第1集剧情介绍：顽劣华佗大闹相亲会
东汉中平六年，西凉刺史董卓进洛阳，废少帝，立献帝刘协，称太师。曹操不满董卓倒行逆施，怀揣司徒王允所赠七星宝刀刺杀董卓，结果刺杀未果，反遭到董卓的追杀。曹操四处逃亡狼狈不堪。他逃到一个村落，投奔了父亲的生死之交吕伯。吕伯收留他让他安歇一晚，次日等城门开后再伺机送他出城。曹操感激不尽。次日晨，曹操还未起身，忽听吕伯悄声交待儿子好生看好，别让它逃脱，自己先去找人。曹操疑窦顿起，听口吻似是要举报出卖他。不多时又闻吕伯的儿子磨刀霍霍，儿媳也正找绳索。曹操多疑，以为这一家人要暗害于他。于是他先下手为强，刺死了吕伯儿子儿媳，转眼间却看到墙角卧着的大肥猪，原来吕伯一家是准备杀猪款待于他。曹操愕然。
集市上是一番热闹祥和的景象。一帮市井小民正玩顶拐游戏。众人玩的不亦乐乎之时，突然一个家丁分开众人，让大家让出场地给他家少爷。他趾高气扬地告诉大家，他家少爷是当今太师董卓的侄子董骠。众人不愿让出场地，于是有人建议双方比试一场，胜者留下。结果董骠比败还摔倒在地，眼见腰椎受伤动弹不得。家丁要找众人理论，突然一少年分开众人，此人放荡不羁，顽劣不堪，他便是华佗。他帮董骠医好腰伤，提出让众人陪他玩一场顶拐。正嬉笑玩乐时，一名女子挤进人群。她叫惠娘，是华佗的父亲为他定的娃娃亲，但在华佗眼里她就如姐姐一般。惠娘劝华佗回家，华佗在众人的哄笑声中不情不愿地随惠娘回家。
途中，华佗遇到青梅竹马的姑娘明心。明心是县令的女儿，与华佗情投意合。两人摆脱惠娘跑到野外玩耍。明心告诉他，父亲明日要为自己坐堂迎亲。华佗不同意可又无计可施，所以与明心约好明日去她家中找她。次日，县令府迎来第一位来相亲的对象，此人名叫牛二，人如其名，肥硕如牛，又蠢又二。县令只得笑脸相迎，期盼着另一个相亲者。哪知牛二在路上设卡，禁止其他男子通过。所以除了牛二县令看不到第二个相亲对象。
华佗偷偷粘上胡子，蒙过拦路家丁混入县令家中后偷偷溜入后院。明心看到华佗非常高兴。华佗用所学医术戏弄的牛二狼狈不堪，仓皇逃离。明心非常开心，县令却气的吹胡子瞪眼。但是明心的奶奶支持明心依心中所想选择所爱。
明心知道华佗的父亲中意惠娘那种温婉贤淑的儿媳，华佗却告诉她，明心给了自己所喜欢的，而惠娘给了自己所需要的，所以他得到喜欢的明心会更开心，而得到需要的惠娘自己会像对待姐姐一般的对待她。
第2集剧情介绍：明心遭逼婚要私奔
华佗与明心分了手回到家中，生怕怕遭父亲责骂。哪知下人告诉他因父亲医死了人正在县衙受审。原来华佗的父亲一直潜心研究麻醉术，技术还未成熟，所以没有公开，世人也不能理解和接受。此次他为人看病，使用了麻醉，结果病人深度昏迷如死亡一般，故被病人家人告到县衙。华佗到公堂之上为父亲辩解，县令不依不饶。背地里县令悄悄与华父耳语，若华佗不再纠缠明心，他就对华父网开一面。华父很惊诧，他告诉县令，自己已为华佗定了娃娃亲，明日就是成亲之日，自然不会再与县令千金来往。
因为华父医死了人，难逃其责。华佗心急地要为病人做心脏复苏，众人却觉得他是在亵渎病人尸体不让他按压病人心脏。万般无奈之下，华佗师兄吴成使用了九转丹救醒病人，华父才顺利脱身。
华父责怪吴成不该随意使用九转丹，吴成却觉得华父把他当外人，研究麻药之事一直瞒着自己但却让华佗知晓，果然儿子比徒弟亲。这时明心托县令府医官胡半仙给华佗送来密信，因为董骠看中明心向县令提亲，县令得罪不起只得应允，明日董骠便要来强娶明心。明心约华佗私奔。哪知华父知道此消息后勃然大怒，大骂华佗忤逆不孝，于是强行让华佗和惠娘成亲，将华佗关进洞房，让吴成守住洞房门口。吴成一直喜欢惠娘，眼见心爱的女人与别人成亲，吴成心如刀割。
华佗在洞房外苦求吴成放自己出去，他知道吴成喜欢惠娘，于是提议让吴成进来与惠娘洞房。惠娘知道自己在华佗心中没有位置，逆来顺受的她虽然难过，但却恪守妇道。屋外的吴成虽然难过，但向来循规蹈矩的他也不敢违抗师令作出大逆不道的事。华佗逃跑无望，想到明心一定心急如焚，焦虑失落的只得借酒消愁。惠娘劝华佗少喝，华佗醉眼惺忪间将惠娘看成明心而与惠娘成了男女之事。惠娘听华佗醉酒后嘴里一直叫明心的名字，知道他把自己误认成明心，难过的流下眼泪。
县衙此时一番喜庆热闹。董骠要来迎娶明心，县令虽不喜欢董骠但因得罪不起只得强装笑脸。明心久等华佗不来，只好让胡半仙支开父亲，自己带着丫鬟喜莲偷偷地溜出门去找华佗。她翻墙进到华佗家里，疑惑地看着华佗房间门上的大红喜字。叩门时惠娘起身开门更让明心吃惊。她叫醒床上的华佗，质问他为什么不赴约还与别人鸳鸯帐暖，枉自己违抗父令抗婚私奔。华佗好不容易想起昨晚的事情，还来不及解释明心就难过地夺门而出。华佗骑着马追赶明心的马车要跟她解释。一马一车在路上狂奔。
城门外，曹操正被追兵一路追赶，他往城门处飞奔而来，身后是追兵如雨的飞箭。曹操进入城门赶紧关门，此时正好碰到追赶明心的华佗和明心，吴成和惠娘也追了过来。眼看追兵要破门而入，华佗帮着曹操死死地抵住城门。城门被外面的追兵挤出一条缝隙，一支利箭从门缝朝众人射了过来。
第3集剧情介绍：华佗被驱逐住破庙
门外的利箭朝众人射过来，眼看就要射中惠娘，吴成突然一把拉过惠娘，明心正好探身过来看情况，这支原本会射中惠娘的箭一下子射中吴成，然后箭头穿过吴成的身体正好再次射中他身后的明心。一支箭将两人串在了一起。华佗眼睁睁地看着这突然发生的一切不知所措。幸好曹操的家兵正好赶到，一举歼灭所有的追兵。
众人赶紧将吴成和明心送到县令府中救治。董骠正在为明心逃婚的事威胁县令。曹操如今回到谯郡县，想壮大势力，所以准备与县令结盟。众人都知道曹操刺杀董卓之事，董骠更是怕的躲了起来，完全没有了刚刚趾高气扬的架势。他偷偷地溜了出去。曹操借口要给县令贺喜送贺礼，出去片刻后又返了回来，送上的贺礼竟然是杀了董骠的迎亲队伍和董骠的项上人头。县令和众人皆愕然。县令没有退路只得与曹操结盟。
华佗弃婚私奔让华父暴跳如雷，他把家族的一些重要人物请来做见证，他要把华佗逐出家门。惠娘觉得事情皆因自己而起，于是哀求华父自己愿意退婚成全华佗和明心，华父根本不答应。于是惠娘提出要随华佗一起出家门，追随他照顾他。华父见惠娘心意已决也只得随她。华佗和惠娘在一处破庙安家。经过救治身体已无大碍的吴成随后送来一些被褥。华佗与惠娘约好晚间分开而住，惠娘没有提出异议。华佗一心要找明心解释，明心嘴上怒气未消，内心却还惦记着被逐出家门的华佗是否安好。
县令要在谯郡县招兵买马扩充势力。谯郡县的精壮劳力都来参加验兵。胡大仙是此次验兵的体检官，他借着手中的权力想借此机会敛财。他的做法引起前来验兵的大栓等劳力的不满。华佗也来参加验兵，胡半仙劝他回家，他作为华佗的大师兄知道华家就只有华佗一棵独苗，师父是不会让他去当兵的。于是华佗另立山头，自己要成立一支队伍，于是将大栓等人拉到自己麾下。曹操带着自己的曹家军来到招兵现场，让他们演练给众人看。曹军的威武雄壮震撼了县令和华佗。华佗更是将曹操当做心目中的英雄崇拜。
第4集剧情介绍：曹操逼县令杀细作
晚间有董卓的细作潜入谯郡县令府，劝县令不要与曹操合作，要看清形势，不要与董太师的精兵强将以卵击石。县令很纠结，想到董骠之死董卓可能不会放过自己，于是提出要董卓的手谕，对董骠的死不予追究。细作满心欢喜地回去复命。
细作行色匆匆路过一片坟场时正巧被醉酒睡在此处的华佗绊倒，华佗看到从他身上掉落的董军的令牌，便知他是董卓的细作。华佗将他交给曹操。
在细作离开后，县令一直非常矛盾。明心这时帮父亲分析形势，让父亲分清利弊，着眼长远，不要与董军联盟，与曹操共同抗董才是正道。县令内心摇摆不定之时，曹操邀县令一起查看练兵。当着众军曹操把细作抓到台前，要县令弑细作壮军威。面对曹操咄咄逼人的目光和眼前众目睽睽的注视，县令只得杀了细作。此举彻底将县令逼上与董军对立的境地。
明心一直担心华佗的安危，自己又不好意思亲自打探他的消息。于是让父亲请吴成给自己治伤，她不动声色地向吴成打听华佗的近况，也想给华佗一些帮助。吴成旁敲侧击地告诉她，华佗一切安好，让明心不要打扰他和惠娘的生活。
董卓的军队兵临城下，形势十分危急。曹操的军队、县令的军队以及华佗招募的军队三方一起共抗董军。华佗在作战时穿梭于军队之中，忙着抢救伤员，在他眼里只有伤员不分敌我。大栓对华佗迂腐的医者之心无可奈何，作战之时还要分暇照顾华佗。董军来势汹汹训练有素，谯郡的军队最后虽然取得胜利但也损失较重。在众人欢庆胜利的时候，县令想到谯郡兵力有限没有可补充的力量，而董军的兵力却可以源源不断地增援。县令忧心匆匆。
第5集剧情介绍：华佗阵前救曹阿瞒
华佗一直见不到明心的面得不到她的原谅，便常常喝酒麻醉自己，聊解相思之苦。得知二师兄吴成正在为明心治伤，于是他将自己要对明心说的话都写在信上，拖吴成带给明心。吴成转念一想答应下来，并告诉华佗如果明心不回信则表示不能原谅他，让他从此死心好好与惠娘过日子。华佗将信交给吴成，兴高采烈地走了。吴成转身就把他的信扔了。
董军果然派来增援大肆进攻谯郡县，县令这次采取了坐山观虎斗的做法按兵不动。曹操带军与董军浴血奋战，无奈兵力悬殊很快曹操就伤痕累累，危在旦夕。明心看到这一切，劝在城墙上观望的父亲出兵救曹操。县令还在犹豫，却看到华佗带着他的兵们用推车推着一车发出浓浓的黄烟的药草冲入阵前。药草发出刺鼻的气味，众军士纷纷捂鼻。华佗乘乱救回曹操。曹操感恩华佗再次救得他的性命。
战事还在进行，伤员是越来越多。华父看到一向顽劣的华佗此时专心致志地救护伤员深感欣慰。明心借故来看伤员，为伤员送来食物，看到忙碌的华佗内心窃喜，表面却装着冷冰冰的样子。华佗一直没有收到明心的回信，不知道她的真实想法心里十分惶恐，却一直没有机会与她交流。
大栓受了重伤从战场上被抬了下来。看到大栓痛苦不堪的样子，华佗无法想象像大栓这等铁血男儿都紧皱眉头，那该是怎样的疼痛。再看旁边另一个伤员，因为伤口很深无法处理，已经溃烂长了蛆虫。华佗知道如果有麻沸散物为他们止疼，只要进行一些小的手术他们的伤就不会这么恶化。华佗很痛苦，于是他给自己灌了很多酒，然后让惠娘在他醉的不省人事时用刀刺伤他，他想试试醉酒后能忍住多大的疼痛。
第6集剧情介绍：华佗用麻药医死人
华佗眼看大栓等人受伤痛折磨，于是不计前嫌求父亲将麻沸散交给自己救人。华父告诉他麻药目前还没有研究成熟，极易出事。但横竖都是会死，华佗还是想试试。哪知用过麻沸散为大栓做完手术后，大栓竟然还是死亡。华佗用麻药失败痛失好友，内心深受打击。华父见华佗用心从医，于是将自己研究的麻沸散的配方交给华佗，让他继续研究下去，将麻沸散研制成功。
县令见曹操兵力有限，数次作战已让他元气大伤，他自己还受伤一直静养。而今，军队的粮食供给也已出现危机，于是他决定弃曹操投奔董卓。为瓦解曹操的兵力，他乘曹操受伤养息之际，先后说服曹操的副将夏侯勇等人，约定时间发动兵变，将曹操一举拿下送给董卓，作为自己投诚董卓的诚意。
由于大战在即，而大将夏侯勇称病不出。曹操疑心有异，于是让华佗前去为他医治。名为探病，实为探得他的虚实。华佗查出夏侯勇根本无病，夏侯勇担心华佗的如实汇报会让曹操心中生疑，而约定兵变的时间就在几个时辰以后。县令带着胡半仙赶到夏侯勇府上，为堵住华佗之口，他们准备杀了华佗。胡半仙念在华佗是师父的独苗，于是建议留下他的性命，因为他不回去复命曹操照样会生疑。如今两全的办法就是灌醉华佗，让他回去后也开不了口。
明心偷听到父亲与胡半仙的密谋，他们准备还是把华佗沉江灭口。她心急如焚，因为县令下了她和胡半仙的禁足令，他们无法将消息传出去。晚上明心在胡半仙的窗外放了一张供桌，说是要祭拜亡灵，还威胁下人们守口如瓶，然后借口让亡灵享用供品将桌子留在了窗外。胡半仙在屋里听到明心与下人们的对话后心领神会，他偷偷地从窗子溜了出去。
胡半仙心急火燎地将从县令那里偷来的曹操副将们按了手印的投降书交给吴成，还把华佗的现状和曹军副将要兵变的事告诉了吴成，让他赶紧去通报。他自己得乘看守房间的人未发现时赶紧回到房间。
华佗喝的酩酊大醉不省人事。不久便有人架起他，将他拖上屋外的马车。
第7集剧情介绍：华佗献计阻止兵变
夜半时分，惠娘在河边洗衣服。离她不远处一辆马车停下后，有两个人匆匆从车上将醉酒的华佗拖下来，扔进水里后仓皇离开。一直紧随的吴成看到他们离开后，赶紧将华佗从水中救起。华佗醒来后，吴成将胡半仙交给他的投降信递给华佗，劝华佗安心从医，不要过问战事，再说如果曹操得知此事，必定要杀了县令，到时候一定会伤了明心的心。华佗接过投降信想到一个万全之策，然后赶紧去向曹操报信。吴成对华佗的想法不能理解。惠娘洗衣服时看到从上游飘来的华佗的木屐，她惊慌地顺水流去寻，遇到吴成得知华佗安全后，紧绷的神经一下子松懈下来，人也晕了过去。吴成赶紧为她号脉，发现她怀孕了。
曹操将一干欲谋反的副将们聚在一起。以夏侯勇为首的这些人惴惴不安。曹操原本暴跳如雷，可接受了华佗的建议后对这干副将和颜悦色。曹操把他们按了手印的投降书拿出来给他们看，众人大惊失色，手缓缓地握住了剑，准备与曹操拼个鱼死网破。哪知曹操将降书付之一炬，众人不解其意。曹操表示理解他们的想法，就以前对待他们的态度表示歉意，决定对他们的做法既往不咎。曹操这种恩威并施的做法既平息了兵变，又让众副将感恩戴德死心塌地。
华佗连夜研制出一个奇异的木床，用来对伤筋动骨的伤者矫正骨头的位置。众人对这奇异的木床充满好奇和怀疑的目光。曹操却首当其冲愿意一试。此木床使用牵引配合按摩手法，果然有奇效。曹操久久难愈的错位腿骨经此一试竟然能正常行走。这个发明对将来战场上救治伤员起到事半功倍的效果。曹操大喜。
董军已围困谯郡两月有余，如今军中粮草供给十分紧张。县令内心仍然左右摇摆不定。眼见董军再次发起猛攻，曹军因兵力悬殊已岌岌可危。董军开始攻打城门，城门已抵御不住被董军挤开一条门缝，谯郡沦陷已在当下。华佗抱起一根粗大的树干准备抵住城门。惠娘也上前帮忙。明心见状拿起鼓槌擂响战鼓，谯郡肖县民纷纷冲出家门，自发加入到抵住城门的队伍，他们要誓死捍卫家园。
第8集剧情介绍：吴成替县令传降信
明心原谅了华佗，主动去破庙找他，两人想重归于好。华佗觉得终于守得云开，内心非常激动，拉着明心的手憧憬着两人美好的未来。惠娘看到这一切很失落。吴成却替惠娘抱不平，痛斥华佗为了自己连孩子都不顾了。所有人都惊呆了。惠娘都不知道怀孕，华佗更没想到新婚之夜自己酒醉后唯一的一次接触竟然让惠娘怀孕。明心彻底地心寒了，觉得和华佗再也没有可能了。明心难过的心如刀割。
因为谯郡被围，城里缺医少药，而惠娘的胎气不稳需要安胎药，吴成便向县令提出放他出城采药。县令因为吴成是大夫出城采药不会引起别人怀疑，所以说服了他替自己带一封降书给董军。吴成为了惠娘，加上县令说投降是为了保护谯郡不受屠城，所以他答应下来。
华佗也因为惠娘胎气不稳想出城采药，于是他跟随吴成一起。吴成没想到华佗会一起，为避开华佗将降书交给董军，吴成故意引起董军注意让自己被董军抓住，然后借机将降书交给了董军。逃脱的华佗却为了吴成自投罗网，要求以自己的命换回师兄吴成的性命。吴成没想到华佗如此仗义，内心非常愧疚。
回到谯郡的吴成求县令出兵救回华佗，县令怕造成更大的伤亡，拒绝出兵。吴成还带回董军的话，要县令拿出投降的诚意，若真心投降，让他在晚上亥时将曹操抓住交给董军，并大开城门迎接董军以示诚意。县令十分为难，抓住曹操几乎是不可能的事。曹操得知华佗被抓的消息后，立即集合了军队要去救华佗，县令劝阻他不要因个人的感情让其他兄弟陪着去送命。曹操冲动地要孤身一人前去。正在此时，守军通报华佗安然无恙地回来了。原来华佗借给守卫医治腰痛病时动了手脚，不仅脱身还将降书也拿了回来。
华佗把降书给曹操看，曹操很好奇自己对县令严密监视下他是怎么把降书传给董军的。华佗对县令投降的做法很不齿。曹操却告诉他自己也打算撤出谯郡，华佗很诧异，以为曹操轻易要放弃谯郡。曹操却告诉他自己把县令的一些军士收归自己麾下，他有万全之策，可保谯郡百姓的安全。不过，他还需要华佗陪他在县令面前演一场戏。
第9集剧情介绍：曹操设计保全谯郡
华佗把县令手下的名叫单眼皮的士兵绑到县令面前，谎说单眼皮拿着县令的投降信勾结董军，并把县令写的投降信出示给县令看。县令极力否认，明心更觉得华佗栽赃陷害。曹操带兵包围了县令府，将县令的家人及下人们通通抓了起来。胡半仙白天时拉着喜莲准备逃走过他们的小日子，但喜莲放不下明心坚持要回来。等他们回到县令府才发现曹操的兵正在清查县令府的人，要将他们全部抓获。
喜莲以为明心会从侧门逃走，于是到侧门找明心，胡半仙只得跟着她。结果他们刚到县令的书房，就被曹军发现。拉扯中曹军将喜莲摔昏，胡半仙气的将曹军打晕后，拿着县令书桌上的大印，扛着喜莲就准备离城。守城卫士看到县令大印打开了城门。一直守在城外等亥时县令投降的董军见城门大开，而胡半仙扛着一个装着人的布袋走出城门，董军以为是县令投降的安排，大批人马一拥而入，并抢过胡半仙扛着的喜莲。
曹操将县令府所有人绑起来示众，曹操告诉谯郡百姓，县令想投降董军将谯郡拱手让给董军。顿时人群沸腾，百姓纷纷指责县令。为了将戏份做的更足，曹操手起刀落刺死了单眼皮。华佗很震惊，质问曹操说好的不伤及性命为什么不遵守诺言。曹操告诉他欲成大事不能拘于小节。明心的奶奶见曹操杀人又惊又怕，突发疾病撒手西去。
这时有人惊呼董军杀过来了。曹操不慌不忙地带着曹军从之前挖好的地道撤离到城外。曹操与华佗演的一出戏就是要让董军认为谯郡县令和百姓都是受他的胁迫才抗董，如此才能保全县令及百姓的性命。一切都如他计划的一样。董军并没有为难谯郡。哪知半途突然出现一个人将谯郡又置于水火边缘。
原来此人就是当初陪董骠一起到县令府迎亲的家丁。他是当初曹操杀死董骠时唯一的活口。这些天来他一直装成乞丐混迹在谯郡。他突然抓住董军将军的衣衫，急切地告诉他自己是董骠的家丁，是县令和曹操勾结杀了董骠，这些天以来自己亲眼目睹县令与曹操勾肩搭背共同抵御董军。空气突然凝结了，将军眼中突现了杀气。吴成给胡半仙眼神示意，让他接近董骠家丁。
胡半仙装出仙姑上身的神神叨叨的样子慢慢接近家丁，还说他得了失心疯。将军还未反应过来，吴成就悄悄的乘乱向家丁身上穴位扎了一针。家丁顿时出现失心疯的症状，将军以为他真是失心疯胡言乱语。众人这才有惊无险地躲过一劫。但明心因为奶奶的突然去世和华佗一直针对父亲，对他的误会越来越深。华佗很难过，觉得与明心越走越远。
吴成看到惠娘在破庙艰难度日很是心疼，他将惠娘怀孕的事告诉了师父。华父很高兴，亲自接惠娘和华佗重返华府。
第10集剧情介绍：惠娘摔倒流产去世
回到华府后的华佗专心医术坐堂问诊。为了研究针灸麻醉之术，他不惜先在自己身上做实验。这天牛二来看病，华佗第一次用针灸麻醉为他医治，果然有效，牛二很满意，华佗却劫富济贫收他高额的诊金。在为穷人看病时，华佗很好奇他们在战后领取抚恤金的情况下还过得如此潦倒。结果众人告诉他，他们战后根本没有从县衙领到抚恤金。华佗为他们打抱不平，认为是县衙将抚恤金贪污，于是将自己双手绑起来，带领众人到县衙请愿。
明心和吴成等人正忧心县令的病情。县令因胸口积着的淤血不能出去，整日咳嗽吐血已病的卧床不起。华父和吴成对他的病也束手无策。明心看着父亲病的奄奄一息忧心忡忡。耳听华佗带着众人击鼓鸣冤，父亲明明将抚恤金发放下去了可华佗却污蔑父亲贪污抚恤金，明心认为一定是华佗看自己不理他故意打击报复。
华父听说华佗带人到县衙请愿，大骂他无事生非，于是留下惠娘在家，自己带着下人们去县衙劝回华佗。华佗见到县令后，看他病入膏肓，于是主动上前为他把脉。哪知把完脉后华佗突然指着县令破口大骂，众人赶紧制止，谁料他越骂越凶，越骂越难听，县令气的急火攻心将胸口积压的淤血全部吐了出来。原来华佗剑走偏锋用这种方法帮县令除淤血。明心以为华佗要气死父亲，急的不知如何是好。县令吐了血就昏了过去。突然有人来报，说是惠娘摔倒流了好多血。吴成听后第一个冲了出去。华佗却被明心死死拦住，要他等父亲醒来确认无事才行。
原来惠娘在家时见突然下暴雨，而屋外还晒着华佗的草药。她冒雨帮华佗收草药结果滑倒导致出血。吴成赶到华府后将惠娘从地上抱进屋内，看到她大出血吴成非常内疚。他告诉惠娘自己在她的安胎药里偷偷地放了小剂量的堕胎药，她这次流产皆因自己不想让她和华佗的孩子出生，因为华佗根本就不爱她。惠娘没有责怪他，只求他以后不要再害华佗。吴成见惠娘危在旦夕心里还想着华佗，他感到深深的绝望和不服，自己在惠娘心里一点位置也没有。
等华佗回来，惠娘已生命垂危。华佗知道已无力回天，只能紧紧地抱着她。惠娘在生命的最后时光，只希望听到华佗能叫她一声媳妇。听到华佗叫她媳妇，惠娘知足地闭上了眼睛。
第11集剧情介绍：华佗意外收养天来
胡半仙又让喜莲随他离开，还说要让她过上好日子。喜莲故意激将他凭什么能给自己幸福生活，胡半仙得意地出示自己包裹里大量的银锭。喜莲大惊，经过盘问才知道他竟然贪污了抚恤金。县令大怒，将胡半仙驱逐出县衙。胡半仙对喜莲一往情深，不愿远离，于是在谯郡留下来以算命打卦为生。
惠娘意外去世后，华佗抱着她的尸体站在县衙外，称惠娘之死皆因明心阻拦他回家贻误了救治。明心也很内疚，于是亲自送挽联到华府祭拜惠娘，却被华佗不领情地将挽联扔在地上。明心遭此羞辱，当场说出从此以后与华佗恩断义绝。
惠娘的死让华佗非常内疚，觉得对不起惠娘。他将自己亲手为孩子做的小核桃手链放在惠娘坟前后黯然离开。吴成看华佗离开，偷偷地到坟前祭拜惠娘，他因为自己害死惠娘内心的罪恶感无法排遣，而转念将一切的过错都归于华佗和明心，他要得到华佗得不到的。于是他开始别有用心地接近明心。
华佗有一日在街上看到一个约摸三四岁的小孩，他手里竟拿着从惠娘坟前拾到的小核桃手链。孩子看到华佗竟自然而然地生出亲切感，他亲昵地依偎在华佗怀中。华佗觉得这是惠娘怕自己孤单特意为自己找来的伴，这一切如天意一般。华佗收养了这个孩子并为他起名天来。
转眼几年过去了。谯郡一直安宁祥和，而其他地方却战火连天，各路诸侯纷纷征战。如今的曹操已位及丞相，却挟天子以令诸侯。这一日，天来在街上和几个小孩争论当今世上刘备、关羽和曹操等人谁是真正的大英雄，华佗路过，孩子们缠着他问他过去与曹操交往的事。华佗不愿多说，数落了天来几句，天来生气的把腿就跑。华佗赶紧追赶解释，吴成正好遇到满街寻找孩子的华佗。吴成告诉他现在正在招考太医，谯郡有一个名额，他想和华佗一起去考。华佗却满足于现在与世无争的生活，不想涉足官场，于是拒绝了吴成的邀请，让他一个人去考。吴成转身又去县令府找明心。经过几年的接触和吴成别有用心地接近，明心已对吴成有了好感。她绣着鸳鸯，脸上满是怀春少女的幸福和甜蜜。吴成来看她，告诉她自己准备参加太医招考的事。明心替他感到高兴，却无意中眼前一黑，有一瞬间失去光明。这种症状已出现好几年，只是近些日子发作的比较频繁。明心有些担忧了。
第12集剧情介绍：喜莲拾到了九转丹
喜莲和明心都好奇明心到底生了什么病，以致眼前老是发黑。吴成劝她好好修养。说到考太医院的事，喜莲劝吴成积极参考，因为县令虽然知道吴成与明心这几年日久生情情投意合，但总嫌他是个方外之士。如果他能进太医院，县令一定会答应将明心许配给他。吴成也觉得如今曹操要肃清董卓在太医院的势力，太医院要大换血，所以空出很多职位，这才全国招考，这是个千载难逢的机会。
喜莲为明心熬的药好了，她要去端来给明心喝。而吴成跟以往一样坚持要自己去端。吴成去后，喜莲将她的疑惑告诉明心，这些年来喜莲老是发现吴成抢着去端药，而且好几次发现他往汤药里加一种药粉。明心让她不要疑神疑鬼。喜莲去厨房想帮吴成，结果发现他正在捣药，然后将捣好的药粉加入明心的汤药碗里。看到喜莲过来他神色慌张地失手掉落了一颗药丸。喜莲疑窦顿生。
吴成将汤药端给明心后，匆匆向明心告辞离开。喜莲却发现他竟然又回到了厨房，似乎在地上寻找什么东西。看到喜莲他只得匆忙离开。喜莲更加怀疑，也在地上寻找起来。结果找到一颗药丸。喜莲拿着药丸去街上的卦摊找到胡半仙，胡半仙认出这是吴成研制的九转丹。师父曾说过九转丹技术不成熟，含有毒性，禁止吴成使用，没想到他竟然给明心用。胡半仙心中有了主意，决定以此要挟吴成。
胡半仙觉得谯郡最有竞争实力的就只有他们师兄弟三人。华佗不参赛，就剩他和吴成。而这次参选太医是他唯一的翻身之机。于是他拿着九转丹胁迫吴成退出遴选。吴成知道他如果退选明心一定会帮他，于是他答应了胡半仙。果然，当明心听说吴成是放不下自己的病情舍不得离开自己才退选，内心非常感动，哭着让县令保留吴成参选资格。县令于是力劝吴成不要放弃遴选，自己还希望他能当上太医，谋得一官半职，只有这样自己才会答应将明心许配给他。吴成暗自得意，装出千恩万谢的样子应允下来。
吴成将多年积蓄交给胡半仙，让他就此隐瞒下九转丹的事。至于参加太医院考试的事，因为县令和明心坚持，自己也没有办法退出。胡半仙气急败坏，看到吴成似乎无所畏惧毫不退缩的样子，胡半仙气的决定向明心揭发九转丹的事。翌日，胡半仙偷偷溜进县衙找到喜莲，告诉她自己有重大事情要告诉明心。
第13集剧情介绍：吴成有错不思悔改
喜莲把胡半仙带到后花园找明心，看到吴成与明心在花园恩恩爱爱的样子，喜莲非常羡慕，希望明心永远这样幸福下去，并说如果有人破坏明心的幸福，自己一定不得轻饶他。喜莲的话让胡半仙到嘴边的话又咽了下去。但他还是不服，于是找到让华佗来做这个恶人。
华佗得知九转丹的事果然非常气愤，他劝吴成不要一错再错，要有医生对待病人的责任心，而不是一味地想着自己的功名利禄。吴成没有反思自己的过错，反而以小人之心度君子之腹地认为华佗在遴选太医的非常时期提九转丹的事，就是想让他不能顺利参选太医，一定是华佗起心想参选，借此除掉他这个强有力的竞争对手。华佗觉得吴成执迷不悟，反而担心他这种心术不正的人如果真进了太医院将来会害多少人。于是华佗决定参加遴选，让吴成这种人没机会害人。
参加遴选的大夫们汇集在集市上支起了问诊摊，以此展示各自的医术。华佗和吴成的诊台前都拍起了长队，胡半仙的诊台无人问津。这时牛二因为扭伤了腰被家丁们扶着过来了。他把华佗诊台前正在看病的李三驱赶过去，然后得意地扔出一袋钱给华佗，让他给自己先看病。华佗收下他的钱袋，一股脑全倒在地上，牛二赶紧蹲下去一枚一枚地拾起来。华佗又对李三耳语一番，李三于是在华佗暗示的牛二的背上踢了一脚。牛二勃然大怒，正要发火，华佗却告诉他，他的腰伤好了。牛二扭扭腰感觉腰果然好了。华佗告诉他让他拾地上的钱是帮他先活动身体，让李三踢他是帮他正骨。华佗不同寻常的治病方式引得围观百姓纷纷称赞，也引起了围观人群中太医官甄太医的注意。
次日，甄太医在县令陪同下再次到问诊处查看。看到华佗正用针灸的方式为要做小手术的病人麻醉，果然病人感到的是还能忍受的疼痛，华佗顺利为病人做了小手术。华佗的这个麻醉术引起甄太医极大的兴趣，却也让吴成和胡半仙感到更大的威胁。于是吴成给胡半仙出了一计，让他算计华佗让他当中出丑。
翌日，胡半仙给一个健康的小伙子一枚银锭作为演出费，让他故意装出摔倒的样子让华佗医治，然后戳穿华佗的医术。果然，华佗开后，小伙子突然摔倒，装出痛苦的样子，华佗赶紧为他号脉检查，发现小伙子怀里的银锭咯伤了他的脾脏，结果华佗深感遗憾地说小伙子危在旦夕，因为他的脾脏受了重伤。小伙子得意地告诉华佗自己没病，只是被人请来演戏的。华佗让众人把他抬到医馆由华父诊断，果然小伙子开始吐血，如华佗所说命不久矣。胡半仙吓坏了，找吴成出主意。吴成却突然换做自己一无所有与自己无关的样子，然后递给他一串铜钱让他离开逃走。胡半仙见吴成推得干干净净顿时傻眼了。
第14集剧情介绍：华佗送明心上京城
太医院遴选工作第一轮实践比试已经结束，甄太医公布的名单中华佗位列第一，吴成第二。吴成装着不经意的样子故意透漏给明心，还装出一副不在乎仕途只为不能娶到明心的无奈。于是明心找到华佗，希望他退出遴选成全吴成。华佗告诉她自己不为名利，只因吴成心术不正。明心恼怒，觉得华佗还在打击报复。华佗不得已将吴成给明心用九转丹导致其眼疾告诉了她。明心不相信，她希望华佗不要诬陷吴成，成全她和吴成的婚姻。华佗见说服不了明心，只得答应了她。吴成如愿考入太医院。临走时将为明心治病的事交给了华佗。吴成走后不久，明心眼疾再次发作。华佗没有能力医治，于是带着明心准备去京城太医院。
途中，他们偶然救了被官兵追赶的一对母子，得知前方镇子里的守卫将军夫人身染重疾，镇上来的天师说是夫人染了邪祟，要用童男童女祭祀。华佗赶紧赶过去，想救下这些孩子。明心见华佗穿着木屐脚都磨烂了，于是把她为吴成做的新鞋子给了华佗一双，让他穿上新鞋去见将军。华佗穿着这喜鹊登梅图案的新鞋心里美滋滋的。哪知刚出门就被士兵抓了起来。原来天师抓了童男童女后，说再抓一个穿喜鹊登梅鞋的人就够了。华佗正好就撞上了。
将军把华佗和童男童女们抓到广场，要拿他们祭祀。将军夫人闻讯拖着病体赶了过来，让将军放了抓到的这些人。将军夫妻情深，担心夫人果真中了邪祟离开自己。华佗提出要见一见天师。结果一见之下，竟然是胡半仙。一切真相大白，知道所谓的邪祟皆是胡半仙在坑蒙拐骗。华佗亲自为夫人看病，仔细检查过后，华佗查出夫人腹中有死胎，所以才一直腹痛难忍。将军大怒，说自己在外征战两年未归，夫人何来怀孕一说。华佗让将军稍安勿躁，待他医治后看结果再说。
华佗为夫人针灸，不久后夫人果然产下死胎。将军勃然大怒，以为夫人背着自己与他人有染。华佗解释说夫人一年前曾经流产，当时是双胞胎，但只流下一个，另一个死胎一直在夫人腹中，所以她才会一直腹痛难忍。将军夫妇澄清了误会，又治愈了顽疾，对华佗感激不尽。
第15集剧情介绍：华佗遇关羽结好友
华佗一行人终于到了京城，京城果然热闹非凡。明心和天来兴奋地在集市上东瞅西望目不暇接。天来看到小摊上售卖的弹弓很是喜欢，但华佗却觉得弹弓不安全容易伤人。天来恋恋不舍，明心诚心要与华佗作对，坚持把摊位上所有的弹弓买下来送给了天来。天来很高兴，华佗却气急败坏，责怪明心不该惯着天来。结果转眼之间天来用弹弓射中路旁拴着的马匹，马吃痛受惊狂躁地挣脱缰绳，撞倒了天来后还要狂奔。华佗想办法制服马匹后赶紧查看天来的伤情。
有两个人恶狠狠地过来责怪他们惊扰马匹，华佗非常愤怒他们把马匹看的比人还要重要。这时一个红脸大汉上前向华佗道歉，华佗以为他是那两个恶人的主人，对他也没有好感，气呼呼地离开了。哪知次日红脸大汉找到华佗的住处，真心诚意地送来诊金还要送天来去太医院诊治。一来二去后两人相谈甚欢，意趣相投，华佗得知他竟然是桃园三结义的关羽顿生敬意。关羽也对华佗的一些看法和为人甚是欣赏，两人顿感相见恨晚结为好友。
吴成把明心带到集市上想给她买最出名的包子铺的包子。结果被一个胖妹强行抢下铺子里所有的包子。胖妹趾高气扬仗势欺人，吴成不想惹事准备隐忍，喜莲却脾气火爆不依不饶。胖妹本想发火，可一看到一表人才的吴成顿时装出一副温柔腼腆的样子。从集市回来后，胖妹便对吴成念念不忘。原来胖妹是太医院甄太医的妹妹甄依柳，因为父母双亡，甄太医对这个妹妹娇纵宠溺，以致她刁蛮任性飞扬跋扈。
吴成次日离家准备去太医院时，甄依柳竟然守在门外给他送来了包子。吴成看到她硕大的比自己身体都宽两个的身躯，赶紧避而远之。甄依柳却看中了他。等吴成傍晚从太医院回来时，甄依柳竟然又守在他家门外，极力表达对他的好感。吴成想到白天太医院讨论到的甄太医的妹妹，说是她一边暴食一边让他们研究减肥药方。联想到眼前这位，吴成便向她打听姓名。甄依柳转念一想，故意说自己姓陈。
吴成好不容易摆脱了甄依柳的纠缠进了家门，华佗问他什么时候到太医院为明心看眼疾，吴成又推三阻四找借口。华佗却心急的要自己带明心去太医院。明心看到吴成的态度很不开心。
第16集剧情介绍：甄太医觊觎麻醉方
明心的眼疾越来越严重，这一天她又再次短暂失明。华佗已忍无可忍，迫不及待地亲自带明心到了太医院。他正在打听吴成时，突然看到门口刘太医将吴成开的药方扔在地上，然后把他贬低的一文不值。华佗眼见吴成受这样的窝囊气义愤填膺，气冲冲地与刘太医理论。刘太医根本看不起他。
这时江大人行色匆匆地走进太医院找贾太医，窃窃私语地请贾太医看病。贾太医为难地告诉他自己专攻的是眼科，对他的病不会治。华佗冲进来不动声色地为江大人号脉，说自己有办法帮他治肾虚。华佗一下子说准了他的病症，江大人愣住了。华佗不由分说地取出针为他针灸，等江大人反应过来，华佗已为他针灸完毕。江大人顿感神清气爽，华佗让他回家试试看是否有效。华佗立竿见影的治疗肾虚让太医院等人有些刮目相看。但贾太医却怕得罪刘太医等人。所以推说自己不是唯一的看眼疾的太医，让华佗找其他人。
正争执间，甄依柳来到太医院找吴成。吴成不胜其烦，告诉她自己有心上人，不喜欢她这种硕大体型的人。甄依柳还要纠缠，华佗忍不住对她的体型直言不讳，甄依柳这下子不依不饶地大吵大闹，引来了太医院医丞甄太医。甄依柳看到甄太医闹得更加欢腾，吴成这才知道胖妹原来是甄太医的妹妹，这下他算是把甄太医彻底得罪了。
吴成小心翼翼地到甄太医家里求得他的原谅。甄太医却要华佗来认错，还让华佗交出麻沸散的药方，不然就不让他们再在太医院出现，更不要说帮明心看眼疾。华佗看甄太医醉翁之意不在酒，非常气愤。他决定干脆去找曹操解决。
江大人表情尴尬地被夫人拉到太医院。夫人责怪太医院的不该没治好江大人的病，还让他似乎更加严重了。为了下半生的幸福，她要求太医院治好江大人的肾虚之疾。
第17集剧情介绍：华佗为曹操治头疾
江大人的夫人在太医院大吵大闹，吴成提出帮江大人针灸治疗。江大人对吴成的医术持怀疑态度，众太医也让他不要逞能。吴成觉得这是自己难得的表现机会，再加上他也对针灸治肾虚比较有把握，于是他放出狠话，若治不好自己从太医院引咎辞职。众太医抱着将信将疑的态度看他为江大人医治。果然，三针下去，江大人称有感觉，似乎好了很多，然后江夫人喜滋滋地和江大人回家了。
曹操府里的侍卫突然到太医院传令，让所有太医到丞相府为曹操治疗头疾。曹操的头疾是老毛病，久治不愈，发作起来头痛欲裂。众太医慌忙赶去，吴成正准备随同一起，却被甄太医呵斥，让他留在太医院打扫卫生。吴成很失落，越发感到自己在太医院不得志。众太医为曹操拿出了很多药方，但都不能标本兼治，惹的曹操大发雷霆。
华佗在居所突然被丞相府侍卫传令，让他去给曹操治病。原来因为江大人在曹操召集众官员时缺席，曹操问及江大人时才从别的官员口中得知华佗大闹太医院的事，也才知道华佗在京。华佗到了丞相府看到两侧众太医神色凝重小心翼翼。华佗却大呼小叫放浪不羁，看到曹操更是直呼其名毫不拘谨。曹操也知道这昔日老友的脾性，不与之计较。华佗看到众太医为曹操开出的药方，一个个否认后扔在地上，引得众太医敢怒不敢言。
华佗用针灸麻醉之术为曹操治头痛，几针过后疼痛立解。曹操大喜，要亲自送华佗回居所，准备与他把酒言欢。吴成看到华佗带回来的竟然是当今丞相，十分惊诧。曹操对他却视而不见，让他为自己和华佗喝酒时添酒加菜。吴成不敢反驳，却暗自恼怒。华佗将天来介绍给曹操看，天来看到曹操认出他竟然是杀死家人的凶手。原来天来是吴伯的孙子，当初曹操误杀吴伯一家时，天来躲在草垛里逃过了一劫。但却因为受了惊吓再也说不出话。天来看到曹操十分惊恐，排斥曹操拉他的手。华佗和曹操都以为他是怕生。
曹操走后，明心隔着窗看到吴成一副失落不得志的颓丧样子。虽然华佗向他道歉，还答应将麻醉针法教会他，让他以后给曹操看病谋取一个向上发展的前途，吴成还是很生气，觉得华佗来后给他惹了不少事也出了好多风头。
晚上明心隔着门与屋内的华佗谈心。她怕自己面对华佗时说不出口。她告诉华佗虽然两人分开七年了，自己在心里不断提醒是华佗害死了她奶奶，可她就是放不下华佗，不能忘记他。她希望华佗第二天就回谯郡，她不希望华佗影响她好不容易接受的吴成。她问华佗是不是忘了她，华佗为了不让她徒增烦恼，违心地说自己已经忘了过去的事。明心听了这话彻底失望了。她难过地回到房里。
第18集剧情介绍：刘太医为明心治眼
吴成心中郁闷，在酒馆拼命喝酒，他恨华佗出尽风头，他怨自己受到排挤。心胸狭窄偏执的他把这一切都怪罪于华佗身上，对华佗是恨之入骨。次日清晨等他回到家中，明心告诉他华佗已经走了，准备回谯郡。吴成想到华佗曾答应要教他麻醉之术，他也只有可能借掌握这个独一无二的技能才可能在太医院站住脚。他赶紧把华佗追了回来。
华佗因为与曹操的关系，如今在太医院可以自由出入，曹操还命太医院从人力和物资上全力配合华佗。华佗却直言不讳地说自己只想请贾太医治眼疾。刘太医听说后主动请缨，华佗不知道刘太医的医术如何，不敢冒然为明心换医生。贾太医却是个胆小怕事的人，他赶紧出来打圆场，偷偷跟华佗说等刘太医为明心诊治完了自己再偷偷来诊断一次。华佗这才松口请刘太医为明心治眼睛。
刘太医果然是从太医院出来的，他为明心检查后指出明心系中毒所致。华佗顿时对刘太医刮目相看，才相信刘太医果然有点本事。华佗虚心地将自己开的排毒的药方向刘太医请教，刘太医指出将其中的两味药换成另外两味，效果肯定不一般。刘太医专业的建议让华佗佩服的五体投地。
华佗用他找人打造的各种手术刀第一次为关羽的战马做手术。手术的成功让关羽叹为观止。曹操这时命人将从吕布那里夺回的赤兔马送给关羽，关羽对赤兔马喜爱有加，但他还是拒绝了。虽然刘备生死不明，但他还是一心只想辅佐刘备。关羽对结义兄弟的这种大义，让华佗心生敬意。
刘太医很尽职地为明心治眼疾，把他研究的治疗药方给华佗看。华佗很感激他也非常信任他。因为华佗还约了贾太医，于是华佗放心地让刘太医留在他的房间，自己出去见贾太医。没想到华佗前脚离开，刘太医就在华佗用的针灸针上做文章，他偷偷地往上面下毒。原来刘太医对汉朝死忠，梦想着有一天重振汉室，他按照大哥的命令和他的一干弟兄一起商量了下毒，所以他才千方百计接触华佗。
甄依柳依然肥胖，依然缠着吴成不放，但她实在是减不下来。她到吴成家里一哭二闹三上吊，却始终打动不了吴成的心。于是她反其道而行之，另想了一计。既然吴成喜欢明心那种瘦子，而自己减不下来，那不如把明心变成胖子。于是她假惺惺地认明心为姐姐，给她送各种食物，希望她快点吃成胖子。由于她每天过于殷勤，明心很快发现她的用心。于是她故意在酒楼里定下一桌美食宴请甄依柳。甄依柳抵抗不了诱惑，又大吃一顿。等她醒悟过来又后悔纠结的要死。
第19集剧情介绍：华佗发现针灸有毒
甄太医似乎对吴成态度有所改善，他或明或暗地指示吴成将华佗麻沸散的药方帮他拿到。得到甄太医的青睐，吴成受宠若惊。他有意识地接近和观察华佗研究麻沸散，华佗对他没有丝毫戒心，不仅将自己的药方给他看，还坦然地将药方中所用草药摆在他面前。他告诉吴成麻沸散还在研制阶段，重要的不是配方，而是准确的剂量。吴成将这些汇报和给甄太医，甄太医很不满意，他需要的是最终的成果而不是过程。
华佗继续用麻醉针法给曹操治病。但曹操的侍卫每一次都要检查他使用的针上是否有毒。这让华佗很不高兴。治疗一段时间后，曹操反映头痛虽有改观，但最近感到身体疲乏无力，昏昏欲睡。华佗安慰他可能公务繁忙所致，并称他自己也有这种感觉。其实这是刘太医下毒所致，长此以往最后会导致瘫痪。刘太医从眼线那里得知曹操出现了中毒的症状非常高兴，感到离除掉曹操光复汉室为期不远。
关羽带了酱牛肉来找华佗喝酒，为了吃酱牛肉时蘸食醋，华佗亲自倒了一碗端了过来，手指因沾上食醋变成墨绿色。华佗惊觉这是中毒的症状。他紧张地验证了天来、喜莲和明心，幸好均无中毒症状。经过他和关羽的分析，华佗很快发现有人借他之手想害曹操，并非常高明地没有把药下在针灸针上，而是根据华佗的习惯把毒药下在他常用的用来拭针的布上。关羽为让华佗心无旁骛地调查此事，特意将天来带到自己那里，让华佗放手做事。
华佗很坦然地将这件事报告给曹操，并把怀疑对象锁定在刘太医身上。他决定设一个局，引得凶手自己上钩。曹操表情阴郁，对政敌借华佗之手暗害自己无孔不入的做法非常愤怒。刘太医又一次去为明心看病时，华佗假说有事故意离开，刘太医赶紧又往华佗的针灸包里的布上下毒。
甄依柳为接近吴成无所不用其极。她谎称生病，点名要让吴成为自己医治。甄太医对妹妹毫无廉耻地对吴成死缠烂打无计可施，他告诉吴成自己最痛恨靠裙带关系上位的男人。可暗地里他又安慰甄依柳，自己一定想办法帮妹妹达成心愿。
第20集剧情介绍：吴成转念讨好胖妹
刘太医走后，华佗验证了针灸包里的布，果然涂了毒药。华佗将此情况报告给曹操，曹操非常气愤，自问自己没有亏待太医院的人。华佗知道曹操的脾性，怕他乱杀无辜殃及他人，所以提前劝他不要因此事伤害其他人。
曹操派出去的人暗中跟踪了刘太医，找到了他们的秘密据点。当晚刘太医等人的带头大哥也到据点跟他们议事。曹操听到汇报，亲自带人来捉拿刘太医等判贼。据点望风的人发现官兵后，向屋里的人发了信号。等曹操带人进去后发现了刘太医等六个叛贼。曹操心思缜密，发现了桌子上有七个茶碗，便知有一人逃脱。
刘太医的行为惹的曹操勃然大怒，他将众叛贼满门抄斩后，又下令让全太医院的太医们到现场观看刘太医等人腰斩之刑。众太医看到腰斩的血腥场面，吓的瑟瑟发抖，曹操要的就是这种杀鸡儆猴的警示效果。华佗得知消息后想面见曹操，曹操却让属下拦住他。华佗最后见到曹操后，责怪他不守信诺，乱杀无辜。曹操与华佗观念不一，都说服不了对方，华佗气的拂袖而去。
甄太医在太医院里处处排挤吴成。不仅让吴成如下人一般打扫卫生，还帮着成心欺负他的人，不为他主持公道，最后甚至要求他把桌子搬到外面的雨地里办公。吴成忍气吞声受尽屈辱。甄依柳却在雨地里为他撑伞，不顾哥哥的反对无条件地支持和帮助吴成。那一刻吴成发自内心的感念甄依柳对自己的深情。当晚，吴成拿着礼物到甄府要送给甄依柳，甄太医旁敲侧击地暗示吴成最好攀上他这个高枝成为自己的妹夫，那样至少会少奋斗20年。吴成从迈进甄府大门的时候就已经打定主意，攀上甄太医，抛弃明心，反正自己接触明心的初心就是要获得她的好感后再抛弃她，以此折磨华佗为惠娘报仇。
吴成开始主动亲近甄依柳，甄依柳在吴成的柔情下倍感幸福。吴成故意在她面前诉说自己在太医院无人问津。结果次日吴成的桌子不仅搬回太医院屋里，还有许多名媛到太医院点名要让吴成看病。吴成看到众太医羡慕的眼神心中暗喜，感到自己终于扬眉吐气。
第21集剧情介绍：吴成贪心踏两只船
吴成一上午看了七个病人，虽然累但却有成就感。胖妹甄依柳为吴成送来食物，心疼他看了七个病人。吴成一下子就明白过来，那些病人都是甄依柳请来的。甄依柳拉着吴成的胳膊引得太医院众太医围观，吴成脸上有些尴尬。甄太医此时过来让太医们将吴成的桌子从大厅搬到里面的房间，众太医无不羡慕，吴成非常满足。
为感谢甄依柳，吴成第二天早上打扮的衣冠楚楚把甄依柳约到一个大酒楼，为她准备了一桌子的美食。甄依柳却不高兴，认为约会应该逛街或放风筝等。吴成拗不过她，只得陪着她逛街。在街上甄依柳高兴的手舞足蹈，引得路人纷纷侧目。吴成觉得非常丢人，只得装出擦汗的样子遮住自己的脸。
甄依柳要吴成陪她去做衣服，那个绸缎庄是他经常陪明心去的。老板看到吴成竟然领的不是明心很是吃惊。此时明心也和喜莲出门逛街散心。吴成像做贼似得生怕碰到熟人。哪知他看到华佗正朝这里走了过来。他故意将染料弄到甄依柳脸上，甄依柳到屋后去洗脸时，华佗走了进来。华佗警告吴成不要践踏两只船伤了明心的心。正说着明心果然逛到此处看到了他们。
吴成十分惊慌，华佗替他打着掩护，说吴成是来给她买三天后的生日礼物。明心很感动，吴成却因为不知道明心的生日而显得很意外和惊慌。刚应付走明心和华佗，甄依柳洗完脸回来。吴成让伙计带她去量衣服尺寸，等她离开后他交待老板将选中的衣料按照甄依柳和明心的尺寸各做一套，做好后送到太医院。甄依柳听到了他们的对话。
甄依柳回去后想到必须先下手为强。她偷偷地买回了合欢散，准备下到酒里让吴成喝下。明心生日那天，准备了一大桌丰盛的饭菜等吴成回来庆祝生日。哪知，吴成被甄依柳软磨硬泡地拉走。吴成惦记着与明心的约定，急着想回家，怎奈甄依柳硬拉着他喝酒。数杯酒后，吴成觉得身上发热，甄依柳露出计谋得逞后的兴奋和激动，她告诉吴成自己在酒里下了合欢散。吴成想逃离，但已经来不及了。
明心见吴成失约非常难过，站在门口望眼欲穿地等不到他回来。深夜，吴成拖着疲乏的身体沮丧地从甄府回来。华佗上前批评他不该在这一天失约伤了明心的心。
第22集剧情介绍：天来刺曹操遭通缉
华佗在门口等到吴成回来后，责怪他不该在明心生日这天失约。明心这时也准备到门口去等吴成回来，刚走到门口就听到华佗与吴成的谈话。明心清清楚楚地听到了这些天吴成鬼鬼祟祟早出晚归发生的事，明心非常难过。吴成回来后，明心故意问他这么晚他去了哪里。吴成不知道明心已得知真相，于是谎称自己为明心的眼疾操心，路上遇到贾太医与他探讨病情。明心心都寒了，又问他一次，他还是坚持这样回答。这时与华佗讨论了一晚上病情的贾太医从华佗房里走了出来。吴成知道一切都败露了。
吴成没有为自己的行为有一丝愧疚，他反而告诉明心自己马上要与甄依柳成亲，因为他们有了夫妻之实，如果明心为这些年的感情不甘心的话，自己可以跟甄太医请求让她做自己妾室。明心至此彻底看清吴成丑陋的真面目，更对于他无耻的行径异常愤怒。她狠狠地扇了吴成一耳光，算是对他们之间感情的了结。明心伤心欲绝，一刻也不愿多留，立刻收拾了行李离开。
华佗去关羽府上接天来。关羽见天色已晚劝他们歇息一晚再走。次日清晨，华佗等人正准备离开时，曹操得知消息坚持要为华佗践行。席间曹操与关羽、华佗正谈笑风生，一直默默站在一旁的天来突然从怀里拿出准备已久的小刀朝曹操刺去。曹操反映敏捷躲了过去，华佗不知道天来怎么会作出如此疯狂之举。从来没有开口说过话的天来突然指着曹操大骂。他们这才知道天来竟然是吕伯的孙子。华佗拉着天来拼命逃离。
曹操的侍卫正要追赶，关羽挡住了他们。等他们最后追出去时，华佗已带着天来逃到山林。华佗见情势危急，让天来躲在草丛中，他自己将曹军引开。曹军最后抓住了华佗，曹操因为天来逃窜后患无穷，于是发通缉令追捕天来。曹操最后放了华佗，派人暗中跟踪他。华佗找到天来的藏身之地，却只看到一条带血的天来的手链和他的鞋子，现场血迹斑斑。华佗惊恐地四处寻找，在一处山洞华佗看到天来被撕碎的衣服和斑驳血迹。华佗伤心欲绝。曹操得知天来可能被野兽吃掉，于是撤销了所有的通缉令。
其实天来是被刘太医那伙人劫走。他们一伙人中的带头大哥原来是贾太医。贾太医心怀光复汉室的志向，在得知曹操的通缉令后，暗中派人先抓了天来，然后伪装成天来被野兽吃了的现场。他看中天来对曹操的刻骨仇恨，觉得稍加培养他一定会是曹操的心腹大患。
华佗带着明心回到谯郡，县令看到明心郁郁寡欢很是疑惑。华佗回到家中将师兄吴成卑鄙无耻的行径都告诉了华父。华父没有料到吴成竟然是这种人。
京城甄府里华灯高照喜气洋洋。吴成正与甄依柳举行婚礼。甄太医对吴成入赘甄府依然是一副高高在上的样子，甚至都不愿吴成称呼他为大哥。吴成感到很受伤。
第23集剧情介绍：华元化巧计劝明心
明心从京城回来后就一直茶饭不思，始终走不出吴成的阴影，眼看她日渐憔悴，众人都看在眼中急在心里。这一日喜莲的好友小云过来看望喜莲，告诉她自己刚从京城回来。去时正碰到京城有人在办喜事，听说是太医院吴起娶甄太医的妹妹。她还听说吴起之前就有一个相好的，但他一直瞒着那个女人与甄太医妹妹来往，他背着她与甄太医的妹妹游山玩水，早就暗渡陈仓，然后故意气走相好的。所以他的相好在京城就变成了别人的笑柄。
明心在门后偷听到这些话，对吴成的最后一丝挂念都没有了。这时县令走过来问小云听到的情况是不是属实，县令听后气的口吐鲜血，晕了过去。明心吓的从闺房里出来，赶紧叫来了华佗。华佗来后仔细诊断后说县令这身体以后千万不能动怒，否则后果不堪设想。明心赶紧答应父亲好好生活珍惜自己，不惹父亲生气。明心离开后，躺在床上奄奄一息的县令见劝解明心的目的已达到一跃而起，根本没有生病的样子。原来这些都是华佗想的让县令装病劝明心的计策。
吴成因为背靠甄太医如今在太医院混的扬眉吐气，他沾沾自喜洋洋得意。哪知一日偶听到太医院的太医们背后议论他，都说他没什么真本事，至今没见他有什么特别的案例。又说他没有师弟华佗强，华佗至少还有一个麻沸散，他完全就是吃软饭的，而且还是甄依柳这种又肥又腻的软饭。这些话深深地刺激了吴成。吴成开始疏远甄依柳，却惹得甄太医十分生气。甄太医警告他搞清自己的地位，不要以为自己现在混出来了。吴成只得对甄依柳态度改善，这时又听到她说怀孕了，吴成发自内心地感到高兴。
胡半仙突然来太医院找吴成，让他求甄太医写一封求情信给谯郡县令，让他恢复自由之身回到谯郡。吴成开始不答应，胡半仙搬出之前自己帮他找病人结果害死人家的事威胁他，吴成只好答应胡半仙，把他带到甄太医面前。甄太医答应帮他说情，但前提是他帮自己偷到华佗麻沸散的药方。胡半仙答应了。
胡半仙背负荆条跪在县衙门前负荆请罪，并把甄太医写的求情信交给了县令。他装出一副痛改前非的样子，信誓旦旦地保证会将功补过，全力配合华佗救治明心的眼睛。县令饶恕了他的过错，胡半仙感恩戴德千恩万谢。华佗根据之前在京城与贾太医探讨研究出的方案为明心排毒，让她排毒后好好静养。胡半仙一心惦记着华佗的麻沸散方，这一天他偷偷溜进华佗房间，刚刚看到配方就听到华佗回来的声音。他赶紧假装喝水端起桌子上的汤药就一饮而尽。哪知这是华佗正在研究的麻沸散，胡半仙喝后不久就流了鼻血，神质也有些混乱。华父看到这一切，神色凝重地叫走了华佗。
第24集剧情介绍：甄依柳误食致早产
胡半仙一向古灵精怪办法多，喜莲就求他想想办法让明心走出阴霾。胡半仙约大家一起去放风筝。华佗放的风筝又高又稳，明心不服气，要和华佗比试。于是明心如孩童般忘却了烦恼，快乐地放飞风筝。喜莲和华佗看到明心脸上荡漾着许久未见的笑容，两人也欣慰地笑了。胡半仙推说自己的风筝断了线飞走了，要一个人离开去找风筝。谁知他偷偷地跑到华佗房间，找出麻沸散的药方快速地抄撰下来。华佗回来时看到胡半仙神色慌张满头大汗地站在自己房间。他狐疑地打量着胡半仙，胡半仙赶紧搪塞过去。
胡半仙依照约定将抄下来的药方传给了甄太医派来的人。吴成别有用心地截留下配方，他激动地拿着药方欣喜若狂。他偷偷地依照药方刚配好药，就闻甄太医回来了。他手忙脚乱地将配好的药胡乱塞到药架上，然后装作如无其事的样子去见甄太医。过了不久，甄太医问下人为甄依柳购置保胎药的事，因为前一天就听到说只剩最后一包。哪知下人说丫鬟小娟今天发现还有一包，所以先熬好药给甄依柳端了过去。吴成隐约感到不对劲。
吴成慌慌张张地去房间看药架上的药，发现自己配的麻沸散不翼而飞，而自己慌乱中放的位置正好是放保胎药的位置。他心急火燎地跑去阻止甄依柳喝药，可等他到时甄依柳已经一滴不剩地喝完所有汤药。吴成紧张地看着甄依柳有没有异常，结果就突然发现她下身开始流血。吴成惊慌失措地让人请产婆。
产婆接生下孩子，孩子只哭了一声就没了呼吸。吴成心知肚明，他却故意责怪产婆。产婆急忙撇清解释说，甄依柳生产时神质有些不清而且气息微弱，她认为她是吃错了什么后导致的早产。甄太医慢慢地对保胎药产生了怀疑。他质问吴成让他说实话，不然就报官，让太医们查清药碗里汤药的成分。吴成最终承认自己截留了麻沸散药方才酿成大错害了自己的孩子。甄太医恨的咬牙切齿要严惩吴成，甄依柳又哭着哀求哥哥放了吴成。
吴成走在街上突然被药店老板拉进药店，老板递给他一支上好的野人参。吴成不明所以，老板接着为他引荐来自无县的县令沈大人。沈大人说一年一度的贡药采买要开始，一直都是甄太医在组织这项工作。他希望无县能成为贡药提供方，请吴成代为引荐他给甄太医。沈大人给甄太医送了一箱珠宝，吴成吃惊地睁大了眼睛。但甄太医笑纳后没有给沈大人肯定的回答，他告诉吴成，历来官商勾结做生意是很正常的事，沈大人的只是小意思，真正大手笔的还在后头。吴成惊呆了。
集市Du场边，一个叫华胜的年轻人又来到Du场，Du场伙计苦口婆心地劝华胜不要再Du了，因为他家的生活已经捉襟见肘。掌柜牛二见伙计把客人往外推十分不满。华胜不予理会硬是要Du，结果一会儿的功夫又输个精光。华佗和明心站在不远处冷冷地看着华胜发生的一切。
第25集剧情介绍：甄太医受贿被杖责
华佗看华胜Du钱，恨其不争，责怪牛二不应该将谯郡顶拐这种强身健体的活动弄成Du局。牛二不服，于是华佗主动提出跟牛二的人Du一局，如果嬴了以后牛二就能再开顶拐的Du局。牛二答应了。明心还主动拿出所有的银子支持华佗。华佗最后嬴了比赛，牛二虽然不甘心但还是愿Du服输，撤销了顶拐的Du场。
甄太医向曹操推荐无县作为贡药采办地，还力夸无县山好水好出好药。其他大人却提出异议，甄太医还在辩解，曹操却让人把无县的沈大人带到众人面前，看到沈大人被打的遍体鳞伤，甄太医知道自己受贿的情形曹操已了如指掌。曹操最痛恨别人欺骗和愚弄，于是杀了沈大人，杖责了甄太医。曹操问甄太医是否知道哪里错了，甄太医却答非所问。曹操见他不能意识到自己错误，于是继续杖责。吴成冒险将曹操杖责甄太医的真实想法说了出来，曹操和甄太医都很诧异吴成竟然揣摩出曹操的真实意图。
甄太医屁股被打的皮开肉绽，已不能亲自去采办贡药，于是让吴成作为官方代表亲自督办采办之事。因为无县被取消资格，于是甄太医将曹操的故乡谯郡列为采办地。曹操默许了。甄太医为此专门把儿子小甄叫回来，陪吴成一起督办采办。甄太医还一反常态，对吴成和颜悦色，还让他改口叫自己为大哥，并推心置腹地理解吴成在太医院被排挤的窘境。吴成非常感动，他还乘机提出让甄太医允许他另娶一妾为自己传宗接代，因为甄依柳因为上次的早产失去了生育能力，吴成不想断了后。甄太医目前需要吴成为自己卖命，于是忍气吞声地答应了他的请求。
吴成带着小甄到了谯郡，以官方督办的钦差身份与县令接洽。吴成此次觉得自己是衣锦还乡，于是在县令面前趾高气扬。县令不卑不亢，对吴成背信弃义和忘恩负义十分的鄙视。华佗此时正在用猪试验麻药的功效，胡半仙突然来告知他吴成竟然跑到县衙面前向县令提亲，想要迎娶明心。
华佗急匆匆地赶到县衙，吴成正厚颜无耻地说自己是来兑现诺言的。因为之前县令说等他功成名就之时就可以迎娶明心，如今他觉得时机已到。县令和明心对他这种无耻的行径非常的气愤。华佗赶到，斥责吴成，吴成怀恨悻悻而走。
第26集剧情介绍：吴成采办以次充好
曹操头疼难忍，贾太医亲自为他医治开了药方。写好方子后贾太医让人去煎药，但曹操制止了他，而让下人把药方拿到太医院审核。贾太医回去后，那些叛曹的人赶紧问他往曹操药方做手脚是否成功。贾太医无奈的告诉他们，曹操生性多疑，竟然将下方、拿药、煎药、送药分别交给不同的人去办，如此很难做手脚。
吴成因为谯郡差收药官，于是主动向县令推荐由小甄担任。但县令却告诉他曹操亲自任命了华佗为收药官。华佗本不愿插手此事，但明心不喜欢吴成那种得意的样子，于是劝华佗接下此任。吴成得知华佗要去祭拜惠娘，于是故意早他一步到了惠娘坟前。他知道华佗在身后，于是故意装出一付顾全大局而又不被人理解的委屈的样子。华佗以为他是真的痛改前非，决定再相信他一次。
华佗作为收药官对所有的药商进行了甄选，最后定下药商的名单，并上报给县令。等他从县衙出来，华胜告诉华佗，虽然自己的药品没能入选，但他还是要告诉华佗真相，原来那些入选的药商根本没有那么多的货源，而是互相拆借后欺骗华佗。华佗大吃一惊，赶紧到药商那里去核实。果然发现以牛二为首的药商以次充好，幸亏发现及时，不然酿成大祸。
牛二带着一箱银子找吴成请他高抬贵手，吴成以公事公办的口气让牛二去找华佗，因为他才是收药官。其实是因为他根本看不上那一箱银子，觉得太少。牛二不甘心地离开又去找华佗。华佗拒收他送的银子，但答应他晚上的宴请，牛二非常高兴。哪知晚上的时候华佗将众多的乡邻一起请到酒楼，说这些人都是自己的朋友，结果让牛二狠狠地破费。牛二怀恨在心。
牛二带着一帮药商到县衙门口闹事，说华佗徇私录用堂弟华胜的药物。其实华佗在验收华胜的药物时，确实看到他的药成色和品相都十分合格。原来这是吴成的主意，他故意让药商们把药品放到华胜药铺，等华佗验收后，他们又集体回去把华胜药铺的好药搬走，等牛二带着华佗来验证时当然验到的全是华胜铺子里的差药。华佗吃了哑巴亏，提出当场辞职。于是在吴成的建议下由胡半仙接任了验药官。
胡半仙欣喜若狂。牛二拿着大量的银子行贿吴成和胡半仙，胡半仙看到银子眼冒绿光。吴成又提出这些是小钱，问胡半仙想不想挣大钱。胡半仙素来贪财，哪有不挣的道理，忙不迭的答应了下来。吴成和小甄把他带到山上的一个小屋里，屋里堆放的全是次药。胡半仙不解，于是小甄告诉他，他们准备用低买高卖的形式把这些次药混入贡药，然后借机大赚一笔，现在只需要胡半仙在验药时做做手脚。谁知胡半仙良知未泯，觉得药品关乎人命，不答应参与此事。
因为胡半仙得知了吴成的计划，吴成决定除掉胡半仙。晚上，胡半仙在卧室酣睡，一条毒蛇从门缝爬了进来，一直朝胡半仙的床边爬去，然后对准了胡半仙裸在外面的小腿张开了口。
第27集剧情介绍：吴成害死华佗之父
胡半仙的惨叫声惊动了华佗，等他出来看时就见胡半仙被毒蛇咬伤。华佗用嘴帮他吸出了蛇毒。胡半仙获救后，拿着蛇偷偷去找吴成。胡父觉得毒蛇出现的太诡异，于是借口要出去采药，偷偷地跟在胡半仙身后，最后看到胡半仙气愤地从吴成房里出来。正疑惑间忽见吴成随后出门，于是华父又跟在了吴成的身后。
因为第二天是验药日，胡半仙为了躲避故意砸伤自己的脚在家休息。华佗于是代替胡半仙帮着验药。他请县令帮忙去找华父，因为他昨晚出去采药后到现在也没回来，实在是放心不下。吴成听到这些神色十分异常。这时大帮的药商来到县衙，吵闹着要吴成退回他们行贿给吴成的钱，因为吴成并没有帮他们办成事。华佗念及师兄弟一场，不愿看到吴成如此窘迫，于是自己出面帮他说情，让他把受贿的钱退出后了事。最后华佗验收完药签字后，吴成就带药回去了。
这时，有衙役来报华父采药坠亡。华佗非常震惊，想到华父晚上采药离开时行色匆匆，他对华父的死非常怀疑，委托县令帮他调查。华父的去世对华佗打击沉重，几天来他一蹶不振，不吃不喝，医馆徒弟和下人也纷纷离开。明心劝华佗如果真要孝顺华父就要振兴医馆，以此方式让华父省心。明心的话深深触动华佗，他开始打起精神。
吴成将药物运回存放仓库时，因为药品里有好药和次药两种，吴成交代属下将药品按先左后右的顺序放置。哪知属下一眨眼的功夫就忘了，记错了顺序，按照先右后左的顺序放置到仓库里，将本应放在里面的次药放在了靠外面的位置。吴成回到家里，为华父立下灵位拜祭。他内心尚存的一点良知让他感到还是丝丝的愧疚。原来当晚他和小甄上山分贡药和次药时，跟踪而来的华父发现并质问他。他和华父争执时华父失足掉落悬崖，吴成一把抓住华父，但因华父刚正不阿致死都不愿放弃告发他，于是他松开了抓住华父的手致使华父坠崖而亡。
贾太医为曹操治疗头疾，让潜伏在曹府多日的天来为曹操端药。曹操端起药碗喝药时，天来因为年幼胆小，手抖的厉害，最后被曹操看出异样。正危急时曹操突然吐血倒地。贾太医以为得手，就让天来离开，自己将此消息去告诉众反曹的人。哪知曹操根本无事，贾太医他们突然遭曹军屠杀，连天来也被曹军四处追杀。
第28集剧情介绍：华佗查出库房假药
曹操因为自己差一点再次被毒药所害心有余悸，他觉得自己没有信赖之人，因为贾太医是太医院的人，曹操连太医院也不再相信。于是曹操将华佗从谯郡请来，让他调查此次中毒事件。华佗来后很不愿意插手官场争斗，但曹操告诉他这碗药是天来端给自己的，也许华佗调查此案时可以找到天来。华佗很震惊，为了天来答应下来。
华佗在查案时发现贾太医的药多了一味中药附子，附子本没有毒，可与贾太医开的药方里的麻黄这味药在一起就会产生剧毒。华佗百思不得其解，不知道这味药是什么时候怎么加进去的。结果曹操却通过分析知道问题出在送药环节，于是他注意到药壶里有机关。只是他喝了毒药为什么没有死，却让他们不能理解。不但他们不解，甄太医和吴成也非常不解。于是他们同时怀疑到药库的药
品。
华佗到药房查看药品，吴成急忙赶来制止。华佗最终查出问题出在药品上，因为贾太医用了次药，药性不强，所以曹操才捡回性命。但曹操却要彻查此事，将与采办贡药的相关人等全部抓起来。华佗想独自揽下此事，但曹操却将吴成和小甄、县令和华胜都抓了起来。
甄太医深懂曹操心事，他不怕贪官，却痛恨反贼。于是他故意将所有过错都揽到自己身上，将自己贪污的过错夸大表达自己的忠心。曹操之子曹丕揣摩到曹操的心思，没有追究甄太医贪污的过错，答应放了吴成和小甄。胡半仙拿着吴成与牛二的账本让吴成救出县令，不然就把他和牛二勾结的账本交出去。哪知吴成根本不予理睬，似乎不怕账本。
胡半仙将账本交给华佗，华佗到牢里问过华胜才知道原来贡药之事竟然是华胜在里面做了手脚，他因为欠赌债被吴成买通。如果华佗拿出账本就害了华胜，如果不拿出来又救不出县令。华佗非常纠结。谁知曹操在审案时，县令拿出账本承担下一切过错。县令被判次日处决。
明心走投无路决定找吴成说情。吴成对明心言语一番羞辱，明心为了父亲忍辱负重，暂时忍下吴成的奚落。哪知吴成最后无耻地提出让明心陪他一晚。明心震惊了。
第29集剧情介绍：吴成无耻占有明心
吴成无耻地占有了明心，明心让他信守诺言明日救出父亲。吴成却嘲笑明心痴心妄想，他告诉明心自己跟她在一起一直是想报复她，他根本没有喜欢过她，他只是想看到她被抛弃后痛苦的样子。明心很震惊。接着吴成又告诉她一个让她更吃惊的消息，原来之前甄太医偷偷地到牢中警告过县令，让他认下所有的罪过，不然就会伤害明心的性命。甄太医还告诉县令，曹丕是自己背后的大人物，县令是斗不过他们的。所以县令为了明心才在曹操面前认下了所有的罪。吴成言语中对明心充满了鄙视和厌恶，称明心就是个不祥之人，是她害了惠娘，害了华佗还害了她爹。明心得知所有的真相心如刀绞，自己白白失了清白之身却没有一点意义。悲恸之下吴成所言的她是个不详之人一直如魔咒般萦绕在她耳边。
次日，华佗和明心等人赶到刑场。华佗请执行官夏候勇念在同乡份上让他们送行县令。县令告诉他们早在当年他投降董军时曹操就起了杀心，这次不过是找个借口，不是曹操不明真相，而是借机杀他而已。他还告诉明心当年不是华佗害死的奶奶，自己一直不愿意解释是因为怕明心和华佗重归于好。时至今日，他说出真相是想把明心拜托给华佗照顾，那样自己才能安心上路。明心不能接受这个现实，一心求死要跟随父亲而去，县令和华佗苦苦相劝后明心才放弃了死的念头。
县令被处决后，华佗、胡半仙、明心、喜莲四个人回到华家的医馆，华佗让他们从此就在此住下来。明心因父亲死后终日以泪洗面眼疾越发的严重。最终她在坟前祭拜父亲时眼睛突然失明。华佗经检查发现明心眼睛治愈的可能非常小，明心心里很清楚自己的病情，她觉得配不上华佗这样的好男人，为了不连累华佗，她狠心说出一些绝情的话想让华佗讨厌自己离开自己。可华佗却下了决心从此对明心不离不弃。
华佗给明心做了一支拐杖，让她慢慢适应失明后的生活。考虑到明心现在的情况，为了更好地照顾她，华佗决定向明心表白，想给她一个安定的家。当他正鼓起勇气准备当面向明心表白时，明心突然恶心欲吐。华佗赶紧为她号脉检查，但结果让华佗大吃一惊。
第30集剧情介绍：华佗阻止明心堕胎
华佗为明心号完脉后不敢相信，他一言不发地冲出房间。众人不知所以，胡半仙追出去也问不出来，于是胡半仙亲自为明心号脉，竟然是喜脉。所有的人都震惊了。华佗痛苦不堪，明心更是羞愧难当。明心要华佗帮自己除掉这个吴成留给自己的孽种，因为这个孩子的存在无时无刻不在提醒自己受的屈辱，可华佗却觉得孩子是无辜的，他不会帮明心打胎。明心痛哭着跑回县衙，她捶打着肚子想自己打掉孩子。胡半仙看她坚持已见，于是决定帮她。
明心将打胎药端到手里，正要喝时，华佗突然赶到打翻她手里的药碗，并告诉她自己明天就会让八抬大轿来娶她，不仅娶她还要娶她肚子里的孩子。明心虽然深爱华佗，可她不想让华佗受这种委屈和屈辱。不管华佗怎么表明自己对她的决心，明心始终不能坦然地接受华佗。华佗见明心心意已决，于是把自己配制的药方交给胡半仙，让他照料明心安心养胎，自己将寻访名医找到为明心治眼疾的方法。
华佗背着简单的行李踏上了寻访名医的道路。刚出城就碰到一个衣衫褴褛的人踉跄几步突然晕倒在地。华佗检查他有中毒症状，救醒他后他惊恐的喊着让吴太医不要杀他。等他看清眼前不是吴太医时，就向华佗娓娓道出他的经历。原来他本是一个逃到京城的难民，被吴太医救治后藏在一个山洞，并将他捆绑起来，每日里不是给他喝药，就是在他身上针灸。后来甄依柳发现了吴成用活人试验麻沸散，于是放走了这个难民，但让他不要告发吴成。华佗听说了吴成惨绝人寰的行为，给了难民一些钱和药，让他解毒和谋生。华佗找到吴成，让他不要再做这种用活人做试验的伤天害理的事情，他可以把麻沸散的配方给他。甄太医偷听到他们的谈话将吴成又责骂一通。
华佗继续寻访名医，在一个山林华佗失足从桥上掉落。等他醒来，发现自己在一个世外桃源，救他的是一个白发白须仙风道骨的老人，还有一个古灵精怪的叫灵儿的小姑娘。老人看出华佗脾气桀骜心有怨气，于是故意为难他让他磨一磨心智，改一改脾性。灵儿却处处帮助华佗，责怪爷爷对他过于苛刻。没想到华佗很有悟性，体会了老人的用意。老人对华佗很是满意。
第31集剧情介绍：华佗下山巧救天来
老人把华佗带到他的藏书室，里面有很多医书孤本，华佗如获至宝，如饥似渴地阅读。如此数月过后，华佗惦记明心，估计她的孩子已出生。华佗写信给明心时正碰到她的孩子出生，明心生了一个男孩，起名沸儿。
华佗和灵儿在郊外采药时，灵儿告诉华佗自己是老人捡回来的孤儿，家人抛弃时除了留给她一个晶莹剔透的手镯什么信息也没有。正说话间附近有猎户射中一只老虎，灵儿看老虎是一只刚生产的母虎，于是求猎户放了老虎。猎户却因为母亲风湿需要虎骨必须杀了老虎，华佗于是主动提出帮猎户母亲治病，让他放了老虎。通过给猎户母亲治病，华佗告诉猎户他母亲的病一些是因为病痛，更多的是因为孤独，希望他多陪陪母亲。老人很赞成华佗治病又治心的做法。
华佗通过观察，注意到动物常常活动精力充沛，想到如果人经常运动一定也会强身健体。于是华佗根据动物的形态研究创造出了模仿动物形态的体操，起名为五禽戏，用来模仿锻炼强身健体。几番寒暑过后，华佗的医术、心态和心境都有了很大的提高。老人甚是满意。
一日明心和喜莲带着沸儿上街，结果喜莲看到了吴成，几个人赶紧往回走。吴成是回来祭拜惠娘的。结果牛二为了留下讨好吴成，主动告诉他明心有个儿子，但明心并没有成亲，所以不知道孩子到底是不是华佗的。吴成心中生疑，想到明心家里去看她和孩子。尽管胡半仙和喜莲百般阻挠，但吴成还是冲进院子，看到了失明的明心。吴成很吃惊明心的样子，还想再看看孩子时，突然下人来催他回去给曹操看病。曹操头疾越来越严重，太医院里的太医根本束手无策。
华佗此时在山中已准备下山给周瑜看病，想借看病之机劝周瑜不要杀戮，多拯救苍生。灵儿舍不得离开，但老人劝她跟华佗一起下山历练。为了让灵儿放心，老人故意称自己如果不是因为要照顾灵儿早就云游四海了，但背着灵儿他偷偷告诉华佗皆因自己已算到不久要离开人世，所以才将灵儿托付给他。临走他告诉华佗只有心系苍生才为大医。华佗将此教诲铭记于心。
华佗与灵儿刚下山，路途就遇到夏候勇正在追杀一个人。华佗心生怜悯，救下此人并为他包扎好伤口。此人激动地看着华佗泪如雨下，喊出了华叔。原来他竟然是四处颠沛流离的天来。华佗心疼不已，让他从此跟着自己不要流浪。
第32集剧情介绍：华佗入疫村治瘟疫
华佗为周瑜医治失眠彼有奇效，周瑜非常满意，因为他广招名医都没有医治好，华佗手到病除让他免除了多日来失眠的痛苦。这时有属下来报，称曹操军营中出现瘟疫，曹操十分的头痛。周瑜却觉得这是难得的出兵灭曹的时机。华佗乘机让周瑜放弃杀戮，称只有这样才会心平气和，也才不会再失眠。但周瑜否定了他的建议。
曹操营帐之内是人心惶惶，眼看大敌当前军营却生瘟疫，如此必将不战而败。曹操质问吴成，吴成诚惶诚恐地回答若要治愈最少要半个月之久，曹操大怒。于是吴成建议将患病的将士尸体丢入江中，让他们随江而下流入东吴，将瘟疫带进东吴。曹操对吴成生为医者却生出如会危害更多人性命的念头侧目。但为了战事曹操还是接受了吴成的建议。
华佗为周瑜治疗失眠后提出要前往曹营救治受瘟疫感染的将士，因为在他眼里只有病患，没有敌我。周瑜非常生气，此时有属下来报，临江边的村民受瘟疫感染。华佗自愿到村子里去治疗瘟疫，周瑜却不想村民将瘟疫带入军营，想封闭村子，情况不对时就焚烧了整个村子。既便如此，华佗还是准备前往村落，灵儿也不顾华佗的阻止坚持跟他去了村子。周瑜手下大将奉周瑜命令，给华佗三天时间，三天之后会屠村。华佗义无反顾地进到村子。
有些村民十分的恐慌，开始往村外逃窜，结果被守在村外的官兵用箭射死。其他村民绝望之时得知华佗是专门来医治瘟疫的大夫重又燃起生的希望。这时有村民发现江边漂流过来的尸体。经辨认是曹军士兵的尸体，灵儿建议大家将曹军的尸体全部烧掉，防止尸体往下流污染下游的村落。结果在处理尸体时，村里的刘奶奶发现了孙子大宝的尸体，哭的死去活来。灵儿去刘奶奶家照顾她时，刘奶奶认出她手上独特的手镯。原来灵儿的母亲是个大家闺秀，当年与一个军官私奔有了灵儿后因未婚先孕后遭到家族的排挤，最后因为身体羸弱生病去世，那个军官刘奶奶也不知姓名，只知道他擅长丹青。灵儿没有问到父母的下落，很失望。
天来听说华佗在瘟疫村有可能被烧村，着急的赶紧过去帮忙。守村将军托天来带话给华佗，可以在晚上偷偷放他出村，但村民们却要被烧死。天来知道华佗的秉性，一口回绝了将军。哪知华佗却提出自己愿意出村，他要利用将军的士兵搬运草药，表面用来烧村，实际是将草药点燃烟醺去除瘟疫。此举既除了瘟疫又保全了全村村民的性命。周瑜非常高兴要给华佗赏赐，华佗什么也不要，只提出准许他过江。但周瑜却不允许，因为他知道华佗会去曹营救那些得瘟疫的曹兵。于是他便将华佗软禁起来。
曹操得知华佗三日内便帮江东除了瘟疫，对吴成一干人等非常生气。吴成得知华佗又一次抢了他的风头，吃惊又不甘。此时华佗因为被软禁，便在住处教下人们一些五禽戏。周瑜过来看到后十分不解，但听华佗说可以强身分体，便吩咐下人们好好学习。
第33集剧情介绍：明心终盼得华佗归
周瑜的士兵见华佗带着一帮下人在练五禽戏，并将他们带到户外练习，于是准备向周瑜禀报，谁知此时周瑜正在议事，属下只得等在旁边。等周瑜议完事听了属下的汇报大发雷霆，赶紧派人追赶。此时华佗果然带着灵儿和天来逃跑，华佗准备渡江去曹营中治疗瘟疫。哪知天来突然打晕华佗并将他捆了起来。华佗苏醒后天来跪在他面前，他希望华佗原谅他的不得已行为，因为曹操与他有不共戴天之仇，自己又没有能力杀曹操，所以他不希望华佗去给曹营的官兵治病，哪怕将来曹操死后自己以命抵那些无辜官兵的性命。华佗说服不了天来急的正不知如何是好时，走散了的灵儿这时找到华佗和天来藏身的山洞，灵儿也支持华佗的观念，于是三人剧烈争执起来。争吵声惊动了正在树林巡逻的夏候勇，夏候勇看到天来正要杀他，华佗拼命救下天来。东吴的追兵也已赶来，夏候勇想带着华佗撤离。在与东吴追兵争斗间，天来和灵儿失足跌下山坡，夏候勇拼命救出了华佗。
华佗到了曹营，面对曹操还是他的那一番劝曹操不要杀戮的言辞。曹操为了治疗瘟疫让军营的太医们都到了议事大厅，结果华佗很直接的让吴成出去，自己不愿与他为伍，因为像他那种让病尸随江而下感染更多人的行为不仅没有医德连人性都没有了。吴成气的火冒三丈，无奈华佗坚持曹操支持，吴成只得悻悻而走。
曹营得瘟疫的官兵得到华佗的医治很快转危为安，众将士对华佗感恩戴德。这一次前方打仗受伤的士兵因重伤在华佗面前眼睁睁地死掉，再加上吴成的冷嘲热讽，华佗意识到自己改变不了时局，不能阻止杀戮，做不了苍生大医，内心非常失落。因为曹营里瘟疫已治好，华佗想离开曹营，曹操苦劝后称曹营中还有一人生病，所以他不能离开。
华佗在给病人刘二宝医治时，发现刘二宝其实没有病，原来他就是东吴刘奶奶的二儿子。他因大哥得瘟疫而死，家中老母无人奉养，所以才让华佗帮他装病想避开战争。吴成得知这个消息后向曹操告密，曹操对刘二宝临阵脱逃扰乱军心的行为大怒，他对刘二宝进行了严惩。华佗已对曹操彻底失望，于是离开了曹操准备回到家乡。
华佗回到家乡，看到了阔别已久的明心，明心面对华佗更是百感交集，两人泪如雨下。华佗见沸儿老是被别人欺负，于是教他学五禽戏强身健体。天来和灵儿准备回谯郡找华佗，两人走到城门口被守城侍卫追杀。他们最后跳入潭中才逃脱出来。
第34集剧情介绍：华佗宣布迎娶明心
灵儿和天来从潭中爬上来后，灵儿受寒冻的浑身发抖。天来生了火后看灵儿瑟瑟发抖昏迷不醒的样子，急的没有办法后脱了外衣将灵儿抱在怀里。一夜过后，灵儿终于醒了过来。天来按照灵儿的描述给灵儿找来草药，将灵儿救了过来。
吴成这一日乘轿路过谯郡，顽皮的沸儿不小心用弹弓打到吴成的手下，手下与沸儿正拉扯时惊动了轿里的吴成和正在寻找孩子的明心。吴成注意到这个孩子，缠着明心问沸儿是谁的孩子。明心拉着沸儿快速离开。吴成不死心，又向胡半仙打听，胡半仙已改过去贪财没有原则的性子，他拒绝了吴成的银子和拒绝回答沸儿的身世。哪知隔天吴成又来看明心和沸儿，他拉着明心咬定沸儿是自己的骨肉，不停地纠缠明心，明心吓的赶紧离开。
一日天来拉着灵儿躲过追兵，逃脱到集市上，结果遇到正带着明心和沸儿的华佗。华佗原谅了天来过去的事，叔侄俩冰释前嫌。天来和灵儿的到来起初让这个大家庭非常的热闹，但灵儿不拘小节地与华佗亲近让喜莲很不高兴。她觉得明心与华佗好不容易苦尽甘来，眼看就要修成正果，灵儿的突然到来不免让华佗与明心会心生出嫌隙。胡半仙看出了天来对灵儿有意，于是劝天来勇敢表达自己的心意。
吴成离开谯郡时又一次来到华府纠缠明心，华佗为保护明心和沸儿，在吴成硬说沸儿是自己孩子时，华佗站出来宣布沸儿是自己的孩子，并当着众乡亲的面故意说自己当年不负责任抛下明心母子，现在他要承担责任娶了明心。众乡亲看到这一对苦命鸳鸯终成眷属，都齐心祝福。吴成悻悻而走。
灵儿心中早就对华佗暗生情愫，看到华佗与明心两情相悦的样子，伤心地跑了出去。天来看灵儿跑出去追了上去，勇敢地向灵儿表达了自己对她的情意，灵儿却告诉他自己有喜欢的人了，是华佗。
第35集剧情介绍：吴成骗天来做卧底
天来得知灵儿的心上人是华佗后伤心难过的以酒消愁。结果喝的酩酊大醉，在街上遇到了正准备连夜赶回京城的吴成。吴成连哄带骗地把天来带上马车，想把他交给曹操加官进爵。华佗正和明心等人喜气洋洋地准备明天的婚礼，胡半仙急忙赶到告诉华佗，天来被吴成带上马车往京城驶去。众人分析以吴成的人性绝对是要拿天来换得自己的仕途。华佗放下婚礼的事，赶紧往京城赶去救天来。
吴成假说要帮天来刺杀曹操，将天来藏在密室。暗地里他去向曹操举报天来，哪知曹操外出。于是吴成为安定天来，故意怂恿挑拨天来说华佗夺走了他们两个人心爱的女人，谁知天来根本不理会吴成的挑拨，在他心里华佗就如同父亲一般。吴成回到甄府甄依柳为他到谯郡认孩子的事又吵又闹，还搬出哥哥甄太医为她主持公道。甄太医将吴成骂的狗血喷头，称不可能让他带个野种回来继承自己的家产。吴成见甄太医对自己这个入赘妹夫鄙视和不屑，心中十分不满且怀恨在心。在他准备去举报天来时，他突然又起了其它的念头。
他先哄得甄依柳高兴，然后乘机将化名为吕仇的天来让甄依柳推荐给甄太医，因为天来本身就有一些医学基础，加上甄依柳的推荐，甄太医收留了他。吴成之前私下跟天来商议，哄骗他说让他在甄太医处卧底，说甄太医贵为医丞接触曹操的机会比较多，将来要报仇有的是机会。于是天来爽快地答应了下来。他果然不负重望，在甄太医考核时对答如流，很快获得甄太医的重视。甄太医还承诺如果天来将来足够优秀，自己还会推荐他给曹操。天来心中暗喜。华佗和灵儿到甄府找吴成，让他交出天来。但吴成一口咬定自己根本没有见过天来，华佗没有证据只得作罢。他和灵儿决定在京城暂时安顿下来，支个摊位看病问诊，慢慢寻找天来。
一日华佗在街市遇到官兵给难民施粥，但粥里米粒太少，难民们根本就不能裹腹。华佗看施粥的官员像是有头疾，于是心生一计。他赶紧走在官员前面，吸引他到自己的医摊看病。然后华佗一番神乎其神地忽悠，又亦真亦假地开出了真的药方，然后让他去找集市卖胡瓜的人那里买瓜，并将胡瓜的疗效渲染的包治百病。最后附近的达官贵人们闻讯纷纷去那里买瓜。卖瓜人对华佗感激不尽。
吴成在太医院里的病人越来越少，才得知很多人都直接去了门口华佗的药摊面前看病了。吴成气急败坏，偷偷地观察华佗。一日为百姓施粥的方大人来华佗摊前看病，华佗以为他和贪污的那些官员是一伙的，所以提出了很高的诊金。方大人为官清廉，付不起诊金，气的起身而走。结果把钱袋落下。华佗拾起钱袋追了上去。
第36集剧情介绍：华佗试药误送性命
华佗追上方大人，正听到他和下人说话。下人让他不如做些手脚贪一些钱财做为诊金，结果遭到方大人严厉的呵斥。华佗才知道误会了方大人这位清官，于是主动为他看病。吴成通过观察发现，华佗与瓜农互相勾结，故意抬高诊金，骗的达官贵人们纷纷抢购胡瓜。而后瓜农将多卖的瓜钱交给华佗。吴成为此状告到曹操面前，原想让曹操以行骗之罪处罚华佗，哪知曹操却从达官贵人们能高价购买胡瓜看出这些人贪赃枉法。吴成没想到事情发展成这样，有些意外。而华佗却将这些额外得到的钱全部用来施粥。曹操对华佗这种虽然烂却有效的法子非常赞赏，有彼对其脾性的意思。
华佗又亲自试药，试验前他吩咐灵儿一旦他有事及时帮他找大夫。结果华佗试了药后就头晕眼花，他感到自己不行了，于是赶紧写下遗书。曹操的小儿子曹冲病重，太医院久治不愈，于是曹操让人去请华佗。哪知去的人很快回复回来说华佗去世了。曹操非常难过，想到与华佗的交往，觉得华佗是一位难得的挚友，不禁潸然泪下，曹操决定亲自去祭拜他。他让曹丕安排由吴成为曹冲治病。曹丕却暗暗交待吴成治疗曹冲时只可治标不能治本。吴成惊呆了。
吴成将曹丕的指令告诉了甄太医，他们分析曹操年事已高将来会传位给谁。此时他们都惶恐怕站错了队将来祸及自身。于是甄太医见吴成站到曹丕队伍时，甄太医就选择了站在曹冲那支队伍，将来不管谁嬴到最后，他们都可以实现双赢。此时华佗的死讯传到谯郡，明心悲痛欲绝，带着喜莲等人赶到京城来祭拜他。
明心听了喜莲读的华佗的最后的遗嘱，得知华佗为试药拿自己的性命做赌注，信中又最不放心明心，字字句句字里行间无不表露出对明心的关心和放心不下。华佗的深情让明心更是哭的泣不成声。这时吴成假惺惺地来祭拜华佗，可眼睛却直勾勾地看着沸儿，他认定沸儿是他的孩子，硬是要将沸儿抢走。喜莲等人阻止了他，还要赶他出去。明心让他在华佗灵前说句实话，天来到底在哪里，可既便这样，吴成还是昧着良心说自己不知道。
这时甄依柳寻吴成过来，对明心和沸儿一番羞辱不说，还踢着华佗的棺木恶毒的咒骂。沸儿看不惯甄依柳对母亲的无礼，上前替明心抱不平，甄依柳动手想打沸儿，吴成一掌一耳光打向甄依柳。甄依柳像泼妇一样准备大闹，这时曹操突然进来祭拜华佗，吴成赶紧带着甄依柳仓皇而走。曹操拜完华佗准备离开时，突然发现一旁的灵儿。曹操盯着她欲言又止，这时下人来报曹冲病情反复，曹操这才匆匆离去。
吴成宴请胡半仙，在他巧舌如簧地劝说下，胡半仙考虑到华佗已死，明心母子的确无依无靠，再加上吴成赌咒发誓，胡半仙真的相信他会痛改前非，于是告诉了吴成沸儿的身世，沸儿果真是吴成的亲生儿子。吴成激动的跪地拜天。回到家吴成极力地讨好劝说甄依柳，哪知她死活都不松口。
第37集剧情介绍：甄太医中计被刺死
吴成让胡半仙把沸儿带过来，他给沸儿买了一些吃的玩的，讨好地哄沸儿开心，并告诉沸儿自己是他亲爹。沸儿看着胡半仙，胡半仙点头确认了吴成的话。沸儿小心翼翼地伸出手想接过吴成手里的玩具，却不料甄依柳突然冲出来，对着吴成一顿痛骂，还推搡着沸儿。吴成气不过打了甄依柳一耳光，她便不依不饶，闹的惊动了甄太医。甄太医又将吴成呵斥一通，还威胁要将他赶出太医院。吴成不想好不容易得到的一切化为泡影，他再次选择了仕途和富贵。沸儿失望地跟着胡半仙离开了。孩子那无辜可怜的眼神深深地刺痛了吴成的心。
灵儿和明心跪守在华佗灵前，灵儿告诉明心自己自天来失踪以来对天来的牵肠挂肚，她才意识到自己对天来的感情就是爱。这时胡半仙拉着沸儿回来了。众人突然听到棺材里的响声，以为有鬼，吓的惊恐万分。华佗这时从棺木里爬出来，原来他是服用麻沸散过量出现了假死。华佗搂着明心和沸儿喜极而泣。
曹操听说了华佗死而复生的事非常高兴，亲自上门请他为曹冲看病。曹操不再信任太医院的人，于是华佗提出要让自己的朋友一起亲自为曹冲配药。曹操包下华佗住的驿馆。此时曹丕却给吴成下令，让他想办法迅速医死曹冲。吴成觉得很难下手，但曹丕却给吴成下了死命令。吴成想到华佗那里动手脚，但华佗的驿馆却被重兵把守。
吴成被曹丕逼的走投无路，于是在街上拉着买菜的喜莲，故意危言耸听地告诉他曹丕想要曹冲的命，所以华佗要医治好曹冲的命就会招来杀身之祸，他会对华佗心爱的人动手。喜莲一下子担心起明心的安危，吴成于是故做好人的提出，自己可以做一些治标难治本的药交给喜莲让曹冲服下，然后他再另想他法。另一边，他又安排曹丕的人故意跟踪喜莲，制造一种曹丕真的要向明心动手的假像。喜莲果然上当，从吴成那里取回来他说的那种药，并找机会将药下在胡半仙为曹冲碾制的药里。
甄太医通知天来明天会在丞相府中进行新晋太医的典礼，曹操会亲自参加和主持。天来终于等到这个时机，便霍霍磨刀准备明日刺杀曹操。在典礼上甄太医极力推荐天来，说他过目不忘是难得一见的医学奇才。吴成暗自得意地看着甄太医。曹操要亲自检验天来过目不忘的本事，要交给他一份卷宗让他看后背诵。天来慢慢接近曹操，目露凶光，慢慢将手伸出袖中。曹丕深知吴成的计划，看到时机成熟故意大喊捉拿刺客天来。于是曹兵皆认为甄太医与天来是一伙的，于是将刀剑刺向甄太医。甄太医至死才恍然大悟这都是吴成的计策。曹丕想乘乱杀死天来，但曹操却突然下令不得伤害天来，甚至在天来胁持曹丕时曹操仍然下令不得伤害天来。最后曹操向天来承诺绝不伤害他，放他走，天来才放开曹丕逃走。
此次除掉了甄太医吴成大快人心，曹丕承诺日后保吴成坐上医丞之位。吴成对曹丕感恩戴德。此时曹操将曹丕招去，曹丕还想在父亲面前表功，曹操却一眼看出曹丕是有预谋地安排了这一切。因为他竟然事先在曹操身侧安排了持刀剑的兵士，这让曹操非常生气。曹操把今日在曹操身侧救驾的人，全部捆了起来，交给曹丕让他一一处决。
第38集剧情介绍：华佗成毒曹冲凶手
曹丕知道这些都是自己的死士，但为了在曹操面前表忠心，他还是将这些人一一处死。不久吴成被任命为医丞，昔日的甄府也被改换门庭成了吴府。甄依柳和侄儿小甄见甄太医尸骨未寒就被吴成鸠占鹊巢，恨的咬牙切齿。
吴成这一下可是扬眉吐气了，他理直气壮地去驿馆接沸儿回家，结果甄依柳闻讯又跑来大闹，吴成对她毫不手软地扇了她几耳光，然后告诉她甄太医就是自己害的，他忍气吞声了这么多年现在终于翻身。甄依柳听到这些如雷轰顶。吴成又来抢夺沸儿，华佗这时从屋里出来阻止吴成，哪知沸儿突然说他就要吴成这种威风的爹，他不要华佗。众人都愣住了。
曹冲的病突然加重，华佗给曹冲检查时发现他有中毒的症状。因为曹冲的药都是华佗安排的人经手的，如今他难辞其咎。胡半仙将这个消息告诉众人，喜莲吓的魂不守舍，她没有想到曹冲会中毒。喜莲的表情落在胡半仙眼里，在胡半仙的讯问下喜莲告诉了胡半仙吴成欺骗自己所做的事。喜莲决定承担下所有的一切，只为救得华佗无事，明心有人照顾。胡半仙安慰她不要把事情说出去，一切由他来安排。
华佗在检验曹冲药渣里的药物时，因为药被浸泡很多次，他没有能力检查出来，于是他请来了灵儿。灵儿天生异禀鼻子特别敏锐，她检查出药里果然有其他毒物。曹操看着灵儿的眼神别在深意。
灵儿回到山林，她前些日子救了从曹操那里逃脱出来的天来，并把他藏身在山林里一个小屋里。结果灵儿却发现天来不见了。原来天来无意中看到一些人带着弓箭，灵儿跟在他们身后，天来以为灵儿出卖自己，赶紧逃离。到了晚上才偶然听到白天拿弓箭的人议论白天差一点逮住的梅花鹿被一个女孩故意吓跑的事。天来才知道误会了灵儿，他赶紧回到小屋，激动地把灵儿搂进怀里。灵儿劝天来不要再刺杀曹操，但天来心意已决。灵儿见劝不下他，于是将她入曹府时观察到的曹府的士兵换岗人数、时间以及曹府的房间位置详细地写了下来，她将此交给天来，还是劝他放弃刺曹。天天答应明晚再行动最后一次。
曹操晚上把曹丕召进府里，先是告诉他曹冲中毒但幸得华佗救治，又告诉他自己百年之后会位传给他。曹丕受宠若惊，千恩万谢地离开，走时曹操送给他一个小木盒装的礼物。等曹丕走出房间打开木盒，才发现竟然是一盒药渣。曹丕顿时明白自己所做的一切曹操都知道。曹丕吓出一身冷汗。
曹操突然派人将灵儿请到府上，众人皆不知所以。途中只听到众人议论纷纷，都言曹丕给曹冲下毒，甚至连朝堂之上都这样传言。为平息这些传言，曹操决定拿华佗当替罪羊。于是下令将华佗以投毒害曹冲之名抓了起来。
第39集剧情介绍：喜莲刑场结婚殉情
灵儿被带到曹操面前后，看到曹操正对着一副仕女图黯然神伤，图中的女子与灵儿有几分神似，她手上的五彩手镯与灵儿手上的一模一样。灵儿明白了眼前的这个人就是她的父亲。曹操之前看到灵儿的长相早就生疑，他问灵儿的父母是哪里人，灵儿不想认这个父亲，于是谎称自己的父亲是猎户母亲是绣娘，曹操很失落。
灵儿离开后想到天来说了晚上要来行刺曹操，灵儿知道只要天来杀不了曹操就不会罢手，只有用曹家的血来还债才能平息天来的仇恨。于是灵儿将五彩镯让人交给曹操，曹操看到手镯就明白了一切。灵儿向曹操提出两个要求，一是告诉他曹冲之事与华佗无关，让曹操不要乱杀无辜；二是灵儿提出以自己的命换天来的命，让曹操放过天来。曹操还未反应过来，天来就从窗子里跳进来刺杀曹操，曹操躲闪时灵儿却主动迎上天来的剑，天来一剑刺穿了灵儿的腹部。天来看到误杀了灵儿悲恸欲绝，曹操更是老泪纵横。灵儿最后求曹操和天来恩怨就此了结，让曹操不要杀天来，让天来放下仇恨不要杀曹操。说完这一切灵儿闭上了眼睛。
曹操把天来带到自己的密室，那里骇然有几尊吕家一家的雕像和灵位，在他们面前还是一个是跪着的曹操的雕像。曹操告诉天来当年因为误会失手杀了吕家一家老小的原因，并告诉天来这一直是他最痛苦的心理折磨，这些年他每次想到这件事都夜不能寐。当年他四处寻找天来不是为了杀他，而是想好好地保护他，延续吕家最后的血脉。如果不是为了天下苍生，他愿意以命抵命。他更是主动邀请天来到他的队伍做监斩官，时时提醒他昔日犯下的过错。
喜莲看到明心因华佗被抓走哭的死去活来的样子，于是下了决心要去找曹操承担过错。胡半仙劝阻了喜莲，他主动到曹操面前承认自己是因为嫉妒华佗的才华才故意陷害华佗。曹操知道胡半仙说的都是托辞，但毒害曹冲一事总得有人顶罪堵住悠悠之口。于是曹操准备当众处决胡半仙。
在胡半仙行刑前，明心带着沸儿站在围观的人群中，泪如雨下而又无能为力。刽子手举起刀准备砍向胡半仙时，却被人群中有人叫停。只见喜莲穿着一身红嫁衣，提着一个装酒的篮子，当着众人的面宣布自己要在刑场上与胡半仙举行婚礼。胡半仙想劝阻喜莲，但喜莲却心意已决。喜莲将带来的酒为自己和胡半仙各倒一杯，端给了胡半仙。胡半仙喝下酒后不久就和喜莲一起口吐鲜血，众人惊呼是毒酒。喜莲和胡半仙双双倒地而亡。
曹操厚葬了胡半仙夫妇，但华佗却对两人成了曹家内斗的牺牲品而怨恨曹操。曹操搬出一大套为了百姓苍生只能牺牲胡半仙等人的理论让华佗根本不能接受。华佗失望地离开了。
第40集剧情介绍：小甄道出吴成罪行
天来向华佗辞行，他要去曹操军营当监斩官，看看曹操是不是真如他自己所说是为天下苍生，如果曹操不是如他自己所说，天来说一定会杀了他。此时大战在际，曹操将与关羽对战，华佗见之前一同喝酒的二人将要兵戎相见，他想和天来一起去曹营上战场。明心让他安心去，自己会回谯郡安定生活。
此时小甄突然到访，因为他力量单薄，找吴成复仇一事难上加难。于是想拉拢天来和华佗。天来本不想与小甄有任何来往，但小甄将吴成利用天来害死自己的父亲，然后和曹丕勾结当上医丞的事告诉了天来，天来想到自己就是因为仇恨蒙蔽了双眼才没在发现吴成的阴谋，所以他不想再找吴成报仇。小甄见天来放弃报仇，于是转身想拉拢华佗，华佗不想听他挑拨，但小甄却告诉了他华父死亡的真正原因。华佗没想到吴成会做出这种禽兽不如的事，一时痛苦的不知如何发泄。小甄见华佗也没有报仇的想法，悻悻离开。
吴成这时又来抢沸儿，华佗抓起一把手术刀逼问吴成是不是害死了自己的父亲。吴成巧舌如簧不承认。沸儿见状冲上去拉华佗，让他不要伤害自己的父亲吴成。华佗终究没有下的了手，放了吴成。他不是相信吴成，而是不愿意相信吴成会做出那种遭天遣的事。
大战开始后，百姓因为疾病和饥饿民不聊生。曹操告诉众将百姓如今食不果腹的情形皆因战乱不断，于是在兵粮紧张的情况下，力排众议让将士们将粮食施舍给百姓，并且从他自己和众将士做起每日只食一餐。天来在军帐中目睹了曹操的所作所为，内心非常震撼。心中对曹操有了新的认识。
夏候勇因为对天来有看法，觉得他每天带剑在曹操身边，终是大患。曹操狠狠地批评了夏候勇。夏候勇不服，他见军粮紧张，当他打听到有一个村庄为关羽蜀军供粮，于是突袭了村庄，血洗了一半村民抢到了粮食。曹操听说夏候勇屠杀百姓的事后，不顾众将士说情，依军法将夏候勇处斩。
因为华佗随军，明心母子留在谯郡，吴成天天骚扰明心，在明心和沸儿面前做戏装样，想千方百计地将他们母子带到京城。最后他见明心意志坚定，于是说服沸儿跟他回京城。沸儿却坚持明心不走他自己也不会走。
第41集剧情介绍：关羽诈死等来华佗
牛二在集市上斗蛐蛐，牛二的黑头将军所向披靡，沸儿也挤在人群中看热闹，此时有人出价一百锭银子买他的黑头将军。人群沸腾了，黑头将军受了惊吓跳出蛐蛐罐，沸儿不小心正好踩在蛐蛐上，等他把脚拿开，蛐蛐已经死了。牛二讹上沸儿，要明心赔他一百锭银子。正在争执时吴成拿着银子从人群中走了出来，他称沸儿是自己的孩子，自己愿意为他赔偿。明心坚持不要他的钱，将华佗的宅子抵押给了牛二。母子俩搬出华宅，吴成劝他们不如跟自己回京城，但明心拒绝了。
牛二和吴成一起喝酒，牛二一直夸吴成有计谋，帮自己白白得到一个大宅子，而吴成将明心母子逼上绝路，害他们母子流离失所，他想借此机会将儿子夺回。明心带着沸儿住进一个破庙，明心想带着沸儿去找华佗，沸儿却一直是想回到吴成那里，他不顾外面下着大雨冲到外面，明心把他劝回房里。半夜沸儿发起高烧，明心急的没有办法时吴成赶到。吴成劝明心带沸儿跟他一起走，明心明确告诉他今生今世自己也不可能跟他有什么交集，至于孩子等他成人后让他自己选择认不认吴成。
关羽在曹操阵前与曹军对阵时，被曹军的弓箭射中。关羽撤回蜀军后，曹军大将告诉曹操关羽中的是毒箭，曹操虽觉胜之不武，但想到两天后关羽就会毒发身亡，曹军从此失去一个劲敌也未尝不是件好事。华佗听说了关羽中毒的事后找到曹操，提出要去蜀营为关羽医治。曹操告诉他关羽中毒是故意放出的稳定军心的消息，华佗相信了。曹操命人严密监视华佗防他逃到蜀军军营。
关羽派人拿着令牌去曹营救华佗，夏侯勇的弟弟一心为兄弟报仇，主动在曹营中接应他们。他们故意装着劫持华佗，夏侯将军则让其中一人故意装着俘虏，借向曹操汇报的机会杀了曹操。曹操得知夏侯将军来报于是在帐中见他。但曹操见俘虏衣衫整洁，脚上无泥，且捆绑处无淤伤，曹操顿时生疑。等夏侯勇出手时曹操已有防备。夏侯勇刺杀失败后曹操却令人放了他，并对他兄长的死表示遗憾，但为了夏侯家决定还是放他。夏侯将军深感曹操的大义，主动臣服并坦白了蜀军劫持华佗的事。曹操的士兵得信后及时阻止了华佗出营。
关羽此次行动失败，帐下属下献计让关羽诈死，蜀军军营一时到处蒙上了白布，将士们也带着白孝。曹军的探子将此消息上报曹操，曹操虽失了劲敌，但他佩服关羽的大义，心中还是非常的难过。曹操带华佗一起到关羽灵堂前祭拜，华佗提出想在关羽灵堂房设帐，白天看病，晚上替关羽守灵。曹操答应了。
晚上，华佗独自在灵堂外喝酒，想到与关羽的过往，华佗很感伤。突然灵堂的帆布被风吹开，华佗俨然看到了关羽的身影。
第42集剧情介绍：关羽忍痛刮骨疗伤
华佗进到帐中，惊见关羽正襟危坐在帐内。关羽告诉华佗形式危急迫不得已出此下策。华佗见关羽没死喜出望外，于是准备为他做手术。这时关羽手下的将士周仓告诉华佗如果能有他家乡的一味药草千睡草就好了。华佗听闻他说的这味草药千睡草可以起到麻醉的作用非常感兴趣，向周仓打听详情。关羽见华佗一副医痴的样子顿感好笑。关羽让周仓摆好棋盘，让周仓陪自己下棋，而华佗则在一旁为关羽做手术。华佗拿着手术刀为关羽剖开伤口，关羽疼的拿棋子的手都在发抖，而脸上却没有表露出来。
这时属下通报曹操派人来请华佗，称曹操头疾发作。华佗赶紧走出帐外，不让来人发现关羽，然后跟随来人赶紧赶去。周仓担心华佗会出卖关羽，但关羽相信华佗的为人。曹操正在帐中疼的痛不欲生时，华佗及时赶到。华佗告诉曹操此番医治得扎三针，每针间隔一柱香的时间。华佗为曹操扎了第一针后就要匆忙离开，他告诉曹操刚刚他才为一个伤兵切开了伤口，现在他必然回去接着医治。曹操手下大将曹仁觉得华佗轻慢了曹操在些生气，但曹操却应允了。
华佗匆匆赶回去，为关羽继续医治。一柱香时间到后，华佗只得又赶到曹操那里。当华佗再次向曹操提出要去医治伤兵时，多疑的曹操让曹仁跟着去查看。结果当周仓看到帐外情形后，当机立断地用刀划伤了自己的胳膊。当华佗走到帐外时，让曹仁等在帐外，哪知曹仁坚持要进去看看，华佗正为难时，周仓满身是血的从帐里出来，装着生气的样子责怪华佗不该治疗半途而废。曹仁这才相信华佗的话。
华佗最后返回医治好关羽后，关羽感到伤口疼痛立止。关羽怕时间久了让曹操生疑害了华佗，于是起身告辞。周仓想借此机会杀了曹操，但关羽制止了，觉得此时杀曹操只会连累华佗。曹操在帐中时见曹仁若有所思的样子，问他时曹仁突然想起刚刚见到的伤兵面熟，是关羽的属下。于是曹操急忙赶去找华佗，华佗直言刚刚就在帐内为关羽刮骨疗伤。曹操大惊，命曹仁火速追赶。
此时关羽和周仓正往回赶，他们突然发现随行的周光不见了。原来周光不想放弃刺杀曹操的良机，坚持返回要行刺曹操。已混迹到曹操身边的周光突然发难，华佗和天来见状立刻掩护曹操。曹仁及时赶了回来，朝纠缠在一起的天来和周光同时放箭，天来中箭而死。华佗伤心地斥责曹操名为天下苍生，实则连累害死了很多人。曹操下令厚葬天来。关羽单枪匹马地来到曹营，曹操知他心意，命人打开营门并为关羽拿来一件丧服，供他一同祭拜天来。华佗身心疲惫不想再到任何一方的军营，华佗求关羽善等苍生，希望刘备、孙权和曹操三方势力不要为一已私欲害了天下苍生。随后他想寻到麻沸散的最后一味配药后回到谯郡。
吴成将明心和沸儿带回京城，明心不愿意住进吴府。吴府下人向吴成建议给明心一个名份，她才会答应住进来。吴成带着甄依柳，甄依柳受吴成胁迫，跪在明心面前自愿放弃正室，自愿做小，求明心回吴府。甄依柳声泪俱下的痛哭加上沸儿一心想跟吴成在一起，明心答应搬进吴府，但要住离吴成最远的房间，也不愿跟吴成同桌吃饭。
因为甄依柳对沸儿不喜欢，惹得吴成大发雷霆，让她从此后跟下人一起吃饭，不得再上饭桌，甚至有一次一天不给她饭吃。明心将沸儿多带的饭菜给一天没有吃饭的甄依柳，甄依柳还是充满敌意，明心告诉人心最难做到的是宽恕，她从来没有对甄依柳有任何的仇恨。甄依柳感动的热泪盈眶。
第43集剧情介绍：甄依柳被刺瞎双眼
吴成听下人汇报，偷听到甄依柳和明心的谈话，称她们两人已结为姐妹，而且明心还要带着沸儿回谯郡等华佗。吴成勃然大怒，将甄依柳暴打一顿。甄依柳现在活的连个乞丐都不如，哭的死去活来。小甄从丫鬟娟儿口中得知姑姑的惨状，一心想帮姑姑出气为父亲报仇。于是他假装对吴成低声下气，请吴成喝酒。他将吴成灌醉后偷偷地和甄依柳把吴成拖进存药屋，然后想放火烧死吴成。结果明心闻到烟味寻过来听到他们的计谋，劝他们不要因为杀了吴成被官府追杀赔了性命。甄依柳本就念在夫妻一场下不了手，明心一劝她就打算放弃了。
吴成早上醒来发现了手上有木炭的痕迹，心中生疑。甄依柳被怀疑吓的要死，明心帮她解了围。哪知沸儿说漏了嘴，吴成知道了甄依柳和小甄的阴谋，便将甄依柳绑起来用鞭子抽用烙铁烫。明心得知消息带着沸儿赶了过来，沸儿看到吴成烙铁烙甄依柳的恐怖血腥的场面吓的昏了过去。沸儿醒来后心有余悸，明心提出带他逃离时沸儿一口答应了。哪知刚逃到门口就被吴成带人堵住，吴成将沸儿抢了回去将明心关在门外。沸儿现在看到吴成犹如见到恶魔，吴成见他如此吵闹就把他关进地窖。
甄依柳知道了此事求娟儿在吴成饭菜里下药，麻翻吴成后甄依柳偷到地窖的钥匙放出了沸儿。甄依柳将沸儿交到明心手里，让他们快点逃走，明心劝她跟自己一起走，她说要带着娟儿一起走，她还要收拾一些细软。结果她在屋里收拾细软和值钱的东西耽误了时间。家丁发现沸儿不见后，急忙叫醒昏迷不醒的吴成向他汇报。吴成气的把所有的怨气都发泄到甄依柳身上，他拔下甄依柳头上的发簪刺瞎了甄依柳的眼睛。然后将瞎眼的甄依柳赶出家门，甄依柳沦为了乞丐沿街乞讨。
明心在沸儿的带领下，想回到谯郡等华佗。因为华府被牛二霸占，明心只得带着沸儿住到附近的破庙。华佗回到谯郡，得知华府被牛二霸占的原因，又打听到明心母子住在破庙，于是便去寻找他们。明心听到华佗的声音悲喜交加，沸儿却很不高兴住在这么破的地方。华佗正安慰沸儿时，众乡亲感念华佗平时免费给他们看过病送过药，都自发地赶来为他们送来了被子和其它生活必需品。华佗也很感动，请乡亲们帮忙在破庙外搭一间草屋。
第44集剧情介绍：华佗骗牛二夺回华府
华佗在破庙安顿下来后，在院子里种了很多千睡草。吴成三番两次地来骚扰明心母子，沸儿也不满现在清苦的生活，觉得是华佗破坏他们一家三口，造成他们一家三口不能在一起。沸儿对华佗充满敌意。华佗知道吴成来骚扰明心就是对麻沸散的配方不死心。他把最后一味药引子千睡草给了吴成，让他不要再骚扰明心。同时华佗还希望吴成把曼陀罗的剂量告诉他，他希望早一点研究出麻沸散配方。吴成却心存私心，不愿告诉华佗，他要让华佗多走一些弯路自己去琢磨。
谯郡来了很多西域人。他们听说谯郡的药材好特意来收购的。西域人听闻华佗大名，愿意高价聘请华佗帮他们收药鉴别药材好坏。华佗很愿意帮助他们。哪知刚问了一个药店，牛二的人就出来捣乱。他们要强征这些药材。药农们惧怕牛二，不敢跟他说理。华佗勇敢地站出来，公开挑衅牛二，还要上报官府。牛二在吴成的授意下又想出一计。
西域人临走时把买药的银两都交给了华佗。华佗送别他们回来时，突然发现银两都不翼而飞。牛二这时过来了，幸灾乐祸地怂勇药农向华佗要钱，华佗很尴尬，承诺宽限几日他想办法把那些钱还给药农。沸儿看到这些人都来欺负华佗，于是当面告诉大家，是吴成让他把钱藏起来，然后陷害华佗。众人都很诧异，半信半疑地跟着沸儿到了院子里，原来他真的把钱藏在院子里的一个篮子里。
华佗想到一个夺回华府的计谋。他带着沸儿乘牛二在树下打盹时，悄悄地将一只地蜥子放到牛二的裤管处，然后他们就躲在不远处。一会儿地蜥子顺着裤管爬进牛二衣服里，牛二一阵手忙脚乱地找寻后抓到地蜥子并将它踩死。华佗和沸儿假装寻找东西，说他们有三只地蜥子不见了，华佗利用牛二有臆想症的毛病，故意说地蜥子会钻入人的肚子里，让牛二小心一些。这句话让牛二生了心病。他三天没有吃喝，他怕自己吃饭后反而喂大肚子里的地蜥子，于是强忍着饥饿。结果他越发产生臆想，觉得家里到处爬的都是地蜥子。牛二快崩溃了。
牛二由家丁扶着找到华佗，华佗危言耸听地说牛二肚子里的地蜥子是母的，说不定会生子。牛二吓坏了。华佗乘机说只有还回自己的房子才会为他看病。牛二只得把房子还给华佗，华佗装模作样地故意为他诊治，最后叮嘱他只有多做善事才可能逃过劫。
华佗带着明心和沸儿欢天喜地地搬回了华府。
第45集剧情介绍：沸儿误食曼陀罗夭折
明心给华佗做好粥，让沸儿给华佗端去。沸儿对华佗还是没有好感，但不能违背明心的意思，只得不高兴地从厨房往前厅端去。牛二此时正在前厅向华佗诉苦，说他想做善事，但不敢得罪吴成。在华佗的追问下，牛二一咬牙把吴成曾指使他做的坏事都告诉了华佗。他说了逗蛐蛐骗沸儿逼的明心母子流落破庙的事，又说了当年太医院选药时他以次从好害死那么多人的事，还说了西域人买药他从中捣鬼想陷害华佗的事等等。沸儿此时正好走到门口，他才知道原来自己的爹那么坏，对他们母子也下的去手。沸儿扔下端来的粥哭着跑了。
华佗听到动静追了出去。华佗安慰沸儿，沸儿的心渐渐平静下来。此后他不再念叨想跟吴成回京城，而是一心跟着华佗学书法、采草药、学五禽戏。沸儿和华佗的感情越来越深。一日，沸儿好奇地问华佗为什么要给猪扎针，难道他也像爹吴成一样心狠手辣喜欢虐待吗。华佗跟他解释自己是为了提高医术，研究麻沸散医治更多的天下苍生，也医治他母亲的眼睛。沸儿同时也知道了华佗为什么还在他自己身上扎针。沸儿小小的心里对华佗充满敬意。
华佗要研究曼陀罗在人体的剂量。他让沸儿守着他，如果他食用曼陀罗后半个时辰不醒，就让沸儿帮他叫大夫。沸儿看到华佗舍己为人地以身犯险试药，为了让母亲的眼睛早点好起来，他也想帮帮华佗。他悄悄地拿走华佗的曼陀罗果实，躲在郊外试吃。结果华佗发现自己研究的曼陀罗果实丢失后正纳闷时，明心过来告诉他沸儿不见了。他们正准备出去寻找时，有乡邻抱着沸儿回来了。
沸儿嘴唇发黑昏昏欲睡。华佗赶紧检查，发现已经晚了。经询问才得知沸儿看华佗为明心试药也想帮忙，他也偷偷地拿曼陀罗果实试吃。他奄奄一息但是很高兴地告诉明心，经过他试吃发现曼陀罗一点也不苦，让明心放心。明心看到沸儿虽然不懂事但这么孝顺，早已经哭的伤心欲绝。沸儿有气无力地告诉明心自己一直想看十五的花灯，但估计等不到了。华佗马上把沸儿放在板车上推着他到了街上。众乡亲配合地拿着各式花灯模拟着十五那天的灯会，天空中又放着各色烟花。沸儿幸福地看着这一切，满意地闭上了眼睛。明心哭的撕心裂肺。
回到家中，华佗犹豫再三向明心提出想打开沸儿的身体研究药理反应，明心不能接受。华佗陈明大义，明心经过心里斗争最终忍痛答应了。隔天华佗在家里设置了沸儿的灵堂，众乡亲自发地前来吊唁。吴成怒气冲冲地过来指责华佗害死自己的儿子，说这是华佗在向自己报复。明心痛斥他如果不是他的私心不愿告诉华佗曼陀罗的剂量，华佗不会做研究，沸儿也不会误食而死。他才是害死沸儿的元凶。吴成愣住了。接着他又要抢夺沸儿的尸身，说不能让沸儿做孤魂野鬼。牛二此时也站出来阻止吴成，说他如果再胡闹就把他当年以次从好换假药的事告诉众乡亲，看他还能走不走的出谯郡。吴成退却了。华佗拉着明心跪拜在华家列祖列宗面前，说要把沸儿归入华家人里面。吴成愤然地看着这一切。
第46集剧情介绍：华佗研制成麻沸散
华佗在列祖列宗面前祭拜后，拉着明心走到众乡亲面前，让大家作证沸儿从此再与吴成无任何瓜葛，而是他华家的子孙。牛二此时代表众乡亲告诉华佗，因为众人这些年来基本都受过华佗的医治，感念他的恩情，都承认沸儿为华家人。吴成占不到便宜，指着华佗和牛二等人，出言威胁他们日后他一定加倍奉还。吴成怀着满腔的仇恨愤然离去。
吴成和华佗分开后各自独立研究麻沸散。吴成按照华佗以前的配方始终不得要领，他异常恼怒；而华佗亲自试药多次试验终于有所成。他激动地把研究成功的麻沸散交到明心手里，并把这个令人振奋的消息告诉了她。明心也发自内心地替他高兴，她称华佗终于完成了他的心愿。华佗却告诉她自己还有一个心愿，就是把自己的见闻和医术写在青囊中，以后汇集整理成一本书，传给后人，让自己的医术能够广为流传造福更多的天下苍生。明心没有想到华佗有这种更宏大的志愿，她建议此书就起名为《青囊经》。华佗觉得有了《青囊经》、麻沸散和五禽戏，此生足矣。
华佗想用麻沸散给明心做手术。但他心中十分忐忑，他一个人面对华父的灵位诉说心中的担忧和徨恐，他怕万一有个闪失会失去明心。明心听到他的倾诉，拉着华佗到了娘娘庙要与他当着女娲娘娘的面结为夫妇。华佗很激动，怕这样简陋对不起明心。明心告诉他，自己相信他，愿意让他做手术，但为了防万一给自己留下遗憾，所以她想在这之前与华佗成亲。华佗感到明心对自己的情深意重非常感动。两人让娘娘庙的女娲娘娘为证结为百年之好。两人布置了洞房。晚上，红烛摇曳，这一对苦命的鸳鸯终成眷侣。
次日，华佗将麻沸散端给明心喝。明心表现的比华佗还要淡定和勇敢，她要让华佗没有顾虑和担心。手术进行的很成功，明心也从昏睡中醒了过来。华佗告诉她七天后她将重见光明。华佗将研制成功麻沸散的消息告诉了众乡亲，让他们以后有病都可以找他来看。众乡亲感激不尽，有了华佗和他研制的麻沸散真是为大家造了福。
曹操的头痛病发作，疼的死去活来。他让人快马加鞭地赶到谯郡让华佗火速到京城为他医治。华佗称自己妻子手术后尚未痊愈，不会到京城，请曹操见谅。来人只得回去如实禀报。此时吴成暂时缓解了曹操的疼痛，曹操听闻华佗为妻子不来给自己医治倒也能够理解。吴成乘机挑拨离间说华佗将一民妇看的比魏王曹操还要重。结果曹操反夸他一句为表忠心把兄弟都拿来出卖。吴成闻言非常尴尬。
东吴孙权主动向曹操称臣，信使带来的信中还劝曹操取代汉室称帝。曹操当着众人的面称自己今生不会主动称帝。曹操与群臣正商议时事时，头疼再次发作，众臣看到曹操痛不欲生的样子顿时乱作一团。
第47集剧情介绍：华佗被关进死囚牢
因为曹操的头痛此次发作非常厉害，华佗和明心被接到京城。华佗将明心安置在客栈，一个人到丞相府给曹操看病。经华佗仔细检查，他告诉曹操他的头风已侵入骨髓，现在的医治方法是开颅切除病灶。众太医皆惊呼，觉得他大言不惭，存心要害死曹操。华佗平静地告诉曹操，自己已经把麻沸散研制成功，且已经为明心做了手术。曹操命下人试服麻沸散，下人服下后迅速昏迷，无论华佗用发簪怎么刺激他都没有醒来也不会觉得疼。曹丕甚至拔剑斩断下人的手腕他也没有醒来。吴成上前为下人号脉惊呼下人死亡。华佗说那是服药后的正常反应。曹操疑心顿起，他觉得华佗是想借此机会害死自己为关羽报仇。曹丕就盼着曹操早死后自己接位，他早就视华佗为眼中钉。于是他借曹操发怒疑心之机，命人将华佗关进死牢。
吴成到客栈找明心把华佗入监次日要处斩的消息告诉她，他就是要看到明心痛苦着急的样子，那样他才有报复的快感。明心闻言果然心急如焚，她杵着拐杖一路慢慢向大牢寻去，她想去看看华佗。此时华佗正向狱卒说情，他怕自己此次难逃此劫，他请求狱卒将他的手术刀和《青囊经》交给客栈里的明心，他怕自己如果真的死了那本能造福苍生的医书失传。狱卒敬佩华佗为天下苍生的大义，答应了下来。哪知等他去找明心时，明心已外出去寻大牢了。狱卒只得把书带回家。结果他的妻子见他带回来死囚的物品怕招来祸事，一把就将《青囊经》塞到灶里，等狱卒去抢夺时书已烧毁了半部。
曹操此时疼的在床上翻滚，曹丕和吴成在一旁看的干着急。曹操让下人给自己拿酒，想借酒暂时麻醉自己的痛感。曹操在醉酒后一时气愤脱口而出要杀了华佗。曹丕乘机下达命令次日处死华佗。
明心寻了一天好不容易寻到死牢，门口的看守却无论如何也不让她进去探望，说是曹丕专门交待不得探视。明心正无助地哀求时，为华佗传讯的狱卒也找到这里，他把明心拉到一旁，把她带到了华佗牢房的外墙处，让他们能够隔着墙说上话。明心在墙外听到华佗的声音心如刀割，华佗温和地劝她安慰她。两人说了一会儿话后，吴成突然到牢房探视华佗。他告诉华佗，华父是他杀的，连惠娘肚子里的孩子也是他杀的，华佗害死沸儿他却害死了华父和华佗与惠娘的孩子，自己还赚了一条人命。吴成丧心病狂地陈述这些年他做的坏事，害的人命，他就想引起华佗的仇恨，想让他跟自己一样生活在仇恨之中。明心在墙外听到吴成的话，没想到吴成会恶毒至此。吴成说完没有看到华佗气急败坏痛不欲生的样子，华佗反而很超然地告诉他自己不会恨他，只会可怜他同情他，因为他已经众叛亲离，他心中只有仇恨没有爱。反而华佗自己充满对天下苍生的爱，对明心的爱，对自己的亲人朋友兄弟的爱。吴成气的要发疯。华佗最后告诉他，如果明天自己要被处决，希望吴成能放下仇恨重新做人。吴成崩溃了。
第48集剧情介绍：华佗为苍生扬美名
曹操又开始头疼时，下人给他送来茶水，他突然认出端盆的下人正是那天试麻沸散的人，他被曹丕砍断的手腕绑着绷带还在渗血。曹操见他安然无恙才知道错怪了华佗。这时有下人来报说曹冲病危。曹操连忙赶去，曹冲已奄奄一息。曹操命人赶紧传华佗，一旁的吴成告诉曹操华佗已死。曹操大怒，痛斥曹丕乘自己酒后乱言假传命令，下令要将曹丕处决。
小甄作为太医一直站在一旁，此时他突然站出来为曹丕说情，说他都是受了吴成的蒙蔽。他痛斥吴成是个卑鄙的小人。他说吴成把天来暗插在父亲身边，以致害死父亲同时置曹操当时处于危险境地。吴成巧言令色百般狡辩，小甄顿时哑口无言。哪知曹操之前从天来那里已经得知了详情，知道小甄所言非虚，他怒斥吴成要杀了他。吴成走到穷途末路向曹丕求救，曹丕如今自身难保赶忙与吴成撇清关系。吴成被侍卫拖了出去。
此时华佗已被拖至刑场，在路上他遇到了双目失明行乞的甄依柳。华佗为了给她生的希望，谎称自己要陪魏王出征，等他回来帮她治好眼睛。甄依柳顿时燃起新的希望。吴成在被拖到刑场的路上，众太医向路人陈述吴成的罪行，太医们和路人纷纷向吴成投菜叶和杂物，吴成如过街老鼠一般。
刑场上，华佗和吴成这一对冤家相遇，真是事事难料，他们最后竟然还结伴而行。众乡亲自发地到刑场集体跪地向行刑官求情，让他帮华佗说情。狱卒带着明心赶到，在众人的哀求下，监斩官允许华佗为明心拆下眼上的纱布。明心重见光明，但华佗却即将被处斩。两人好不容易盼到的幸福转瞬即逝。这时狱卒跪地向华佗认错，他没有保管好《青囊经》以致只剩半部。华佗坦言，只要心存一颗治病救人之心，这尚存的半部经书足矣。接着华佗曾帮助过的铁匠以及在曹操营中救过的大宝，他们和狱卒一起三人齐刷刷地跪地向华佗表示愿意拜他为师学习他的仁心仁术。华佗甚感欣慰。
而跪在华佗旁边的吴成没有一个人为他送行。这时甄依柳从人群中挤出来，她抱着一坛酒来为吴成送行。她恨吴成，可同时她在名义上还是吴成的妻子。她的仁义之举终于让吴成流下了悔恨的泪水。明心扶持着甄依柳，让她和自己一起好好地活下去。
吴成直到最后一刻才认识到自己的错误，才感慨自己机关算尽坏事做尽得到的一切都成了过眼云烟，到现在自己回到起点一无所有。他希望华佗死后见到惠娘能帮自己说一声对不起。华佗含笑看着吴成，虽然他们都将走到生命终点，但最后一刻吴成能悔过他也觉得善莫大焉。此时，时辰已到行刑官宣布行刑。
曹操在此后的太医甄选时告诫新晋的太医们，医术很重要，医德却更重要，只有心怀天下苍生，将患者看作自己的父母兄弟姐妹或儿女，才会在医治患者时有众生平等之心。众太医受益匪浅。
华佗临刑前收下的几个徒弟果然如他们所言，潜心学医，悬壶济世，造福四方苍生。一日，一医者背着行囊在路上行走，看背影似是过去四处游历行医的华佗。等他回过头来竟然真的是须发皆白的“平生只有两行泪，半为苍生半美人”的华佗！
（全剧终）
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