第1集剧情介绍：莱赛尔
为了找回真方仁丢失的记忆，界人一行踏上了解开谜题之旅。旅行途中，在以前与仁相遇的教会地下迷宫内，界人遇见了一位名为莱赛尔的少女。不知为何，这位少女似乎知道仁的事情。这位神秘少女的真实身份究竟是什么？
第2集剧情介绍：你什么都不知道
莱赛尔每打一次响指，雕像和房间都在旋转，知晓了谜题规律的界人推算出正确的门，千钧一发之刻，大伙儿安全逃出，为了让大家了解真正的真方仁，莱赛尔带他们来到一艘船上，巨大的屏幕上显示出众多人像，莱赛尔说这些都是被真方仁Masterbrain歼灭的解谜者，突然银屏上显示出丘比克等人和一名Masterbrain的对决现场，所幸他们成功解开谜题，莱赛尔遵守约定，将仁交给了界人。
第3集剧情介绍：即便如此我依旧深信不疑
莱赛尔转到root学园这件事，让住门觉得仁很可疑，但界人却说是仁融化了他的冰冷黑暗的心，因此对仁深信不疑，这时，一个自称是仁的冒牌货带着由华容道和迷宫所组成的混合谜题向界人发出挑战，在界人就要到达出口时，这位masterbrain却使用卑鄙手段让迷宫倾斜，但即便如此，界人还是解开了谜题。
第4集剧情介绍：吃了美味之后能解决大部分问题
丘比克在学园里遇到了自称是德古托鲁的数字魔术师，原本此人来找界人挑战，但丘比克自告奋勇接受了谜题，在解谜舞台上出现了一堆看似杂乱无章的数字，丘比克必须在规定时间内找出「最美丽的数字」，否则将丧身火海，当在学园后山野餐的界人等得知消息后，迅速赶往解谜舞台，看到丘比克还没有头绪，德古托鲁允许界人加入解谜，最终，两人齐心协力解开谜题。
第5集剧情介绍：略有所感
卢克找到界人和莱赛尔，希望三人联手去探寻仁的过去以及仁对谜题的真实态度，可莱赛尔却认为自己了解仁的一切，拒绝了卢克的提议，并将他们带到连仁都未能解开的最危险恐怖的谜题那里，为了更进一步解仁，卢克接受了仁曾挑战过的谜题，期间，卢克曾险些丧命，所幸有仁留下的线索以及界人的提醒，成功完成解谜之后，卢克终于明白了仁曾说过的“谜题如锁链谜题如棱镜”的真正涵义。
第6集剧情介绍：莱莱是猫友
拍写真回来的艾蕾娜听说了莱赛尔的事之后，为主动接近这个神秘的女孩，决定为她办一个欢迎会，没想到居然得到学生会长和安娜的支持，于是，几个女生一起去游泳，期间，界人、井藤野乃叶等人也因受到不明人士的邀请来到这里，这时，大楼突然被封锁，他们成了Masterbrain的人质，如果住门不能在规定时间解谜，战车将冲入大楼，情况愈发危急，住门能否守护朋友们的性命？
第7集剧情介绍：你要不要也来一朵鲜花?
已经舍弃谜题的弗里赛尔遭到Masterbrain梅兰格莉的追击，得知这个消息后，界人、住门和野乃叶火速赶往英国前去支援，而这一切也正是梅兰格莉所计划的，可让她出乎意料的是，与自己合作的艾尼格玛竟然将她也置于谜题之中，如果解谜失败爆炸引擎就会启动，四位解谜者也都将葬身于此。
第8集剧情介绍：永别
梅兰格莉、弗里赛尔和住门都察觉到了界人所传达的暗号，于是在千钧一发之刻解开谜题成功逃出了爆炸的房间，之后，大家应梅兰格莉之邀来到她家做客，期间，弗里赛尔想与梅兰格莉和解的心意，全部都被梅兰格莉所漠视。当晚，大家在梅兰格莉家发现了很多谜题，而她本人却在一怒之下将这些谜题烧掉，看着内心寂寞却毫不坦诚的梅兰格莉，朋友们在临走前给她留下了一道温暖人心的谜题。
第9集剧情介绍：我们走吧 回到那里
艾尼格玛、解道巴伦、卢克、仁和莱赛尔等人聚在一起讨论仁所丢失的记忆，期间，莱赛尔谈起了与仁的相识，这让仁渐渐想起了自己劝说莱赛尔放弃谜题的事。虽然莱赛尔因仁的记忆有所恢复而感到开心，可在她偷听到仁与解道巴伦的对话后却像被仁泼了冷水，因为仁觉得界人对更为重要，为了独占仁，莱赛尔悄悄将仁带到了一个只有他们知道的地方。
第10集剧情介绍：真正的幸福是什么
界人、住门和野乃叶按照莱赛尔所给提示一路前行，抵达车站的三人因为一场误会与兄妹野乃和乔相识，几个人很快就熟络起来，于是一行人来到了野乃的家，她正在为哥哥乔放弃打篮球而烦恼，原因竟然是乔要继承父业管理谜题，这时，得知住门等人拥有黄金比例脑的乔，以MaterBrain的身份向他们发出了挑战。
第11集剧情介绍：此刻想起了谁
由于天气原因，机场航班停飞，界人，住门和野乃叶暂时滞留，而丘比克和安娜早已到达汇合地点，在瀑布旁边他们遇到了一个叫蕾吉娜的女人，她不仅热情的给两人当向导还帮他们打听仁和莱赛尔的下落。次日，蕾吉娜以找到仁和莱赛尔为由，将丘比克和安娜带到了瀑布后的洞窟，在那里等待他们的是苦苦找寻的仁还是……
第12集剧情介绍：你以为我会这么说吗
根据MasterBrain所留下的线索，界人他们来到了南美洲的某个遗迹，安娜无意打开了通往谜题的大门，没想到等待他们的MasterBrain竟然是旧识赫伯特，为打探到关于仁的消息，界人必须解开他所出的谜题，可是卑鄙的赫伯特竟然在谜题中动了手脚，所幸界人临危不惧，在最后关头解开了谜题！
第13集剧情介绍：这货的底子太浅薄
就在野乃叶对这场寻找仁之旅产生质疑时，莱赛尔出现，并告诉他们这将是旅行的终点站，只要界人能解开谜题就将仁交给他们。之后，界人和伙伴们轻易走出了莱赛尔设计的迷宫，没想到出现在他们面前的竟然是冒牌的仁，与此同时莱赛尔还开启了下一个谜题，原来这一切都是她为了胜利而不择手段的阴谋。另一方面，进入毕达哥拉斯遗迹的卢克和弗利谢尔也中了莱赛尔设计的圈套。
第14集剧情介绍：如果还是那时的我们
莱赛尔分别将界人他们与卢克、弗利谢尔关在两个不同地点的金塔里，企图用没有答案的谜题将这些黄金脑的孩子们一网打尽，她让卢克和弗利谢尔在十分钟内解开谜题，否则大家都将永远困在这里。于是，两人争分夺秒开始了解谜，所幸他们很快就发现了规律并以出题者的角度找到破绽解开谜题，并顺利拿到了有关神之谜题秘密的毕达哥拉斯文书
第15集剧情介绍：想建立一个能满腹的世界
校长巴伦把界人他们叫到了一座墓碑前，而这位在地下长眠的人正是他和仁曾经的伙伴拉布修加，为了实现梦想得到神之书建立一个能满腹的世界，拉布修加将全部精力投身于解谜，然而，仁却先她一步得到俄尔普斯之臂环，不甘落后的拉布修加开始不断的挑战愚者谜题，最终死在谜题之中，而她的未婚夫正是艾尼格玛，这个憎恨一切谜题的男人。
第16集剧情介绍：旅途结束
为了不让这种无意义的战斗继续下去，界人一行找到莱赛尔，并告诉她这一切都是艾尼格玛所设计的阴谋，没想到她早有洞察。为了让仁尽快恢复记忆，仁和莱赛尔决定堵上性命完成杀戮竞技场的谜题，就在二人都将安全到达目标时，艾尼格玛出现并将仁置于谜题之中，期间，仁的记忆恢复，在他的带领下重返谜题中心的仁和莱赛尔安全得救，然而，恢复记忆的仁却变成了……
第17集剧情介绍：成为 phi brain吧
出现在大家面前的是拥有神之头脑的俄尔普斯，他在让界人和莱赛尔看到了被毁灭的未来之后随艾尼格玛前往阿姆吉内。卢克告诉大家，仁为了阻止俄尔普斯，曾将自己的记忆与俄尔普斯的精神封印在体内，可记忆被唤醒之日同时也是俄尔普斯觉醒之时，这时，莱赛尔出现在POG的屏幕上，她说想要救仁就必须有人作为天才黄金脑觉醒，并将其作为容器献个俄尔普斯，于是，界人、弗利谢尔和野乃叶踏上了前往阿姆吉内的旅途。
第18集剧情介绍：我即便解不开谜题也没事
界人再次看到了幻想的世界，这回他看到的是自己儿时的场景。仁突然出现在界人一行人面前，并欢迎他们来到阿姆吉内，原来仁就是俄尔普斯。俄尔普斯的出现和界人他们拒绝了俄尔普斯臂环有关，俄尔普斯决定让界人他们看看天才黄金脑力的力量到底为何物。通过俄尔普斯看到过去的界人三人得知，所谓的黄金脑力的力量可以干涉过去改变他们的未来。
第19集剧情介绍：因为你在看着
住门带着艾蕾娜一起前往阿姆吉内共和国，从莱赛尔那里听说了解放仁的方法后作为“天才黄金脑觉醒”候补之一的他想要成为界人的保护盾。晚餐的时候俄尔普斯便出现了，住门与艾蕾娜来到了俄尔普斯臂环沉睡着的贤者谜题之中，以生命作为赌注的解密开始了，在滑动的方块上两人不断的向终点攀升，在形式大好的时候他们却遇到了更大的难题。
第20集剧情介绍：为有100颗星星的仁干杯
为了拯救仁莱赛尔与俄尔普斯约定，只要自己成为天才黄金脑仁就会得到解放。进入迷宫的莱赛尔在破解谜题时看到了自己与仁过去的回忆，面对这些回忆莱赛尔更加坚定了自己要成为天才黄金脑的想法。另一方面卢克对自己无法看穿俄尔普斯自责，并对俄尔普斯产生了疑问，同时界人也为了能够救出仁而努力解谜。莱赛尔能够成功抵达终点么？
第21集剧情介绍：界人 是你输了
界人与遇到了卢克，并被尼克带领来到了卢克自己做的迷局中。之后卢克告诉界人想要拯救仁的办法就是代替仁成为俄尔普斯的容器。而面对被俄尔普斯手环吞噬只想实现俄尔普斯理想的卢克，界人只好全力解谜，希望能够找出解救卢克和仁的方法。另一方面大家也聚集在一起分析讨论俄尔普斯的真相。在与卢克的解谜对战中界人能够打败卢克吗？
第22集剧情介绍：所以你不要迷茫了
住门和弗里赛尔从俄尔普斯那里得知，界人在与卢克的解谜对决中获得了胜利，卢克因为谜题而去世，于是住门和弗里赛尔决定像界人挑战。在聚集了界人与住门，弗里赛尔与莱赛尔的谜题中，关于神之谜题最后两人参加全的比赛开始了。解谜开始后界人四人立刻开始了充满紧张感的解谜，于是在这场解谜中最终获得胜利的会是谁呢？
第23集剧情介绍：两人一道!
因为担心界人和住门与弗里赛尔，大家都来到了阿姆吉内，并且聚集在了界人的房门口。而校长为了让界人阻止俄尔普斯对大家隐瞒了卢克的事情。为了能够让界人重新振作起来，女孩子们亲手做起了爱的点心。另一方面，界人将自己关在房间里独自消极时，莱赛尔出现在了窗外。在莱赛尔的开导安抚下，界人是否能够重新振作起来呢？
第24集剧情介绍：即便有所欠缺
界人和莱赛尔在神之谜题中都看到了自己所期待的过去，虽然这一切这么祥和但他们必须解开眼前的难题，他们要在记忆被吞噬前逃出迷宫。界人和莱赛尔的过去重叠在一起，被仁带领的两人有了温馨的旅程，因为有所欠缺而被仁抛弃的莱赛尔一遍又一遍让记忆回到始点，而结果依旧没有改变，想要否定痛苦记忆的心愿把莱赛尔挤出了时间的洪流。
第25集剧情介绍：活着真是太棒了
失去了理智的莱赛尔想要与界人分出胜负，而野乃叶的出现让莱赛尔恢复了理智，在界人和莱赛尔的共同努力下终于解开了神之谜题，但俄尔普斯却并没有放弃夺取界人的黄金脑。丘比克发明的阻断俄尔普斯系统并没有让仁恢复正常，界人了解到了俄尔普斯已经和仁合为一体，而俄尔普斯所预见的未来也因为界人他们得到了改变。
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