第1集剧情介绍：孟司长欲带玉墨逃亡
南京沦陷前7日，硝烟弥漫，日军的轰炸机不停地向下投掷导弹。一群女大学生尖叫着跑到圣马德伦教堂里，神父英格玛安慰她们不要怕，只要在教堂里就是安全的。英格玛突然发现华人神父法比不见了，手下阿顾告诉他，法比出去找粮食了。
孟司长与玉墨在餐厅里约会，孟司长告诉她自己会找到一张船票带着她一起走，这时突然炸弹炸了过来，他们赶紧躲到桌子下面，孟司长向她保证自己会把她介绍给孟母的。
法比开车到城外找粮食，车却突然抛了锚，他想请路人帮他推车却没人理他。这时旁边一辆军用卡车也抛了锚，法比赶紧凑了上去，他拿着烟酒贿赂陆军军官戴涛，正忙着赶路的戴涛没空理他，戴涛让士兵们从车上下来步行前进。
法比在戴涛身边不停地转悠求他帮忙，戴涛一生气拿出枪对着法比的脖子让他赶紧让开，否则开枪打死他，法比只好乖乖地让开了。陆军留下一辆卡车里面尽是土豆，法比把车修了修高高兴兴地开走了。
几个混混来到教堂找法比还钱，英格玛神父这才知道法比在外借了高利贷，混混们要拿走教堂的东西，乔治等人赶紧拦下他们并表示教堂里的物品都属于上帝不容侵犯。
孟司长的女儿孟书娟没有听父亲的话乖乖呆在家，而是来到了教堂一起唱圣歌，她告诉朋友自己爸爸在外面找了个女人，让她很伤心，两人的对话被旁边的女学生徐小愚听到。
法比开车回去，多亏在半路遇到了孟司长的车为他成功地开了路，有军队想抢他的车，也被孟司长摆平了。
孟司长向赵处长多要一张船票，船票的数量有限之前他已经要过四张，赵处长问他为谁而要，他表示是赵玉墨，赵处长知道玉墨是藏玉楼的头牌，赵处长数落他不要太傻，赵玉墨不过是为了逃命才跟他在一起。
第2集剧情介绍：孟书娟担心自己被父亲抛弃
徐小愚讽刺孟书娟被爸爸抛弃，两人吵了起来，其他的女学生赶紧拉住他们。玉墨收拾行李离开藏玉楼，一起的姐妹们很舍不得她，红绫劝她别又被男人给伤了，她劝红绫放心，她知道孟司长的人品。
孟司长回到家后，孟母让他赶紧与玉墨断了联系，玉墨是秦淮一带最有名的头牌，孟家可是书香门第，怎么可以跟这样的人混迹在一起。孟司长让孟母别这么说玉墨，孟母把一张报纸甩在他身上，报纸的头版头条正是他与玉墨的花边新闻。
玉墨拿着行李打算走，一群粤军在藏玉楼里玩，一名军官拽住玉墨让她陪自己跳舞，玉墨敷衍了他一下便打算离开，军官甚至追她到门外。
戴涛与手下路过此地，他拦下那名军官问他的职称与军衔，军官报上了自己的部队军衔，两人并不在一个部队，戴涛知道军官所在师部的一些长官是在哪些战役里丧生的，听到熟悉的名字军官羞愧了起来，军官表示戴涛可以一枪毙掉他。
戴涛让他留着力气去打日本人，军官带着手下们志气昂扬准备打日本人，戴涛发现对方的衣服与装备都很简陋就让手下脱下大衣给他们，粤军军官表示他们没有军饷，不用这些一样打鬼子。
法比把土豆带回教堂，乔治一直问他怎么弄到的军车，法比不好解释只让他们先把土豆拿下来。夜里法比做噩梦被惊醒，他来到教堂外正好看到了同样做了噩梦惊醒的孟书娟，孟书娟告诉他自己做梦被爸爸抛弃了。
南京沦陷前六日，玉墨来政府找孟司长，没找到孟司长却遇到了赵处长，赵处长坦白道是他把玉墨是头牌的事情告诉了孟司长，但孟司长坚持地要了张船票要带走玉墨。
孟书娟在街上遇到了爸爸的车，她看到车上的玉墨便明白是怎么回事，但她毕竟追不上车，还好遇到了法比，法比开着车跟在孟司长的车后，来到了政府的门前。
第3集剧情介绍：神父英格玛不肯离开教堂
孟书娟跟到了玉墨的公寓可里面并没有人，她记住了门牌号打算再来找玉墨。法比要把孟书娟送回家，她不肯便下了车跑走了，法比赶紧追了上去。
孟书娟跑到一个巷子里，里面都是受了伤的士兵，其中一名浑身是血的士兵拿出一封信拜托她寄出去，看到他们的情况，孟书娟哭着答应。
孟书娟主动给他们照相，临死的士兵们却很高兴地争着要照相，孟书娟哭着为他们拍下了一张张照片，之后法比把孟书娟带回了教堂。
玉墨回到公寓，她问邻居孟司长是否来过，邻居让她赶紧逃命，现在这种时候哪顾得上儿女情长，大家都忙着逃命呢。
孟司长来教堂找女儿，他表示自己拿到了船票可以带她走，因为玉墨的事情，孟书娟一直觉得自己被爸爸抛弃了，她不肯走，孟司长只好把女儿交给法比照顾，这时孟书娟又改变了心意拿起行李跟爸爸上了车。
美国人在南京有安全区，但几艘美国军舰都被日军炸毁，日军根本不在乎国际条约，南京的安全区也变得不再安全。
教堂里的学生也人心惶惶，法比让她们放心，只要在教堂里就是安全的。日军在南京城外为非作歹，拿中国人当靶子开枪练习，甚至把一个小女孩烧死了烤来吃肉。
法比也知道再留在南京是个死，他打算带着神父以及学生们坐船离开南京，英格玛不肯走。英格玛表示教堂里的物品都是一代代神父们从各个洲各个国家收集过来的，他的身体也不好，其实也是个快死的人了，不如留在这个安息的地方等死。
法比、乔治与阿顾都是神父收养的孤儿，既然神父英格玛不走，他们也没有理由离开这里，法比虽然胆小怕事又吝啬贪财，但他很有义气，法比坚定地表示自己不会扔下神父一个人在教堂的。
第4集剧情介绍：赵玉墨返回藏玉楼
汛生的村子被日军给包围了，日军惨无人道的实行了三光政策，不仅杀光了村子里面的人，并且还放火点燃了整个村落。汛生躲在了石头后面逃过一劫，但是这个时候日本人在村子里面发现了一个年轻的女子，女子正是汛生的妹妹。汛生咬牙看着日本人糟蹋了自己的妹妹，但是不敢出去，因为出去以后两个人都没有活路了。
日军离开以后，汛生背起来自己的妹妹迅速的逃走了，这个时候日军已经返回，开始清点杀掉的人的数量。日军开始了大屠杀，这个时候日军得到了一批空投的物资，日军大佐打算带领士兵前往物资降落的地点。赵玉墨打算返回藏玉楼，但是路上已经被设置了屏障。赵玉墨出面和戴涛说话，希望戴涛能够放自己回去藏玉楼，戴涛同意了。
藏玉楼里面的姑娘春池慌张的逃回了藏玉楼，告诉大家日军正在进行大屠杀，外面到处兵荒马乱，很多人都惨遭杀害，年轻的少女都被日军轮J。赵玉墨和藏玉楼里面的姑娘们听到这些都震惊不已，同时也开始担心自己的处境。孟司长追着赵玉墨来到了藏玉楼，但是路上却被戴涛给拦住了，孟司长表明了自己的身份，顺利的进入了藏玉楼。
赵玉墨和孟司长见面，赵玉墨告诉孟司长，对方喜欢的并不是自己，只不过是在那时候见面了而已。如果遇到的是其他的女人，孟司长也会喜欢上那一个人的。法比帮助伤员治疗的时候，一名伤员希望法比能够帮助自己找到自己的家人，伤员伤势很重，没来得及说完就昏迷了。与此同时，城内混战连连，日军和中国士兵展开了激烈交战，我军宁死不退一步。赵玉墨和戴涛在藏玉楼外面说话，赵玉墨很担心现在的南京城里面的形势。
第5集剧情介绍：南京城即将沦陷
法比和神父在教堂里面喝酒，神父的身体并不是很好，这让乔治有些担心。孟司长见到城内混战连连，打算带着自己的家人出城逃难，即使准备妥当孟司长仍然觉得心慌意乱，担心现在的局势。
法比在和神父喝的酒里面下了安眠药，神父喝完酒以后睡了过去，法比假称神父是因为喝酒喝醉了，随后带着神父出来了教堂，并且载着神父离开了教堂里面。没想到这个时候神父清醒了过来，明白法比是打算带着自己离开南京城，神父表示自己拒绝离开南京城。
法比无奈之下只能够带着女学生们先行离开。孟司长打算离开南京城，结果没想到出门以后看到了自己的汽车被人给砸坏了，孟司长已然无法离开。匆忙之间孟司长拉住了街上的黄包车司机希望对方能够拉着自己出城，但是街道上面一片兵荒马乱，没人理会孟司长。
法比带着女学生打算离开教堂，并且拉走了大家的行李，法比开着汽车行驶向了城外。这个时候孟司长带着自己的家人在街道上茫无头绪的行走着，偶然找到了一辆黄包车，孟司长让自己的家人先坐上了黄包车，自己一个人和车夫一样步行。
法比的汽车忽然出现了问题，法比无法修好这辆汽车，只能够带着大家步行向前。天很快的亮了，孟司长带着自己的家人来到了码头上面，一家三口登上了离开的轮船。赵玉墨也来到了码头上面，看到了孟司长登上了轮船。孟司长面有愧疚，而赵玉墨自己转身离开了。
轮船上面到处都是人，孟司长的身份在这里根本不起作用，只能够随便找了一个地方坐下来。法比和女学生们都没有力气了，但是还是拼命的向前奔跑着，否则面对她们的，即将是和南京城一起沦陷的命运。孟司长的女儿忽然不见，孟司长为了女儿再度跑下轮船寻找女儿。
第6集剧情介绍：孟司长下船找女儿
孟司长要带玉墨离开，他下船去找玉墨，孟书娟知道爸爸去找玉墨后，生气地下了船。等孟司长回到船上时，孟母哭着告诉他孟书娟一个人下了船，孟司长只好回城去找她。
为了逃命，法比带着几名女大学生在码头等船，可江面上哪还有船只的影子，周围尽是没上去船，在码头等待最后一线生机的老百姓们。
日军的飞机向地上洒下许多传单，被法比等人看到，上面写着日军是来拯救中国人民的话语。安全区现已成为南京城唯一一处能保障老百姓安全的地方，伤残的士兵们想要来此地接受救治，安全区是属于美国人的，根据国际条约他们必须保持中立，不可以为任何一方的士兵治疗，除非士兵们把武器扔掉。
没办法离开南京的老百姓以及受伤严重的士兵都想呆在安全区，可毕竟地方有限，安全区的外国人们只好劝士兵们去别的地方。
中国士兵们在南京城内死守，双方对比悬殊，眼看就要挺不住了，这时一名叫李全有的战士站了出来，他指挥着战士们作战。
总算等到了一只小木船，法比赶紧带着学生们上了船，这时两名逃命的老百姓也跟着上了船，法比要把他们赶下去，心软的女学生把他们留在了船上。
南京城里硝烟弥漫，为了寻找女儿，孟司长独自一人在南京城里来回转，可依旧没有女儿的踪影。
士兵们从城外撤退到南京城内，戴涛严禁任何士兵有逃命的行为，他让士兵们死守，不准离开南京。士兵们只好把上级领导通报可以撤退的事情告诉他，戴涛一脸惊讶，他没想到事态已经如此严重，但他依旧不允许军队里出现逃兵，他让手下拿枪对准打算撤退的士兵们。可大难临头，大家只想着逃命没人在意戴涛的话，他们不停地往前走，戴涛等人拿着枪向天空扫射，逃兵们被枪声吓住。
第7集剧情介绍：玉墨赔笑救同伴
在城外的日军手段极其残忍，他们在传单上写着中日友好，可一进城就变了另一幅样子，日军打砸抢烧，q暴民女，还留在南京城里的百姓们人心惶惶地四处逃窜，安全区是现在唯一一个能称得上安全的地方，大家都往那里跑。
玉墨随着人群一起走，她突然觉得很陌生，她站在原地看着逃亡中的百姓们发起呆来，大家都抓紧时间逃命没人顾得上她，有一名好心的百姓劝她赶紧离开，站在这里只有等死。
轮船终于到达码头，开心的法比赶紧与女学生们跑了过去，可日军飞机飞行员在天上看到轮船来了后，立刻向下投掷了炸弹，码头被炸大家只好在炮火中继续逃命。
二狗在街边收拾弹药，这时过来一个少年向他讨水喝，少年名叫王浦生，二狗看着他便硬拉他加入军队一起打仗，可王浦生完全不会用枪，二狗坚持地把他带了回去。
二狗把与王浦生相遇的过程以及今天发生的事情告诉李全有，李全有这才知道王浦生什么都不会，仅仅是被二狗捡回来的一个孩子，他表示一旦打起仗，王浦生一定会拖大家的后腿。
伤残的士兵们来到藏玉楼，一名长官对日军态度很好，但对中国人倒是硬气得很，豆蔻看不惯他的行为便抱怨了句窝里横，长官当场生气地掏出枪对着豆蔻。
没想到他会拿枪，豆蔻被惊得花容失色，同伴们劝豆蔻赶紧给长官赔不是，豆蔻不好意思拉下脸道歉，看豆蔻没有道歉的意思，长官甚至把她摁倒了要开枪打死她。
玉墨赶紧站了出来，她嗲声嗲气地代替豆蔻赔不是，给了长官一个台阶下，长官放过了豆蔻，豆蔻很是感激地看着玉墨。
越来越多的士兵想要逃走，戴涛也明白当前的形势，可他作为一名军人依旧想守在这里对抗侵袭的日军。
第8集剧情介绍：日军袭入南京城
面对沦陷已成定局的南京，唐司令不知是该留在南京与大家共存亡，还是为了逃命扔下百姓们离开南京。最终他还是决定保自己的命重要，唐司令乘车准备离开南京，战士们一眼便认出了他的车，战士们拦住他不让他走并拍打车窗要求他留在南京，任凭外面怎么谴责，唐司令就是不肯下车。
本来豆蔻打算离开藏玉楼而躲在安全区的，可百姓们太多，他们把安全区堵得水泄不通，百姓们对藏玉楼的女人们也很有意见，豆蔻在安全区呆着还不如藏玉楼自在，没办法她又回到了藏玉楼。
法比等人依旧在码头等船，一艘轮船出现大家惊喜地在码头准备上去，结果发现那是日军的军舰，日军对码头进行扫射，大家在炮弹声中继续逃亡。
在城里找不到女儿的踪影，孟司长来到了教堂，他问英格玛神父是否有看到孟书娟，孟书娟躲在教堂里不肯跟他走，无奈碰壁的孟司长只好离开教堂，孟书娟看着爸爸的背影赶紧拿相机拍了下来。
战士们还在堆砌的沙包后面休息，这时他们听到日军进城的声音，戴涛赶紧向作战经验丰富的李全有商量如何抵抗。日军的装备好，人又多，甚至还有坦克一起进城，国军根本不是他们的对手。
日军进入城内便猖狂起来，他们拿中国人当靶子练习射击，但凡是被看到的中国人都不留活口。
戴涛等人也渐渐地挺不住，根据作战指示，他们只能选择撤退，否则伤亡会更加惨重。二狗被日军的子弹击中，战士们都在撤退没办法照顾他，李全有也只得忍痛地扔下二狗离开。
听到各种炮弹声坦克声，玉墨与几名女伴赶紧从藏玉楼里跑出来准备逃命，可形势十分紧迫，她们刚一出来就听到日军扫射的炮弹声，她们只好躲在军队堆砌的沙包后面。
第9集剧情介绍：玉墨不顾生命危险救女孩
日军开始他们惨无人道没有人性的侵略，只要让他们看到的中国人，几乎没有一个能活，男的就被刺死，女的就会留下被q暴之后再杀死。
法比等人逃到一处楼房里面躲着，他们在楼上看到日军把百姓们聚集到一起，随后日军拿着刺刀刺向手无缚鸡之力的百姓们，连眼睛都不眨一下地全部刺死，女学生们被吓得不敢出声，甚至连呼吸都小心起来。
玉墨与女伴们发现一伙日军在她们身后不远处，顾不得天寒地冻，她们只得跳进冰冷的河水里避开日军。她们亲眼看到一对夫妻被日军抓到，男人被当场打死，女人则被几名日军拽入房内q暴，她们听到了女人凄厉的哭声与惨叫声后只得更加小心地躲在河水中。
等日军走后，玉墨等人赶紧从河水里爬出来继续逃命。法比看到了不知何时来到城里的孟书娟，他赶紧拉起孟书娟逃跑，一名日军让他们不要跑，之后拿起枪对准二人，被吓到的法比一动也不敢动，就在日军以为手枪没子弹正在装弹药时，戴涛在不远处开枪打死了他，法比与孟书娟才逃过一劫。
看着城里尽是被日军糟蹋过的女子，玉墨很是心疼。玉墨等人好不容易找到沙包可以躲一会儿，突然玉墨看到一名被日军q暴过的女孩躺在地上，她不顾生命地冲了出去，戴涛看到了这一切，他命令手下给玉墨作掩护，让玉墨救那个女孩，手下告诉他玉墨是个j女而已，没必要救，戴涛呵斥他现在只要是中国人都需要救。
李全有等人成功从城里撤退并来到一处树林里休息，为了更方便管理，带队长官要求士兵们把枪支弹药上缴，李全有对这种行为无法理解，他不肯交出军械，长官勒令他赶紧上缴，李全有拿起枪对准长官的脑袋，不管长官说什么他都不理。
第10集剧情介绍：玉墨等人留在教堂避难
玉墨带着同伴们总算来到了教堂，英格玛得知她们是j女后不肯让她们留在这，玉墨等人跪在地上求他，心地善良的神父最终抵不过她们的央求还是答应了。有些女学生知道玉墨等人的身份，作为下九流职业里面最肮脏的j女，明白情况的女学生们自然避之不及。
神父为玉墨等人安排了一个房间可以容她们休息，玉墨找来一根蜡烛放在房间。红绫讽刺她妄想拿蜡烛的灯光来擦出自己身上肮脏的印记，但她一日成为j女终身都是j女。
本来玉墨懒得理她便默不作声继续干自己的活，可红绫逮住她的弱点后不停地谩骂她，玉墨到头来还是被男人伤尽的可怜虫，忍无可忍的玉墨与她吵了起来，两人越吵越大声情绪越激动，女伴们怕出什么事赶紧把两人拉开。
大难当头，大家都抱着必死无疑的心情活着，法比看女学生们情绪低落就找来几个鸡蛋弄了个小把戏逗她们开心，好不容易女学生们的情绪转好一点，阿顾突然慌慌张张地跑进教堂让逃难的学生和j女们都躲起来。
原来几名日军在教堂门口拿日语大喊大叫，教堂里面的人立刻噤声等外面的动静。本来日军打算进去一探究竟，但他们看到了教堂门前贴上的告示，告示上写着教堂归美国人所有，惹不起美国人的日军悻悻地离开，法比等人逃过一劫。
日军在南京城内肆意地杀中国人，他们甚至来到安全区寻找中国士兵，安全区里面的洋人代表们要把他们赶出去，他们不依不饶地认定洋人们庇护中国士兵就要闯进去一探究竟。
其中一名洋人代表费驰对他们这种行为很不满，依旧国际公约他们不该进来，可日军哪在乎什么国际公约。
费驰来到日军的驻地找日军长官谈话并严禁他们再来安全区，日军长官根本不把他放在眼里并呵斥他滚出驻地。
第11集剧情介绍：孟书娟故意找茬
玉墨等人自从逃难开始就没吃过一天的饱饭，饿到透支之后她们决定在教堂的厨房里做一顿饭。j女们查看厨房剩下的食物被女学生们看到，女学生们嘲笑她们个子太矮像个矮冬瓜，言语不和的几人吵了起来，法比赶紧过来斥责j女们不许再与女学生们发生冲突，否则就把她们赶出去。
j女们委屈地表示她们在藏玉楼里每天有变着花样的美食不说，还有香槟红酒和饭后甜点不限量供应，从逃难开始她们就没吃上过正经的食物，现在饿得两眼昏花想要找点东西做饭却被女学生们嘲笑。
为了避免冲突被赶出教堂，玉墨带几名j女离开厨房回到地窖的房间里，法比看她们有些可怜便让阿顾做几个土豆给她们。
红绫发现自己丢了几样贵重的东西，她认为一定是女学生们偷的。孟书娟故意承认是她拿走了红绫的东西，其实孟书娟只是想找j女们的茬。
红绫作势要与孟书娟理论，这时孟书娟拿起石灰就撒了红绫与玉墨一身，玉墨知道她是孟司长的女儿，也明白如果她俩发生冲突那么被赶走的肯定是自己，即使被孟书娟侮辱，她也不反击，只是默默地把红绫一起拽回地窖的房间里。
红绫不依不饶地想找孟书娟算账，玉墨劝她省省力气，被瞧不起和被赶出去哪个孰轻孰重她应该明白，如果再与女学生们拌嘴吵架，法比一定不会放过她们的。
一名女学生与孟书娟聊起来j女们的长相，她觉得j女们都很美，孟书娟一声不吭地不想继续这个话题。
晚上玉墨睡不着便在教堂大厅里面散步，孟书娟默默地跟在她的后面打算把铁锨上的火炭扔到她的身上，玉墨意识到有人在她身后就回头看了一眼，她把孟书娟吓了一跳，孟书娟吓得扔下铁锨就跑走了，玉墨看着地上的铁锨若有所思。
第12集剧情介绍：李全有假死逃过一劫
日军把战俘们带到一个坑里面，作为战俘的李全有意识到日军会做出怎样的残暴行为，日军开始对坑里面的战俘进行扫射，李全有赶紧躲在一名被打死的士兵底下，但大多数人都无法躲藏最终成为日军的靶子。
大规模的扫射过后，日军们来到坑里解决那些没死的战俘，李全有与浦生赶紧屏住呼吸装成尸体逃过一劫。日军找来一伙中国劳工来搬运坑里面近五万名战俘的尸体，日军还规定必须在一天之内搬完，否则遭殃的就是这群劳工。
劳工们赶紧加快速度搬运尸体，他们发现李全有与浦生并没有死，为了保护二人，劳工们赶紧拿了一块布盖在他们身上。
想到爸爸与玉墨有染，甚至无视自己去与玉墨约会，孟书娟就很生气，她一而再再而三地找玉墨的茬。都是玉墨害得孟家妻离子散的，但毕竟孟书娟的能力有限，她只能弄一些小把戏来招惹玉墨。
玉墨要去洗澡时，孟书娟把她的衣服拿走了，玉墨勒令她立刻还给自己，孟书娟不肯，两人就吵了起来。
孟司长依旧独自一人在南京城里转悠，他看到被血染的南京城，默默地在心里指责日军的残暴无情。
南京已经是冬季，再加上日军的残暴，让变得冰冷的南京更加冰冷，j女们在地窖里被冻得蜷缩在一起发抖，玉墨提出去壁炉前烤火。
j女们来到壁炉前烤火聊天，孟书娟看到这一场景便气不打一处来，她让j女们不许烤火赶紧回地窖，壁炉不是给她们这种肮脏的人用的。女学生们也站在孟书娟这一边指责j女们不懂规矩，侮辱了神圣的教堂。
看着女学生们不依不饶地指责她们，玉墨突然心生一计，她特意坐在神父的心椅上打算与女学生们理论。女学生们立刻情绪激动地让她从神父的心椅上下来，玉墨就是不肯。
第13集剧情介绍：孟书娟偷偷跟着法比外出
玉墨故意坐在椅子上惹怒女学生们，之后另一名j女玉箫也坐了上去，就在她指责女学生们时，突然感觉一阵刺痛，椅子上有一个钉子，她忍痛拔出来问女学生们这是谁干的，她拿起木板要教训所有的女学生，孟书娟主动承认是她干的。
看不顺眼的双方动手打了起来，法比被声音吵醒赶紧来了藏书楼，他让女学生们先回去休息，之后要赶走j女们，可j女们并不想走，法比让她们有一点廉耻，她们在这里生活用的都是孩子们的东西，吃的是本该属于孩子们的食物，神父已经宽容地收留她们，她们还与学生们起冲突，玉墨听到这些话有些难过。
玉墨当时在路上带来教堂的女孩王小妹，因为长期没有用药伤情恶化快要死了，英格玛神父打算去安全区带起司面包还有药回来，怕神父被日军杀害，法比不肯让他去，神父表示自己就一直坐在这里等法比同意带他去。
法比最终还是开车带神父出去了，孟书娟则躲在车的隔板底下，她时不时地抬起隔板看看外面的情况，结果发现全是被日军无情杀害的中国人的尸体。
神父看到满街的中国人被残忍的杀害，他下车警告日军停止这种杀戮行为，日军把枪对准神父，法比赶紧下车向日军们求情，几名日军上了车去看车的装载情况，孟书娟在隔板下害怕地流着泪屏住呼吸，好在领头的日军看在神父是美国人的情况下原谅了他，日军放过了他们。
法比上车时看到被抬起一角的隔板发现里面是孟书娟，他飞快地开着车，日军觉得车的隔层太高了，让他们停车下来检查一下，为了逃命法比加快油门，神父看到街上的小婴儿让法比停车，法比都没有停。
到了安全区后，法比把孟书娟叫了出来，神父才发现她也在，孟书娟表示自己不肯与j女们生活在一起。
第14集剧情介绍：玉墨拼尽全力保护王小妹
英格玛找到费驰本想让孟书娟留在安全区，可费驰告诉他安全区一点都不安全，昨天夜里日军还带走了一部分小女孩。法比本想跟费驰要些粮食，但英格玛拦住了他，安全区的情况比他们想象的还要糟糕，粮食与药品也快无法满足了，威尔逊医生在手术台上不停地做着手术。
女洋人看到一个小孩在排队，可他一直让给别人，她问孩子为何要这么做，孩子告诉她只有底下的粥才有米，才会稠一点。听到他的话，女洋人很是心酸，她特地让盛粥的人把锅底的粥盛给了孩子，还把自己的那碗粥也一并送给了孩子，孟书娟用相机拍下了这一幕。
回到教堂后，孟书娟主动吃起了土豆，苏菲问她为何回来像变个人似的，孟书娟把自己在安全区的所见所闻告诉了她们，女学生们很是感触也跟着她吃起了土豆。
几名战俘在南京城里清理尸体，部分日军受不了尸体的恶臭纷纷吐了出来，田中将军告诉他们这不是尸体而是必须要清理的垃圾。
王小妹就快要不行了，法比把给英格玛的牛奶倒出来一半喂给王小妹喝，可依旧没有起色。晚上威尔逊来到教堂，他看了看王小妹的情况就告诉大家，救活她几乎不可能，可玉墨认为还有一线生机求他试试，威尔逊只好为王小妹打了一针。
女学生们看到几乎断气的王小妹也很同情，王小妹比她们还小，却受了如此严重的伤。王小妹的刀伤以及她被日军q暴相当于堕了十次胎，这些都很难治好，威尔逊认为就算治好了王小妹身体上的伤，她心灵上的创伤也无法弥补，玉墨表示会尽自己最大的努力去治愈她的心。
晚上殓尸队在运送尸体时遇到了日军，李全有与浦生在小推车上屏气凝神伪装成尸体，日军看到是殓尸队便放过了他们。
第15集剧情介绍：李全有被送到教堂
j女们在大厅聊天，法比突然听到一阵急促的敲门声，他以为是日军，就赶紧让乔治把女学生们都安顿好，并嘱咐j女们躲在地窖里不要出来。
敲门的人是殓尸队的老沈，他把李全有与浦生交给法比，希望法比能收留一下这两名士兵，法比则让他赶紧把李全有与浦生送到安全区去，教堂里的食物药品都不多，本身供给学生们与j女们已经很吃力了，现在又加上他们俩，而且如果被日军知道他们窝藏中国士兵，那么大家都得死。
戴涛在此地正好看到谈话的老沈与法比，戴涛帮老沈先把受伤的李全有与浦生抬了进来。在搬运过程中，几名日军正好在教堂的不远处说话，这可把法比给吓坏了，戴涛则把手附在枪上随时准备迎接战斗。
法比先是把大家都带进教堂，之后再透过教堂门上的小窗户观察外面，看到日军渐渐远去他才松了口气，可是有名日军突然向这里走来，吓得他赶紧关上了小窗户。
李全有见到了在南京城一起战斗过的戴涛，就在二人聊天时，法比突然插进来让戴涛把李全有等人带走。戴涛不明白法比为何如此无情，李全有与浦生都是浴血奋战的中国士兵，现在南京城被日军霸占，中国士兵少之又少，李全有与浦生好不容易活了下来，就这么把他们送走一定会死在日军的枪下的。
戴涛掏枪出来对准法比让他收留李全有，可法比不吃这一套，他态度坚决地表示就算戴涛打死他，李全有与浦生也得离开教堂。
李全有明白法比的苦衷，毕竟教堂里还有这么多人，因为他一个就有可能害死大家，他答应法比自己尽快走，但他想留下年纪尚小的浦生，如果浦生跟他一起出去，几乎就是个死。玉墨听到了他们的对话，她也劝法比留下这几名士兵。
第16集剧情介绍：法比同意收留戴涛等人
玉墨告诉法比，浦生与教堂里面的学生差不多年纪，现在又浑身是伤，把他送出去的结果可想而知，既然神父能收留她们几个还有学生们，那再加几名士兵也无妨。
法比最终同意留下三名士兵，但戴涛得把武器给他，教堂是中立的地方，大家来这里避难也是平民的身份，如果戴涛坚持拿着枪，那么日军进来大家都得死，玉墨觉得法比说的在理，她也劝戴涛把武器给法比保管。
法比让他把手雷也拿出来，戴涛表示手雷是留给自己的，如果日军进来他要用手雷把自己炸的尸骨无存，法比抢过手雷说那大家都尸骨无存了。
法比让戴涛等人去地窖里躲着，玉墨把他们带了下去。法比让老沈也留在教堂，这么多人也不缺他一个的口粮，老沈却坚持要走，日军在南京城里肆意地杀人，他们的父母与妻儿都不见了，只有在殓尸队工作才有可能找到亲人们的尸体。
玉墨向戴涛表示好感，戴涛觉得战争把人们的距离拉近了，如果不是战争，他俩这辈子也不会有交集，玉墨想要靠近他，被他拒绝了。
半夜李全有不小心碰到了豆蔻，豆蔻大喊着李全有吃她豆腐就打了李全有。j女们看热闹不嫌事儿大，聚在一起讽刺李全有老不正经，李全有告诉她们自己只要养好伤就会走，红绫带头讽刺他在外面打日军难，在这对女人们横倒是很厉害。
戴涛劝李全有忍忍，大丈夫能屈能伸，红绫等人又把矛头对准戴涛。忍不下去的戴涛想要拿枪离开，他找到了法比放他武器的地方，拿走了武器。
玉墨跟在他身后，她劝戴涛不要走，而且戴涛也不该这么离开，如果真的要走把她也带上，戴涛拒绝了她的请求。法比听到了二人的对话，他出来劝说戴涛不要这么离开，养好伤以后还有他用武之地。
第17集剧情介绍：孟司长帮日军跑腿
日军想要找遗留下来的中统干部，根据消息他们得知孟司长没能离开南京，日军大佐让手下把寻找孟司长的告示分发下去，可现在南京城的日军们都杀人杀红了眼，对这些都不放在眼里。
孟司长写了寻找孟书娟的告示出来贴上，正好被两名日军发现，他俩拿孟司长当靶子往他身上连开数枪，幸亏他闪躲及时没被打中。
藏玉楼已经人去楼空，日军把藏玉楼作为办公地点，日军大佐不喜欢闻藏玉楼里的胭脂味，可也没有办法。
j女们争抢着跟乔治再要一杯水，乔治不肯给，其他j女都走了，红绫依旧坚持让他分给自己一杯，拗不过她的乔治只好同意，之后乔治推走她，红绫表示既然乔治碰了她一下，那她也要还回来。红绫吻了乔治一下，把纯情的乔治吓了一跳。
费驰与孟司长等人找了一些中国人准备接电，可日军不同意，不管费驰怎么跟他们解释，他们都不听，之后日军把中国人当做射击用的靶子一再地开枪，孟司长赶紧跑到一边才躲过一劫。
孟司长被其中一名日军发现，他主动报上自己的情况，其中一名日军知道这正是大佐要找的人，他们把孟司长拷了回去，临走前孟司长拜托费驰如果有他女儿孟书娟的消息一定要告诉他。
日军大佐黑岩久治知道孟司长在战争前一直都是搞学问的，虽然日军现在残暴的杀戮，但他们需要重建南京的交通，他请求孟司长把南京城的路线图给他。
黑岩久治给他一份日军的通行证，这样能方便他找女儿，但他必须得在二十四小时内把路线图弄出来。为了女儿，孟司长同意了，他刚一出去，黑岩久治就派人跟在他身后。
孟司长来到安全区找女儿，费驰想起来自己曾经见过孟书娟，他告诉孟司长放心，孟书娟在教堂与法比在一起，孟司长表示这是自己这些天听到的唯一的好消息。
第18集剧情介绍：孟书娟不肯离开教堂
大家总为喝水的问题打架，玉墨告诉法比之前她们逃命来教堂时遇到一个小河岔，离教堂只有十五分钟的路程，可以去那里取水。阿顾穿上神父的神袍扛着木桶去了小河岔取水，他刚扛着木桶要回去时被几名日军发现，他只好谎称自己是美国人。
阿顾迟迟没有回来，法比很是担心，玉墨不明白孟书娟为何处处都针对她，于是玉墨去问法比。怕阿顾牺牲的法比没空理玉墨，他表示自己不知道原因，而且玉墨也该认清自己的身份，少与孟书娟接触更好。
孟司长操着一口流利的日语来到便利店买下店里所有的巧克力，之后他拿着通行证来到了教堂。法比透过小窗户看到了孟司长，孟司长拿着一堆吃的告诉他自己来看孟书娟，他前脚刚进教堂，后脚跟着他的日军就赶回去跟黑岩久治报告。
j女们也看到了孟司长，她们以为他是来看玉墨的，就赶紧回到地窖通知玉墨，玉墨则不肯出去见他。孟司长看到女儿平安无恙也就放心了，他劝说孟书娟收拾行李跟他走，他一定想办法把女儿送出南京。
女学生们看到孟司长胳膊上的日本箍纷纷说他成了汉奸，亲眼目睹日军是如何残暴杀戮的孟书娟一听到汉奸就很敏感，她不肯跟父亲走。孟司长失手扇了孟书娟一巴掌，之后他跟女儿道歉自己是太着急了，他费了很大的力气才找到女儿，孟书娟坚持不肯跟父亲走。
孟司长告诉孟书娟，为了她自己做猪做狗做鬼都不在乎，孟书娟让他把教堂里的女学生都带出南京，这样就能证明他不是汉奸。
把女儿一个人带出南京都很费劲，可面对女儿的要求他又不能不答应。孟司长只好表示他可以一次带走两个女孩试试，孟书娟让他尽快把同学们带走，她要求自己最后一个离开教堂。
第19集剧情介绍：阿顾与法比打水险丧命
玉墨叫住要走的孟司长，她这才知道孟书娟与孟司长的关系，孟司长本想自己有能力把玉墨也带走。玉墨让他不要再管多余的人，他身为孟书娟的爸爸，把自己女儿带走才是首要的事情。
孟司长走后，孟书娟把糖果与巧克力分给同学们吃，这么久以来只以土豆为食的她们争抢着吃起了巧克力。
阿顾迟迟不归，法比让乔治把汽油桶刷刷，之后他骑着三轮来到小河岔打水。孟司长回到家里找古董以及南京城市路线规划图，他看到日本箍上女儿的头发，拿起那根头发睹物思人。孟司长听到楼下有枪声，他小心地打开窗户，看到楼下一群日军拿中国人当靶子练习射击，同胞们就这样死在了日军的枪下。
孟司长拿着规划图和名画来找黑岩久治，他请求黑岩久治可以通融一下，让他女儿以及同学离开南京，黑岩久治反问他是否找到女儿了，怕女儿受到伤害的孟司长只好谎称他还没找到女儿。
黑岩久治告诉孟司长要带人离开南京很难，在此之前他还得拿来南京城里的其他图纸才行，为了女儿，孟司长点头答应。
法比来到小河岔打水，他看到阿顾正在给日军烧水供他们洗澡，法比让阿顾找到机会赶紧逃跑，结果法比被日军发现，他赶紧撒腿就跑，阿顾在后面跟着他。
法比骑上三轮车离开结果被街边的死尸绊倒，他与阿顾只好假装死尸。日军光着身子就跑了出来追他俩，他们不停地向二人隐藏的地方开枪，最后日军没找到他们便离开了。
法比与阿顾好不容易才逃回教堂，法比让阿顾不要把他们经历的事情告诉教堂里的所有人，省的他们更心慌。
玉墨为李全有换药，戴涛问她结束战争后要去哪里，玉墨表示自己还会留在藏玉楼。玉墨主动给戴涛换药，没接触过什么女人的戴涛赶紧拒绝了她。
第20集剧情介绍：戴涛离开教堂
玉墨还是帮戴涛换好了药，j女们为了暖暖身子喝了神父放在地窖里的酒，之后放上小曲，一群人在地窖里跳起舞来。红绫还叫上了乔治与阿顾，玉墨与戴涛亲密地跳着舞。
孟书娟发现了法比藏东西的柜子，她把里面的一串玩偶拿了出来。晚上法比来到告解室想一个人静静，结果看到了孟书娟，两人聊了起来，孟书娟知道法比所有的秘密，但她从不把法比干的坏事告诉神父。
孟书娟告诉法比自己找到了他的藏宝库，法比看到她手上的玩偶便明白了，那玩偶是红楼梦里的女子们，可红楼梦是十二衩，这上面是十三个女人。法比把玩偶送给孟书娟，但他请孟书娟劝说女学生们一起住在地窖里，他总觉得要出事，看到法比苦苦相求，孟书娟只好同意。
孟书娟透过地窖上的窗户发现里面的j女们正与教堂里的男人们跳舞，孟书娟大骂她们不要脸，红绫立刻回嘴她也不是好人。
法比让孟书娟去休息，之后他来到地窖把自己在城里亲眼所见日军的行为告诉j女们，他让戴涛别忘记自己是军人。
夜里戴涛离开地窖去阁楼吹风，玉墨跟他上了阁楼，两人聊起天来。戴涛告诉她自己是保定军校出身，家里都是军人，如果战争结束后她来保定找他，只要说是军政主任戴厚亮家，一定会有人给她指路。
法比以为二人离开了教堂，现在出去就是送死，神父让法比把他们找回来，法比看到了正要离开的戴涛。
戴涛告诉法比现在教导总队只剩下他一人，这教堂里的女人们活下来都不容易，他希望法比能守住教堂里的女人们，只有法比照顾好她们，他死去的兄弟们才没白白丧命。
不管法比怎么劝说，戴涛依旧不肯在教堂里苟活。玉墨告诉法比，王小妹的药没了，法比与玉墨开车去安全区找威尔逊大夫拿药。
第21集剧情介绍：日军冲进教堂
威尔逊医生把一些药品拿给玉墨，玉墨与法比刚要离开，一伙儿日军冲进了安全区。费驰等人拦住他们表示安全区里面没有军人，他们不可以进来搜查，日军们大喊着安全区里有j女，他们是来找j女的。
法比与玉墨走散，玉墨被威尔逊医生带进临时搭建的手术室并被披上了白布，一名日军要强行冲进来，威尔逊医生拿手术刀抵在日军的脖子上把他撵了出去，玉墨这才逃过一劫。
法比找到玉墨并让她赶紧上车回教堂，玉墨藏到卡车隔板下才发现还有一个女孩，女孩求她把自己带出安全区，她不要被日军糟践，玉墨让她别出声。
回到教堂后，法比才发现玉墨又带回来一个女孩，本来教堂里食物衣服都不够，现在玉墨又自作主张带回来一个，法比让女孩赶紧走，玉墨不肯让女孩走。法比这才发现女孩正是上次他在路上遇到的金陵大学里一名教授的女儿杨柔淇。
心软的法比把她带进教堂，杨柔淇认出了孟书娟手上的香荷包是她的，那是她妈妈送给她保平安的香荷包，香荷包一共有十三个，教堂里正好有十三个女人，杨柔淇把香荷包分给大家，让大家在上面写上自己的名字保平安。
杨柔淇把自己看到的日军的暴行讲给大家听，大家都不寒而栗。夜里红绫哭了出来，她觉得自己会死得尸骨无存，乔治安慰她并表示自己会陪着她。
隔天一早日军来到教堂外大喊大叫，法比用英语告诉他们教堂是美国人的领土，如果他们冲进来，美国人会因此不高兴并造成美日大战。
日军根本不理会法比的话，他们拿着刺刀捅向教堂的大门冲了进来。法比进去通知大家躲起来，部分女学生赶紧上阁楼躲起来，孟书娟却还在楼下拍照片。
被日军q暴过的王小妹受到刺激突然在地窖里大喊起来，玉墨等人赶紧安慰她。
第22集剧情介绍：女学生玛丽坠楼身亡
徐小愚与玛丽来不及上阁楼便躲进了厕所的隔间，孟书娟逃跑时突然跌倒在地，她发现自己腿上有很多血，却不明白自己为何突然出血。苏菲等人在阁楼里躲着，没等孟书娟上来，她们就把隔间的楼梯收了上去。
日军冲进教堂后开始肆无忌惮地抢夺里面值钱的物品，玉墨听到地窖外面有女孩子的动静，她赶紧上去打开地窖的门，发现孟书娟躲在角落里，她把孟书娟带到地窖。
孟书娟表示自己就是死在外面也不要跟玉墨在一起，玉墨扇了她一巴掌让她有什么仇等日军走了之后再说。玉墨看到孟书娟腿上的血便明白了一切，她拿来豆蔻的新衣服给孟书娟换上，并让孟书娟不要怕，来月经只是生理现象而已。
玛丽越来越不安，她不肯躲在厕所隔间便冲了出去，正好遇到几名日军，日军看到年轻貌美的玛丽就猥琐地冲了上来，玛丽大叫起来。法比在楼下听到玛丽的哭喊声，他赶紧上楼制止日军的行为，结果被日军用刺刀伤到头部。
日军们争抢着脱玛丽的衣服，在挣扎间玛丽被他们从楼上的窗户推了下去，玛丽不慎坠楼身亡。
之后日军发现教堂里还有一间阁楼，他们踩着梯子要打开阁楼的门却怎么也够不到，之后日军拿刺刀捅，拿枪射向阁楼，法比与英格玛神父过来告诉他们阁楼上什么都没有，让日军不要再祸害教堂，日军不依不饶地让他们找梯子过来。
一直躲在不远处废弃楼房里的戴涛看到日军闯入教堂后，他向教堂外面的空地扔了一个手雷，日军被突如其来的爆炸声吓到，日军只好拿着武器离开了教堂。
不久后黑岩久治与孟司长来到了教堂，黑岩久治问法比里面是否有孟书娟，法比表示死去的玛丽是他剩下的唯一学生，黑岩久治假惺惺地说自己本来想带教堂的女学生们离开南京，既然大家都已经离开，也就没有他的任务了。
第23集剧情介绍：日军不承认南京大屠杀
孟司长答应女儿一定会把教堂里的女学生都带走，苏菲等人劝孟书娟先跟爸爸走，之后再接她们也可以，孟书娟依旧不肯离开，孟司长独自一人离开教堂，跟踪他的日军把他的行踪报告给黑岩久治。
法比看着玛丽的尸体痛哭不止，之后他把教堂上面的美国国旗拽了下来，他曾对学生们说过，只要这个美国国旗挂在教堂外面，日军就不敢动她们，可日军不仅冲了进来还害死了玛丽。
黑岩久治等人想方设法地把中国人的尸体焚烧或掩埋，以掩盖日军犯下的滔天罪行，可被屠杀的中国人实在太多，不管是投入长江，还是放在防空洞里焚烧都无法把尸体全部消灭。
魏特琳、费驰以及一些西方的媒体记者来到日军的办公处，他们要求日军对南京大屠杀做出合理的解释，日方却不肯承认他们屠杀过中国公民。
费驰要求他们正视事实，而且日军还强行带走女学生们并强奸她们，日方代表觉得来中国战斗的日军战士都是血性男儿，长期得不到女性关怀，自然要找些女人，魏特琳等人斥责日方的说辞太荒谬。
费驰想把一个记录日军焚烧尸体以及屠杀罪行的胶卷给记者朋友，让他带到上海冲印出来并把照片公诸于众，记者怕被日军搜身，日军发现胶卷后一定会饶不了他，他拒绝了费驰的请求。
夜里学生们的肚子叫了起来，自从玛丽死后她们就没吃过东西，虽然饿却没胃口，她们为玛丽的死因吵了起来，大家责怪徐小愚擅作主张带玛丽躲进盥洗室，当玛丽被日军q暴时，她却躲在里面不肯救玛丽，徐小愚哭着说自己当时没想那么多。
隔天徐小愚讽刺孟司长是汉奸，孟书娟生气地离开教堂，她在路上遇到一名日军，可她逃跑时被尸体绊倒在地，就在日军要碰到她时，戴涛出现将日军打死。
第24集剧情介绍：法比险被日军枪决
又有日军跟上来，戴涛只好带孟书娟躲在一栋废弃的居民楼里，孟书娟告诉戴涛其实法比也有枪，但他把枪藏了起来没有用。王小妹与神父的药都没了，法比只好冒着生命危险去安全区给他们拿药。
从威尔逊医生那里拿到药后，法比开着车往教堂赶，路上遇到一伙儿日军看中了他的车，他们强行占有了车，又把法比带到了日军的驻扎地。以前教堂里虔诚的教友约翰，现在成了日军身边的汉奸翻译，法比告诉日军他是去给他爹拿药的，之后又把神父的身份告诉日军，可日军认定神父不可能有父亲，法比是在撒谎。
法比被日军关到大牢里，约翰对此也无能为力，法比拜托他把药送回教堂，约翰赶紧去了教堂。约翰把药给乔治并告诉他法比现在的情况很危险，如果英格玛神父在明天之前不能把法比救出来，他一定会被日军杀死。
乔治把法比的消息告诉英格玛神父，之后他骑着车载英格玛神父前往日军的驻扎地。日军把大牢里的中国人都带了出去，日军们打算开车到别处将他们枪决，可卡车完全发动不了，他们让法比把车修好，法比告诉他自己不会修车。
一名日军大佐生气地表示既然不能开车，就把他们都就地解决了。约翰问法比死前有什么话想对英格玛神父说，他可以帮忙带话。法比临死前想到的不是上帝，不是英格玛神父，而是玉墨，早知道自己要掉脑袋，他就应该向玉墨告白。
法比被排在最后一组，之前的一组组中国人都被日军当场靶子枪决了，还好英格玛神父及时赶到，救出了法比。福大命大的法比回到教堂，他一边喝着自己私藏的威士忌，一边感谢上帝救他一命。
黑岩久治约孟司长见面，他给孟司长两张通行证，可以让孟司长带孟书娟以及一个她最要好的同学离开，但孟司长要帮日军解决速干水泥的事情。
第25集剧情介绍：苏菲与黛米没能离开南京
戴涛与孟书娟躲在废弃的居民楼里，楼下突然来了几名日军，他们带着锅碗瓢盆打算在这里驻扎，戴涛决定晚上带孟书娟离开此地。夜里戴涛在前面为孟书娟带路，两人好不容易来到教堂外面，戴涛看到孟司长在教堂外，他让孟书娟自己去找爸爸，他在暗地里保护她。
孟司长不知道孟书娟偷着跑出来，他看到女儿从自己背后出来吓了他一跳，孟司长把肉松和奶酪给她，并敲门让法比赶紧把孟书娟带进屋里，他告诉女儿自己拿到了通行证明天一早就接她走，但只能带走她一个她最要好的同学。
戴涛发现有人跟踪孟司长，他把那名汉奸撂倒在地，之后拿刀抵着汉奸的脖子。汉奸表示是黑岩久治派他来跟踪孟司长的，汉奸趁戴涛不注意便跑了出去，戴涛赶紧拿枪杀了他，但戴涛没能及时把那名汉奸的尸体藏起来。
徐小愚讽刺孟书娟来了月经，这样孟书娟随时可能会怀孕，而且汉奸的女儿生出来的也必定是汉奸，孟书娟生气地掐住她脖子。隔天一早法比打算出去接水，突然下起了大雨，大家赶紧拿出容器出来接水。
孟司长来教堂接孟书娟走，但孟书娟让他把苏菲与黛米先带走。苏菲年纪最小，黛米最爱生病，孟书娟坚持自己最后一个走。
孟司长为了通行证甘愿跟日军合作，又冒着生命危险拿出家里的古董家当送给黑岩久治才拿到两张通行证，他不在乎别人怎么看他，管他叫汉奸也无所谓，只要女儿能走就好，孟书娟大喊道她在乎，自己的爸爸明明不是汉奸，却被别人当成汉奸看待。
无奈的孟司长只好带苏菲与黛米离开，黑岩久治得知他派出去跟着的汉奸遭枪杀后，他来到港口堵住孟司长。黑岩久治告诉他两人的合作出了些问题，现在苏菲与黛米都必须先回教堂才可以，日军把她们送回了教堂。
第26集剧情介绍：殓尸队老沈被枪决
黑岩久治将孟司长带回了日军的办公楼，他把派出去跟着孟司长的汉奸被枪杀的事情告诉孟司长，黑岩久治认为教堂周围一定还有中国军人。
之后他让孟司长帮忙弄一份南京市防空洞的分布图，孟司长告诉他这属于军事机密不归交通部管，他警告孟司长不要骗自己，一战以后所有地方的防空洞规划都要经交通部门同意才行，如果孟司长能弄到防空洞分布图，他答应让孟书娟离开南京。
j女们利用接来的雨水烧开了洗了个澡，大家在一起讨论为何苏菲与黛米没能出去，玉墨想的则是孟书娟一定会很伤心又失望。
戴涛偷偷地回到教堂结果被玉墨与法比发现，戴涛告诉他们自己杀了一个跟踪孟司长的汉奸，日军一定不会放过他的，日军已经开始怀疑教堂周围有中国军人存在，他现在出去很危险得在教堂躲一阵子，法比同意并让他去钟楼上呆着。
日军怕南京大屠杀被外界知道，他们着急地毁灭着中国公民的尸体，黑岩久治让手下把殓尸队也一并解决了，这样一来就没人知道他们杀了多少人了。
日军让殓尸队在大雨里集合，老沈看出来他们是想杀人灭口，平时与老沈在一起收尸的一个男人很害怕。日军知道殓尸队里有人窝藏中国战俘，只要他们能举报出谁窝藏了战俘，那个举报者就能活下来。
男人当即把老沈举报了，老沈直接被日军拖出去枪决，除了举报者，为了掩盖罪行的日军把殓尸队的其他人也都一并枪决了。
到了平安夜这一天，虽然被战争弄的人心惶惶，但教堂却像战争前一样和乐融融。
孟书娟把爸爸带来的排骨分给大家吃，就连平日里骂孟司长是汉奸的徐小愚在美食面前也低下了头。法比请求孟司长如果有能力的话给教堂带一些粮食来，为了女儿孟司长点头答应。
第27集剧情介绍：日军打掉乔治的一只耳朵
王小妹的生命力实在顽强，竟然奇迹般的活了下来，玉墨为她洗干净头换上新衣服，大家看到王小妹的状态越来越好十分开心。
因为是西方人最注重的平安夜，女学生们聚在一起唱赞歌，法比拿出自己私藏的酒分给大家喝，全部的人在一起喝酒聊天跳舞，好不热闹。
玉墨想起戴涛一个人孤苦伶仃地躲着，她便带一些食物和酒来到了戴涛的藏身地点，戴涛本以为是日军刚要开枪，才发现是玉墨。
举报者告诉日军教堂里藏有中国军人，日军在平安夜当晚把教堂包围了。喝多的法比从楼上看到教堂外的日军以为是自己的错觉，他揉了揉眼睛再看才知道日军确实把教堂包围了，法比赶紧大喊道日本人来了便把所有人都送到地窖。
警惕性极高的戴涛也发现了外面的日军，他琢磨着如何才能让玉墨出去。红绫放心不下在外面的乔治，她不肯进入地窖，女学生把她拉进来告诉她现在出去也是死，不如在里面好好等乔治。李全有偷偷地拿着枪从地窖里出来，他躲在暗处打算开枪引走日军。
法比等人挡住日军不让他们进，日军声称教堂里藏有军人执意要去搜查。乔治把英格玛神父都带了出来与日军对峙，他们不肯听神父的解释并拿枪对准神父的脑袋。
法比让神父先回屋，外面太危险，就在他与乔治转身要把神父送到教堂里面时，日军对着乔治开了枪。法比以为乔治被打死，他冲上去看乔治的伤势，发现乔治被日军打掉了耳朵但保住了性命。
李全有在外面开枪，成功转移了日军的注意力，他们刚要离开，黑岩久治却带着兵出现，教堂对于黑岩久治来说很有利用价值，而且教堂属于美国人的财产，他不让北川少佐继续在教堂闹事。
没能躲到地窖的杨柔淇疯了似的来到日军面前，北川少佐拿出食物引诱她说出真相，她表示教堂里四处都是军人，他们把女人的肚子拿刺刀划开之后塞上棉花。
第28集剧情介绍：戴涛自杀
戴涛身上负伤，一个人总比两个人好跑，他找机会让玉墨逃了出去。日方警犬上了钟楼找到了戴涛并咬住他的大腿不松口，日军发现警犬上楼后也纷纷跟了上去，戴涛被日军擒住，他们拿木棍不停地揍戴涛，躲在不远处的玉墨只能这么看着。
黑岩久治一再强调戴涛是在教堂外面被抓获，可北川少佐执意要进教堂搜查，因为抓到戴涛时周围有新鲜的食物和药品，北川少佐认定教堂里一定有戴涛的同伙，黑岩久治制止了他，举报者当时说了教堂里面有两名中国军人，但现在只找到一个，他们决定把法比也带走回去充数，法比对于黑岩久治没有利用价值，他表示如果北川少佐非要拿法比充数，他也无所谓。
法比也被一同带到了日军的大牢里，他与戴涛都知死期将至，两人反而聊起天来。法比问他玉墨今天是不是去找他了，戴涛承认玉墨来找他过平安夜，法比明白玉墨心里的人是戴涛，如果戴涛能活着出去，法比希望他能照顾好玉墨。
作为军人世家戴家的子嗣，戴涛的父亲与哥哥们都为了国家牺牲，法比则祈祷上帝有奇迹出现能让戴涛活下来。
戴涛被黑岩久治带出去绑到架子上，作为南京城教导总队里剩下的最后一名顽强抵抗的军人，黑岩久治对他有些佩服。
黑岩久治在手上戴上铁链去揍戴涛的脸，本来身上有伤的戴涛被揍的只剩下一口气，他又把冷掉的饭团塞在戴涛的嘴里，血肉模糊的戴涛被他折磨的不成样子，黑岩久治把他扔在地上便离开了大牢。
法比在里面心惊胆战地听着戴涛被揍的声音，他大声地喊话想让戴涛保持清醒，希望他能活下来照顾玉墨。戴涛用自己最后一丝力气打破了一盏电灯，拿了灯泡上面的玻璃割破了自己脖子上的动脉。
第29集剧情介绍：英格玛神父没能救出法比
不知道外面情况如何的孟书娟问玉墨觉得法比与戴涛是否会死，不愿正视问题的玉墨回答大家都会死的。法比不在，教堂变得更加人心惶惶，大家的神经都紧绷起来。
红绫觉得法比八成是死在日军的枪下了，现在乔治就是教堂的当家的，红绫打算多吃点土豆，乔治告诉她现在土豆所剩无几，以后要按片分。
孟司长来到教堂的地窖看孟书娟，他拿出两张通行证给女儿，本想女儿会明白他的难处跟他一起走，可孟书娟却求他尽力把法比与戴涛救出来。孟司长告诉女儿，他在南京城里也不能来去自如，日军也在监视他，他会尽全力去试试。
英格玛神父独自一人从日军的驻扎地回来，他本想救法比出来，可日军认定法比是教堂窝藏的另一名军人。英格玛神父知道法比以前是个混混，在教堂里也不做正事，完全不是军人的料，但日军一口咬定法比是军人不肯放他走。
孟书娟想拿通行证救法比出来，另外一张通行证她不知道要给谁，英格玛让她与玉墨一起商量，玉墨认为通行证不该给法比，法比拼尽全力保护教堂里的所有女人，甚至不惜献上生命，法比不会想要离开南京的。孟书娟斥责玉墨没有资格为法比做选择，玉墨反讽她同样没有。
有人偷吃土豆，乔治问他们是谁干的，女学生们态度坚决地表示她们不会干这种事，j女们才是偷鸡摸狗之流，双方僵持不下。春池反讽乔治偷偷地拿土豆，红绫坦白道乔治是为她偷偷地烤过土豆，可都是乔治省下来的，现在没粮食土豆也变得金贵，大家才变成了这样。
红绫大哭起来，孟书娟看不下去了，她把乔治带到柜子前并告诉乔治这里面的土豆都是法比背着大伙儿攒下来的，以防哪天没吃的，乔治感慨道这个家只有法比能担。
第30集剧情介绍：法比回到教堂
红绫与玉墨坐在一起聊天，大家都为法比与戴涛的生命安全担忧着，尤其是与他俩关系最为密切的玉墨，红绫劝玉墨往好处想，现在没消息就是最好的消息，有念想就有活下去的勇气。
玉墨不想再继续这个话题便问起红绫与乔治的关系，当初红绫曾告诉玉墨不要相信世上任何一个男人，现在她却与乔治陷入热恋中，红绫表示这个仗把大家拉近了。
李全有走进一栋废弃的楼里，他看到地上坛子里有鸡蛋就赶紧放进自己包里。教堂里没水，阿顾穿上神父的神袍来到小河岔打水，结果被日军发现，日军把一堆衣服扔给阿顾去洗，为了活命阿顾不敢违抗日军的命令。
黑岩久治的三名手下在教堂附近的废楼旁做饭煮鸡，即使有鸡肉吃，他们也不满足，其中一名日军提出去教堂把那头牛拉出来做牛排吃，同伴劝他别去，之前黑岩久治曾给他们下过禁令，禁止他们再去打扰教堂，可另外两人觉得黑岩久治现在没空管他们，便冲进了教堂去找牛。
乔治没想到日军又平白无故地冲了进来，但软弱的他根本不是他们的对手，不仅没拦住日军，反而被揍了一顿。除了孟书娟外，所有人都躲在地窖里，孟书娟在钟楼顶看到日军抢牛这一幕便赶紧拿照相机拍了下来，那两名日军只顾得把牛拽走，孟书娟被一名年少的日军发现，吓得孟书娟立刻放下相机躲起来，那名日军并没有把孟书娟的事情告诉同伴。
法比被关在日军的大牢里，有几名百姓发现日军没再看着他们，大家提议出去看看，如果日军不在，他们就赶紧逃走。大牢外无人看守，中国百姓们赶紧跑了起来，法比也回到了教堂。
大伙看到法比回到教堂后，都激动地冲上来跟他拥抱。法比告诉玉墨，戴涛并没有死，他离开了南京去了别的地方。
第31集剧情介绍：王小妹自杀身亡
玉墨不想继续谈戴涛的话题，她便告诉法比现在教堂没有食物，再这样下去大家会被饿死，法比表示他会尽力去找。看到法比回来，英格玛神父自然很高兴，法比告诉他以前自己怕死，自从经历两次这样的事情后，他连死都不怕了，南京现在就是活地狱。
孟书娟问法比为何一个人回来，法比坦白道戴涛已经死了。夜里杨柔淇偷偷到李全有躲着的地方找他要吃的，李全有把从日军那里偷来的鸡架给她吃。看着杨柔淇吃日军剩下的鸡骨头吃的津津有味的样子，李全有觉得很心酸。
当初日军让战俘坐船去别的岛上种地，其实是想在别的地方把他们枪决而已。
阿顾出去打水意外地发现一些鸡蛋，他赶紧交给法比。法比要把鸡蛋一次都煮了给大家分着吃，乔治劝他一次吃一个，这样可以吃到下周，法比让乔治活在当下，没准下周大家都死了。
法比来到地窖里支上锅煮鸡蛋汤，长时间没有进食的大家看到鸡蛋，眼睛都亮了。大家争着抢着喝鸡蛋汤，玉墨坐在一旁看着他们。
孟书娟把剩下的糖拿给王小妹吃，王小妹接过糖小心地含了含之后又包上糖纸放在手里握住。王小妹拿出一块糖送给玉墨，玉墨欣慰地看着她，玉墨告诉她现在大家的情况就像在海上行驶的船一样，王小妹点点头，随后两人聊着天入睡。
王小妹等玉墨睡着后从地窖里走了出来上了钟楼，她在房顶向四周看，随后拿出吃剩下的那块糖放在嘴里含着。玉墨醒来突然发现王小妹不见了，她赶紧叫大家一起找王小妹，大家在楼下看到了钟楼上飘着的纸屑，他们赶紧跑上了钟楼发现王小妹已上吊身亡，看到妹妹死在自己面前，浦生崩溃地坐在地上。
因为王小妹不是教徒，英格玛神父不肯把她埋在教堂的墓地里，玉墨找他大吵了一架。
第32集剧情介绍：王小妹被埋葬在教堂
神父坚持教堂的规矩不让他们把王小妹埋在教堂，他可以暂时收留玉墨等人，但她们必须守教堂的规矩。法比劝英格玛神父宽容一下，神父依旧不肯。
玉墨独自一人来到教堂的院子里挖坑准备埋葬王小妹，她一边挖一边崩溃地大哭，法比来到院子帮她一起挖。埋葬好王小妹后，大家聚在一起手捧圣灯，念着圣经为她祈福。
法比在一旁说着悼词，王小妹是个善良的好女孩，她的灵魂与身体都是干净的，等她到了天堂后不要让她再吃难以下咽的土豆，让她品尝美味的糖果，让她穿上新衣与家人团聚，大家都被法比的悼词感动地流泪。
夜里玉墨与法比一起在钟楼顶喝酒，玉墨已经意识到戴涛死了，法比却告诉她戴涛还活着，玉墨反问法比现在戴涛在哪里活着，法比表示只要戴涛还活着，在哪里活着都可以。
浦生看着王小妹被埋葬的地方，他打算离开教堂像李全有与戴涛那样出去跟日军拼命，豆蔻劝他别走，现在出去无非是送死。豆蔻抱住坚持要离开的浦生，浦生哭着说自己无能，豆蔻表示无论如何她都会一直陪在浦生身边。
豆蔻看到春池在拿牌算命，她让春池也帮她和浦生算算命，红绫在一旁讽刺春池只会算没用的，最后没准死在哪里都不知道，现在还有心思算命，春池表示红绫有乔治罩着，自然不用担心丢了命。
两个女人吵了起来，春池走出地窖，怕她被日军发现，乔治赶紧把她送了回去。红绫吃土豆时没有胃口，一旁的春池拿起红绫剩下的土豆吃起来，玉箫让春池别吃红绫的饭，春池嘲讽红绫现在开小灶开多了，反而看不上这些土豆，生气的红绫拿起土豆一把都塞到春池的嘴里。
深夜，浦生与豆蔻拿着行李与琵琶偷偷地从教堂里溜出来。
第33集剧情介绍：浦生与豆蔻溜出教堂
浦生带豆蔻从教堂的地洞里跑了出去，为了安慰害怕的浦生，豆蔻告诉他自己对南京熟得很，每一条大街小巷她都知道，他们一定能摆脱日军逃走。
玉墨隔天一早才发现浦生与豆蔻不见了，玉箫想起来昨晚豆蔻没吃土豆，把土豆包在手绢里，原来是为了溜出去做准备。
大家本担心他俩的安危，玉墨却表示走了更好，这样还少了两人份的土豆，玉墨警告j女们都不要想往外面逃，现在只要出去就是死，在教堂寄宿已经够给神父等人添麻烦了，别再妄想逃走。
豆蔻临走时拿了苏菲的校服，她带浦生逃到一间废弃的屋子里，她换上校服为浦生跳舞，浦生保证从此以后他来照顾豆蔻，豆蔻让他等战争结束就把她明媒正娶娶回家。
半夜玉墨在院子里挖坑，法比问她在干嘛，玉墨怕她死无葬身之地，现在先把坑挖出来做准备。法比劝她现在还有指望，不要自暴自弃，玉墨告诉他所有人都没有指望，只有死去的王小妹才有指望，法比喊道他现在就是大伙儿的指望并警告玉墨不要把疯话说给地窖里的人们听。
睡觉时苏菲因为想家哭了出来，徐小愚不让她哭，黛米质问她为何不允许苏菲哭，自从朱玛丽死后，徐小愚就气不顺地成天找大家的茬，她与黛米大打出手。孟书娟在一旁劝架，徐小愚反讽孟书娟自以为是，有个汉奸爸爸就自大地以为自己是上帝。
不管是j女，还是教堂里的女学生们成天为鸡毛蒜皮的小事吵架，为了给她们解闷，法比特意修好了收音机放在地窖。
夜里法比偷着开车去了日本人开的杂货店，他拿出美国红酒给店主尝了一杯，店主立刻问他这酒怎么卖，法比告诉他酒不卖只换大米，接着法比拿出香烟与金银珠宝给他，让他换两袋大米。
第34集剧情介绍：法比获得一大批食物
店主夫人同意换两袋大米给法比，等法比抱起大米要走时，店主夫人拿着刺刀向他冲过来刺到他的腰上。法比没想到他们竟然会突袭，法比抡起大米砸向店主与店主夫人，把他们砸晕后，法比本想这么逃走，怕被日军发现，他把杂货店里的灯都关掉，之后法比把他们绑了起来在嘴里塞住布。
路过两名日军看到了教堂的福特车，他们打算开走，杂货店里的店主与店主夫人突然叫起来，法比拿出刀抵在二人的脖子上让他们不要再叫。日军没能开走法比的车，他们踹了一脚车便离开了。
法比不顾身上的腰伤，搬着一袋袋大米，各种罐头、食物、美酒以及药品回到教堂，他让乔治与阿顾去搬东西，然后才开始给自己上药。
玉墨问法比从哪里弄来这些东西，法比不肯说，法比拿回来好多箱酒，他知道黑市上最吃香的就是酒，法比打算拿酒去换奶酪，肉肠以及罐头，玉墨让他先别想这么多，再去换会把命换没的。
大家一顿胡吃海塞，春池不停地往嘴里塞着食物，她甚至拿了两盘肉到一旁去吃。红绫发现春池突然没了动静，她来到一旁看春池，却发现春池已经喘不过来气了。
红绫赶紧叫来玉墨等人，大家把春池抬到神父的房间里，可英格玛神父也无能为力，法比只好急中生智拿出一个注射器扎向春池的胃，他表示只要把春池胃里的气放出来就好。
被扎的春池缓了过来，以防再出这样的事情，法比禁止大家再这样吃下去，他把大部分食物收了起来。
玉墨与孟书娟谈心，她告诉孟书娟来月经并不肮脏，这是干净的血，只有来了月经的女人才能拥有孩子，这也是母亲与孩子之间相通的血液。孟书娟的母亲死得早，没人教她这些，玉墨把这些常识告诉了她。
第35集剧情介绍：两名日军冲进教堂
一群日军来到安全区q暴一名少女，费驰等人拦住他们，他们不仅不听费驰的话，强奸过后还把少女当众打死。费驰手里有一卷胶卷，里面照的全是日军在南京犯下的罪行，可没人愿意把胶卷带出去，没人愿意告诉世界日军犯下的罪行。
日军的长官向上级报告，在南京的日军们强奸妇女不过是生理需求，他们远离家乡来到南京战斗，需要女人发泄才做了这样的事。黑岩久治派手下福井、门胁、关根在教堂不远处看守，但是不许进教堂里面。
等福井去联队领取食物时，门胁与关根突然动了去教堂的邪念，他们知道教堂里面有女学生，就算黑岩久治不让他们去，偷偷去一次也不会被人发现。
等二人走后，李全有从里面的屋子里出来，拿走了他们放在桌子上的药品和食物。门胁与关根跳墙进入了教堂，春池打算从地窖出去透透气，正好看到门胁与关根，春池大叫起来，门胁与关根去拽地窖的挡板却怎么也拽不开，他们拿起刺刀刺向挡板，地窖的j女与学生们只好聚在一起站着。
关根想与她们发生关系，玉墨知道横竖都是一死不如上去拼命，大家一起冲了上去，关根碰到了枪上的扳机，法比等人在楼上听到枪声被吓了一跳，红绫跑上楼告诉他们日军突然冲了进来。法比赶紧去地窖救大家，他把门胁与关根打晕，接着把他俩绑了起来在嘴里塞上布。
豆蔻与浦生来到一处人家，豆蔻看到一名少年死在血泊中，旁边还有一小堆花生，她赶紧跪在地上把浸满血的花生捡了起来。浦生让她别再捡了，可豆蔻与他已经很久没吃东西，再不吃掉这些花生，他们会被饿死，豆蔻边捡花生，边向那位死去的少年道歉。
豆蔻与浦生来到里屋，看到一个女人下身都是血死在了床上，隔壁的街上堆满了中国百姓的尸体，两人看到这冲击的一幕流下了热泪。
第36集剧情介绍：关根逃跑
浦生打算带豆蔻离开南京，可不管是无锡、苏州还是北方都被日军占领着，他们肆意地杀着中国百姓，豆蔻不肯走她要留在南京，浦生告诉她留在南京不过是等死。
英格玛神父坚持要放关根与门胁走，法比告诉他放他们走，教堂里所有人都得死，这不仅是教堂，里面的所有人都是他的同胞，他不能眼睁睁看着同胞死。
大家轮番看守关根与门胁，轮到春池时，她突然发现关根不见了。关根竟然在被绑住的情况下逃出了看守的区域，法比找到他后赶紧把他带到了自己的房间，这时一群日军来敲教堂的门，法比只好扔下关根去看外面的情况。
日军问法比是否有看到过他们的军人，法比谎称没看到，法比表示黑岩久治之前明明下令不许日军进入教堂，有几名日军还是进入教堂抢走了牛，原本质问法比的日军自知理亏便不再问。
日军还是觉得关根与门胁可能在教堂里，就在他们打算进去搜查时，黑岩久治乘车到了教堂，他制止了手下的行为并让他们暗地里严加看管教堂，任何一个中国人来到教堂都格杀勿论。
法比回到房间发现关根逃跑了，原来关根趁没人时拿蜡烛把腿上的绳子烧断，之后他来到英格玛神父的房间。
英格玛神父知道是关根，他告诉关根十几年前他学过日文，他本以为日文是很美的语言，里面礼节性的词语更是数不胜数，可现在他发现日军完全违背自己的语言，他们干着杀人放火的勾当。
英格玛神父表示自己已经病入膏肓，关根想杀了他也可以，但他不会放关根走。法比来到神父的房间问他是否有看到关根，神父谎称自己没看到任何人，关根就这样逃过一劫。英格玛神父拿掉关根嘴里的破布，把桌子上的食物分给他吃，总算看到食物的关根赶紧吃了起来。
第37集剧情介绍：浦生与豆蔻遇害
法比让大家收拾行李，他开车打算带大家离开，英格玛神父不允许他走，他表示英格玛神父是美国人，日军不会对他怎么样，可他们都是中国人，一旦日军进来，大家都会死在这里。
英格玛神父从楼上对法比说话，结果被关根拽倒，法比意识到关根还在教堂，他赶紧回去找关根，关根逃跑时被李全有发现，李全有拿刀刺死了关根。法比劝神父别这么善良，日军不会把他的善良看在眼里的，如果神父再这样以怜悯之心对待日军，很可能会酿成大祸。
徐小愚向孟书娟道歉，她之前一直骂孟书娟，找孟书娟的茬就是因为嫉妒，她嫉妒孟书娟有一个好爸爸。孟司长带着各种食物来看孟书娟，想尽办法带孟书娟离开南京，可徐小愚的爸爸早就抛弃了她。
徐小愚的父母从不来教堂看她，南京被攻陷后，她的父母只顾自己逃命早已坐上轮船离开了南京。孟书娟与徐小愚谈到了朱玛丽的死，徐小愚哭着表示这不怪她，当时朱玛丽自己冲动地跑了出去，她没拽住，日军要q暴朱玛丽时，她想上去救朱玛丽，可他不敢，她怕自己也死在那里。
浦生与豆蔻遇到一伙儿日军，他们跑到教堂门前敲门，可无人应答。日军越逼越近，他俩只好往别的方向跑，浦生被日军打死，接着日军们把豆蔻拖走，她被拖到一个房间里，日军们把豆蔻轮J了，豆蔻咬伤一名日军的舌头，那名日军一生气便拿来刺刀捅了她数刀，豆蔻就这样死在了他们的手里。
阿顾打水回到教堂，他看到门口有一个行李箱，他把箱子拿回去给玉墨看，玉墨等人发现这正是豆蔻与浦生的箱子，可只有箱子没有人，大家意识到豆蔻与浦生很可能死在了日军的枪下。玉墨喊道这算什么，只有一个箱子活不见人死不见尸，还不如没消息。
第38集剧情介绍：日军邀请教堂女学生们参加晚宴
日本天皇要来南京参加占领南京的庆祝会，田中将军要求圣马德伦教堂的女学生去宴会上唱赞歌。黑岩久治带着手下和孟司长来到教堂，他把唱歌的事情告诉法比，法比立刻拒绝了他。
听到日军要带孟书娟等人去给天皇唱歌，孟司长赶紧拿出通行证问黑岩久治这是否还算数，黑岩久治表示通行证虽然奏效，但孟司长不能带孟书娟离开南京，因为孟司长与他的合作还没完成。
孟司长这才意识到黑岩久治设了个陷阱给他，让他成为汉奸却没能把女儿带走。孟司长拽住黑岩久治的胳膊并大骂他是骗子，害得自己不仅没能救出女儿还给了日军许多重要的资料。黑岩久治让他端正自己的态度，可情绪已经崩溃的孟司长哪还在乎这些，黑岩久治的手下一刀插进孟司长的身体里，法比要救他却被日军推到一边，随后黑岩久治的手下们把他拖走了。
玉墨与孟书娟正好看到了这一幕，受刺激的孟书娟当场晕了过去，孟书娟不停地留着鼻血，玉墨把药喂给她吃才止住鼻血。
缓过来的孟书娟告诉大家她的爸爸不是汉奸，她拿起行李箱便要出教堂去找爸爸，法比等人拦住她，让她不要冲动否则出去就会死。孟书娟的行李箱被摔在地上，里面南京市下水道的地图掉出来被杨柔淇捡到。
隔天一早女学生们站在钟楼上准备向下跳，玉墨与法比看到后跪着求她们不要轻易放弃生命。原来是徐小愚提出的自杀，女学生们怕去给日军唱圣歌，法比让她们不要再有自杀的想法，只要有他在就不会让大家被日军带走。
法比看到杨柔淇在摆弄地图，他看到上面的内容后突然想到可以从地窖挖一条地道到南京城外，这样大家就能逃出南京，玉墨问他万一到了城外被日军抓到怎么办，法比劝她别那么悲观，先试试再说。
第39集剧情介绍：法比动手挖地道逃难
英格玛神父写信给费驰，他把日军要带女学生去唱圣歌的事情写在里面，神父知道日军邀请女学生肯定不会是好事，他想让费驰把女学生们带到安全区去。
黑岩久治带着手下与孟司长再次来到教堂，他假借寻找关根与门胁之名要求搜查教堂，而且他特意让法比留在原地，要求神父带他们搜查教堂。
法比偷偷告诉孟司长，他在孟书娟箱子里找到南京市下水道地图的事情，孟司长怕日军发现就让法比赶紧烧掉，法比解释道自己想挖一条地道，他问孟司长大家是否可以由下水道离开南京。孟司长没想到法比竟然想挖地道，他告诉法比可以由下水道出城，法比等人开始动工由地窖的一堵墙挖地道出去。
孟司长知道日军搜查是假，黑岩久治只是做个样子给他看，利用他对女儿孟书娟的情感搞到南京的重要情报。
日本观光团要来南京考察，田中将军要求黑岩久治尽快把南京城内的尸体都解决掉。黑岩久治让手下在教堂的院子里挖坑，作为埋葬尸体的坑。
日军对外宣称南京已经停止战争，中国公民也回到了自己的家，日军还为中国公民提供了大米，安全区的难民也陆续地离开，且日军将建立新的安全区，把美国人的安全区废除。
挖地道挖累了孟书娟与玉墨聊起天来，孟书娟问她为何要当j女，玉墨告诉她女人一辈子遇到的第一个男人最重要。
一开始玉墨的继父还有点钱送她去读书，后来被继父卖到藏玉楼，刚被卖的几年玉墨还盼着有个好男人与她两情相悦为她赎身，孟书娟问她那人是否是孟司长，玉墨表示至少孟司长没骗过她。玉墨解释道她与戴涛的关系是她没那个命，孟书娟问她如果活着出了南京，她要做什么，玉墨依旧想找个好男人厮守一生。
第40集剧情介绍：黑岩久治得知孟书娟用相机拍下日军罪行
门胁在地窖里每天吃了睡，睡醒了又拉又撒，法比解开他的绳子，让他帮忙一起挖地道，并让玉箫拿着刀抵在他身后，以免他逃跑。
黑岩久治的手下福井来到教堂送信，孟书娟恰好在教堂，福井撬开教堂的窗子把信给她，孟书娟正好拿起相机给他拍了照，福井很开心能被她拍。
玉墨怕福井做出伤害孟书娟的事，她赶紧走过来挡在孟书娟的前面，福井礼貌地与她们道了别离开。其他日军嘲笑福井没有进行过房事不算个男人，福井让他们别拿这种事开玩笑。孟书娟觉得福井看起来像个好人，她问玉墨，福井有没有杀过中国人，玉墨表示现在不知道有没有，但以后一定会有。
玉墨大致看了下黑岩久治写给神父的信便撕掉了，孟书娟询问信的内容，玉墨告诉她里面写的都是废话。
日军在教堂的院子里安置炸药炸坑，法比等人在挖地道时突然感觉到晃动，玉墨怕地道会塌方，为了尽快出去法比只好加紧赶工。
浦生其实没有死，由于身负重伤，他只好在雨中爬行，喝着路上的雨水吃着地上的淤泥。黑岩久治让福井报告教堂的情况，福井告诉他自己在教堂遇到一个女孩，女孩特地为他拍了照片，那个女孩就是孟书娟，孟书娟每天都把相机挂在身上，福井觉得孟书娟一定很爱照相。
福井告诉黑岩久治，他想找孟书娟要一张照片，他可以寄回去给远在日本的母亲，黑岩久治听到孟书娟照相之后心里一紧。
黑岩久治怀疑孟书娟把日军的举动全都拍了下来，日军南京大屠杀之后尽量把南京里的尸体都埋了起来，也不允许外界记者拍摄，一旦孟书娟手里的胶卷流出去，外界就会知道日军在南京所犯下的罪行。黑岩久治找来手下塬田，让他尽快利用孟司长拿到孟书娟手里的胶卷。
第41集剧情介绍：阿顾被日军杀害
安全区红十字会发现了奄奄一息的豆蔻，由于血库的血不够，威尔逊医生一边给豆蔻做手术，一边为她输血，手术虽然成功，但接下来要看豆蔻的造化了。
法比等人挖了好几天好不容易看到类似墙的东西，就在大家以为挖通这堵墙对面是下水道时，阿顾告诉他们那是教堂的地基，大家绝望地在地窖里哭起来。
隔天塬田带着孟司长来到教堂，日军们俨然已经把教堂院子当做埋葬尸体的地方。塬田允许孟司长进入教堂与他女儿见面十分钟，孟司长进去后便被法比带到地窖下他们挖的地道里，法比请他帮忙鉴定这地道是否还能挖得通，孟司长告诉法比继续挖下去，对面依旧是墙。
孟司长拿口红在地图上标出方向，让法比往这个方向继续挖。十分钟到了孟书娟却还没回到地窖，孟司长只好掸掉身上的土离开教堂，孟书娟听到爸爸来了便要打开大门冲出去，法比及时拦住她，她只能透过门缝看着门外的爸爸并拿相机拍下爸爸的背影。
阿顾出门打水被几名日军拦下，他们一件件地搜查阿顾身上的物品。日军不停地往教堂运送尸体，他们把尸体埋在教堂院子里的大坑中，孟书娟在钟楼上拿相机拍下了日军的一幕幕罪行。
浦生靠着意念爬到了安全区，他慢慢地一床床寻找豆蔻，他找到了被绷带几乎裹住全身的豆蔻。浦生用尽全力抱住豆蔻，他哭着说以后再也不分开，重伤的豆蔻也流下了热泪。
这时日军部队来到安全区搜查里面是否窝藏了中国士兵，他们找到抱着豆蔻的浦生后，拿着刺刀不停地刺着浦生，费驰与魏特琳也没能拦下他们，浦生以抱着豆蔻的姿势死在了安全区。
福井告诉法比，日军在收尸时发现了一个穿着神袍的男人，他觉得那人应该是教堂里的人便让法比过来认领尸体，那人正是阿顾。
第42集剧情介绍：英格玛神父向玉墨忏悔
本来阿顾去小河岔打水，日军让他帮忙干活他便乖乖地干了，由于太累阿顾坐在一旁准备歇会儿再回教堂。一群日军扶着一名受重伤的日军路过，日军看到坐在地上的阿顾就毫无理由地拿刺刀把他杀了。
法比独自一人把阿顾的尸体拖回教堂，与那些中国百姓的尸体埋在一起。法比把阿顾被杀的事情告诉神父，神父让他开车带自己去安全区找费驰，福井等人拦住法比与神父，不允许他们开车出去。神父拿出日文的纸条告诉福井他们需要去医院，福井依旧不肯放行，没办法法比只好带神父回到教堂。
英格玛神父来到地窖向j女们忏悔，玉墨问他为何突然这样做，神父告诉她们当初日军邀请女学生去晚宴时，他曾想过让j女们代替女学生们去参加，可法比斥责了他。
法比指责神父并没有把j女们当人看待，j女们与女学生们一样都是人，可神父既然有让j女代替的想法就是认为j女们肮脏而丑陋，女学生们纯洁而美丽，法比表示教堂里的每一个女人都不能落到日军的手里。
玉墨劝神父不要自责，她没有觉得被神父冒犯，神父想让j女们代替女学生们参加晚宴也是情理之中，毕竟j女们是下九流。
尸体太多，教堂院子里大坑不够埋，塬田让手下拿来了测量器在教堂后院布置炸药准备爆破，杨柔淇与李全有就躲在教堂后院的棺材里，可他们没办法出去。
英格玛神父拦住塬田并告诉他教堂后院埋葬的都是圣马德伦教堂的历代神父，这里不能作为日军埋尸坑，偌大南京城不止有教堂能埋尸体，塬田根本不理会神父的话，他拿起刺刀架在神父的脖子上，神父不为所动。
塬田按原计划让手下在教堂后院进行爆破，神父被爆炸声震晕，日军们把神父抬到教堂门口，法比独自把神父抬回了房间。
第43集剧情介绍：杨柔淇与李全有被活埋
由于被炸药炸伤，英格玛神父没办法再站立，他只能坐在轮椅上让法比推着他到处走。苏菲等人问法比如果下水道挖通，英格玛神父是否会跟他们一起离开，法比表示教堂不能没有神父，神父只能留在这里。苏菲接着问他是否会跟大家走，法比坚持他得留下来照顾神父。
怕日军发现关根死在教堂的事情，李全有与杨柔淇趁天黑把关根的尸体挖了出来，存放在教堂后院的棺材里。
隔天杨柔淇与李全有在以前二人藏着的棺材里拿东西准备离开教堂，由于动作慢，日军已经开始往埋尸坑里埋土，棺材也被埋了进去，杨柔淇拿出李全有随身的利刃本打算在被日军抓到前自杀，李全有劝她先别轻举妄动，棺材被彻底埋进埋尸坑里，杨柔淇与李全有就这样被活埋了。
黑岩久治同意费驰接走英格玛神父，以英格玛神父年迈身体差为由，他想看看美国人的教堂没有了美国人还要怎么继续。法比挖地道时突然晕倒，苏菲等人误以为他猝死，都哭着叫法比醒过来，玉墨凑近一看发现法比只是太累而睡着了。
日军们在教堂门前来回推着坐在轮椅上的神父玩，英格玛神父被推得晕头转向，他们却以此为乐。法比出来制止他们，他们一次次地踹开法比，不许他护着神父。
玉墨帮法比照看神父，她与神父聊起天来，神父告诉她法比被抛弃过两次，一次是亲身父母，一次是神父的朋友，他的朋友把法比托付给他，神父就独自把法比拉扯大。玉墨表示她被卖到藏玉楼前也曾来到过教堂，没过多久她就被继父卖掉了。
为了处理尸体，黑岩久治让手下往下水道里倒骨灰。南京沦陷的第四十天，大家依旧坚持不懈地挖着地道，法比挖着挖着挖出一条十字架项链，他想起来那正是阿顾的项链，接着他看到了阿顾的手，法比被吓得尖叫出声。
第44集剧情介绍：法比欲让j女们赴晚宴
黑岩久治派人送信给费驰，让费驰去教堂接走英格玛神父。法比叮嘱神父到了安全区也要好好吃药，二人离别时神父告诉法比天堂见。
法比改变了想法，他希望j女们能代替女学生们去参加日军的庆祝晚宴，除了玉墨外，j女们的反应都很大，春池大喊道她们要活着，凭什么她们要替女学生去，法比自知理亏，他原地不动站在那里任春池与玉箫对他又打又踹。本以为来到教堂只要乖乖地躲着就能活下去，她们也为教堂付出过，现在却摊上这样的事，玉箫与春池甚至站上了钟楼顶打算跳楼自尽也不要去晚宴。
玉墨的反应很平静，即使被红绫等人斥责，她也摆出一副无所谓的表情。女学生们商量后表示只要法比让她们干啥她们就去做，就算去赴晚宴都无所谓。
红绫不肯老实地呆在地窖，她哭着告诉乔治她想活下去，春池等人都无依无靠无牵无挂，可是红绫不想与乔治分开，更不想死，早知道在教堂躲着也难逃一难，她就不该跟玉墨来教堂。
黑岩久治要求与孟司长继续合作，已经看清形势的孟司长知道再这样下去也是继续为日军效命，他不肯答应黑岩久治的要求。
黑岩久治对孟司长的态度很不满意，他掏出枪指着孟司长的头，要求他下跪。孟司长被迫下跪，但他不肯向黑岩久治低头。
黑岩久治要求孟司长把孟书娟手里的胶卷要出来，孟司长不肯并表示消灭胶卷又怎样，日军别奢望他们犯下的罪行不会被人知道，现在掩埋尸体不过是掩耳盗铃，黑岩久治生气地拿枪射向他。
奸计得逞黑岩久治便带着手下来到教堂，他把给女学生们准备的衣服拿给法比并让她们准时去赴晚宴，法比虽接过衣服，但他不打算让女学生们赴宴。黑岩久治临走前让手下把教堂院子里的坑挖大一些，好埋更多的尸体。
第45集剧情介绍：法比将教堂炸毁
红绫喊着不想跟她们去送死便跑到教堂后院，乔治在后面追着她跑，两人误打误撞地跳进了下水道，一开始两人以为找到了新通道便开心地在里面大叫玉墨等人的名字，想让大家从这个下水道里一同逃出去。两人在下水道里探路，结果没走多久就遇到了被锁上的铁门。
晚上法比与玉墨为大家准备了丰盛的晚餐，法比甚至为每个女学生都倒了一杯红酒，让她们品尝一下红酒的滋味。好似最后的晚餐，玉墨劝大家吃好喝好，晚上就能做个美梦，最好梦到战争结束。玉墨让法比抱住她，这是他俩相识的第49天。
红绫与乔治继续在阴冷的下水道里前行，两人的体力都几乎透支，可四处依旧是铁栅栏，乔治把头伸了进去，红绫想为他把门打开，但俩人用尽了办法依旧拽不开铁门。
玉墨为孟书娟梳头，孟书娟问玉墨爱情是什么，玉墨告诉她自己见到第一个爱上的男人，他在玉墨面前所有动作都慌慌张张的，玉墨喜欢这样的人，爱她爱到痴，但这不是真正的爱情，真正的是爱她爱到死，玉墨想起了戴涛并流下了热泪。
黑岩久治带着手下包围了教堂，他打算过一会儿就让手下冲进教堂进行扫射。法比预料到黑岩久治不会轻易放过他们，他把压箱底的地雷、炸药和枪都拿了出来，门胁以为法比要杀了他，法比把枪销毁随后给门胁松绑让他逃出去，门胁逃出教堂告诉日军同伴们快跑，法比拿地雷与炸药把教堂炸毁，门胁明白法比放走他，是不想他一起陪葬。
黑岩久治本想拿走孟书娟手里的胶卷，再把教堂里的人灭口，没想到法比用了这样的方法，这倒也省得他去找胶卷。黑岩久治看着熊熊烈火中的教堂，让手下收拾好枪支弹药回总部，教堂被毁，他的任务也算完成了。
第46集剧情介绍：日军战犯庭审在南京宣判
九年后成为审判官的孟书娟回到南京，此次要在南京进行对日军二级战犯审判。
日本百姓认为大和民族是贵胄，他们在亚洲的战争实际是在解放亚洲，南京大屠杀时广岛居民反而在连夜狂欢庆祝。
朱光煜在审战犯田中秀树时，田中秀树不仅不知悔改，还自视甚高，他认为朱光煜的官衔比他小，要态度恭敬地与他讲话。朱光煜斥责他不知好歹，死到临头还不肯认罪。
田中秀树认为广岛长崎人民无缘无故被投了两颗原子弹也是受害者，中国现在不过是与苏美等国勾结。朱光煜反驳道广岛长崎的人民实际上是日本军国主义的受害者，如果真为日本百姓着想，这些战犯就该尽快伏法，还有日军主战的将军才不是什么拯救者，而是社会的人渣、垃圾、败类。
在圣马德伦教堂的从葬坑里发现两千多具尸体，白骨上有明显的刀伤，衣服也已经腐烂，孟书娟想起了当时她在教堂里经历的一切。法庭在南京市搜集人证物证，由于要出席的证人太多，他们只能选择一些有代表性的证人出庭。
南京大屠杀二级战犯审判开庭，大家纷纷佩戴上翻译的耳机，田中秀树在法庭上辩解自己无罪，他所做的一切是为了大和民族而战，他的辩护律师甚至开解道南京大屠杀根本不存在。
朱光煜反驳道他们的辩解就是无稽之谈，辩护律师当时还在日本上学，根本没能来南京，辩护律师表示自己跟很多日本军官都证实了日军占领南京时，南京已经没有人，被烧的房屋里也无人居住。百姓们听到日方辩护律师的话大声地斥责他信口开河，胡编乱造。
玉墨头戴黑色的头纱来到了庭审现场，红十字会的副会长带着一具具白骨出庭作证，即使只剩白骨大家依旧能感受到当时日军的残暴，国民党军官们听到他的陈述纷纷流下眼泪。
第47集剧情介绍：英格玛神父出庭作证
黑岩久治出庭作证，孟书娟看到他便想起来当时在教堂他把孟司长的手臂砍断那一幕，九年前黑岩久治围攻教堂还历历在目。朱光煜问他是否掩埋尸体，黑岩久治表示自己记不清具体的数字，他也不肯承认战争是屠杀。
听证的百姓们听到他的证词都大骂他是杀人狂，戴着头纱的玉墨激动地冲上来，她质问黑岩久治怎么可以把这些都忘了。当年黑岩久治害得他们过了阴暗的四十九天，日军在南京城内抢劫、强奸、随意杀戮，把尸体埋在从葬坑里，可他们一个个都不肯承认自己犯下的错。
玉墨向审判官们提议当场枪决黑岩久治，可这并不符合国际审判法，日方辩护律师认为中方民怨太深，审判不公正。
孟书娟生气地站了出来，她问黑岩久治是否还记得她，九年前黑岩久治围攻圣马德伦教堂不过是为了销毁她手上的胶卷，黑岩久治虽然记得她，但仍不肯承认有罪。
黑岩久治的军队一直包围着圣马德伦教堂，他以保护美国人资产为由为自己开脱，国际战争条约中并没有要求日军要保护美国人的资产，黑岩久治大言不惭地表示他出于人道主义才帮忙照看教堂，而且他特意让安全区的费驰照顾中风的英格玛神父。
孟书娟推着坐轮椅的英格玛神父出庭作证，面对死不认账的黑岩久治，神父拿出了朱玛丽的照片，神父告诉大家年仅十四岁的朱玛丽就是被黑岩久治害死的，日军在南京城里做了什么，黑岩久治与他的手下就在圣马德伦教堂做了什么。
英格玛神父祈祷上帝能来惩罚无恶不作的日军，日方辩护律师抗议神父说的话太恶毒，不像一个信天主教的神父，审判官宣布他的抗议无效。
英格玛神父被带出庭，玉墨跟着跑着出去，玉墨问他是否还记得自己，神父回答她自己忘记了。玉墨像当初来到教堂时，蹲下去亲吻了神父的手背。
第48集剧情介绍：审判结束
威尔逊医生出庭作证，他指责日军的无耻行径，随后还带着浑身是疤被毁了容的豆蔻出庭，当时红十字会发现豆蔻时，她俨然成了一个血人，被日军轮J后又刺中三十七刀的豆蔻两个月后换上感染性疾病。
日本辩论律师认为这种病症只能在三个月以后才能发病，威尔逊医生斥责他一个外行不要来质疑专业医生的能力。玉墨撩起豆蔻的衣服，把她身上的疤痕给大家看，当场所有的审判员看到这残忍的疤痕都流下了眼泪。
威尔逊医生表示当时安全区的所有人都恨自己没有武器，如果他们是军人一定冲上前线与日军拼个你死我活。日方辩论律师抗议威尔逊医生有强烈的个人偏见，而且据他所知豆蔻之前是个j女，他认为j女没有资格来指责日军的强奸行为。
玉墨承认自己是个j女，她还被日军抓去做了慰安妇。日方辩论律师大言不惭道慰安妇每月有收入，许多日本女人自愿成为慰安妇来慰劳日军，这也算报效日本的行为，而且玉墨身为一名j女成为慰安妇也没什么不妥。
玉墨质问他为何不让自己的妈妈、姐姐妹妹和女儿去做慰安妇，怎么不让她们去报效祖国，日方辩论律师无言以对，玉墨还把当年孟书娟的胶卷都洗了出来，里面每张照片都是日军惨无人道的屠杀罪证。看到那些照片黑岩久治低下了头，最终审判认定日军二级战犯有罪。
玉墨临走时把胶卷都还给孟书娟，让她好好保管，孟书娟谈起玉墨与戴涛的事情，玉墨表示当时所有人都认为他俩私定终身了，可国难当头哪有那些儿女情长。
孟书娟此时想到，当时苏菲问她j女中谁长得最美时，她没有回答，她只是没有承认罢了，在她心里赵玉墨最美。
当年法比炸掉教堂后，躲在地道里的j女们与女学生们把教堂前院从葬坑里的尸体都拽到地道里，随后才从地道爬了出来。后来玉箫因重度感染死在了慰安所，春池在河南大饥荒中丧命，苏菲等人下落不明。
(全剧终)
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