隋杨坚建立隋朝后，按照内史崔仲方的建议，废除北周实行的仿照《周礼》的六官官制，代之以新的职官制度：“置三师、三公及尚书、门下、内史、秘书、内侍等省，御史台、太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府、国子、将作等监，左右卫、左右武卫等府。”建立以尚书、门下、内史三省以及尚书省六部为核心的朝政机构，以强化中央集权和恢复汉族王朝官制的传统。

尚书、门下、内史三省制是隋代中央官制的核心。三师、三公虽然地位崇高位居一品但实际上只是荣誉。隋代尚书省的地位很高，《隋书·百官志》说“尚书省，事无不总”，反映了它作为最高国家行政机关的地位与权力。

三省六部制是中国古代封建社会一套组织严密的中央官制。它始于隋朝五省六曹制，确立于唐朝，此后一直到清末，六部制基本沿袭未改。三省指中书省、门下省、尚书省，六部指尚书省下属的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。每部各辖四司，共为二十四司。

在发展过程中，组织形式和权力各有演变，至隋，才整齐划一为三省六部，主要掌管中央政令和政策的制定、审核与贯彻执行。各不同时期的统治者做过一些有利于加强君主专制的调整和补充。

三省六部制是西汉以后长期发展形成，至唐朝正式确立的一种政治制度。

尚书省形成于东汉（时称尚书台）；中书省和门下省形成于三国时，目的在于分割和限制尚书省的权力。

汉成帝置“四曹尚书”，即常侍曹、二千石曹、民曹、客曹尚书。此后世六部尚书之滥觞。宋郑樵《通志·职官略》三《尚书总序》：“汉成帝初置尚书五人，其一人为仆射，四人分为四曹。常侍曹，主公卿；二千石曹，主郡国二千石；民曹，主凡吏民上书；客曹，主外国夷狄。”

汉光武帝刘秀在尚书台设三公曹、吏曹、民曹、客曹、二千石曹、中都官曹等六曹尚书，为六部前身。西晋时，有吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹，属尚书省。

1086年，北宋反变法派执政，改为三省共同议事，奏请取旨，分省治事行下，实际上使三省合一，后习惯上常统称三省。南宋公元1129年，又实行三省合一，二十四司也时或省并，如1129年以礼部兼主客，祠部兼膳部，兵部兼职方，驾部兼库部，比部兼司门，工部兼虞部，屯田兼农部等，还省并若干寺监入六部。公元1163年，又进一步省并六部下属诸司，如以司封兼司勋，礼部兼祠部，兵部兼驾部，都官兼比部，工部兼屯田等。

辽代南面官系统中，设三省六部（其中“中书省”初名“政事省”），设官同于宋制。金、元、明只设一省六部，一省，金为尚书省；元、明为中书省。1380年明朝罢中书省，分中书省之权归于六部。至此，六部取代了三省六部制。

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