对于明朝军队的卫所制度，历来众说纷纭，不过总是贬大于褒。因为其“古董”般的管理模式使得明军的作战能力极为低下，已经无法承受明朝中后期的大规模战争压力，因此，明朝君臣在后来便推出了营伍制来取代卫所制。
但这种改革并非一蹴而就、对于明朝而言也并非百利而无一害。
首先，谈一谈卫所制度的产生背景。在洪武皇帝“驱逐鞑虏、恢复中华”以后，明军的规模达到了空前水平——“国初置卫四百九十一，所三百一十一”，合计军队数量约为三百一十多万，而在明朝初年，军队几乎没有缺额，所以这个数字是相当可靠的。也就是说，在刚刚平定天下、国家生产力尚未恢复、全国生产人口较少的情况下，明军的规模就达到了三百多万人，是后世明朝常备军的三到四倍，这对于当时的社会而言是无法承受的。
但是贸然地裁军会让社会瞬间多出为数众多且无所事事的退役军人，不仅对社会稳定产生影响、更会威胁到建立未久的皇明政权，因此施行屯田卫戍制度成了不二之选。
卫所制度，造就了明军作战能力低下的根本原因。从明初的屯军设计也能看出来：“军士三分守城、七分屯种”，根据土地的肥瘠程度，也会有其他分配军力的方案，但屯田士兵都远多于作战士兵。洪武皇帝也曾对五军都督府的将领说：“今海内宁谧、边境无虞，若使兵但坐食于农，农必受弊，非长治久安之术，其令天下卫所，督兵屯种，庶几兵农合一，国用以舒。”他一切的目的，都是满足生产。
因此，卫所制下的明军作战能力羸弱是理所当然的——其设计之初的本意就是为了解决庞大的军事人口与尚未成长起来的生产人口之间的矛盾。
事实证明，明初的卫所制达到了洪武皇帝的目的，各个卫所不仅能够自给自足，有的甚至还有盈余，比如边荒之地延绥镇“粮草数至盈十万”。但这样的制度之下，大部分卫所军队未曾接受过军事训练或者训练强度不足，而且由于军士服役终生、且中下层军官大多世袭，所以部队老幼化严重、上升空间窄小，作战能力极为低下，充其量只能维护地方治安——虽然一开始目的只是如此，但后来却被用来投放在大规模战争中，比如永乐时期六次北征、三次攻打安南、向西北地区进兵，部队规模动辄数十万，都有大量的卫所部队在其中。
卫所制度注定只是一时的，改革刻不容缓。前面提到，卫所制度的本意，在于兵农合一，解决国初生产力不足的问题，到了中后期国家生产力逐渐恢复，生产人口日益增多的情况下，卫所制度的存在就失去了意义，政府应当逐步、计划性地进行兵制改革，逐渐将卫所制度淘汰掉。
这一点永乐皇帝十分清楚，因此在迁都北京以后，立即设立了京营，培养了二十余万常备军，在九边等地也逐渐以职业兵替代卫所军队。但是广袤的内地却依然存在着众多有田有籍却无人的“幽灵”卫所，军官占役严重、卫所军人逃往日益增多。不过因为一系列政治事件，使得这场改革被无限推延，直到局势越发不可收拾，卫所制才逐渐退出历史舞台。
随后战火催生了营伍制。明英宗正统年间——也就是洪武之后第五位皇帝，改革才逐渐拉开序幕。土木堡之变后，明军京营损失殆尽，各地边防陷入危机，随后又有蒙古部落入侵北京，在卫所部队不堪用、不足用的情况下，明廷派遣御史前往内地募兵。
后来战事不断，为了弥补军队数量的不足，募兵成了常态，时时补充，到了嘉靖时代便大规模展开，卫所制度彻底边缘化，募兵成为了明军主力。
募兵称之为营伍兵，编制、待遇与卫所不同。
营伍制下，将官分别为总兵、副将、参将、游击、千总、把总等，而卫所制为都指挥使、指挥佥事、千户、百户、总旗、小旗。一个卫为五千六百人左右，营伍制一营的兵力大约在两千两百五十人到四千五百人之间。卫所部队有土地耕种，而营伍兵有军饷可拿。
募兵制施行以后，明军的战斗力得到了大幅提升，最为著名的莫过于东南地区的戚家军、俞家军，东北地区的关宁骑兵，西北地区的秦兵等。这些军人以壮龄参军、职业作战，并且凭军功可以拿赏金或升官，实现阶级跃迁，因此作战士气更为旺盛。
营伍制的存在，使得明军得以与国内外反对势力展开作战，比如万历年间入朝征倭，部队虽然人数不多，但都是从辽东、宣府、延绥、浙江等地的作战劲旅中抽调，因此取得了对倭作战的胜利。如果此时明朝依然普遍使用卫所制，那么部队的战斗力根本无法应对长途远征以及持久作战。
营伍制拉开了明朝军事改革的序幕，却没能一直走到最后——因为募兵制太费钱了!在明朝初年，国家财政尚且宽裕，外部战争烈度较小，因此营伍兵们的军饷规模也并不庞大。但是到了中后期，募兵成为主流，募兵费用也节节攀升，但国家的财政却日趋崩溃。
小冰河期到来以后，农民起义相继爆发，多年来头疼的蒙古部落也疯狂向边塞进攻，女真部落在东北兴起，以掳掠、屠杀削弱华北、东北地区明朝势力。明廷只得募更多兵来应对，故而形成了“开流节源”的局面。
比如明朝儒将谭纶曾对朝廷苦叹道：“中国长技，无如火器，欲练兵三万，比得鸟铳手三千人为冲锋”，但“计三万人，宜各月给银一两五钱，岁费四十五万，司农告匮，一难也被。”计算一下发现，相当于每名士兵十八两，这个程度已经吓坏了户部和兵部，而这还是隆庆年间的事情。
到了崇祯年间，财政状况有过之而无不及，但每名士兵的年俸已经超过了四十两，士兵在军饷不足的情况下，哗变也成了常有的事情，这就直接影响了士兵的忠诚度和士气值。
更为严重的，是募兵制下，部队的归属问题。明末的官兵私有化问题素来严重，比如各个边镇，有规模不小的家丁团体;而募兵制兴起以后，部队大多归将领所有，比如浙江的招兵，已经不再为部队挑选将领了，而是将领自行募兵，募得一百人授把总、募得三千人授总兵。
如此一来，军队私人化问题就难以逆转，崇祯皇帝殉国后，南京京畿有江北四镇、荆襄有左良玉，拥兵近百万，但是这些士卒都是为将官个人效命的部队，他们的归宿也就和将官一样了——高杰在被刺杀以后，部队逐步溃散分裂;刘泽清、刘良佐两人投降满清，部队则成为了清军的前锋;黄得功部则死战殉国。
这些部队最终的归宿，都与其将官一致，而从不接受朝廷命令。这自然与明朝军人生存的大环境有关，但将官个人权力膨胀则是重要因素之一。
所以，任何改革，都必须是社会性、全面性的。明朝军事的改革的问题在于：
一方面是太晚——没能在前期逐步找到一个适合自身国情的道路，而在战事爆发忽然大规模扩军，不曾考虑后果;
另一方面，是经济制度的落后保证不了部队庞大的支出。
同样的时代，明朝农民的税赋是日本的二十分之一、英国的四十分之一，但百姓却负担严重、国家赤字不断，社会急需一场全面的改革去打碎桎梏，一场军事改革是远远不够的。
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