《尼布楚条约》以近代主权国家之间的条约形式，从法律上确定外兴安岭以南、黑龙江和乌苏里江流域、包括库页岛在内的广大地区，都是中国的领土，中国对其享有充分的主权。这并非古代粗浅的势力范围划分，而是受国际法和国际公约保护的领土主权。这遏止了俄国继续向南扩张，维护了中国领土主权完整。

来自西方的国际法在《尼布楚条约》的谈判和签订的过程中发挥了作用；尽管如此，国际法学说在中国却并没有得到进一步的探讨，直到林则徐组织翻译西方国际法著作、尤其是丁韪良出版《万国公法》之后。

根据此条约，俄国全部占领黑龙江流域的阴谋破产，但与大清帝国建立了贸易关系。此后中俄两国东段边境地区相对稳定，两国人民和平往来，贸易得到很大的发展。

经略北疆

《尼布楚条约》签订后，清政府于次年（1690年，康熙二十九年）曾由巴海组织大规模巡边，一路队伍曾远抵雅库茨克。清政府并曾在东段边界上树立若干块界碑，据刘永图统计，共六块，其中包括巴海巡边期间树立的威伊克阿林界碑。根据学者罗明的观点，从管理机构的设置、防卫力量的加强，以及对边界和边境地区的管理、对东北各族的管辖等方面看，在《尼布楚条约》签订后清政府对东北黑龙江流域和乌苏里江以东地区的管辖大大加强了。清政府也几度在东北实行招垦政策。尽管如此，清政府断断续续、或松或严的东北封禁政策和柳条边的管理，还是给东北边防造成了消极影响。

随着《尼布楚条约》的签订和俄罗斯问题的暂时消除，康熙转而着手解决厄鲁特问题，三征噶尔丹，经过乌兰布通之战（1690年）、昭莫多之战（1696年）等，重创了准噶尔汗国的势力，噶尔丹亦死去。

中俄交往

1693年（康熙三十二年），以伊德司（E.Izbrandt）为首的俄国使团争取到中国方面的同意，每三年派一次商队前来北京。商队规模限定在200人以内，在北京逗留时间限制为80天；无论他们的货物是进口货还是出口货，都免收关税。在1698-1718年（康熙三十七年至五十七年）间，共有十支这样的商队前来。

清朝方面，孤立准噶尔汗国的策妄阿拉布坦，也派图理琛等出使俄国，联络与策妄有深刻矛盾的该部首领阿玉奇汗。使团自1712年（康熙五十一年）出发，1715年（康熙五十四年）返回。

蚕食鲸吞

中俄《尼布楚条约》的订立，使中国东北边疆获得了一个较长久的安宁。但是，俄国从来没有放弃侵占黑龙江地区的野心。中俄《尼布楚条约》签订后不久，沙皇彼得一世就叫嚷“俄国必须占领涅瓦河口、顿河口和黑龙江口”；俄国女皇叶卡捷琳娜二世公然要把夺取黑龙江作为俄国“远东政策的中心”；沙皇尼古拉一世上台后，发誓要“实现他的高祖父和祖母的遗志”。

在沙皇的旨意下，俄国军政界“收复黑龙江”的叫嚣日甚一日。沙皇亚历山大二世在位时，1858年（咸丰八年）的《瑷珲条约》和1860年（咸丰十年）的《北京条约》取代《尼布楚条约》，改变了俄国和中国的疆界，雅克萨城也最终为俄罗斯割占。

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