秦王府城内区域依职能可分为四大区，由中轴线自南而北可分别视为祭祀区（砖城西南部、萧墙灵星门西北）、宫殿区（砖城内大部区域）与园林区（主要在砖城内东部、后花园及护城河），在砖城与萧墙之间的外围地区，还布设有秦王府下辖的众多官署和部分王府军队，为下辖官署、护卫以及服务人员生活区。

　　宫殿和城门在秦王府城格局中具有指示性意义，文化内涵丰富。各主要宫殿与砖城四门名称，均按照朱元璋在洪武七年的统一规定而称呼，即前殿为承运殿，中殿为圆殿，后殿为存心殿。砖城的四座城门，南为端礼，北为广智，东为体仁，西为遵义。

四门的命名显然是按照“仁、义、礼、智”的古训而制定的，目的就在于使诸藩王身居各地府城之中而能“睹名思义”，不忘“藩屏帝室”的重任。秦王府城王宫前殿名为承运，其正南设承运门，“承运”之名与明初都城南京宫城中之“奉天”殿的命名相互呼应，以“奉天承运”之意昭喻着朱明天下的长治久安；承运殿后的“圆殿”、“存心殿”得名也均与南京宫城中的“华盖殿”、“谨身殿”有极为紧密的联系，华盖形制为圆形，故秦王府城中亦有“圆殿”之名，前有“奉天承运”取意于天，后有“谨身存心”昭告于人，都将深厚的含意融注于建筑的名称之中。

　　砖城与萧墙之间的城河上还因建有桥梁而设有“过门”，都以所处的方位命名，在体仁门前的称为“东过门”，在遵义门前的称为“西过门”，在广智门前的称为“北过门”。南过门虽未见记载，但肯定存在。护城河上所建桥梁与大城护城河上的吊桥有很大的差异，吊桥为活动桥，军事防御特色十分突出，而四过门所在的秦府城河上的则是极具景观观赏价值的固定的“廊桥”，桥上建廊，既可遮风避雨，又与桥下护城河园林绿化带结为一体，成为西安城市园林中绝无仅有的“廊桥”景观。

　　秦王府外城萧墙与内城砖城四门相对，也设有四门，除南门灵星门外，其余三门按其方位称为东、西、北三外门。从内到外，秦府城共有3层12门，东西南北四方位各门相对，即便于秦府与西安城内其他各处的交通，又从整体上增强了府城自身的防御能力。砖城限于其内城的地位，加之四周还有护城河，当在四门之外不会开设其他门，而萧墙可能会出于对外联系的便利而开设有四门之外的其他门，并相应有门楼的设置。

　　由灵星门、端礼门、承运门、圆殿、存心殿、广智门、北过门、北外门所构成的南北轴线，及由东外门、东过门、体仁门、承运门、遵义门、西过门、西外门所构成的东西轴线均十分明显。承运门与砖城南门端礼门之间（即今新城广场址）、端礼门与萧墙灵星门之间、灵星门与西安城东大街之间各有一广场。三个广场纵向次第排列，强化了南北中轴线的作用。

　　秦王府祭祀区位于南北中轴线的南端两侧，众多礼祀建筑分布其中。包括端礼门前的“忠孝贤德著闻坊”；砖城外西南隅的山川坛、社稷坛；端礼门外西南的旗纛庙；灵星门内东北的秦祖庙；后宫左侧的宗庙等。除宗庙在砖城内北部之外，其余均在萧墙与砖城之间的南部，即一进入秦王府城就可首先感受到庄严的王府氛围。用以祷祝国泰民安、皇权永固的“山川”、“社稷”二坛东西相邻，位于砖城之“右”，用以祭祀朱氏先祖的“秦祖庙”则位于砖城之“左”，这种格局无疑受到了中国古代都城规划思想中“左祖右社”原则的影响，符合“王国宫垣内，左宗庙，右社稷”的规定。

　　秦王府宫殿区按“前朝后寝”布设。砖城之内为秦王府城的主体——宫殿区，由政务区和寝宫区组成，自南而北在中轴线上依次布设处理政务的承运殿、王宫、存心殿、圆殿和供秦王日常休息所用的前寝殿、后寝殿。承运殿在承运门正北，南向，九间，高九丈九尺九寸。承运殿作为秦王府城中正殿，面南背北，高阔皆依据最高等级的宗室宫殿尺寸营建，可称当时西安城中最庄严宏伟的建筑。

　　秦王府官署区与护卫区位于萧墙与砖城之间的广阔区域，这里布设着秦王府下设的典簿厅、纪善所、良医所、典善所、审理所、奉祀所、典宝所、工正所和典仪所等众多官署机构，以随时听候秦王差遣，为其日常生活服务。在官署之外，相应部门辖属人员一般也居住在这一区域，因而这一地区既是官署政务区，同时也是服务人员的生活区。

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