活佛转世制度是西藏宗教的重要特点之一，是以灵魂转世说为根据，为解决宗教首领继承问题而产生的宗教制度。它初创于藏传佛教噶举派的噶玛支派。该支派的首领都松钦巴公元1193年逝世时，遗嘱弟子“将转世再来”。弟子们认定噶玛拔希为其师的转世灵童，经寺庙10年培养，正式以该派首领身份活动，成为西藏第一位转世活佛。

格鲁派（黄教）采用活佛转世制度始于16世纪中叶，公元1542年，格鲁派的哲蚌寺寺主根敦嘉措逝世，哲蚌寺正式寻找他的转世灵童，并于1544年认定堆垅这个地方的贵族子弟索南嘉措为根敦嘉措的转世灵童。

公元1546年，年仅4岁的索南嘉措被迎接到哲蚌寺接替根敦嘉措的法位。公元1578年，蒙古俺答汗赠索南嘉措“达赖喇嘛”的尊号后，格鲁派（黄教）追认宗喀巴的弟子中年纪最小、创建并担任扎什伦布寺寺主的根敦珠巴为一世达赖，追认曾任哲蚌寺寺主的根敦嘉措为二世达赖，而索南嘉措便成为三世达赖，达赖活佛系统从此建立，相传至今的是十四世。在历世达赖喇嘛中，除四世达赖是蒙古族、六世达赖是门巴族外，其余都是藏族。

班禅活佛转世系统始于罗桑曲结，罗桑曲结是四世和五世达赖喇嘛的师父，公元1645年他被蒙古固始汗赠以“班禅”的尊号后，格鲁派（黄教）确认他为四世班禅，追认宗喀巴的门徒克主杰为一世班禅，索南却朗为二世班禅，罗桑顿珠为三世班禅。

从四世班禅起，历世班禅都以扎什伦布寺为母寺。相传至今的是十一世。达赖、班禅两大活佛系统的转世有其传统程序，前世生前有关转世的预言、逝世前后的异常现象的征兆、护法神师的神谕，是寻访灵童的主要依据。

如十三世达赖圆寂时面向东方，且由拉萨至东北方向天空出现异样彩云，故预示了转世灵童诞生的方域。后在加查县群科加寺圣母湖观看神谕，湖中幻影显示的景象是：一条道路的将尽处有一户农家，其门前有巨柳一株，柳树旁有一匹白马，一位妇女抱着小孩立于树下。活佛们就是按这些征兆和景象寻访到十四世达赖的。

寻找要秘密进行，被选派的有声望的活佛或近侍弟子，在闭关静修后，化装分赴各地去寻访灵童。对初选的候选灵童要进行遗物验证，即将前世常用的法器或其他用品，与同样的物品放在一起，让候选儿童从中认拿前世遗物，依认辨的准确程度对之筛选淘汰。鉴于以往寻访转灵童易为少数人所左右，往往造成僵局和纠纷的弊端，从清朝乾隆时期中央政府又设立了金瓶掣签。

其程序是：将经过遗物验证筛选出的数名候选灵童的名字及出生年月，各写在名签牌上，用纸包好后放入金瓶内，焚香诵经7日之后再当众抽出的一名，即被定为正式灵童。正式灵童的批准后，要为转世灵童举办盛大的坐床典礼，即转世灵童依法升登前世的法床，正式继承前世的法统。自此以后，灵童即以新的一世达赖或班禅的身份开始宗教活动，接受信徒朝拜。

一般男性活佛的下一任还是男性，女性活佛的下一任还是女性，也有出现例外，历史记载过男活佛可以转世为女活佛，女活佛也可以转世为男活佛。是特殊的情况。根据国家宗教管理法规，2007年9月1日出台的《藏传佛教活佛转世管理办法》(以下简称《办法》。《办法》共14条包括立法目的转世原则转世条件、审批程序佛教团体职责违法处罚等。《办法》规定活佛转世不受境外任何组织个人的干涉和支配。

宗教事务局网站的数据则显示中国现有藏语系佛教寺院3000余座，活佛1700余人。

一般活佛地位最低，来源很多，如通过考试格西学位获得活佛称号，一些世俗贵族为获得活佛头衔以重金捐买。解放前青海佑宁寺就有这样的活佛近百名，塔尔寺有六七十名。他们在清代不入册可以随时增减可以转世也可以停止转世。

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