第1集剧情介绍：海军中校汽车炸弹事件
Torres和Elena在酒吧约会，看见另一个同事，然后就过去打招呼，然后聊了起来。但Silva派来的同事乘Torres不注意时想捅他一刀，并揭穿他的真实身份是美国探员。但是Torres抢过刀反捅了他一刀，他死在了酒吧。
George中校和妻子Lucia开车载着女儿，Lucia心不在焉。车突然失去控制起火了，翻滚到路边Lucia被甩出车外，女儿受了轻伤，但George还被困在车里面。当Lucia想过去救他的时候，车就爆炸了，她随之晕倒了。
Bishop的旅行结束后回到工作岗位，并着手开始了海军中校汽车炸弹案件的调查。Bishop去到国家军区医学中心与海军上校的女儿Amanda谈话了解案件情况，Amanda讲了关于她妈妈Lucia因工作出差回来后的变化。一男的和探员Quinn就海军中校案件找到Roberts上校了解LuciaCampbell少校的工作情况，得知她上周以私人理由请假出差，并对家人说谎，声称因公事出差。随后，队长Gibbs在法医的检测中得知Lucia体内含有红斑寇蛛的毒液，这又引发了为何她一周前要去阿根廷的疑问。
Gibbs和队员分析卧底的时候，怀疑探员NickTorres还活着。为了更近一部了解Torres跟海军中校案件的关系，Gibbs找到Leon询问Torres的信息，Leon怀疑Torres叛变了。而且Torres的姐姐在找完他后，因有人在她车里放置炸弹而发生事故，这支撑了Leon的怀疑。
NCIS调查处查到Torres化名后去到了杜勒斯国际机场。Bishop和Gibbs赶到现场把他逮捕回调查处。在对他的询问中，得知了关于LeoSilva购买拥兵的事情。Torres在化石燃料峰会上拿着装着重要信息的u盘威胁Silva，让他不要伤害他的家人。Torres事后去找回他女友即Silva的女儿，Gibbs和探员Quinn在暗中监听他们的对话。Torres想弄清楚汽车爆炸的具体，但是他女友并不相信他说的话。在Silva打开装有病毒的u盘之后，调查处查到了他的浏览记录，发现他在化石燃料峰会上的目标是要利用他儿子除掉高级法官候选人MonicaFernandez,因为她的能源倾向会冲击他的国际石油生意。
Gibbs,Bishop和Tim在暗中观察和保护Fernandez。不料，Sliver的人在交通路线上下手。当路上车辆塞得水泄不通时，骑着摩托车的David把定时炸弹放到了Fernandez的车上。车门被锁，Gibbs就把Fernandez从车窗救了出来。随后，NCIS调查处逮捕了Silva。Torres还是得到了调查处的徽章，因为Gibbs觉得他是一个优秀的卧底，同时也暗示希望Quinn成为自己得力的探员。
第2集剧情介绍：房东太太为百万油画下毒案件
在派对上，JamesBruno挑衅眼睛男的，眼镜男把他打倒在地。调查处到派对现场调查取证，发现他的唾液里含有毒液，并且，有人发现Bruno提前把一些东西放在储物柜。在近一步的调查中发现，Bruno在他的车里放置了组装炸弹，打算杀掉他所有的高中同学。Bishop和Torres去访问Bruno的在校情况得知，几乎所有人都与他有过节。法医Abby发现凶手往他的尼古丁贴片里参入了氰化物，而他是在派对前20分钟贴上的，所以排除了排队上所有人的动机可能。
McGee（SeanMurray饰）和Bishop继续探访Bruno的住处的房东。在房东眼中，他是个好男生。但是，在他的住处也发现了许多电脑，油画和珠宝等奇怪的东西。McGee和Quinn暗中监视房东视障的老太太，发现一个奇怪的妇女出现在附近,并把她逮捕回调查处审问。
在审问中，她坚持认为Bruno不是谋杀犯他只是小偷。法医AbbySciuto发现Bruno在同学聚会派对前在自己已经愈合的耳洞上又强行带上耳钉，而且死前与NealSherwood打斗过。还发现耳钉的前女主人是Bruno的高中同学KatrinaCooper。NealSherwood在逃亡。
Torres和Bishop去找KatrinaCooper询问情况，但她拒不承认认识Bruno。突然，屋里传来枪声，Neal在承认罪证后自杀了。
随后调查发现，Katrina的丈夫AdamCooper在经营一家体育博彩公司，再加上Bruno和他们的高中同学AngelRussell，他们一起团伙盗窃，Neal负责洗钱。调查处把Adam带回审问，他称凶手不是自己，也曾怀疑妻子为了赃款要杀掉自己，并且还说妻子还策划了这次案件的整个阴谋。根据Abby提供的证据，Bishop带回代课老师Vic审问，他不承认自己向Bruno下毒，他说自己去跟Bruno道歉。
后来，Gibbs和McGee发现Bruno的房东是假装眼睛看不见，正是盗取百万油画的人和毒害Bruno的人。
第3集剧情介绍：海军中士坠楼事件
海军中士Hill从公寓楼顶坠落，目前她在沃特尔里德医疗中心，处于病危状态。随后Bishop，MCGee和Torres到坠楼现场调查，发现楼顶装有摄像头，极其可疑。Gibbs和Quinn到医院了解Hill的病情，从她医生Grace的话中得知她一直有看心理医生，但她的心理医生认为她不可能自杀。
为了进一步的调查，Bishop和Torres到海军中校家里搜查，发现她在早上即自杀的前几分钟漏接了一个电话，那是一个来自平民防务承包商的电话疑点重重。法医Abby和Gibbs分析了现场的录像，没有发现他杀的嫌疑人，但是Gibbs直觉认为不是简单的自杀。
之后，Bishop和McGee找到Hill的姐姐询问家庭情况，发现Hill小时候有到天台排解情绪的习惯。当天晚上，Gibbs被Grace告知Hill已去世。Gibbs怀疑Hill的死跟阿富汗事件掩饰谋杀案有关，想询问Grace关于Hill向她透露的事，但Grace并没有多说。
Bishop和Torres继续调查工作，他们询问了当时安发现场的警察，得知五个星期前LeonardOdetts也坠楼身亡，死因可疑。随后，Abby又有新的发现，发现录像中的Hill手上的手表跟她坠楼后手上的手表不一样，发现说录像被人做了手脚。尸检报告中发现，在Hill的血液中发现了氟硝西珜，俗称迷奸药，因此推断她在坠楼前被人下药。Gibbs把Hill的姐姐带回审问，她坦白了Odetts不相信银行，Gregg告诉她Odetts先生快死了，没有继承人，而且有失忆症，她和Gregg偷偷的拿走Odetts先生的钱。
Odetts发现后威胁说要报警。Gregg慌张中杀掉了Odetts。Hill帮忙掩饰这场谋杀案，精神收到严重困扰，Gregg接机对Hill海军中校进行谋杀，把她推下楼。在McGee和Bishop监视Gregg中,发现他想携款逃跑，被调查处当场抓获。
第4集剧情介绍：驱逐舰尸体案件
Gibbs,和Quinn到海军战舰上调查案发现场，上尉被谋杀的流言满天飞。据调查处了解，死者为VivianMills上尉。随后，Gibbs和Quinn又找到Vivian的表弟询问表姐的情况，得知他恳求她带他随行战舰。但当Gibbs在询问中做笔记时，他露出奇怪的神情，引起Gibbs的怀疑。
法医Jimmy发现尸体与一种神秘的金属被同事抛下垃圾房，Abby怀疑神秘金属是天线。Quinn又去询问了昨晚出现在案发现场的Gomer先生昨晚的情况，但他声称自己晕船，并没有证据提供。Gibbs询问Brown军士，了解到他与Vivian上尉没有私交，因为Vivian刚上任不久。
战舰指挥官为Gibbs提供了花名册，怀疑有人冒充Stewart上了战舰。Jenny打电话给他哥哥求证，他确实没有上战舰，所以他不知道是谁冒签他的名字。Quinn再次与询问Vivian的表弟，发现他对无人机感兴趣，但他表弟对审问很反感。之后，Abby发现Steward的车没有严重故障而是人为的破坏，同样疑点重重。Quinn想询问Powers小姐，但被她的律师拒之门外，所以案件进展仍然缓慢。
接着，法医发现Vivian的脑部被袭击过，她项链上的刻的文字也引起了Jimmy的注意。Abby在研究战舰上的垃圾时发现，无人机也被扔到了垃圾桶，在录像里发现Powers小姐出现在限制区，随后Gibbs和Quinn再次询问Powers小姐，但并没有得到进展。调查处根据录像发现，一个叫WayneGribbage偷了Steward的驾照。当Gibbs和Quinn在战舰上调查时，突然警报响起，有人跳船，但还是被当场抓获。随后把他带回调查处审问，但他并不承认他谋杀了Vivian上尉，并撒谎说他看到了谋杀现场。
Gomer成为调查处的第一嫌疑人，他到学校想接走儿子，但被Gibbs及时制止，把他带回调查处。最终调查发现Vivan上尉是因为想举报Gomer而被他谋杀，并且发现Vivian并没有表弟，他们之间是情侣关系。听了这翻话之后，McGee拿着戒指马上去找Deliah,他在电梯里求婚成功。
第5集剧情介绍：军情六处情报官Mason.Finley走私谋杀案件
军情六处情报官ClaytonReeves与调查处进行了视频，告知调查处他同事Finely在跟踪调查一走私案件中失去了音讯，并且他在一小巷的垃圾车上发现了一具尸体。随后，Gibbs派Bishop和Quinn到费城调查案件。Bishop和Quinn很快来到军情六处了解案情，她们来到了Finley住过的酒店房间，和Reeves讨论他失踪的同事和死者的情况。突然Bishop接到Gibbs的电话，得知死者的身份是海军下士CaryFalco。
Gibbs吩咐Bishop和Quinn去拜访他的家上达比。法医Duck从尸体中发现，死者死前喝过酒，伤口是近距离平射。在Bishop和Quinn对Cary母亲的访问中，得知Cary少于人结怨，不过他与高中同学的聚会引起了调查处的怀疑。当Bishop,Quinn和Reeves在吃早餐时，Reeves接到了Finley的求救信息，她们随后赶去救出Finely，发现罪犯已经逃跑了。
在Finley口中得知在他追踪军火走私团伙时，一个海军下士无意中闯进小巷的面包车里随之遇害。McGee和Torres到一个俱乐部找到非法出售火箭武器的Ivan，要求他爆出一些走私人员的名字。根据Finley的印象，她们发现NestorCarbone非常可疑。她们找到他的地址，Finley坚持要和调查处一起调查这次的案件。她们去到了汽车维修店，Finley用抢杀伤了一个正在逃走的Carbone，但他并不是调查处要找的人。
Torres在Bishop发回来的照片中发现Finley有撒谎的嫌疑。Gibbs得知Quinn情绪失控后赶过去费城开解她，但用处似乎不大。根据Abby的进一步分析，囚禁Finley的房子没有厕所，这证明他在撒谎。当Bishop去逮捕Finley他却失踪了。Gibbs尝试解开Quinn的心结，让她不在自责自己在之前案件的失误。
在Gibbs的帮助下，Quinn慢慢的打开心结。McGee随后向Gibbs汇报，调查发现Finley和Dalys走私团体是一伙的，Bishop和Reeves找到Finley并逮捕了他，把Dalys一并捕获归案。
第6集剧情介绍：Kelly Ristow士官失踪案件
Gibbs在收到发现士官KellyRistow指纹的消息之后，带领McGee等人到现场调查取证，发现士官Kelly的指纹布满整个地下室，McGee和Quinn把可疑的手机带回调查处。随后，Gibbs到运输安全交通管理局里了解士官Kelly的情况，得知她被打得很惨，情绪失控，状态糟糕。她受了轻伤但精神状态不好，Quinn和Bishop去询问Kelly,询问她被绑架的过程，得知她半夜被人突然袭击，她逃走的时候跟她丈夫Chris约定好在机场会面，离开美国，但是她丈夫没有出现在机场。
在Kelly失踪的五天里，她丈夫Chris却没有报警，Quinn和Bishop认为她处在危险中，需要得到保护。McGee和Torres去访问NedSeders和SullivanBrady，告知他们Kelly已经找到，可是她的丈夫Chris却失踪了。Chris上司说Kelly有外遇，McGee还是对他抱有怀疑态度。Bishop和Quinn到Chris家取证，发现Chris在Kelly失踪后回过家，他的家里现在一团糟。
Abby在分析Quinn带回的手机，发现Kelly被人盯上而导致绑架。随后，Quinn告诉Kelly有人闯进她的家，她交代了一些前男友的信息。McGee发现Chris欠下很多债，Kelly保险的受益人也是Chris，种种证据指向Chris。Quinn和Bishop去拜访了Kelly的妹妹，发现Chris来过Kelly妹妹家。
她们还在Chris的车里发现Chris和Kelly的护照，和在车后备箱发现一具尸体，是Kelly的丈夫Chris。Kelly得知后很伤心。根据法医的分析，尸体大概死了48个小时，被枪杀而死。Quinn和Torres去访问了Q火的合伙人，但没有得到实质性证据。
据调查，Q火公司的所属人为LeonardWeiss，Q火账本的三百万美金不翼而飞让人感到奇怪。Gibbs和Torres在停车场和SullivanBrady见面，根据他说的话，Chris偷偷的把三百万从Q火挪出来，他把一些一些资料给了Gibbs。调查处发现Weiss已经飞去了塞尔维亚，他与调查处视频，调查处想了解关于三百万的事情。
最后戴尔发现Chris并没有挪用钱，而是他想向华盛顿领袖报记者揭露律所的黑幕，可是在交接的前一天晚上他的妻子Kelly被绑架了，而SullivanBrady才是真正的黑手，他最后被逮捕回调查处。最后，Gibbs在狗狗Frank的项链上发现了举报的罪证，指正Brandy。
第7集剧情介绍：水兵Tony Wills受害案件
Bishop，Abby和McGee到公寓探望Tony爸爸，问候老爷子的情况，得知Tony在巴黎定居，而他要和儿子和孙女过圣诞节。他叫Abby帮忙他儿子Tony要出租他的公寓。突然，McGee收到Gibbs的电话，得知Tate街发生了海军死亡案件。
随后，调查处到案发现场勘察案情。经调查发现，受害者是23岁的水兵TonyWills,在海军大院的安保部工作。Torres在地上发现一枚九毫米的弹壳和一个模糊的脚印。虽然录像没有拍到尸体所在的位置，但是还是显示着蛛丝马迹。所以，调查处问店主那个摄像头的录像带。
店主为犯罪现场第一人，Quinn和Torres询问了店主和店员关于Will的情况。据他们所说，Will是这里的顾客，他当时本想阻止劫匪，结婚被枪击中。可是，他们没记不清两个凶手的具体情况，随后是值夜班的雇员VictorMedina报的警。
但是调查处发现他已经失踪了。而且他们发现Medina手上有血迹，疑点重重。随后，Quinn着手案件的背景调查。资料显示，失踪的店员VictorMedina以前是海军陆战队队员，曾在阿富汗的伏击行动中受到表彰，他还去过伊拉克，现在退役了。根据法医的鉴定，死者死前有剧烈的挣扎，导致肋骨断裂。
Abby发现凶器是枪支，并在犯罪现场找到可疑鞋印。随后Bishop与Torres审问店员Victor，他说凶手是搭白色轿车逃跑的。深入的调查发现，Victor早已失去了居住在国内的权利。Abby从鞋印的牌子锁定三位嫌疑人。随后Gibbs和Quinn去采访嫌疑人之一PhillipConway,他说他的鞋子一年前就扔掉了，并且他也有收藏很多枪支。
McGee负责调查另外两个嫌疑人。ArturJankowski一看到他们就开车逃跑了。三号嫌疑人HowardLane却有着不在场证据。Gibbs把二号嫌疑人Jankowski带回审问，但并没有重大发现。Torres和Bishop在送Victor处境途中遭袭击。最后发现Conway的儿子才是凶手，他的不良记录被他父亲抹去，但是他却是当日抢劫商店并杀了水兵的凶手，调查处及时把他逮捕，凶杀案件得以结案。
第8集剧情介绍：海军中校车祸案件
Bishop在家里接到调查处的电话之后和Torres一起赶到车祸现场，Quinn留下了目击夫妇的联系方式后，McGee向Gibbs汇报，遇害者是45岁的DerrickReza中校，他的职务是海军传教士。根据目击者的口供，车祸发生在晚上11点左右，Abby在现场发现疑似用来破坏油门的砖头，案件疑点重重，调查调查处认为这不是一桩简单的车祸。
根据调查处的资料显示，海军中校Reza最后一通电话是打给RonaldAyers，他被列入嫌疑人行列。随后，Gibbs派Bishop和Quinn去找Reza中校的上司了解情况。法医Duke发现Reza在车祸前就已经被杀害。Torres和McGee找到了Ayers询问情况，得知他们合作过一些与宗教有关的活动，而且他说Reza的精神状态很好。
另一方面，Bishop和Quinn在与Reza上司的谈话中，得知Reza中校曾与一个中东女人来往甚密。McGee在中校Reza的笔记本里发现很多有关军队的加密文件，疑点重重。根据中校的加密资料，里面包含有AmirHassan被审讯的视频资料，然后Torres接着就深入调查他与中校的关系。
Torres和Quinn与上校的视频对话也没有得到进展性的线索。Bishop的哥哥们发现Bishop与同事约会，在Torres的误导下，他们找上了Clayton的麻烦。根据Abby对车祸车辆的分析，发现海军中校不喜欢电子产品，而且发现他在遇害那天出过一家酒店，而这家酒店的房间是以SamiraHassan的名义注册的。接着，Gibbs把她带回调查处审问，但她否认自己的哥哥是恐怖分子。
并且，根据Bishop对加密视频的分析，Samira并没有说谎。Bishop接着就到拘留所询问Hassan，告诉他中校Reza尝试把他从关塔那摩湾释放。她成功说服Hassan相信调查处让她配合调查。根据McGee的调查，发现翻译员BrendanPeters是一个并不存在的假名，根据指纹的比对，发现他的真正身份是Ayris。
根据McGee的调查，发现翻译员BrendanPeters是一个并不存在的假名，根据指纹的比对，发现他的真正身份是Ayers。随后，Torres和Clayton出发逮捕Ayers回调查处。Gibbs审问他究竟是谁让他修改视频翻译稿随后调查处发现海军中校Reza在死前让一个银行员工在帮助海军中校查看一个账户两年来的账单，发现账户开户人是CarethBainbridge，他贪污了巨额慈善款项。
Quinn和Gibbs与Bainbridge当场对质并逮捕其回调查处，案件得以结案。Bishop也向Gibbs承认自己有男朋友,并且她也向她的哥哥介绍她的男朋友Qasim。
第9集剧情介绍：女议员Flemming受威胁案件
收到报案消息消息之后，调查处立即前往安发现场调查取证。受伤者是一位美国女议员，Gibbs在她的车上发现死老鼠和恐吓信。Bishop根据已有的资料分析出两名嫌疑人，一位是SimonLee，另一位在同一论坛上声称要烧死女巫的匿名用户，他们是民族主义者。
法医Duke在分析证物时发现留在案发现场的标签是用了一个水手长结绑在老鼠身上。他猜测女议员受到的威胁与海军有强烈的关系。Torres和McGee将Amy带回调查处，在Gibbs和Quinn的审问中，但是并没有实际性进展。Flemming那边一直给予压力，设法降低对选举投票的影响。
Bishop得知在汽车旅馆发现了尸体，并被指证为女议员的助手MaxSanders。Bishop和McGee到现场取证，Bishop在游泳池发现一个用过的避孕套和一只死鸟和受害人的手机。Gibbs和Torres在对酒店的调查中，从一个住客的口中得知死者的房间死前有争斗的动静，并且告知有可疑车辆经过。随后，Max的女友告知他是在酒店与其约会，但对案件的却一无所知。在Flemming口中得知她打算要关闭海军基金，但她并没有公布这个决定。
而他助手最后一个见过的人是JedHamilton,线索疑点重重。Gibbs吩咐Bishop把JedHamilton待会审问。随后Duke发现死者在死前一个小时头部受到重击。Quinn和Bishop到JedHamilton住处时，发现空无一人，但在冰箱里发现了一大堆死老鼠。根据比对，发现的死老鼠和在Flemming车里的死老鼠是相同的。
Gibbs和Torres去Jed工作过的实验室调查，但他不承认是对女议员的威胁是他干的。他经常与他打保龄球，Jed还有一家自己的酒吧。随后Torres和Clayton被派去护送Flemming回家，却发现Jed在她的门前大力的敲门，大声吆喝。他们把Jed带回调查处审问，但他否认杀害Max。
随后Bishop也发现他是个酒鬼但并不是她们要找的凶手。但他们发现更大的嫌疑人Max的女友LauriesPerkin，因为海军基地的关闭会对她造成巨大的佣金的损失。Torres陪着Flemming到Max家里吊唁。她怀疑Lauries假扮Max的女友，但她打草惊蛇了。Abby提供了证明她Lauries在撒谎的有利证据，使得她做贼心虚，原形毕露。
案件最终得以了解，女议员Flemming的威胁得以解除。
第10集剧情介绍：Green上校死亡案件
Gibbs在家吃着早餐，讨论着家庭的事务，突然接到通知聘发现了死尸。调查处到现场调查取证，发现死者为Green上校。根据一名目击者的口供，Green上校在看完演出后上了一辆网约车。Quinn发现案发现场充满了恶臭气味。McGee在死者的口袋发现写有Mallard医生的旧地址，但他也并不明白其中的原因。
回到调查处，McGee根据资料得知死者Green上校曾被派遣到伊拉克，他的妻子已经去世了，有一个成年的女儿。Abby仍在调查网约车的司机。而法医Duke六年前的住址跟死者口袋上的住址的相同也是疑点重重。Torres询问Duke是否认识Green上校，但他并不认识。Abby在死者的血液里发现芋螺毒素，是一种迅速起效的毒素。
Duke在马略卡岛的经历让他想起了一些事情，但并不知道是否与案件有关联。随后，上校的女儿被召来调查处询问，她怀疑她父亲是被人抢劫杀害的。从Green上校女婿的口中得知，上校上周问了他一些奇怪的问题，有关他可能在国外认识的人的事情。Bishop去Duke的旧址调查发现，Green上校三天前去过那里，根据房东的话，上校是为了找一个姓名为Mallard的人，是Duke的母亲。Green上校还涉嫌机密文件泄露的调查中。
随后Quinn和McGee到Duke以前居住的地方调查，他们询问现在的房东，根据他的口供，Green来的时候并没有下车。在分析从房东Rin家带回的录像时，发现房东Rin的行为非常可疑。Abby调查发现Green上校在离开Duke旧址之后拨打了一通电话给BalthazarKilmeany。这正是Duke母亲当时的未婚夫。
Duke的母亲在马略卡岛认识了Balthazar并与其相爱，但Duke并不信任他，因此叫朋友帮忙调查他。他发现Balthazar是一个化名，他只是想骗取钱财，Duke让他马上离开他母亲。调查处把跟踪Balthazar的私家侦探带回审问，得知是Green上校雇佣他让他跟踪调查的。Green上校死前给了一个硬盘给私家侦探，Abby马上着手分析硬盘。随后发现化名Balthazar遍布各地。Abby从硬盘中的分析发现Green上校并没有出卖机密文件，他是被Balthazar陷害的。
调查处把Duke的旧园丁带回审问，他称他曾和Duke的母亲相爱过。他说Duke母亲在死前曾在剧院见过Balthazar。随后Gibbs和Bishop赶到剧院逮捕了Green的女婿Logan，他是Baithazar的侄子，也是一个骗子。是他出卖机密文件，买主得知Green上校在调查他后，他假扮司机杀害了Green上校。国际刑警正在逮捕买主。Duke也终于解开了心结。
第11集剧情介绍：威洛比行动失败
为了收集Chen的犯罪证据，NCIS展开威洛比行动，Reeves化身飞机的副驾驶员进行犯罪证据收集工作，但是这个行动似乎被Chen察觉到了，Chen的手下JinTao离开飞机后，飞机便爆炸了，原本赶往机场的Chen也临时更改目的地。这一幕正是在NCIS的监控和指挥下发生的，探员们都十分惊讶。
随后，伤员被送进医院救治，主驾驶员Paul重伤昏迷而Reeves就完好无损，由于Gibbs担心Reeves会被Chen的手下暗杀，Gibbs命令Reeeves暂时留在总部做文职工作。Abbs调查飞机的残骸时，发现了JinTao离开飞机前Paul曾跟Chen打过电话。
于是Gibbs马上派Quinn和Torres去监视JinTao，然后Gibbs去医院找Paul问话，但是Paul突然去世了。随后Duck对Paul的遗体进行检验，发现Paul是服毒自杀的，于是Gibbs把Paul的家人带回总部让他们协助调查，得知Paul的家人之前生活在开罗后Bishop突然想起自己男朋友Qasim窃听并翻译得到的那些信息可能跟Chen有关，于是她带Gibbs去把Qasim翻译的信息都打印下来并进行详细地查阅，最后发现Chen在几个星期前就知道了威洛比计划，这也证明了专案组里面有内奸。
在Qasiim翻译的信息的帮助下Abbs用电脑将窃听的录音跟专案组的人的声音进行了配对，结果发现内奸是Moreau。而正当Bishop和Qasim在图书馆聊天时，Qasim被杀手从窗外开枪射中了，Bishop立刻把Qasim送到医院进行抢救。
Gibbs知道Qasim中枪后立刻抓捕Moreau来问话，但是Moreau怕自己的家人会被Chen杀害所以没有指正Chen，于是Gibbs推断是JinTao开枪射Qasim，所以打电话问Quinn和Torres监视的情况，Torres告诉Gibbs说，JinTao开着黑色的吉普车出现了，但是由于没有十足的证据所以不能逮捕JinTao。
于是Gibbs去找Abbs帮忙，Abbs用电脑远程入侵JinTao的车的行车记录仪并下载到JinTao的犯罪证据，然后Gibbs下令逮捕JinTao，于是Quinn和Torres马上行动，但JinTao开枪反抗，在激烈的枪战中，JinTao中枪倒地并开枪自杀了。
第12集剧情介绍：Gibbs重回卧底身份
Gibbs像往常一样在咖啡馆里吃早餐，突然他看到Bodie出现在对面马路，于是Gibbs马上跑出去叫停Bodie并告诉他说，找到了买家要买他哥哥Ramsay之前偷回来的核燃料棒，然后Gibbs跟Bodie开车离开。因为Gibbs离开得太突然，所以他的队友们都以为Gibbs是遇到了危险而失踪。于是，Quinn和Bishop去Gibbs的家里查看、McGee和Torres去Gibbs常常去的咖啡馆调查。
在Gibbs家里，Quinn和Bishop没有找到任何关于Gibbs行踪的信息，而在咖啡馆调查的McGee和Torres通过询问店员得知Gibbs来过这里并且中途离开，于是McGee立刻打电话给Abby并叫她用电脑查找Gibbs的手机定位，结果发现Gibbs的手机就在咖啡馆对面的邮箱里，而且也找到了Gibbs随身携带的警章等东西。随后，通过分析和查看监控，队友们知道Gibbs突然失踪是为了重回卧底身份去调查核燃料棒的所在地。
Gibbs趁Bodie去便利店买东西的时候问路人借手机打给McGee，但是Bodie回来得太快，破坏了Gibbs的计划。不过，聪明的McGee打通路人的电话得知Gibbs所在的位置，然后McGee和Torres去找到了Gibbs并偷偷地将偷听器给了Gibbs，而他们就在Bodie的公寓外边窃听。
在Bodie的公寓里，Gibbs催促Bodie通知Ramsay来尽快进行交易，可是在Bodie接到Ramsay的电话后，得知Gibbs是联邦探员并用手枪威胁Gibbs说出自己的真实身份，Gibbs机智地周旋并说Ramsay是疯子不能相信他的话，但是Bodie因为害怕再次入狱而更加变得激动了。
情急之下，Gibbs呼叫McGee和Torres并转移了Bodie的注意力然后开枪射杀了Bodie。对Bodie的遗体进行检验后，Ducky发现他患有亨廷顿氏舞蹈病，然后根据这个线索找到了Ramsay。Gibbs带领着Quinn、McGee和Torres把Ramsay逮捕了，Ramsay也说出了核燃料棒的所在地，十五年前的案件终于破案了。
第13集剧情介绍：海军上校Paul Smith死亡案件
海军上校PaulSmith横死街头，NCIS立即到安发街道进行调查，找到唯一一名目击证人ReneePrewdome，当询问她现场情况时，却法医Jimmy发现一名陌生男子在楼上，疑似跳楼寻短，他立即追了上去。他尝试把男子劝回来，随后，Gibbs和Torres也上去劝阻，但似乎没有起到效果。
Gibbs决定相信Jimmy，让他来劝回男子。经过一段时间的谈话，得知他是海军上校Paul的儿子Ryan，爸爸的死亡让他感到很痛苦。消防队的到来使Ryan的情绪更加激动，他觉得爸爸的死是因为自己的被解雇造成的，他陷入深深的自责中。
Bishop从现场取证的照片中发现撞击上校Paul的人根本没有意识踩刹车，甚至没有车子失控的证明，因为这并不是一次简单的酒驾意外事故。拖的时间越久，Ryan的情绪越失控，多次想要往下跳，幸好Jimmy及时制止。随后，经NCIS的调查，得知海军上校Paul今年53岁，丧偶，有一个27岁的儿子Ryan。Gibbs带着Quinn去采访了上校Paul的同事，根据她的话，上校一向与人交好，唯独他们的行政主任Morgan中校不太喜欢他。
因为上周Paul上校给了Morgan上校一份不太好的评估，他深受打击。然后发生了激烈的争吵，甚至糟糕到可以军事法庭，Morgan中校的事业受到了不小的挫败。因此，Gibbs要求拿到了Morgan的联系方式。另一边，Jimmy还是耐心的跟Ryan聊天，以平复他的情绪，分散他的注意力。
Abby则忙着分析车祸现场ATM的录像，可以看出肇车是一辆深色的运动型多功能车，但看不到车牌和司机。法医Duke发现Paul上校的手表蹭到了一部分车子的喷漆，但还是没有实质性的进展。Jimmy还是在尝试换回Ryan，一不小心他险些掉下楼，Ryan把他救了上来，但似乎还是不能轻易的安抚Ryan的情绪。
在随后的交谈中，得知Ryan母亲在他12岁时因为癌症逝世。今天恰逢Ryan的生日，Jimmy说起了Gibbs孩子的遇害事件，佩服他的坚强，告诉Ryan他爸爸虽然很严厉但是很爱自己的儿子。随后，Ryan告诉Jimmy本来爸爸今天是想带自己出去庆祝生日的，可是得知自己被解雇了就发脾气了，他对差点发生的车祸跟气愤，他还在Raymere和Holt的十字路口阻止了两辆车的行进。
随后，Abby调出十字路口的录像，Gibbs便出去寻找录像里的车辆，他们怀疑是Morgan中校的车。Gibbs和McGee与Morgan中校视频询问有关Paul上校的事情，他否认自己是撞死上校的凶手，他为自己的过激道歉，他曾辱骂Paul的儿子是废物。
突然，Abby根据半个车牌的信息发现一个华盛顿的租车行，并有一个名叫EdgarStump的租车人，他有好几次的醉驾记录，Abby也找到他的GPS定位，Gibbs把他当场捕获。调查发现，凶手是一个暴怒驾驶员。Gibbs把Paul上校的钱包拿给Ryan看，原来那是他的毕业作品，最后，Ryan被成功劝回。案件也得以解决。
第14集剧情介绍：海军中士Maya Kettering受害案件
McGee在黑斯廷市发现一具海军军士的尸体，NICS马上到达现场调查取证，但调查发现没有入室抢劫的迹象。海军中士MayaKettering的丈夫之前去了旧金山出差，现在飞回华盛顿，Gibbs让探员去见他。法医从死者眼睛判断，死者应该是被勒死的。警长WalteMcGee在黑斯廷市发现一具海军军士的尸体也参与了调查，他曾经也是为出色的医生。
这次NCIS要与夏洛克集团一起查案。经一系列的调查，死者为驻扎在诺福克港外的塔拉哈西号航母上，她最后使用电话是用订餐软件订午餐，随后比萨小哥发现尸体。第一嫌疑人是她的丈夫MichaelKettering，30岁，从事平面设计。她一下飞机就接受Bishop的询问。根据她丈夫的话语，得知Maya曾因航母的事情大发雷霆，并且家里藏有5千美金的备用金，因此Bishop告诉他调查局还会去他的家做进一步的搜证。
经过法医Luke的检验，死因是缺氧导致的窒息。并且在死者颈部和背部发现红疹，Abby正在分析起因。McGee和Torres到Maya住宅搜证，却发现劲爆突然响起，发现一名声称声控警报员的男子正在屋里。随后发现男子是Walter警长请来干活的人。另一边，Gibbs和Bishop到航母调查Maya生前的资料。在长官的办公室又碰到了夏洛克集团的成员。
Abby在分析死者背部红疹纤维时发现此纤维与客厅的地毯是一致的，因此推断死者被凶手拖到了前厅。在询问Maya的上司中，得知她是主管最喜欢的军士，关于她与Maya的争吵，主管解释是因为休假的原因。其中疑点重重。McGee用Maya的验尸报告与Walter警长交换从警报器中得来线索。得知Maya的丈夫Michael的一个丑闻，他周末不在家里住。为了弄清楚他周末去哪，他们打算暗中调查。
Abby从Michael手机的远程服务追踪他周末的去向，弗雷德里克斯堡。Torres和Bishop监视Michael的行动，发现他与一女子有非凡的关系。在对该女子Darlene的询问中，得知三个月前Michael向她求婚，Bishop告诉她Michael是已婚人士。当Quinn把偷拍他偷情的照片摆给他看时，他异常的激动。
随后，得知他一直欺骗Darlene他已婚的事实。Jimmy把机场的监控也交给了Walter。在对监控的分析中，Michael的不在场证据非常充足，但疑点重重。Gibbs和Bishop立即与夏洛克集团联系。在McGee的调查中，发现警报维修员Taj非常可疑。Taj企图逃跑，从楼上跳了下来，但是还是被Bishop在车里抓获并带回警局审问，那天他声称自己在工作，自己偷的皮带为不在场证据。
Gibbs去追捕另一位嫌疑人，Michael。NCIS从机场的录像发现Michael雇佣一名与自己体型相似的陌生男子来制造不在场证据，还故意弄乱住宅，制造出一种入室抢劫的假象。调查局假装把那名陌生男子带回警局认罪，最终Michael说出自己的罪行，案件得以结案。
第15集剧情介绍：沙林毒气事件
Earl邀请Abby加入自己的游戏，让Abby携带沙林毒气投放于贵宾区。这是一次智囊团的行动，Earl非常想让Abby加入这次的恐怖行动，但是Abby拒绝了。因为她们都不想倾于黑暗的一面。但是，主任Vance却让Abby参与这次行动，假装恐怖组织。行动当天，Abby在贵宾区投放沙林毒气气球和假炸弹。Abby被抓时，一直说着安全部给予的暗号，可是并没有用处。她解释到她是来检查舞台安全情况的，是一次模拟实验。Gibbs也赶到现场为她解围。
但是，Abby带来的假炸弹真的爆炸了，气球里面都含有几滴液态沙林，智囊团极有可能被人利用了。Abby把Quinn和Bishop带去Earl与智囊团工作的地方，可是却Earl一直都没有出现。Quinn在询问智囊团的成员，了解演练的情况。发现每个成员都嫌疑重重。成员Greta觉得Abby能接触沙林和炸药，是嫌疑最大的人。Abby也处于自责当中，自责自己在行动当中忽略了太多细节，差点造成巨大的伤亡。经过法医的鉴定，Earl确实是因为沙林中毒。
Bishop在货车里找到Earl的电脑，已经让McGee解锁了，但是没有找到沙林。Quinn发现，根据国土安全的报告，沙林是Earl在化学实验室偷来的。但Abby依然相信Earl是被利用的。随后发现国安安全局清理了系统，使Earl部门成员的资料都被清理了。这次的清理是行动长官KnoxEllicott下令的，因此Gibbs把他带回询问。他声称是清理为了防御病毒，但他妻子说他那晚一直在办公室，因为他的电脑被黑了。
黑客下载了近两年来智囊团的行动和模拟实验。深入的调查发现，有人修改了国安局的报告，使Earl入圈套。最后发现是智囊团的成员Pill把沙林换成真的。因为演唱会现场的Dezic是杀害他父母的仇人，这是一场复仇，却不料杀害了Earl。另一边，Dezic做完手术在病房修养，NCIS及时赶到，阻止沙林的泄露，最终邪还是不能胜正。
第16集剧情介绍：Chen病毒代码案件
Ren少校在自己的家里遇害，NCIS立即赶到案发现场。据邻居的口供，他当时听到了从Ren少校房子里传出来的枪声，并且Quinn发现死者伤口也具有自杀的特征。Bishop在屋子里发现两张飞向奥克兰的机票，怀疑她是与孩子去度假。Gibbs吩咐人去接Ren少校的的女儿。关不掉的电视也疑点重重。
另一边，Bishop也在追查Chen的袭击案件，她想尽快找到Chen，她想为她男朋友报仇。法医Duke发现死者体内血液里的催产素水平异常的高。这种激素是人在感受到爱的时候分泌的，显然这推翻课死者为自杀的说法。McGee发现调Ren上校家里电视有被人侵入的痕迹，于是调出课电视的缓存，发现了一段关于以Ren少校女儿来威胁Ren的视频。Gibbs和Quinn根据Ip地址寻找发布视频的人，却发现Bishop也在那里，随后Bishop被阻止在插手Chen案件。
同时发现发送视频到Ren少校的地点和发送视频给Chen案件的地点是一样的。Gibbs让Bishop放下她男友的事情，这又让她想起了她男朋友向他求婚的场景。去年就买下了废弃无线电视塔的KevinLane被NCIS抓回审问，询问了输电网络攻击的事情，发现最大的投资者是Boby，并表示活动是通过第三方加密聊天，他只见过他一次，不过最近Boby的快递员回了室内。但是议员却让Gibbs停止逮捕Chen。突然，Chen出现在Gibbs的家里，发现原来Chen在与中情局合作，想通过Chen抓过军阀。
Bishop无意中想起课二进制，想到Chen的代码可能由二进制组成，随后与Abby一起分析，发现Chen的歌词暗号是一个电脑程序，McGee还发现这个程序能利用老旧电厂柴油发电机的缺点，病毒一旦感染，发电机就会爆炸，这就是Chen攻击输电网的方法。
本来Chen是想通过Ren少校传播程序病毒，Chen威胁她来购买有病毒的电脑进去国防部，但是她不愿妥协，因此Ren牺牲了。Bishop在停车场偷换课议员的手机，根据手机定位，她在华盛顿，并用议员的手机联系Chen。随后，Gibbs立即出发寻找Bishop。
Bishop回去了当初凶手发送视频的地方，把以议员的名义把Chen约了出来。她把Chen抓住了，他试图想挣脱并想用钱收买她，Bishop把程序病毒放在他身边，让他做选择，Chen引爆了程序病毒。案件得以了解，Bishop也解开课对男朋友的心结。
第17集剧情介绍：15年前的三重谋杀案
McGee下班到回家，发现自己家里有两个小偷，小偷还开枪射他，不过他迅速躲开并开枪还击，最后Gibbs射死了一个小偷，而另外一个小偷手臂中了枪逃走了。随后McGee打电话给同伴，让他们来调查。
他们通过指纹扫描仪得知死去的小偷叫Louis，是最近被假释出来的。McGee叹气说幸好老婆去了迪拜出差，然后Bishop猜到McGee没有告诉老婆这一切，于是他们就要不要告诉McGee的老婆这个问题讨论了一番。
Gibbs认为这些小偷跟15年前在McGee家发生的三重谋杀案有关，于是命令Bishop去看看当年的案件记录，然后Gibbs去看看Duck那边的解剖结果，但是Duck毫无头绪，不过此时Abby赶来告诉Gibbs说，从证物上发现的指纹是Walter的。于是McGee和Torres立刻去抓捕Walter。
但是由于Walter只是收了钱去办事的人，于是Gibbs通过叫Bishop翻查Louis和Triff的工作记录发现他们有交集，然后判定此案跟15年前的三重谋杀案有关。为了彻底地调查，小偷去McGee家是找什么的，Abby发明了小型X光扫描仪，然后跟Torres和McGee一起扫描。
而Gibbs和Bishop去找Louis的房东问话，但是无功而返。不过McGee家那边有所发现，他们用X光扫描仪发现床底下有东西，拆开地板一看，原来是一具风干了的尸体。随后，Duck对尸体进行了解剖，从肚子里找到了一把钥匙，而Tony则通过仪器知道了这尸体是15年前死去的，证明这就是小偷要找的东西就是这把钥匙。虽然他们拿到了钥匙，但是不知道是什么的钥匙。
聪明的Abby通过对钥匙的放大拍照看出钥匙是某个保险柜的钥匙，随后她又在死去的Louis的口袋里发现了一条紫色的头发。Abby告诉Gibbs和Bishop后，Gibbs和Bishop马上知道头发是谁的，因为他们今天见到的Louis的房东的头发就是紫色的。于是他们立刻出发去找房东，房东这次说出了一切包括保险柜的地址，于是Gibbs通知Torres去看看保险箱里有什么。
打开保险箱的那一刻，Torres惊呆了，里面是一袋价值连城的钻石。破案之后，McGee也把这次的案件告诉了自己的老婆。当他回到家时，又发现家里有人，不过这次是Gibbs，Gibbs见到McGee说，一起修好地板吧。
第18集剧情介绍：船员Collins失踪案件
Laura上尉自从上次外派回来就感到身体疲惫，各种不适，随后确诊为卵巢癌，生命垂危。她找到Gibbs，想让他帮忙找到自己失踪的海军Collins。因为Collins在失踪之前眼角常有淤青，但当Laura问及原因时，他却没有告诉她，因此她觉得他的失踪有些蹊跷。McGee查找资料发现，Collins是一名27岁的海军，08年加入海军的他迁升很快。并且，他失踪时，军舰正与海岸警卫队合作巡查南美海域，执行缉毒行动。
进一步的调查，Collins被发现失踪是在凌晨两点，他那晚并没有像往常一样在值班，而军舰上还出现了坏掉的支柱。但海军的捕捞行动一无所获。Gibbs和Torres到案发军舰调查，发现军舰上的支柱并不牢固，被询问情况的海军同事也表示对Collins的死的痛惜。另一边，Laura上尉也在Duke和Gibbs的劝说下同意做手术。Quinn和Bishop也对Trainer小姐进行了审问，根据她的话，Trainer和Collins的关系很好，她说Collins喜欢在甲板上放松自己，觉得他的失踪是个意外。
当Bishop提到Collins眼角的淤青时，Trainer说，眼角的淤青是一次意外在酒吧里她的男朋友Baxter军士打的。原因是Baxter喝醉了对她大喊，Collins的介入让争执发生。Torres和McGee找到Baxter，询问关于Collins的事情，他声称Collins与其部门主管Ellison暧昧不清。而Collins失踪时，他也正好有不在场证据。随后，Abby发现，在军舰上的救生索上发现了Collins的血迹，并且有漂白剂的成分，但是理论上救生索不可能有漂白剂，因为它具腐蚀性。一切显得一点重重。
根据Laura上尉的话，Collins是个很有潜力的海军，他并不是那种找麻烦的人，而是那种解决问题的人。McGee的进一步调查发现，被军舰查获并应交给美国政府的可卡因却又库拉锁出现，这也许是Collins失踪的原因。Bishop发现，Trainer的银行账户有一笔无法解释的现金。Quinn和McGee来到Trainer的住处，发现Trainer死在了家中。案件变得复杂起来。调查发现，Trainer家里有大量的海洛因，随后Gibbs让Torres去医院保护Laura上尉。根据尸检，发现Trainer有大量的损伤并伴有滥用毒品。
但这次的致死的原因不像自愿过量吸食。在Trainer的指甲找到的DNA，经过比对，是Baxter军士的。随后，NCIS去到军舰寻找Baxter军士。正好看到刚吃完午饭回来的他，他一看情况不妙就开始逃跑，但还是被McGee抓住了。另一边，Torres在医院保护Laura上尉。在NCIS受审问的Baxter还是否认他与Collins的失踪没有关系。当提及Trainer的死时，他声称Collins怀疑Trainer从军舰里偷毒品，Baxter想帮助Trainer走出，并且知道她的背后该藏着一个可怕的人。
Torres与Laura谈起以前女朋友因癌症去世的事情，Torres也因此正面面对自己的感情。进一步的调查，发现在Trainer报告中签字的都是同一个负责人Vinton军士长，他仕途并不顺利，而且最近被迫退休。Gubbs和Quinn立即到军舰找到Vinton，揭露他的罪行。Collins是发现了他偷运毒品而被杀，而他还把Trainer杀掉避免意外发生。Collins在死后也得到了海军军士的头衔。最后，Laura把自己的珍贵的徽章送给了Torres作为鼓励。
第19集剧情介绍：Beck下士遇害案件
Gibbs接到华盛顿有案件的消息，立即率领NCIS成员到案发现场调查取证。从当场民众的证词来看，Beck下士人很好，整天陪同大家公认的怪人Hery，而且对老兵也非常热情。医护人员推测死因是心脏病发，但急救人员注意到Beck下士的嘴巴里有泡沫，说明他不仅仅是简单的心脏病发。并且，他衣服上的咖啡渍也引起Gibbs的怀疑。根据调查，唯一的目击证人是Beck下士指派陪护的老兵HeryRogers。他是前海军陆战队的中士，并且一整天都没有跟着旅游团。
Duke在死者的手臂发现微型飞镖，并且尸体身上还有淤青。Abby在飞镖里发现了肉毒杆菌，从而推断出凶手手上有精密的杀人武器，但多数采购于黑市，所以很难追踪。根据详细的资料表明，Beck下士今年25，而荣誉专机团不是他唯一的自愿服务，他在许多机构都是志愿者。而根据当天的情况，很多人都有注射飞镖的机会，尤其是离他最近的Hery。在审问Hery时，他声称那天有个服务员倒咖啡像发疯一下撞到了他，把咖啡弄到到处都是。
Hery想回去酒店，但被Torres阻止，Torres希望他留下来接受调查。Gibbs打算让人把Hery带去看纪念墙，并观察他的行动。Quinn和Torres到Hery所说的咖啡店询问当时弄洒咖啡的服务员，想寻求案件的突破。但是，Abby发现，毒镖是在买完咖啡后才射入受害者的。同时，McGee也发现Beck下士做志愿者的其中一个组织城区紧急应变中心昨天上报了安全漏洞，发现录音系统被黑。Beck下士在城区应变急救中心当义工已经有一年多了，而Beck最近为应变急救中心工作是在前两天晚上，当天晚上一共接到了17通热线求助，但没办法确定Beck接了哪一通，也不知道第二天录音为何被删掉。
远程黑客涉及的程序员太多，无法确定是谁黑的。Quinn和Bishop到城区紧急中心询问工作人员BenjaminHarmey关于Beck的情况，查出Beck下士当晚接通了三通热线，有其中两个号码是常客，第三通显示是私人号码，没记录下电话号码，但通话时间却有48分钟。Abby查了那神秘的三号来电，是来自MayaDavis。随后，Gibbs和Torres去Maya住处找她，却发现Maya已经死在车里，还留下可疑的纸条。Maya尸体体内的毒素跟Beck是一样的。
Bishop根据手机信号的位置推测，Maya很有可能是在家里就中毒了。Reeves回到酒店，却发现Hery已经逃走了。而McGee和Torres到Maya取证，发现有过敏药里有铅笔屑。Gibbs发现Hery独自一人来到了纪念碑。Abby查了Maya家附近的录像，发现了一位喜欢和Maya拥抱的邻居，她很有机会向Maya下毒。而且Gibbs他们还发现邻居家地板的甲醛完全超标。在录像中，Hery发现在Beck死前打劫他的小偷——BridgetO'Leary。她在Maya公司里担任采购经理，而这家公司刚刚从亚洲进口了一千五百万美元的地板材料。Maya想向客户揭发公司材料的不及格的事实。
随后，Bishop和Torres去建材公司找到Bridget，但她企图逃跑，最后还是被逮捕回NCIS。原来Bridget是为了不让Maya去告发，杀了Maya求助的Beck下士，最后还杀了自己的同事Maya，案件终于得以了结。
第20集剧情介绍：埃利奥特病毒案件
NCIS成员在外场学习射击，突然，被告知海军中将Chase要求立即见到McGee探员。Quinn收到Mary911的求救信息，到当她到家时，却发现原来没事。McGee打开了海军中将Chase的电脑，他猜测是因为Chase点击了植入了勒索软件的链接，病毒会要求Chase付赎金。否则，他会失去电脑里所有的文件以及图片信息，但是海军中将Chase并不想就那么容易屈服在威胁下。突然，McGee的手机响了起来，勒索病毒黑了他的手机，他马上让大家关掉wifi，可是病毒还是把大家的手机也黑了。
许多市民在被黑后都选择支付500块来避免麻烦，NCIS的责任就是解除这样的勒索危机。Quinn追踪了病毒的IP是来自俄罗斯的。但警官怀疑，黑客是来自美国，因为病毒的勒索首页没有太多的拼写错误，而平时俄罗斯的恐怖分子的勒索信息都是充满了拼写错误与语法错误。于是，他建议NCIS去找到在兰利市外工作的ClintAsher帮忙。Bishop找到ClintAsher，想让他帮忙解决埃利奥特病毒事件。Asher拿了资料去研究，说要迟一点才能得到发现，但Bishop总觉得他在隐藏着什么。
当Bishop去Asher工作室时，却发现Asher已经不在工作室了，案件更加疑点重重。经过进一步地调查，Asher在昨晚消失后就没有用过信用卡，ATM或者电话，而且他的手机也是关机的，他甚至关掉了车子的GPS。MeGee和Abby也正在查看交通录像。Bishop把Asher的夫人带回调查处询问Asher的下落，可是她一无所知。Bishop希望得到她的许可来查看Asher的电脑，虽然她一直坚信自己的丈夫是个好人。。随后，Abby发现Asher在马里兰，他的车从早上就在那里了。
在那之前，他的车停在弗吉尼亚州，他在一个工业区呆了一个晚上。McGee.与Bishop拿着地图去寻找Asher的下落。竟然发现Asher的车已经在水里。另一边，Gibbs和Torres在查看仓库交通录像，发现Asher的车进去了27号仓库。Torres在资料中发现，27仓库是租给了DavidYates。Gibbs撬开了仓库的大门，却一无所获。NCIS把水里的车拉了上来，发现车的后备箱里喷出蒸汽，于是她们撬开了后备箱，发现Asher被冰冻在后备箱里。
Duke发现冰冻的尸体难以进行尸检。Abby发现Asher.是被液氮冰冻住的。可是Abby想从大量购买液氮的顾客那里下手调查，但也没有实质的发现。随后，Bishop发现了现在流行的健身方式需要用到液氮，也就是水疗馆里会有大量的液氮。Quinn还发现27号仓库的租用者用的是假名。Bishop和McGee到水疗馆了解情况，发现水疗馆里有很多的液氮储藏罐。Bishop亲自尝试，却发现店员说谎，因为水疗馆的经理加大价格卖出液氮罐，买方是跟27号仓库租用者是同一个人。
Gibbs和Torrres又重回仓库调查，得知David还另外租了一间仓库。撬开那间仓库，发现一个自制的冷冻桑拿机，并且还发现了乙醚，甚至在液氮机里发现两俱冰冻的尸体。Duke发现，那两俱被冰冻的尸体被冰冻前是有生命的，原来David是一个危险的变态。他与水疗馆的经理长期购买液氮，Gibbs选择守株待兔。果然，David出现在仓库，Gibbs要求他把病毒解除。但David已经处于疯狂状态，NCIS只能迅速把他抓拿归案。
第21集剧情介绍：Campbell下士遇害案件案件
NCIS突然收到马里兰有海军遇害的消息，马上赶到案发现场，发现死者是海军下士KyleCampbell，他是管货员，在诺福克的塞班号军舰上服役。路人发现了尸体，但没有提供更多有效信息。法医发现尸体有被移动过的现象。Torres在现场发现两组车轮的痕迹，判断是属于山地摩托车和小货车，并推断山地摩托车上了小货车上面。随后，发现一名陌生男子来找山地摩托车，Abby调出附近的录像，Torres发现是陌生男子偷了山地摩托车。
Torres以前为了查案，经常与山地车接触。法医在尸体身上发现奇怪的物质，但似乎还是没有突破性进展。Gibbs和Bishop到监狱去探访Moroe。并告诉他布勒斯伯格的银行被抢劫。劫匪开山地摩托车逃跑了，NCIS认为是团体作案。Gibbs怀疑是Monroe在操纵这一切。Torrres告诉主任这次的案件跟自己五年前的卧底案件有关，他想由自己主要去跟进，但主任说服了Torres，Torres回家拿自己以前的笔记本。Quinn到Campbell工作的军舰上调查，发现他平时没有深交的朋友，并最近跟女朋友分了手。
Torres回家时发现一架山地摩托车在自己门口，随后它突然爆炸，他险些被炸死。他把爆炸的摩托车拿去给Abby分析，发现凶手用改装的手机作为引爆器。Quinn把Campbell的女友带到了NCIS。她声称Campbell是个好人，但在六个月前，他突然迷上赌球，因为他结识了Rosewood飞车党。因为她怀疑他的行踪，她在Campbell的车里放了追踪仪。Gibbs、McGee和Quinn来到山地摩托车的运动场，Gibbs发现了飞车党，他借口拍下了一位可疑男子的照片。
他是Alonzo，其他人在调查Alonzo的银行记录和通话记录。可是，Torres却一个人默默地行动起来了。Torres来到Royce的住处，想让他提供一些有效消息。Royce告诉Torres,Alonzo一直保守着一个秘密。另一边，Abby发现打电话引爆山地车的人的住址在绿带区的舍曼路400号。随后，NCIS到了后，发现他们已经死在房子里。Torres也接到一个威胁电话，让他收手，不然他就会暴露Torres隐藏的东西。法医发现，在死者指甲发现的不明物质和Alonzo的靴子是相似的。
Gibbs发现Torres有所隐瞒，所以Torres告诉他，他以前为了救出自己的朋友，伪造过证据。随后，Abby发现，死者的身上的不明物质与陶土是一致的。Torres知道Royce才是幕后的黑手。Royce用Torres伪造证据的录音带来威胁他，但他没有得逞，趁Torres不注意时，Royce骑着摩托车逃跑，Gibbs和Quinn穷追不舍，但Torres随后也骑着摩托车追了上来。最后，Torres亲手把Royce捉拿归案。
第22集剧情介绍：Remi Tanner中士遇害案件
NCIS突然接到了RemiTanner中士在岩溪遇害的案件通知，大家赶赴现场。从表面上看，死者貌似是被公园里的大理石压死的。随后，Gibbs采访了在场的骑警。根据现场的调查取证，尸体周围留下很多脚印，虽然无法追查，但是可以看出来有两个袭击者。NCIS找到了一个手机壳，死者口袋里有500美元的现金。
随后，骑警Dawson发现不远处的的石头堆里有许多的骷颅头。经调查发现，这种骷颅头是一种叫小白鼻长尾猴的。而根据资料显示，死者Tanner中士是海军陆战队非洲武力部队的成员，没有不良记录，在部队奉命去训练野生动物管理员。死者的在被杀害的那天的最后三个通话都是与同一个人，PonebeSpitz。Abby刚好与Spitz是朋友，Quinn和Bishop负责对她的询问。她声称昨晚是为了打电话招募Tanner加入自己的动物保护组织，但是中途信号不好，中断很多次。
据Spitz所讲，Tanner之前亲手逮捕了狩猎者Best,他猜测是Best买凶杀害Tanner。另一边，Gibbs和Torres来到训练骑警马那边了解情况。随后，又跟随着女骑警来到另一个案发现场，发现有警员和警马受伤，警官Cole受伤严重进了医院。Gibbs把嫌疑人Nelson待会审问，当McGee询问他为什么出现在案发现场时，Nelson声称自己当时是在吸食大麻，然后被骑警发现，随后突然出现了可疑人员经过，Cole骑警把她扣在长凳上，结果Cole被杀伤了。
但他并没有看到可疑人员。兽医在受伤的警马Jude嘴里发现了类似于骨头或是象牙的东西。Gibbs邀请Dawson骑警联合调查，Abby调查发现，在案发现场发现的猴子骷颅头上有可疑的杀虫剂，并且本地最近有喷洒过这种灭虫剂的地方是亚力山德里亚城外长条壮的偏僻区域，而被喷洒的唯一建筑物就是一间老旧的护林员小屋。Gibbs和Dawson来到护林员小屋调查，在路上发现货车的痕迹。
小屋上了锁，里面全是尸体腐烂的气味，是来自非洲动物尸体的气味。随后，Bishop调查到，为什么死者的手机会消失不见，是因为死者的手机拍到了凶手的照片，因为Bishop从死者的手机的云账号那里发现一张拍到凶手背影的照片，但看不到样子。Clayton到一些非洲集市想寻找一些野味市场的线索。
进一步的调查野味黑市发现有许多嫌疑人，线索似乎又断了，但是一个嫌疑人QusmanceBest引起了Gibbs的注意力。他是头号偷猎者，但他现在在利比里亚的监狱里服役。照片里，又发现了与Best谈话的是Nelson。
Abby追查了Tanner中士的汽车的停车牌存根，追查到一个停车场，找到了录像，发现Nelson出现在录像中，因为Tanner在跟踪Nelson。NCIS再次回到集市暗中调查，发现Nelson开着车过来了，Nelson想逃跑，但还是被当场抓获。这次的非法野味走私引起的命案得以解决。
第23集剧情介绍：Jones下士遇害案件
NCIS收到通知之后，Gibbs和法医立即赶去案发船上调查取证。然而，却发现死者海军士官的尸体被偷走了，疑点重重。据调查，死者是海军下士GregoryJones，今年22岁，是以烹饪专家的身份在船上工作，并且有一个妹妹Regina。Bishop去到死者Jones的床上，与目击海军了解情况。而McGee和Torres被派遣如询问Regina关于他哥哥Jones的情况。在与她的聊天中，当Torre告诉她Jones的尸体不见了的时候，Regina非常伤心，并说道两周前，Jones有发邮件给她，她声称哥哥的邮件充满了压抑情绪，因为Jones似乎与他的上级有矛盾，说自己被海军士官Haring不公平对待。随后，Bishop和Gibbs到达船上询问Haring有关案件的情况，但他极力不配合。
据他所说，Jones想调离炊事班，然后他们一起对他进行恶作剧，但并不是欺凌他。突然，Gibbs收到McGee的电话，告知他们巡逻船刚打捞到一具尸体。McGee猜测那是Jones的尸体，尸体的装尸袋外还裹了工业用的垃圾袋，另外还加重尸体的下沉，他们猜测尸体上有疑犯不想暴露的线索。法医尸检后发现，Jones的死因是心肌梗塞，但对于年轻的他来说是件非常奇怪的事情，因为Jones并非自然死亡。根据Abby的血检结果，发现死者体内有氟氢可的松，这是治疗低血压的药物。并且还发现有甲烯二氧甲苯丙胺的存在，俗称摇头丸。
因为同时服用这两种东西，才会心肌梗突发死亡。而捆绑尸体的绳索竟然没有任何磨损的痕迹。Abby发现，Jones体内的摇头丸是一枚装满结晶粉末的胶囊，与普通的摇头丸相比，剂量增加了两倍，所以副作用也增加了两倍。而粉末被混在他吃的番薯里，Abby怀疑有人对Joned的食物下毒。Gibbs和Bishop告知上校Jones体内含有摇头丸时，他说Jones不是那种坏孩子。而根据报告里显示，案发当晚吃的是意面，并没有番薯，而上校吃的意面里却加了一点，但因为上校没有胃口吃，所以就给了Jones吃，没想到却害死了他。
Gibbs猜测，凶手的真正目标是上校，而不是Jones。Quinn和Torres对船员的宿舍进行搜查，Quinn在Hearing床上发现了可疑物品。Torres把Hearing带回审问，但是他拒绝承认可疑药品是他的，随后，Gibbs让他用绳索打结，发现他打的绳结与绑在尸体上的绳索绳结不一致。Abby发现在Hearing床上发现的摇头丸与死者体内的是一致的，但是Hearing并不是凶手。再进一步发现，那种双倍量的摇头丸俗称蓝汉堡。
根据缉毒同事的说法，他们过去几个月一直在追捕一名在诺福克的毒贩。而毒贩VernonPalumbo的专长就是制作蓝汉堡。Bishop和Clayton在酒吧找到Vernon，他同意帮助找出购买蓝汉堡的海军。另一边，McGee的未婚妻已怀孕10周，McGee惊喜到晕了过去。根据Vernon的辨认，他们锁定餐饮分区长官Stoddard。他声称自己与长官没有过节，他最终承认自己只是恶作剧，但是事情太严重，最终被抓拿归案，案件得以了结。
第24集剧情介绍：Dean上士遇害案件
大家都在为McGee的婚礼忙碌，但他似乎还是有点紧张。随后，又接到任务。Gibbs和McGee接到了Taggart的视频,告知他们有两位科学家在做铀矿环境调查时发现一个手掌，而经过指纹配对，发现指纹来自于上士MatthewDean。在手掌的附近还找到了被冲上河边的其他身体部分。而Dean受害的地区比较不稳定，而他身为一个军人强行进去该地区旅游也是违反规定的。资料的显示，Dean今年28岁，在09年完成水下爆破的工作。而Torres在他的脸书发现，他喜欢歌手大门乐队，他并没有孩子。
而且他曾经一个人横渡太平洋，随后他又登上了乞力马扎罗山，显然他很喜欢漂流。因此，他们猜测Dean去巴拉圭可能是为了漂流。随后，Bishop和Quinn与Dean的妻子谈话，发现他妻子并不知道他是死于巴拉圭，因为Dean告诉她妻子他是去加拿大旅行。她说上次任务期间，Dean就被突击队派往巴拉圭，但对具体情况还是一无所知。Gibbs和McGee与Dean的指挥官视频，但是他不肯透露太多。据他所说，他与Dean最后一通电话是三周前的，他们与Hudson下士约定一起去钓鱼。但是，他因为时间关系没有去。
法医暂时不能鉴定出死者是死前还是生前被肢解，但是确定死者是被砍刀肢解的。因为Hudson下士没有了踪影，所以Torres和McGee到他家里查证。另一边，Abby也检查Hudson的房车。发现房车里有许多军事用品，炸药充足，设备充足。还就留下了两个背包和四个夜视镜。就是说本来是计划四个人去，但实际只有两个人去了，Bishop在车里找到了一张照片，根据脸部识别，第四个人是海军下士ChristopClayton。随后，Bishop和Quinn到医院去找到Christop，他说他们欠了很多钱，当他听到他朋友死于非命时，他说他们上次去巴拉圭执行的任务是去收集革命武装委员会的反叛集团的情报。
而这个反叛集团为了的是得到铀的利益。Abby和McGee去气象局，发现那里有军事活动，并且像是有预谋的。而且在其中的一个小木屋发现了了一个人影，他们猜测是Hudson。似乎他们想强劫携带巨额现金的革命。突然，法医发现大部分尸体是Hudson的，而只有那支手是Dean的，他很有可能活着。Gibbs和Torres前往巴拉圭调查，而Bishop和Quinn在Dean的妻子住处了解情况。但巴拉圭的县城里没有人肯告诉他们有关案件的情况。Bishop找到与Dean联系过的国际救援组织，但他们并不想多谈。
工作人员说，因为他与Dean他们之前就认识，答应帮他们帮物资运到巴拉圭。Gibbs来到当地教堂的修女，问到了Hudson的下落。找到Hudson后，他否认想要抢劫革命武装组织委员会的钱，而是在拯救村庄的人。得知情况后，Gibbs准备帮助他们营救被反叛集团抓走的小孩。Gibbs与Dean商量明天一早进去林区拯救小孩。
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