北宋时，正当日本藤原氏执政的全盛时期，对北宋采取闭关政策。从文献记载中看，北宋时，几乎没有日本船来中国贸易。所以只有北宋一方的对日航海贸易活动。北宋、南宋时对日航线都是从明州出发，横渡东海，到达日本值嘉岛再转航到博多港。与唐时的渡日南线相同，全程约七天。到南宋时，日本平氏家族平清盛当权时，直接控制大宰府(掌对外贸易的机构)，鼓励并垄断了与中国的海上贸易。一变北宋以来华船独往的局面，恢复了中日海船交相往来的海上贸易盛况。平清盛极豪富，拥有“中国的扬州之金，荆州之珠，吴郡之绫，蜀江之锦，七珍万宝，无所不有”(日本《平氏物语》)。宋船运往日本的货物主要有锦、绫、香料、药材、瓷器、竹木、书籍、文具、铜钱等。再从日本购回木材、黄金、硫磺、水银、砂金及工艺品宝刀、折扇、屏风等。我国的科学技术文化也传到日本、高丽。宋仁宗嘉祐年间(公元1056—1063年)一艘“东夷”商船因桅杆被大风折断，飘流到我国苏州昆山县海边。昆山知县派人“为其治桅，桅旧植船木上，不可动，工人为之造转轴，教其起倒之法”(沈括《梦溪笔谈》卷二四)。日本名僧荣西曾于南宋孝宗时的乾道四年(公元1168年)、淳熙十四年(公元1187年)两次来到中国，把禅宗传入日本，还把茶种带回日本。
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