剧情介绍：红锁鍊！银河队展开行动！
持续旅行的小智一行人，在某个草原上发现受伤的神奇宝贝。靠过去一看才发现那是火箭队的喵喵！在疗伤时询问缘由才知道，它是在城镇外围一座叫作「多多罗铁工厂」的巨大建筑物里，被银河队打倒的！而且武藏、小次郎，还有国际刑警帅哥都被抓住了！这个重大事件，让小智等人决心与喵喵一起潜入多多罗铁工厂！抢夺帷幕市的陨石、调查随意遗迹、袭击神和镇，还有掌握神奥时空传说关键的天冠山。所有的点连成线，银河队终於为最後高潮展开行动！究竟小智一行人能不能粉碎那巨大的野心呢！？
第149集剧情介绍：亚克诺姆?由克希?艾姆利多！
为了实现野心，确实进行准备的银河队，下一个目标是居於神奥各地湖泊的3只传说神奇宝贝。而负责指挥作战的，竟然是神奇宝贝猎人J！立刻将帷幕市陨石做成的「银河炸弹」投下的J，试图抓住3只湖中神奇宝贝！察觉到自身有危险的湖中神奇宝贝，求救的悲痛思绪没有传达出去吗…。然而，相隔遥远的小智一行人，确实感受到那股意念了！为了阻止银河队以及神奇宝贝猎人J，小智等人挺身而出！同时，神奥最强的冠军?竹兰现身了！赌上神奥地方命运的决战时刻，逼近眼前了！
帝牙卢卡与帕路奇犽！最後的战斗！！
银河队的野心，那就是使用3只湖中神奇宝贝的特别力量，召唤出「被称为神的神奇宝贝」帝牙卢卡与帕路奇犽，藉著娜强大的能量融合创造新世界。如果这个野心实现，神奥地方将会彻底消失。能解救这个危机的只有亚克诺姆、由克希、艾姆利多，还有能与它们同步的小智等人。但是，赤日将「神之力」移到自己手上了！而那股力量发动的时候…。赤日的理想，还有小智等人的愿望终於正面冲突！时空传说所引发的最後战斗。最终将会如何！？
第150集剧情介绍：帝牙卢卡与帕路奇犽！最後的战斗！！
银河队的野心，那就是使用3只湖中神奇宝贝的特别力量，召唤出「被称为神的神奇宝贝」帝牙卢卡与帕路奇犽，藉著娜强大的能量融合创造新世界。如果这个野心实现，神奥地方将会彻底消失。能解救这个危机的只有亚克诺姆、由克希、艾姆利多，还有能与它们同步的小智等人。但是，赤日将「神之力」移到自己手上了！而那股力量发动的时候…。赤日的理想，还有小智等人的愿望终於正面冲突！时空传说所引发的最後战斗。最终将会如何！？
第151集剧情介绍：充满危险！小次郎的藏宝箱！！
为了得到第八个徽章，小智一行人朝著湖滨市前进，并且为了道馆赛特训！这时候，连续使出「挖地洞」绝招的猛火猴，竟然发现埋在地下的藏宝箱！在树丛间偷看大家惊讶反应的，是最爱宝物的火箭队！虽然想要马上出手抢夺，但是小次郎的样子却不同以往。原来那个藏宝箱，似乎是小次郎小时候埋的！而且，里面放的还是绝对不能让人看到的东西！无论如何都得把它从小智等人手中抢回来！这个藏宝箱内的秘密是什麼！？还有，等在最後的惊人真相是什麼！？
第152集剧情介绍：空中对战大师登场！天蝎王对巨钳螳螂！！
旅途中，小智一行人来到某个处处是尖耸峭壁的地区。而"剪刀神奇宝贝"巨钳螳螂与"风铃神奇宝贝"风铃铃正在那里进行激烈的空中战。在观战的时候，巨钳螳螂的训练家?光藏与他的孙子玛悠出现了。一聊才知道，光藏是被称为「空中对战大师」的空中战斗专家，还是培养飞行系神奇宝贝的名人。小智立刻与天蝎王一起向他提出对战的要求。但是，一开始对战，天蝎王就因为无法应对当地特殊地形造成的风而不断失误。这让光藏也说出严厉的失望评语。悔恨落泪的天蝎王，在经过特训後再度挑战，但是…。
第153集剧情介绍：双人对战！象牙猪与火球鼠！！
持续旅行的小智一行人，来到了某场华丽大赛的会场。小光最棒的劲敌?小望，正在那里进行赌上第5个勋章的对战赛。小光当然不用说，再加上从切锋市赶来的小菘一起加油，小望漂亮地赢得胜利！抢先一步取得了华丽大型庆典的出场资格！看到劲敌实力更上一层楼的小光再度坚定决心，确定下个目标是浅葱大会！但是，这场大会采用的是小光不擅长的双人演出。对目前实力感到不安的小光，马上为了编出新的组合绝招开始特训！而这场特训引发了意想不到的状况！！
第154集剧情介绍：圆陆鲨与天龙流星！！
朝著浅葱镇继续旅行的小智一行人，目击到彷佛烟火的灿烂光芒在天上爆开！急忙赶往发射地点的他们，在那里见到"哼唱神奇宝贝"七夕青鸟以及一位老婆婆。照婆婆的说法，她是在指导龙系神奇宝贝学习「天龙流星」。同时间，那里出现一只野生神奇宝贝…。是圆陆鲨！看样子，它是想要学习「天龙流星」。从龙婆婆那边问到方法的小智与圆陆鲨立刻开始特训！但是，不管是几次都不顺利。不过，这只圆陆鲨身上其实潜藏著惊人的力量！！
第155集剧情介绍：圆陆鲨！收服成功！！
离开教导龙系神奇宝贝使用绝招的龙婆婆住处後，小智一行人穿越森林，抵达了某座城镇。小智在城镇入口发觉异样。好像有谁在戳他的脚！？仔细一看，出现的竟然是在龙婆婆家看到的圆陆鲨！看样子它是喜欢小智才跟过来的。小智问它要不要一起走，并且投出神奇宝贝球！收服到新同伴了…这种想法维持不到几秒，圆陆鲨就从球里跑出来了！这让大家觉得很不可思议。这时出现的人物，是燃起斗志要收服圆陆鲨的阿驯！收服到这只圆路鲨的人，会是阿驯还是小智？
第156集剧情介绍：失控！自爆磁怪对巨金怪！！
持续旅行前往浅葱阵的小智一行人，途中遇上在森林里大闹的"磁场神奇宝贝"自爆磁怪！晃动巨大的身体、失控乱冲的自爆磁怪以惊人冲劲往下方的城镇前进！要是那样在街上闹事…。急忙跟上去一看，街上果然受害严重！想要设法阻止它的小智一行人，与君莎小姐合作进行对战！但是，面对自爆磁怪压倒性的力量，只能无力的败下阵来。正当大家为了找出原因解决问题，进行作战会议时，又出现了同样失控的巨金怪！这两只一看到对方就开始激烈冲突！这种异常状态，小智他们有办法阻止吗！？
第157集剧情介绍：怒吼吧！急冻拳！泳气鼬对吸盤魔偶！！
持续旅行的小智一行人，途中在小河边休息，神奇宝贝们则在河岸边玩耍。这时候，脚踩滑的圆陆鲨掉进河里了！不过，急忙跳入河中的泳气鼬成功救起它！就在大家安下心来的时候，突然有两个影子冲出来！他们的真实身分，是神奇宝贝格斗家?喜十郎与他的搭档吸盤魔偶。因为很欣赏精彩的救援戏码，所以他要求与泳气鼬对战！小智与勇气鼬当然不会拒绝，马上就开始对战！虽然小智气势十足的进攻，却遭到吸盤魔偶强劲的「雷光掌」击倒。誓言雪耻的小智他们，为了泳气鼬的新绝招「急冻拳」展开特训，但是…。
第158集剧情介绍：标题：燃烧吧！卡比兽！神奇宝贝全能竞技赛王者！！
小智一行人继续旅行，前往即将举办华丽大赛的浅葱镇。路途中，他们在路中央发现了一个弹簧垫，皮卡丘与波加曼都很兴奋得跳上去玩！此时，"睡觉神奇宝贝"卡比兽从天而降，把皮卡丘他们都弹飞了！在一头雾水的小智等人面前出现一个人，他是卡比兽的训练家?悠太！他坚持以科学训练方式锻鍊神奇宝贝。比起科学之力，更相信羁绊的小智，对於不同类型的训练家充满兴趣，立刻要求对战！但是，悠太拒绝了他的要求，提议用对战以外的方式对决！那就是被称为神奇宝贝全能竞技赛的竞赛！这场对决，谁会获胜！？
第159集剧情介绍：开幕！神奇宝贝华丽大赛?浅葱大会！
终於，小光要争取第5个缎带勋章的神奇宝贝华丽大赛?浅葱大会举办的日子到了！这场大会采取双人演出！象牙猪与火球鼠这对新组合练习的「烈焰冰」，当然也让小光特别投入。这时"加油神奇宝贝"正电拍拍与负电拍拍出现了！可爱的神奇宝贝出现，小光也觉得很有兴趣…才这麼想，她却一看到它们就陷入恐慌惨叫！最後甚至还晕过去了！看起来，小光对正电拍拍、负电拍拍，似乎有不好的回忆。而且这2只，竟然还是对手乌拉拉的神奇宝贝！浅葱大会突然掀起波澜！缎带勋章将会落入谁手中！？
第160集剧情介绍：双人对战！VS正电拍拍?负电拍拍！！
通过第一回合晋级的小光，终於要和劲敌?乌拉拉正面交锋！小光选择的是经过猛烈特训准备「烈焰冰」的象牙猪与火球鼠。相对的，乌拉拉则是派出小光最怕的正电拍拍与负电拍拍！小光抢先发动攻击！藉由让象牙猪吞下冰粒提升威力的作战，华丽的先发制人！象牙猪与火球鼠正要接著使出绝招趁胜追击，可是乌拉拉其实还有一招最後王牌…。对双方来说都是攸关能否参加华丽大型庆典的关键之战！究竟获胜的会是乌拉拉，还是小光呢！这场对战，绝对不可错过！
第161集剧情介绍：爆发进化！烈焰猴！！
朝著下一个目的地湖滨市前近的小智一行人，在路上遇到阿驯。他看来很自豪，而理由就在徽章收集盒当中！阿驯的收集盒中竟然有在湖滨道馆获胜的证明?灯塔徽章！自信满满的阿驯，就那样兴致高昂的挑战对战！他选择的当然是帝王拿波。相对的，小智派出了猛火猴！但是，适性上较不利的猛火猴挨了帝王拿波一记强烈的水电炮，直接被打飞到森林里去了！正当小智他们要赶过去时，森林深处冒出惊人的冲天烈焰！一行人面面相觑，这该不会是…。
第162集剧情介绍：波加曼走散了！
为了得到第8个徽章，朝著湖滨市前进的小智一行人，正在为对电系较占优势、属於地上系的圆陆鲨进行绝招「天龙流星」的特训！可是，这招「天龙流星」有著不管练多少次都会打到波加曼的伤脑筋毛病。从圆陆鲨成为同伴後，波加曼连续被「天龙流星」命中无数次。毫无例外地，今天也直接命中！波加曼的愤怒指数飙到最高点！！最後甚至离开了小智他们身边！深感愤怒悲伤的波加曼，在森林中徘徊。而周遭有可疑的身影在看著它。波加曼一抬头，就看到自称「神奇宝贝救助委员会」的集团出现！然而他们的真面目是…。
第163集剧情介绍：四天王大叶与道馆训练家?电次！
小智一行人抵达神奥地方最强的道馆训练家?电次所在的湖滨市。大家马上就前往湖滨道馆，却在那看到难以置信的景象！道馆前面，竟然放著一大堆徽章，而且还不用战斗就能拿到！认为努力战胜得到徽章才有意义的小智很生气，想要硬闯进入道馆，却被高科技道馆的警卫机器抓住了！这时候，烈焰猴随著一闪而过的光芒出现，解救了小智的危机！对突发状况感到惊讶的小智一行人，接著面对了更大的冲击！那只烈焰猴的训练家，竟然是四天王当中的大叶！神奥最强的道馆训练家与四天王。这2人到底是什麼关系！？
第164集剧情介绍：前进！湖滨塔！！
湖滨塔支持著湖滨市居民们的生活，而可疑人影正悄悄接近这个城市的象徵…。小智正在湖滨道馆进行激烈的对战，道馆的电力却突然消失了！照电次的判断，应该是湖滨塔发生异常状况、造成市内的电力供应中断！电次带著大家急忙赶去一看，塔竟然连同地基一起消失了！惊愕的小智等人发现神秘的轮胎痕迹，追上去之後看到了眼熟的三人组身影！没错，这起抢夺事件的犯人就是火箭队！为了征服神奥，他们打算利用这座塔。这起事件，到底会有什麼结果呢！？
第165集剧情介绍：海边的神奇宝贝学校！
小智一行人继续旅行，前往即将举办华丽大型庆典的湖畔度假村，并且抵达某个沿海小镇。在那里等待他们3人的是小光的妈妈！原来她有事情需要请人帮忙。至於要帮忙做的事，竟然是当神奇宝贝学校的老师！工作内容则是负责一天的教学，指导还无法成为训练家的孩子们，学习有关神奇宝贝的知识。小智等人对此都兴致勃勃，很乐意地前往学校帮忙！可是，在集合起来的孩子当中，有个怎麼教都不肯乖乖听话、爱恶作剧的少年…。小智一行人努力的试著改变他的态度，可是事情却往意想不到的方向发展！
第166集剧情介绍：神奇宝贝保育家！席多蓝恩救援作战！！
持续旅行的小智一行人在河边稍作休息，却发现从河的上流漂来一只"大颚神奇宝贝"大力鳄。仔细一看，它的背上似乎有什麼东西！急忙上前查看的小智等人看见的，是一名失去意识的少年！清醒过来的少年说他是神奇宝贝保育家夏也，正在执行某项特别任务！可是，神奇宝贝保育家最重要的道具、本来在夏也手腕上的「捕猎游标」消失了！小智一行人见状，主动提意要帮忙。到底这个任务，能不能完成呢！？
第167集剧情介绍：飞翔吧洁咪！前往天空的彼端！！
继续旅行的小智一行人，正为了各自的目标进行特训！这时候，他们在附近的河里发现一艘小船，而且船上来有一个睡著的女孩子！再这样漂流下去会遇上大瀑布！但是，查觉到危险的小刚立刻跳下水，在千钧一发之际成功救出那女孩！大家就这麼等到她醒来，才知道她叫做米依。这个散发出不可思议气质的少女，让小智他们难以招架。照米依的说法，她因为某种理由必须赶到某个地方去，所以希望大家忙的样子。但是这个叫做米依的少女，其实怀抱著不得了的秘密！
第168集剧情介绍：四天王菊野！河马兽对土台龟！！
持续旅行的小智一行人，在某个城镇遇见一个叫尤西奇的少年。这名少年是初出茅庐的训练家，他说把重要的搭档"火种神奇宝贝"l小鸭嘴龙交给抚养家照顾好快速变强。但是，照他的说法，那个抚养家听来实在很可疑。大家赶去抚养家开业地点一看，果然不出所料！那是冒牌抚养家！这让尤西奇不知所措。但是这个地方，似乎有位熟知神奇宝贝的一切，叫做菊阿野的人在！而大家也在街上遇到她。不过，只有小刚发现到，菊阿野其实是位不得了的人物…。
第169集剧情介绍：标题：波克基斯飞舞！公主殿下的神奇宝贝华丽大赛！！
湖畔度假村前进的小智一行人，途中经过了片栗镇。因为那里正好也举行了华丽大赛，所以大家前去观摩。这时有位女性拦住他们表示要找小光！这位叫作芙莉佳的女性说要拜托小光的事，竟然是与公主交换身分一天，这种不得了的请托！一行人决定先去听听公主的说法，而他们见到的，是长得和小光一模一样的莎露比亚公主！？而且莎露比亚公主对华丽大赛憧憬不已，无论如何都想要参家看看！惊人的互换身分出场，结果将会如何！？
第170集剧情介绍：波克基斯！华丽的对战！！
华丽大型庆典终於近在眼前了！收服新同伴?波克基斯的小光马上就开始特训！波克基斯优雅飞舞的姿态，让小智一行人很佩服，但是只有小光显得不太高兴。看样子高雅的波克基斯，有个在使出绝招前做出优雅动作的习惯。可能是因为这样，表演和对战都不能尽如人意的表现，让小光很烦恼。
小光努力的想改掉它的习惯，可是就是进行得很不顺利。这时候，看上那份优雅的火箭队登场！波克基斯面临大危机！究竟小光能不能度过这个危机呢！？
第171集剧情介绍：百变怪变身对战！本尊是哪边咧！？
朝著湖畔度假村继续旅行的小智一行人，正在某个广场进行特训！结果，波加曼跑到在准备午餐的小刚身边，把大家的饭都吃掉了！一行人惊讶的要阻止它，但是波加曼却吃个不停。这时候，竟然又出现一只波加曼！哪边才是小光的波加曼？困惑不已的小智他们，听见了一名训练家的招呼。听到这个声音的瞬间，其中一只波加曼发出光芒，便换了模样！没错，其实这只波加曼，是"变身神奇宝贝"百变怪变成的。百变怪的训练家?玛姬娜，自信满满向小智要求对战，可是…。
第172集剧情介绍：华丽大型庆典开幕！炎与冰的艺术！！
漫长的缎带勋章收集之路。然後，总算到了华丽大型庆典！华丽又激烈的战火终於被点燃了！抵达湖畔度假村的小光一行人，首先前往的是参加者齐聚一堂的开幕酒会。在那里，他们看到过去好几次对阵激战的小望，以及众多劲敌的身影。在各自怀抱热情的状况下，第一次审查就要开始了！小光选择火球鼠与卷卷耳，以美丽的绝招组合展现冰与炎交织而成的表演！在前所未有的紧张感包围下，小光与神奇宝贝们到底能不能突破第一次审查呢！？
第173集剧情介绍：象牙猪、帕奇利兹！获胜吧 冰灿水晶灯！！
小光漂亮的晋级到第二次审查，接下来终於要进行华丽对战赛！小光与神奇宝贝们都气势十足。这次是要以象牙猪、帕奇利兹搭档配合，不断特训的"冰灿水晶灯"一决胜负。阻挡在小光面前的对手，是在第一次审查演出至今无人见过的强烈表演的乌拉拉！在兴奋狂热的会场，对战开始！首先发动攻势的，是顺著高昂气势出手的乌拉拉。尖牙陆鲨与火精灵的组合招式爆发威力！相对於随後一口气趁胜追击的乌拉拉，小光他们一直难以抓到机会扭转情势。要让这种状况逆转，只能以大绝招放手一搏…。究竟这场对战，会由谁获胜！？
第174集剧情介绍：准决赛！进入决赛的是谁！？
华丽的祭典、华丽大型庆典也即将步入最後高潮！进入准决赛的4位选手展开火热的对战！首先是小望VS尚志。双方都实力坚强的这场比赛，是场如预料般激烈、美丽的对战。小望选的是叶精灵与梦妖魔。相对的，尚志则是派出音箱蟀与长耳兔。对战一开始，擅长以草系?虫系进行对战的尚志，让长耳兔展现出人意料的表演！他大幅拉开与小望的分数差距，让观战的小光非常不安。但是，为了实现「在最终舞台见面的约定」，绝对不能输的小望展开猛烈的反击！究竟这场对战中，最後露出笑容的会是谁！？
第175集剧情介绍：最终劲敌对决！小光对小望！！
对於出场参加华丽大赛的训练家们来说最大的梦想、顶尖协调训练家。终於，赌上这个光荣宝座的最终舞台开始了！至今为止，小光不断通过与强力竞敌们的激战。而将在最终舞台战斗的，是小光最好的朋友、也是最强的劲敌小望。两人在第一次见面的祝庆大会有过约定，「总有一天要在最终舞台交手」。他们彷佛是要确认彼此对这约定的心意一样，展开一场激烈而华丽的对战！不论是哭是笑，这都是最後的表演！究竟最後赢得光荣称号的，是小光，还是小望呢！？
第176集剧情介绍：再见了，火箭队！喵喵的恋爱！？
华丽大型庆典结束後，为了取得最後的徽章而前往湖滨市的小智一行人，一如往例的遇上了火箭队。不过，他们的作战计画这次还是失败，被打飞到天空的彼端。在陌生的土地上清醒过来的武藏他们在四周查探…发现应该在的喵喵不见了！？其实，昏倒在路边的喵喵对救了它的魅力喵一见锺情！已经被迷得神魂颠倒了。「我好幸福啊喵…」可是，这快乐的时间一下就过去了。被顺利会合的武藏等人无情地带回去的喵喵，因为忘不掉魅力喵，想出一个不得了的主意。隔天早上，武藏他们起床後，喵喵已经不见踪影，只留下一封信告知「我要退出火箭队」……。
第177集剧情介绍：电击对战！最後的徽章！！
期待已久、与湖滨道馆道馆训练家?电次再战的日子到了！找回干劲气势的电次的实力，强到被称为神奥地方最强的道馆训练家。小智派出不断特训的皮卡丘、烈焰猴及土台龟挑战！两边的第一只是土台龟与电击魔兽。在属性上具有压倒性优势的土台龟抢先趁势发动攻击！然而，就在小智的土台龟将使出攀登岩石的瞬间。电击魔兽的手发出淡淡光芒，对猛冲过去的土台龟使出急冻拳！小智被电次完整的对策摆了一道。紧张的刺激比赛！究竟胜负将如何演变！
第178集剧情介绍：小智对健悟！各自的起步！
准备前往举办神奥联盟的铃兰岛的小智一行人，在湖滨市遇到了健悟。他好像正在和某人进行华丽对战赛。那个对手竟然是，城都地方的浅黄道馆道馆训练家?阿蜜！小智一行人因为意外的重逢而大吃一惊。听到健悟正为了准备下次的华丽大型庆典进行特训，让小光对自己之後该怎麼办感到迷惘。看到小光的模样，健悟说出了令人意想不到的话。
他说，要是自己在对战中打赢小智，就要小光跟他一起旅行！无视於对突发状况不知所措的小光，对健悟来说极度重要的对战开始了！到底会有何结果呢！？
第179集剧情介绍：寻宝者麦可与天秤偶！
小智一行人终於搭上前往神奥联盟的举办地?铃兰岛的船。在兴奋地等著见到未知劲敌的小智身边，出现了一名训练家！他的名字叫麦可，似乎是为了与联盟不同的目的搭上这艘船的。照麦可的说法，他是寻找在世界各地沉睡的「宝物」的寻宝者！而且，他锁定的下一个宝物，竟然就沉眠在铃兰岛附近！
寻找宝物的关键，是麦可在海底找到的地图。在地图上面还画了神秘的神奇宝贝插图……。会在此相遇也是一种缘分，小智一行人决定帮忙麦可，当作联盟开赛前的热身！但是，那个宝物沉眠的小岛隐藏著惊人的秘密！究竟麦可与小智一行人，能不能找到在岛上沉眠的宝物呢！？
第180集剧情介绍：激战前夜！小智的神奇宝贝大集合！！
终於抵达神奥联盟的举办地点铃兰岛。在神奥地方各处与道馆训练家对战胜出的强者们，现在都集结於此！接下来的对战，是比以往更不容任何一丝大意的对战，这麼一来成员选派也必须慎重行事才行。因此，小智决定从过去旅行中收服到的所有神奇宝贝们当中进行选拔。好久不见的同伴们，有小锯鳄、龙虾小兵、卡比兽、月桂叶与火球鼠！可是感人的重逢连续碰上意想不到的意外！卡比兽在会场的厨房乱吃东西！小锯鳄它们在公园的喷水池大闹！终於抵达的重大舞台，这样真的没问题吗！？
第181集剧情介绍：开幕！神奥联盟?铃兰大会！！
小智在第一轮的对手，是神奇宝贝吟游诗人尚志！他在华丽大型庆典也有出场，与小望的一场激战仍令人记忆犹新。尚志、小智，各自追求的强、过去旅行所得的一切都在场地上直接碰撞！擅长用虫、草系的尚志，第一只派出的是罗丝雷朵。小智则派出适性较有利的姆克鹰！但是，先掌握主导权的是尚志与罗丝雷朵！面对以独特的节奏?战术展开的猛烈波状攻击，姆克鹰一直难以抓到进攻机会。失去最初的第一只，在这场短期决战中是压倒性不利的事。或许是这份焦躁影响，比赛出现意料外的发展…！
第182集剧情介绍：神奥联盟第三轮！真司对阿驯！！
在与尚志的激战中获胜的小智也顺利的突破第2轮！舞台移到联盟的第三轮比赛。决定对战对手的瞬间到了，小智的对手是"有著百变对战风格"、老奸巨猾的考平！对手确定了，让小智鼓足斗志。不过在他身旁有个更热血沸腾的男子…那就是阿驯！确定对战对手是他一直崇拜的真司，似乎让他无法抑制感情。另一方面，真司则是跟平常一样面不改色。虽然两个的反应是明显的对照，「在对战中持续获胜、拿下优胜」这个目标却是一致的。对战果然出现令人热血沸腾的发展！双方都毫不让步的精彩比赛。究竟哪一方会赢得胜利呢！？
第183集剧情介绍：恐怖的骗术空间！小智对考平！！
小智看著劲敌们的激战，而他的下一个对手是考平！与自在变化的对战风格交手，到底会出现什麼样的对战呢。第3轮比赛开始了！彼此最初派出的神奇宝贝是壶壶与圆陆鲨！小智打算以具有速度优势的神奇宝贝，一口气分出胜负。刚开始这个作战方式很成功，顺利的压制了考平的神奇宝贝们！但是，这毕竟是强敌环伺的神奥联盟，绝对没有那麼简单。考平派出夜黑魔人的瞬间，对战的情势就大大改变了！原因就是夜黑魔人的绝招「骗术空间」！究竟这个绝招的恐怖之处为何！？
第184集剧情介绍：宿敌决战！小智对真司！！
从踏上在神奥地方的旅行开始，就是最大且最强的宿敌?真司。战斗方式、对待神奇宝贝的方式、培养方式，一切的一切都与小智正好相反。两人过去曾经好几度发生冲突，不过在睿智湖的全面对战之後，小智对真司、真司对小智，都开始慢慢认同对方。这样的两人，约定要再进行一次全面对战的地方，就是神奥联盟。过去绝不会相交的两条线，在梦想的舞台上交会了！史上最大的全面对战，小智VS真司！对两人来说的真正神奥联盟，终於要开始了！
第185集剧情介绍：白热化的全面对战！小智对真司！！
从对战开始就势如破竹的小智目前领先真司。可是，从真司的第3只神奇宝贝"蝎怪神奇宝贝"龙王蝎出现在场地上开始，战情就急转直下！它以巨大的尾巴和强猛的「飞弹针」将小智的神奇宝贝逼入绝境。为了破除这个恶劣情势，小智派上场的是，最重要的搭档皮卡丘！另一边，真司也让龙王蝎战时下场，派出新的神奇宝贝。随著诡异气氛一同现身的是"雪国神奇宝贝"雪妖女！兼具幽灵系的雪妖女，像是在嘲笑小智他们似的在空中飞舞！小智他们到底能不能再度掌握情势取回主导权呢！？
第186集剧情介绍：终结的宿敌对战！小智对真司！！
在最高的舞台上进行的对战终於步入最後高潮！彼此在过去的旅途中，各自找出来作为目标的「强」。小智、真司，两个人对於身为训练家的生存方式，求得答案的瞬间来临了！小智的烈焰猴在场地上摆好架势等待下一个对手。它看著过去曾是自己训练家的真司，眼神中充满了与小智一同旅行後产生的自信。相对的，真司将深受他信赖的伙伴?电击魔兽送上场地。烈焰猴的音速拳是对战再度开始的讯号！命定该相遇而相遇的两人最後的对战，在这前方等待的结局是…。
第187集剧情介绍：神奥联盟准决赛！达克莱伊登场！！
与最大的宿敌真司展开激战并获胜的小智，挺进到准决赛。而他的对战对手，是已经被称为本届大会最强选手的训练家达克多。这个男人，竟然只凭一只神奇宝贝就通过先前所有的比赛晋级到这理！而且那只神奇宝贝是"暗黑神奇宝贝"达克莱伊，可是不管对手是谁都不能退却。优胜已经近在眼前，接下来只能继续获胜！准决赛就这个开始了，小智的第一只选了赫拉克罗斯！另一方的达克多，果然还是派出达克莱伊！这是在适性上对小智有利的开场。但是达克多展现出来的，是将这些因素全都抹灭的惊人对战…。
第188集剧情介绍：神奇宝贝医生?小刚！
结束神奥联盟比赛的小智、小光及小刚3人，搭船前往小光的故乡双叶镇。漫长的旅程也逐渐接近尾声…。正开始感到寂寞的时候，出现了一只皮丘，令3人忍不住露出笑容。这也难怪，因为之後接连有皮宝宝、宝宝丁、露力丽与熊宝宝等可爱的神奇宝贝跑来！甲板突然间充满了温馨气氛。可是，在那艘船的下方、海底出现要发生恐怖事件的前兆。因为火箭队刺激了过著和平生活的毒刺水母，发怒的毒刺水母群朝海面而来了！神奇宝贝们当然不可能知道这种事情。接著，事件发生了…！
第189集剧情介绍：回忆是珍珠！友情是钻石！！
小智一行人，来到了小光的故乡双叶镇。时间似长又短的神奥地方之旅，也终於要迎接终结的时刻了。离前往关都地方的船出航还有一点时间。3人对别离感到可惜，神奇宝贝们也都忍耐著同样的寂寞。但是，无论如何都压抑不了情绪的波加曼，双眼不断溢出泪水…。
神奇宝贝钻石与珍珠第190集剧情介绍：
在小智在合众地区旅行之时，留在双叶镇家中的小光也正在为了大型庆典而进行特训。看到了这一情况的彩子向小光提出了挑战！在与原本是顶级协调家的妈妈对战之后，小光越发坚定了前去丰缘地区旅行的决心。然而，她为该携带哪些伙伴去旅行而犹豫起来，因而前往了山梨博士的研究所，打算找他商量。在研究所中，小光遇到了为选择哪只初始怪兽而烦恼的新人训练家シンコ。在シンコ的面前，波加曼与小火焰猴吵起架来，并冲出了研究所……
神奇宝贝钻石与珍珠第191集剧情介绍：
某一天，次郎所掌管的尼比道馆面临了有史以来最大的危机。正在为了神奇宝贝医生学校的入学考试而努力的小刚，能够克服这次的危机吗…！？
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