假面骑士AGITO第1集剧情介绍：
连续发生同未确认生命体有关的杀人事件，未确认生物体对策组的新研究的G3系统，初出动就不敌对手美洲勋爵，当G3被猛烈攻击，非常危险时，谜一样的幪面战士阿极陀出现，一招就将美洲勋爵打败消灭！
假面骑士AGITO第2集剧情介绍：
连环杀人事件再次发生，原来另外还有两头美洲勋爵，当它们要杀害一个双生女学生的另一人时，被跟踪的北条透阻止，但透不敌，幸冰川装着成G3来迎救，后来G3不敌两头美洲勋爵，阿极陀再次出现，合二人之力将两头美洲勋爵消灭，但阿极陀却突然向G3出手！
假面骑士AGITO第3集剧情介绍：
一个尸体在遗迹发掘现场被发现，可能是unknown做的，诚的追查下，发现受害人家中有一不可思议的瓶子，他推测受害人因有超能力而被杀害。原来人是龟勋爵杀害的，当他再次出手杀人时，翔一感应到，赶到现场和龟勋爵展开战斗；其间另一龟勋爵出现夹攻变身了的幪面超人阿极陀。而真鱼追纵到来发现翔一能变身的秘密。另一方面，研究所成功解读神秘物体的密码将封印解封，出现两个奇怪的东西。
假面骑士AGITO第4集剧情介绍：
两个乌龟状的unknown逃走后到处杀害人类，而G3未能及时修理，诚只有眼睁睁看着市民受害不能施以援手，另外关于瓶子的事，美杉排除是超能力的可能，当要打破瓶子来证实时，unknown再次出现，诚及翔一分别赶往营救市民，最后合二人之力将两个unknown消灭，而美杉家中的瓶子却给放学回来的太一打破，取去内里的100?！另一方面，三云以3万年前的遗传因子做实验，却制造出一个婴孩来！
假面骑士AGITO第5集剧情介绍：
凉因为身体的变化感到不安，想找知道内情的教练商量，但教练又因害怕而避开他。另一方面，美杉找来学生片平真由美来当真鱼的补习老师，原来真由美是凉的女朋友，凉曾经因为专注于游泳练习而冷落她，在无助的情形下再回来找真由美修好。另外，真由美的父亲片平久雄被unknown毒蛇勋爵杀害，当它向下一个目标真由美下手时，暗中保护她的诚出现救援，但却不敌，幸翔一变身的阿极陀及时出现与毒蛇勋爵周旋，这时候另一个女毒蛇勋爵出现夹攻，还有一个神秘小孩斗真出现观战！
假面骑士AGITO第6集剧情介绍：
真由美无事被阿极陀救出，后来却再次与凉一起遇上男毒蛇勋爵袭击，当凉被袭，险些送命时，突然变身成幪面超人矶烙使，真由美以为他也是怪物一类，要和他分手，后来当女毒蛇勋爵再出现袭击一个男人时，阿极陀来对付他，但男毒蛇勋爵却想再次袭击真由美，凉为了保护真由美，变身成矶烙使将男毒蛇勋爵消灭，女毒蛇勋爵被阿极陀打伤逃去，却遇上三云?子，将她杀掉！神秘小童斗真出现，要女毒蛇勋爵自杀！
假面骑士AGITO第7集剧情介绍：
北条透以黎明号事件要挟上头，令他们停止G3的运作，要检讨冰川诚是否适合做G3的装着员。另一方面，凉受伤后被神秘男孩斗真所救，不知为何斗真突然成长为一个少年。而真鱼又在翔一的记忆中看到亡父被杀的影象，令她很困扰！unknown乌鸦勋爵出现杀人，翔一变成阿极陀，对付他，却因速度不及会飞的乌鸦勋爵而被打败！
假面骑士AGITO第8集剧情介绍：
真鱼怀疑翔一是杀死父亲的凶手，感到十分烦恼，后来看见翔一的行为，觉得他不会是个杀人凶手，将一切疑虑消除！北条透终于得尝所愿被委任为G3的装着员。乌鸦勋爵在G3停止运作期间到处杀人，这夜，阿极陀终于赶到阻止他再杀人并以烈焰军刀将他消灭。
假面骑士AGITO第9集剧情介绍：
北条透成为G3装着员在练习时表现很出色，得到各方面的赞赏，但澄子始终认为冰川比较适合！真鱼与翔一在路上遇到一个叫三浦智子的女子说是认得翔一。之后她约了翔一见面，后来却发现她在见面地点被杀，冰川怀疑翔一与凶案有关，将他带回警处查问。另一方面，章鱼形Unknown出现杀人，北条透初次化身成G3，成功将章鱼形Unknown消灭！
假面骑士AGITO第10集剧情介绍：
苇原凉和翔一都不约而同去寻找一个叫筱原佐惠子的女子，凉是为了解开父亲死去之谜，而翔一和真鱼是去寻找自己的过去。另一方面，透因为失误而失去了G3装着员的身份，新一个Unknown班马形Unknown出现杀人！
假面骑士AGITO第11集剧情介绍：
苇原凉和翔一都不约而同去寻找一个叫筱原佐惠子的女子，凉是为了解开父亲死去之谜，而翔一和真鱼是去寻找自己的过去。另一方面，透因为失误而失去了G3装着员的身份，新一个Unknown班马形Unknown出现杀人！
假面骑士AGITO第12集剧情介绍：
佐惠子回避凉，不回答关于他爸爸的事，只说甚么也不知道，后来翔一他们在数树口中知道佐惠子也是半年前黎明号事件的受害人，她更因此而迷失了自我！这时两个Unknown，黑、白班马形Unknown分别去袭击佐惠子和孕妇，阿极陀和矶烙使分别出击，最后都分别消灭了两个Unknown！故事尾声再出现一个神秘男子，他去探斗真，最初在纸上写上津上翔一的名字，但后来却将名改为沢木哲也！
假面骑士AGITO第13集剧情介绍：
很快就到真鱼17岁生日，自从她的爸爸被杀已经过了两年，原来负责调查这案件的正是河野警员，冰川诚知道后想帮忙再查一次，他们再到真鱼以前家中，发现有一根柱子内藏有一盒录像带和奇怪颜色的网球，正当想进一步查看录像带时，因为又再发现被Unknown杀死的死者，于是冰川诚要赶到现场去，之后，真鱼被蝎形Unknown袭击，刚巧翔一和她一起，立即变身成为阿极陀，但最后却不敌，被打晕了！
假面骑士AGITO第14集剧情介绍：
翔一被打败，更被蝎形Unknown注入一种奇怪金属，在24小时内就会被夺去体内的热能而死，死状就像被冻死一般，但若能消灭蝎形Unknown，他就有救！另一方面，冰川诚怀疑真鱼的爸爸风谷伸幸也是被Unknown所害，因为在他的屋中发现了一个奇怪的网球和一盒甚么也拍不到的录像带，所以以为风谷伸幸也是一个拥有超能力的人。在仍有4小时就够24小时的时候，蝎形Unknown再次出现攻击真鱼，翔一变身成为阿极陀，但仍然不敌蝎形Unknown，但在斗真力量帮助下，令阿极陀电单车进化成飞行形态，在它的加速帮助下，令阿极陀的攻击威力倍增，将蝎形Unknown消灭掉！
假面骑士AGITO第15集剧情介绍：
北条透提出一个阿极陀捕获作战，并得到上头的准许，但他却不理上头的反对，坚持要使用毒气弹。美杉義彥因工作要離家三天，一個家務助理?亞紀到美杉家中照顧三人，太一對她很有好感，但她卻原來是來調查翔一的。另一方面，苇原凉也到来找她，难道她也是黎明号的生还者？
假面骑士AGITO第16集剧情介绍：
苇原凉想打听有关父亲的事，但亚纪推说甚么也不知道，凉惟有跟纵亚纪，希望能得到线索。一次，翔一和亚纪一起去买菜、在鲜鱼店外遇上冰川诚，亚纪一见冰川显得很害怕及立刻逃走，冰川追着他，途中苇原凉出现，亚纪应承告诉他想知道的事，于是凉出手阻止冰川，之后亚纪再遇上翔一，并说出她与翔一本来是一对情侣，但真鱼却不相信，并将她赶走。回家途中，亚纪遇上胡狼形Unknown的袭击，阿极陀出现阻止，之后凉出现保护亚纪，并在她面前变身成矶烙使。
假面骑士AGITO第17集剧情介绍：
北条透带领的捉拿特种部队已经准备就绪，追踪亚纪，待Unknown出现攻击她，阿极陀营救她时，捉拿他！另一方面，亚纪知道凉能变身成幪面战士后，为了自己安全，以消息来换取凉的保护，因而在Unknown出现时，第一时间出现的是矶烙使，而透迫于形势命令特种部队攻击矶烙使，但不成功，更被攻击，幸G3及时出现救了他！而阿极陀也将逃掉的胡狼形Unknown消灭！
假面骑士AGITO第18集剧情介绍：
上头派来一个叫司龙二的课长来领导G3陪队，他是北条透以前的上司，二人关系很好，司龙二似乎不太认同冰川诚他们一直以来的调查方向，水螅形Unknown出现杀人，他们循遗物中一个面包袋到花村面包店查探死者身份，在这里遇上搬离美杉家，在此处做兼职的翔一，而面包店老板见到北条透和司龙二时显得惊慌，之后更将做面包的独门方法交给翔一，像要交代身后事似的，后来他真的被杀，更被凶手布置成Unknown杀人事件般！水螅形Unknown再次出现杀人，G3系统赶到阻止，翔一也变身成阿极陀出现！
假面骑士AGITO第19集剧情介绍：
干部会接受司龙二的提议，解散现有的G3部队，重新组织一个新G3部队，但在宣布这件事之前，北条透从一份三文治加上其它蛛丝马迹，发现原来杀死花村志久是为了妹妹被杀害的司龙二！另一方面，水母尊者再次出现害人，翔一变身成阿极陀将其消灭！而身体虚弱的凉去到亚纪家中遇上翔一！
假面骑士AGITO第20集剧情介绍：
翔一收留了阿凉，沢木哲也用从斗真身上得到的能力为亚纪潜在的力量开封，之后亚纪用这些力量来向曾经伤害过阿凉的那些特别部队队员报复，当她向北条透出手，要杀他时，女?形Unknown和两个手下出现袭击亚纪，翔一及时出现，先将蓝色?形Unknown杀掉，但之后却被女?形Unknown和红色?形Unknown夹击！另外真鱼到亚纪的家去找翔一，却遇上被神秘声音影响的阿凉！
假面骑士AGITO第21集剧情介绍：
Unknown们欲置亚纪于死地，但她已今非昔比，可以超能力击败单一Unknown！亚纪再遇凉，惊见他未死，但自觉已踏上不归路，继续追杀北条。亚纪拥有一股力量会为她带来甚么结果？凉的命运又会如何呢？
假面骑士AGITO第22集剧情介绍：
凉看见亚纪死在阿极陀怀里，误会他是凶手，誓击杀之报仇！澄子检讨实战经验后感到G3不足，开发大幅强化的G3-X。与此同时北条联同大学教授研制V1系统，希望可以取代G3。高层决定让双方各自完成，再比试看谁的系统较强，才决定由那个系统肩负对付Unknown的重任。
假面骑士AGITO第23集剧情介绍：
冰川在G3-X测试中晕倒，澄子感到冰川似不适合当G3-X的装着员。坚毅的冰川强忍G3-X对他做成的创伤，求澄子多给他一次机会。但结果G3-X在演习时失控，似完全失去理性，发狂的击毁V1！导致北条受伤！后来G3-X轻易打败了蜂Unknown！最离奇是他竟攻击阿极陀！
假面骑士AGITO第24集剧情介绍：
发生了G3-X袭击V1的事，澄子须作出解释，她陷入两难局面，她不想指出是因冰川未能配合G3-X，但若归咎G3-X，它就会被放弃。另方面，冰川知自己不配合G3-X，想起澄子说翔一是合适人选，于是求他来试装着，翔一答应，在Unknown出现时装着G3-X出去迎战！
假面骑士AGITO第25集剧情介绍：
翔一成功以G3-X击败Unknown！冰川却因此被处分调职，北条继任装着员，澄子不满现在的G3-X，请高村教授再开发V-1，高村教授反问她何不改改G3-X！与Unknown激战后，阿极陀遇上为复仇而来的矶烙使，无心恋战下中了重招，被打至落花流水，巨大的冲击令翔一的记忆恢复过来！
假面骑士AGITO第26集剧情介绍：
翔一回复记忆后，立刻去找一个人，一个名叫「津上翔一」的人！凉继续寻访黎明号的生还乘客，关谷真澄知道亚纪和佐惠子都在见他之后死去，十分害怕，决定连同另一乘客相良克彦远逃。Unknown出现截击，凉及时赶到将之击退。这时，相良克彦的力量也开始苏醒……
假面骑士AGITO第27集剧情介绍：
小孩淺野一輝的父母在交通車禍中死去，他為了逃避而想遠走他方。涼勸他要面對現實，卻不被接受。
假面骑士AGITO第28集剧情介绍：
小孩浅野一辉的父母在交通车祸中死去，他为了逃避而想远走他方。凉劝他要面对现实，却不被接受。Unknown出现袭击一辉，凉变身矶烙使迎战，一辉受到凉坚毅地面对困境所感动，终于鼓起勇气，坚强做人，到丧礼送父母最后一程。
假面骑士AGITO第29集剧情介绍：
今次Unknown杀害的人被警方发现是七年前的银行大盗！他的弟弟是劫案同党，现在不知所踪。既为保护，亦为捉贼，冰川决意找出他！虽然借助了真鱼的超能力，却仍不成功。冰川灵机一触，再布局，加上翔一的帮助，终于成功令犯人自首！
假面骑士AGITO第30集剧情介绍：
沢木哲也希望被杀了的阿凉复活，找超能力者相良克彦帮忙，却都失败了。随后他令真鱼的力量觉醒，但真鱼的力量却失去控制，去伤害欺负她的同学，她深感懊恼之际，北条说出杀死她父亲风谷伸谷的人可能是失控的超能力者，真鱼怀疑自己是杀父凶手。
假面骑士AGITO第31集剧情介绍：
正当真鱼感到很沮丧，相良克彦依照沢木哲也的吩咐把她掳走，并展示自己也拥有超能力，以此劝她加入，做他们的同伴。真鱼的失踪令到翔一十分担心，努力寻找下他找到了真鱼，但她竟决定留下来而不回家，这时Unknown却出现把相良克彦杀害！
假面骑士AGITO第32集剧情介绍：
沢木哲也欲借真鱼的力量令凉复活，但只令凉稍有反应，却未能苏醒。关谷真澄受惊于相良克彦之死，到处找其它黎明号的成员，但那些人都离奇被Unknown逐一杀害！她唯有回到原来的地方，更怪异是她竟连同Unknown袭击真鱼！
假面骑士AGITO第33集剧情介绍：
入侵真澄身体的Unknown就是当日袭击黎明号的，翔一曾险丧命他魔爪，潜意识对它非常害怕！甚至不敢面对它！真鱼知情后求助阿凉，希望他能保护翔一。为报真鱼救命之恩，阿凉当然答应！Unknown再出现，翔一在凉面前变身阿极陀，被打败！阿凉变身矶烙使战斗，翔一和阿凉都知对方的身份了！
假面骑士AGITO第34集剧情介绍：
翔一的身体发生异变，须在凉的家中休养。凉对真鱼直说，这次的敌人十分厉害，非他所能应付，真鱼惟有再请冰川保护翔一。后Unknown出现，凉和冰川迎战，但相继不敌！这时真鱼向翔一说：〔为自己而战也是保护他人！〕翔一重新振作，变成比普通阿极陀更强更劲的燃烧形态阿极陀！
假面骑士AGITO第35集剧情介绍：
阿凉和一名叫木野熏的男子在街上遇上一个被Unknown袭击受伤的女子，二人将女子送到医院，木野更替女子做手术，原来他是个极出色的外科医生。及后浩二与阿凉遇上unknown，阿凉变身成矶烙使却不敌，这时木野熏来到，并变身成十分强悍的另类阿极陀！
假面骑士AGITO第36集剧情介绍：
阿凉见木野熏既以医生又以另类阿极陀的身份去帮有需要的人，立志要以矶烙使之力去帮人，浩二也希望能变阿极陀。但木野熏却不是这样想。他既阻止浩二变阿极陀，更要对付阿凉！因为他认为世上有他一个阿极陀便足够！他要成为最强阿极陀去救他的弟弟！
假面骑士AGITO第37集剧情介绍：
木野阿极陀继续袭击矶烙使，凉不敌受重伤。刚巧北条透和冰川诚到场目睹阿极陀变回木野，得知阿极陀会变回人，北条重提阿极陀捕获计划。当阿极陀以最强终极形态ShiningForm击退Unknown后，翔一即被北条围捕。受伤的阿凉被送到医院，却遇上木野来替他做手术！
假面骑士AGITO第38集剧情介绍：
当木野想加害阿凉时，从他的弟弟雅人移植过来的手却诡异地自行抗拒，阿凉乘机逃脱。在警署内，翔一亲口承认了自己是阿极陀，小泽澄子知道后，要求与他见面，会面时得知冰川遇到Unknown，澄子强行带走翔一，阿极陀初遇上木野的另格阿极陀。
假面骑士AGITO第39集剧情介绍：
两个阿极陀的激烈大战，在木野的手臂再次失控制下结束。浩二和阿凉虽然成功逃掉，但阿凉却伤重濒死，这时哲也出现，要浩二放弃阿极陀力量。木野杀到，幸翔一及时赶到再战木野，但当木野以阿凉性命威胁时，翔一只有束手待毙。这时阿凉接收了浩二的力量，身体强烈变化，怒叫下变成超极矶烙使。
假面骑士AGITO第40集剧情介绍：
变成超极矶烙使的阿凉力量大增，轻易将木野阿极陀打败，冰川诚始终不能接受翔一就是阿极陀，因为和他心目中的形象相距太远，太没英雄气概了，但后来二人再次合作将unknown杀败。另一方面，北条透继续调查木野，发现他家中有一封奇怪的信，是由一个叫雪菜的人写给津上翔一的。
假面骑士AGITO第41集剧情介绍：
冰川诚寻找翔一，想寻求变身成阿极陀的秘密，之后二人为了寻找木野熏去找苇原凉帮助，虽然能与木野见面，但木野却不跟他们合作。另一方面，水之使者在斗真体内再次进化成另一形态，之后去对付阿极陀，终于与两个阿极陀、矶烙使和G3-X遇上，更以一敌四，但仍然占尽上风，而翔一在受伤后惊觉自己是曾经在黎明号上的乘客。
假面骑士AGITO第42集剧情介绍：
翔一昏迷期间记起在黎明号上发生意外时的情况，记起上船后与每个乘客由相识到出现奇怪事件的过程，先是一个神秘少年的尸体被发现，之后遇上暴风雨，已死的少年再次出现，他说要启发潜藏于翔一体内的力量，发出一阵强光后少年就消失了，继而出现的是一只怪物(水之使者)，他将初次能变成阿极陀的翔一打进海中，之后向众人说，因为他们都被光芒照射过，所以都会变成阿极陀，但只要众人有变成阿极陀的先兆，他就会再来对付众人，令所有人都觉得命不久矣，所以才有以后的奇怪行为。当翔回复对这件事的记忆后，再次变身成阿极陀，要对付水之使者。
假面骑士AGITO第43集剧情介绍：
當翔回復對這件事的記憶後，再次變身成亞極陀，要對付水之使者。
假面骑士AGITO第44集剧情介绍：
翔一、真魚、義彥和哲也仍然被風谷伸幸死亡事件困擾著，真魚到處逃避翔一，甚至令翔一覺得亞極陀力量是邪惡的，要放棄它。
假面骑士AGITO第45集剧情介绍：
翔一、真鱼、义彦和哲也仍然被风谷伸幸死亡事件困扰着，真鱼到处逃避翔一，甚至令翔一觉得阿极陀力量是邪恶的，要放弃它，卒之在和unknown战斗中主动放弃攻击，并自愿将力量交给斗真。另一方面，冰川受伤后眼睛有异常，当他与unknown战斗时，双目突然看不见东西。
假面骑士AGITO第46集剧情介绍：
翔一因真鱼不原谅他的关系，自愿将阿极陀力量交给斗真，终于斗真都将三人的阿极陀力量得到手，但三股力量在他体内作出抗拒，不被他吸收。另一方面unknown出来袭击真鱼，凉、木野和翔一合力保护真鱼，在冰川攻击的协助下，翔一的拳头打中斗真，斗真体内三股阿极陀力量乘机逃回三人体内，三人合力将unknown消灭，斗真亦伺机逃去。之后，木野因之前的伤势影响而死去。
假面骑士AGITO第47集剧情介绍：
已经个多月没有unknown再出现，大家都以为所有unknown都已经被消灭，翔一和阿凉都找到自己的新生活，与此同时一些奇怪自杀事件出现，有些人不知为何用了些特别方法自杀，而斗真也向哲也发出警告，暗示会令人类灭亡。一个男子撞破了斗真在树林中孕育风之使者被追杀，刚巧被阿凉遇上，虽然阿凉变身成矶烙使，但也不敌风之使者，被他打败。
假面骑士AGITO第48集剧情介绍：
阿凉和翔一在新工作中分别遇上两个失意的女孩，二人分别向她们作出鼓励，希望能帮助二人，可以重新振作，与此同时斗真正和风之使者进行令人类步向灭亡的行动，天蝎座星群正向地球移动，而神秘自杀事件也不断发生。一晚，阿凉再次遇上风之使者，变身矶烙使和他战斗，再次被打败，之后翔一也感应到风之使者的出现，赶到现场后变身成阿极陀与风之使者展开激斗。
假面骑士AGITO第49集剧情介绍：
干部会再开会议研究G3部队的存弃，北条透强调阿极陀可能会征服世界，而unknown可能是唯一能对付阿极陀的人，所以要保留G3部队以防万一，这次会议加入了一个似乎很有权力的新成员，白河尚纯，他也赞成北条的看法。另一方面，斗真孕育出另一个使者，地之使者，要他去对付能变成阿极陀的人类，当翔一感应到地之使者出现，赶到现场变身成阿极陀要对付他时，却让他逃去，之后却出现两个来意不善的G3-X，原来白河尚纯要以G3-X来对付阿极陀，保护unknown。阿凉和翔一在新工作中分别遇上两个失意的女孩，二人分别向她们作出鼓励，希望能帮助二人，可以重新振作，与此同时斗真正和风之使者进行令人类步向灭亡的行动，天蝎座星群正向地球移动，而神秘自杀事件也不断发生。一晚，阿凉再次遇上风之使者，变身矶烙使和他战斗，再次被打败，之后翔一也感应到风之使者的出现，赶到现场后变身成阿极陀与风之使者展开激斗。
假面骑士AGITO第50集剧情介绍：
G3-X的工作有新定位，就是要保护unknown，就让它来制衡阿极陀。当阿凉接受里莎时，也是天蝎座的里莎看见另一个自己，之后就死了！阿凉知道是地之使者所做，于是去对付它，但却不敌，被地之使者打到水中昏迷。另一方面，可奈发现自己有变成阿极陀的迹象，惊恐下要去自杀，翔一赶到，在哲也帮忙下将可奈救下，之后二人劝说可奈，希望令她打消自杀念头，这时地之使者出现，翔一立即变身成阿极陀，可奈看见这情形觉得很讶异。
假面骑士AGITO第51集剧情介绍：
冰川与小澄子夺回Gtrailer，操控G3-X系统与阿极陀、矶烙使一同消灭风、地两使者，之后，阿极陀更向斗真作出攻击。当斗真给与哲也的生命快将完结时，斗真在哲也面前出现，并说不会再消灭人类和阿极陀，因为人类将会亲手消灭阿极陀，而哲也却认为人类会接受阿极陀的存在，两人订下赌约后，哲也就死掉。一年之后，各人都过着自己的新生活。
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