藏传佛教的活佛转世制度，是藏传佛教有别于其他宗教和佛教其他支派的最为独特的方面之一。活佛转世的空没、玄妙，增加了藏传佛教的神秘色彩。
按照佛教教义的说法，一个活佛的圆寂，不过是灵魂的转移，化身为另一肉体的人而已。化身随机体显现，所以必有灵童转世。
活佛生生不息地沿袭下来，是由转世制度维系的。世世相接，永垂无疆。活佛转世制度创立于公元十三世纪。最早起源于噶举派中的噶玛噶举派。噶举派注重隐居生活，注意修行。西康僧人都松钦巴对噶举派学说有独到的见解，并建立了自己的寺院广授学徒创立一派一噶玛噶举派黑帽系。
公元1333年，噶举派黑帽系第三代主持——让迥多吉受到元帝国皇室的邀请，赴京参加了元顺帝的登基典礼，受到了元朝青睐，取代了萨迦派的地位。当他第三次上京访问时，不幸染病圆寂，临终前留有遗言，说自己将在西藏的工布地方转世。他的弟子在他圆寂后，根据多种迹象和征兆，在工布寻访确认了他的转世，成为第四代主持。
从此，活佛转世制度开始出现。藏传佛教各派竞相仿效。十五世纪后，在藏区具有广泛影响的格鲁派（黄教）的活佛转世制度，就是效仿噶玛噶举派的黑帽系所采用的转世制度。
活佛的佛位，有高低大小之分。藏传佛教达赖喇嘛和班禅喇嘛为最高活佛。
达赖，蒙古语意为大海。喇嘛，藏语意为上人或上师。明嘉靖二十一年（1542），格鲁派采用活佛转世制度，迎请黄教（格鲁派）创始人宗喀巴的后世弟子索南嘉措到哲蚌寺继任寺主职位。习惯上，一般把四岁的索南嘉措进入哲蚌寺的时间作为格鲁派寺院集团形成的标志。
达赖喇嘛被尊为观音菩萨的化身。班禅，系梵语“班智达”（学者）与藏语“禅保”（大）的省称，意为“大学者”额尔德尼，系满语，旧泽“宝师”或“瑰宝”，班禅的名号，是由罗桑确吉坚赞开始的。这位出生于后藏伦热布卡地方的僧人，公元1583年被认为是宗喀巴大弟子克主杰的第三世传承者罗桑顿珠的转世。
公元1645年，蒙古和硕特部固始汗入藏并控制了西藏后，赠给罗桑确吉坚赞以“班禅博克多”的尊号（博克多，蒙语，意为“智、英武”），此为班禅名号之始。其徒众上溯师承，追认黄教创始人宗喀巴的另一位大弟子克主杰和其后的传承者索南乔朗、罗桑顿珠三人为其前三世，于是形成班禅活佛转世系统。清康熙五十二年（1713），清朝廷册封班禅五世罗桑益西为“班禅额尔德尼”。班禅喇嘛在藏传佛教界被认为是无量光佛转世。
达赖和班禅，成为藏传佛教格鲁派（黄教）两大活佛转世系统。他们的转世，是藏传佛教界的重大事件，为世人所瞩目。
达赖、班禅之下，还有分驻各地、在其驻地代理达赖喇嘛管理教务之权的各大寺寺主，称作“呼图克图”藏语“朱必古”的蒙语音译，意为化身）。呼图克图人数不定。依民主改革前的一般惯例，呼图克图不仅掌有教权，而且掌握政权，尤是藏族地区的呼图克图，均为政教两权并掌。
而在信奉藏传佛教的其他民族，比如蒙古，情况就不一样了，如在内蒙古地区呼图克图一般仅掌握教权，而政权则另掌握在各盟旗王公们手中。呼图克图，无形中依其政教之势力，也有了大小区别。呼图克图中较著名的有在内蒙古地区藏传佛教格鲁派最大转世活佛——章嘉呼图克图；安多藏区的嘉木样呼图克图；西康藏区的帕巴拉大活佛等等。
在呼图克图之下，还有在各寺院具有高级佛位的高僧。称作“呼毕勒罕”（意：转生者）的，也都按惯例能够转生。
转世情况前世活佛转世；
因学识渊博，修炼达到很高程度而被上一级活佛确认为活佛；
因对本寺政教事务作出卓越贡献而被僧俗群众要求转世的；
也有些活佛因在世时失去威望或因寺院经济力量衰败、因战争或政治形势变化等因素而中断或不再转世的。
这样发展的结果，转世者的数目难以预测。仅安多藏区，一九五八年前就有活佛一千五百五十余名。札什伦布寺一个寺可转世的活佛也有数十名。而拉卜楞寺院到一九四九年底，大小活佛竟达近百名。
活佛转世礼制，不同于封建世袭和铁券继承制，而是有其独特的神秘方式。在灵童的确认方面，可以说机会是均等的。凡信奉佛教家庭出生的儿童，不论民族，不论贫富，不论男孩、女孩，凡符合选拔条件的均可入选灵童。在历世达赖喇嘛中，第四世达赖喇嘛云丹嘉措是出生于蒙古族贵族家庭的蒙古族喇嘛；第六世达赖仓央嘉措则是门巴族人。
而在至今前后共十四世达赖喇嘛中，其中有五位达赖出生于普通农、牧民家庭。在藏传佛教中也有女活佛。西藏桑定寺的寺主就是女活佛。她属下却都是比丘。女活佛桑定·多吉帕姆在藏传佛教噶举派中地位极高。另外建在安多地区著名的佛教修行地——甘加白石崖的寺院，其寺主也是女活佛——贡日仓。从前，白石崖寺大小政教事务都由她主持。
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