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由于十六国政权中有十三个是胡族建立的,这些政权在占据北方以后大都摒弃本民族野蛮落后的统治方式,进而实行中原地区行之以久的封建制度。而他们的官制受中原影响，基本沿用魏晋官制。以下将十六国的官制分为3个部分来叙述，包括中央官制、军事和地方官制。
十六国时期是个分裂的时代，大多数政权寿命较短，没有完善的官僚体系，只有少数的大政权，由于是以胡族贵族为主体的胡汉贵族地主的联合专政，在官制上也有各自时代的特点。
十六国时期多数政权为胡族贵族为主体，所以其中有一部分的政权实行了胡汉分治。即单于台制，因而官制上也分为胡汉两个体系，中国学者称为“双轨制”。据现存的史料所载，前赵的刘渊、石勒的后赵、慕容盛时期的后燕、冯跋的北燕。这四国都有设立单于台制度，此外还有前秦、前燕、后秦、西秦、南凉、夏国等六国。以上六国均在建立政权前后，统治者均有大单于之名。历史网（www.87art.cn）
由于他们受到原来匈奴政权的影响，其目的是以匈奴最高首领大单于之名来号召诸胡，由于他们刚起兵自立，政权不稳，等到稳定时，大单于之名就再不见史籍。因此他们是不同程度上受到前赵的单于台制的影响，后来因各种原因没有设置此官机构。
自先秦以来，胡族最高的统治者为大单于，大单于的任务是统辖胡族人民，如《晋书 .石勒载记》所记：以大单于镇抚百蛮。由于置大单于的政权以胡族贵族为主体，胡族人民是其基本群众和军队主要来源，所以大单于地位尤其重要。当胡族皇帝以太子或亲属领大单于时，这个大单于实际上就是副王。如后赵石虎以其子石宣为大单于，石宣能羽葆、华盖、建天子旗帜。又如石勒在位时先自谦大单于，即位皇帝后，便以子石宏为大单于，结果引发石虎不满。所以石虎争夺大单于，后来石勒死后，太子石弘立即拜石虎为丞相兼大单于，“总摄百揆”即总揽朝政，可以看出其地位显赫和重要。
大单于的权力执行机构为单于台，前赵刘曜署子刘胤为大单于，在渭城置单于台。后燕慕容盛建立燕台，后来慕容熙改燕台为大单于台。《通鉴》胡注谓：“二赵以来，皆立单于台，以统杂夷，盛仍立之。”
单于台的特点如下：
1.虽然设置两套统治机制，进行胡汉分治，但实际上基本沿用的是魏晋官制，单于台制为辅助。如石勒采用的是九品官人法对士族进行评定、任用。前秦也“复魏晋士籍”、“拔幽滞,显贤才”前燕慕容）在汉族地主中“推举贤才,委以庶政。”在后赵、前燕、前秦及羌人建立的后秦政权中汉族官吏所占的比例超过一半以上。汉族地主被广泛地任用于各个领域,甚至就连独挡一面的高级军事将领也不乏汉人。
2.单于台管理国内的除汉族（晋人）以外的少数民族。即六夷和百蛮，而且以游牧为生，为部落组织的少数民族。六夷指的是匈奴和其相关诸亲胡如（独孤部、铁弗部等等）分布广从甘肃的河西到陕西、山西、内蒙古、河北等等。以关中和山西为多。石勒一族为羯胡，西北胡人。
鲜卑居东北，人口较多，所以十六国时建立的政权最多，氐、羌二族也是人口较多，分布较广，除了这五胡，巴氐也是六夷之一（一说是乌桓）。除了李特兄弟所带的一支入主四川，建立成汉外，还有部分巴人居陕西、湖北一带。
据上述的六夷的情况，十六国内有着不同的民族，汉族人口最多，六夷分散而居，在经济、文化、习俗仍然有不少差别，这也是十六国出现的两种官制和胡汉分治的基础。
3.单于台一般设置在国都或其附近。
4.单于台不仅是一个政治行政组织，而且带有军事性质和带家属财产牛羊的部落组织，其军事力量基本在单于台的大单于手中，所以大单于一般是继承帝位的太子担任。
十六国时单于台的设置是前赵改造原匈奴体制，以适应新的历史时代的产物，是中国封建政治制度可以说是一个创造。反映当时各民族尚未融合的历史事实。
随着胡汉进一步的融合，差距缩小，这两套官制就失去它存在的价值，单于台制也就被历史而淘汰。
单于台的属官：
大单于之下，各国的所设的官职有，前赵的刘聪置单于左右辅，刘曜为左辅，乔智明为右辅。后燕和汉国也为左右辅。刘曜时则为左右贤王，皆以五胡豪杰任职，其余各国只置单于辅相，如后赵石勒命石虎为单于元辅，前秦苻洪以氐酋毛贵为单于辅相，北燕的冯跋置单于四辅（前后左右），人数最多。
无论是单于左右辅、左右贤王、单于元辅、单于辅相又或者单于四辅皆为单于台的第二把手，只是称谓略有不同，地位如同中原的尚书。