卫所制为在全国各地军事要地设立卫所驻军，卫有军队五千六百人，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事从征调发，无事则还归卫所。军队来源为世袭的军户，由每户派一人为正丁至卫所当兵，军人在卫所中轮流戊守以及屯田，屯田所得以供给军队及将官等所需。

其目标在养兵而不耗国家财力，但明宣宗以后渐无法维持，军人生活水平及社会地位日渐低下，逃兵也逐渐增加，军备因此逐渐废驰。

在嘉靖年间，应付倭寇之乱时，将领戚继光在浙江地区采用招募民兵加以训练的方式，来取代不堪的卫所兵。正因为明朝正规军卫所军的不堪用，故这些民兵，成为在明朝后期逐渐担负起维持明朝有效统治的作战部队，而其中最为有名的就是戚继光的召募以浙江人为主的戚家军、李成梁李如松父子麾下的辽东铁骑及袁崇焕所召募以辽东人为主的关宁铁骑。

洪武初年，由大都督府的大都督节制中外诸军。1380年，改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，分领在京各卫所和在外各都司。都督府所管仅是兵籍和军政，不能直接统率军队。军官的选授权在兵部，而军队的调遣和最高指挥权则在皇帝。打仗时，兵部奉旨调兵，并秉承皇帝意旨，任命总兵将官，发给印信。战后，统兵官交还印信，士兵回归原来卫所。

在军队编制方面，自京都至府县，皆立卫所。每卫5600人，置卫指挥使统领;每卫下辖五个千户所，每千户所有兵1120人，指挥官称千户;千户所下辖十个百户所，每百户所有兵120人，指挥官称百户;百户所下辖二总旗，每总旗下又辖五小旗，一小旗10名兵士。府县各卫归各省都指挥使司管辖，各都指挥使司又分别归统于中央的五军都督府。

京都的卫军分两种，一是五军都督府分统的四十八卫军。明成祖时，定名"五军"，增到七十二卫，并添设三千营和神机营，与五军合称"京军三大营"。三大营是全国卫军的精锐。据估计，洪武后期全国兵额约180万以上，永乐时增至280万左右。

明朝改革元朝军事制度,创立了独具特色的卫所制：皇帝独揽军事大权,全国要地设立卫所,军丁世代相继，给养仰赖屯田。此制在维护明朝君主专制主义中央集权的统治中发挥了巨大的作用。军队的统辖与卫所制朱元璋统一全国后,采纳刘基建议，立军卫法，在全国建立卫所，控扼要害，中央设大都督府。

洪武十三年(1380)改为五军（即中、左、右、前、后军）都督府，为最高军事机关，掌管全国卫所军籍。征讨、镇戍、训练等则听命于兵部，遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征。战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回卫所。这种统军权与调军权分离和将不专军、军不私将的制度，旨在保证皇帝对全国军队的控制。

在地方，设都指挥使司（简称都司），置指挥使，为地方统兵长官.都司之下，在冲要地区的府(含直辖州)、县（州）置卫或设所。一般卫由卫指挥使率领，辖5个千户所，共5600人；千户所由千户率领，辖10个百户所，共1120人，百户所由百户带领，辖2个总旗，共112人；总旗辖5个小旗,共50人；小旗10人。洪武二十六年(1393)，定全国都司、卫所，共设都司17个、行都司3个、留守司1个、内外卫329个、守御千户所65个。兵额最多时达270余万人。

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