姚鼐治学以经学为主，兼及子史、诗文。他文宗方苞，师承刘大櫆，主张“有所法而后能，有所变而后大”，在方苞重义理、刘大櫆长于辞章的基础上，提出“义理、考据、辞章”三者不可偏废，发展和完善了桐城派文论。为桐城派散文之集大成者。著有《惜抱轩诗文集》，编有《古文辞类纂》等。

清代理学虽处官方哲学地位，但乾嘉时期学界主流却是汉学，考据之风弥漫学术界的上空，理学相形见绌。姚鼐作为乾嘉时期的桐城派殿军，始终以程朱理学为治学大归，认为程朱之说最能继承孔孟之说，所以在汉宋之争趋激烈之时，极不满汉学家对程朱理学的讥讽。在四库馆时，以笃守桐城家法而尊宗程朱的姚鼐在汉学大本营的四库馆内与同僚有着不同旨趣的学术宗尚，学术上的分歧争论使其最终激流勇退，讲坛教学。而姚鼎讲学授徒时着力在学术上尊宋抑汉，训谕学生要以程朱为主，勿入汉学之列，其弟子突出地继承了其衣钵，不同程度的在学界掀起波澜，使学术格局为之一变，对理学复兴之功不可忽视。

姚鼐以宋儒之学为治学之本，故指斥考据的汉学家为舍本逐末；但他也不废弃汉儒治经之长。姚鼐笔下的“汉学”分为两个层次，一是汉儒之学，主要是指东汉许慎、郑玄为代表的训诂考据学问；二是当世学者舍弃宋学之后，效法、祖述和发挥汉儒之学而形成的新学风。姚鼐既责备汉儒之学，也鄙薄当世汉学，而责备汉儒之学的着眼点是为了与当世汉学家论辩，最终目的则是维护宋学，尊宋抑汉的倾向至为明确。 其主要依据如下：

1、汉儒未必得圣人之道。汉学家之所以尊汉，是因为他们认为，汉儒离圣人生活的时代较近，学有所承，又讲究训诂，于圣人之旨所得为多，因而，汉儒之学乃后人探研圣道的最佳途径。然而在姚鼐眼中，汉儒固然去古较近且学有所承，但这并不能保证其一定得圣人之道。姚鼐在《赠钱献之序》中认为，汉儒因暴秦焚书，典籍亡佚，治经本来就存在困难；而其传经方式又是师弟相授，家别派分，各为专门，各家之间不仅“不相通晓”，而且怒恨嫉妒，褊狭殊甚。这就使得他们“与圣人之道，犹筑墙垣而塞门巷”。其次郑玄等通儒固然卓尔不群，但其解经既用谶纬的说法夹杂其间，又用卑俗琐碎的东西搅乱学术，同样难免掩蔽经典之意。既然汉儒治学并不能保证得圣人之道，因而姚鼐坚决反对时人媚汉，尤其反对奉郑玄一家之解为圭臬。

2、当代汉学家变本加厉地发展了汉儒治学的缺陷，猎枝去根，搜细遗钜，因而不免离道愈远。姚鼐在《赠钱献之序》中说：“从明末到现在，学者厌恶儒生不考求古代的东西而被近代的东西所蒙蔽，于是专心于考求古代的名物制度等，以博洽来衡量学问，以相互挑毛病为目标。”姚鼐所说的“根”、“钜”就是程朱义理；“枝”、“细”就是时人采用汉儒训诂考据方式所治之学。他认为，学术演变更迭是自然之事。如果领袖新学的大儒能抓住根本，摒除旧学的缺憾并纠正，自是进步；若不然，则反有所逊。而汉学诸人在弃绝宋学末流之弊时，连程朱义理的大本也舍掉了，一味抓住枝条不放，如此“大小之不分，精粗之弗别”，实乃为学之蔽。

3、程朱理学才是真儒。姚鼐认为，在治学方面，程朱诠释古典文献的方法“更为曲当”。他在《复蒋松如书》中，宋儒在解释古籍时，揆情度理，从辞章、义理角度诠释本文，或辨识古籍真伪，而不胶着于音训而失本真。此方法与汉儒的考据手段绝殊，是汉学家嫌弃其凿空的所在，却得到姚鼐的肯定；在大道上，程朱理学可以经邦济世，乃靠一批受其陶铸而持身谨严、明大义、有操守的儒生来实现。在《皇明两朝疏钞》中，他把明代国祚的苟延归之于一群讲论、践履宋学的儒生持纲纪、守节义。正是看到了程朱派儒生在承平和临难时的勇于担当，姚鼐才忧虑：“道学一旦废，乾坤其毁焉。”

总之，在姚鼐眼里，圣人之学有大小精粗之别。宋学深契圣人之旨，有关身心、家国，得圣人为学之大，之精；汉学仅关名物、制度、训诂、书数，得圣人为学之小，之粗。尽管宋儒在小和粗的方面无法与汉儒并驾，汉儒在大和精的方面也难以与宋儒齐驱。因此，宋儒才是孔孟真传，汉儒不过小道可观而已。姚鼐把汉学、宋学分别比作星月与白日，轻重分明。基于以上认识，姚鼐主张治学以程朱为归；主张以汉学补苴宋学的罅漏，而不能从根本上动摇之。

姚鼐虽势单力薄，但俨然成为当时宋学的代表。这种极力卫道的学术思想被桐城派后人所基本治袭下来。但他对程朱的捍卫不同于前辈，不多用力于理学的理气、性命等哲学命题上，而把主要精力更多的放在了对程朱所倡导的道德原则的坚持上，如忠孝节义等，这主要与姚鼎生活的时代正由康乾盛世走向嘉道衰颓期密切相关。所以他的弟子在嘉道时期内忧外患的形势下，极力宣传理学所倡导的封建伦理道德，抨击考据无益于世时也不忘强化伦理道德，并且力图以经世致用来重振理学。但姚鼐宣扬忠孝节义等封建道德，歌颂清王朝为“圣朝”，也具有封建性和落后性的一面。

姚鼐思想的民主性和进步性表现在六个方面：宣扬做“亲民之吏”，有甘为“活民而得罪”的献身精神；赞扬“尽去苛征，商民喜之”，歌颂商人“明智绝人”；鼓吹“惟贤者为尊，其于男女一也”的平等思想；赞赏“绝意仕宦”，提倡“士自从所好”、“自行其志”的人格独立和个性自由；主张“与时俱进”、“与年日新”、“与世转移”，不断图变求新。

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